Bab 30 Penggolongan Virus

PENGGOLONGAN VIRUS Agus SyahrurachmanPada awalnya kriteria menentukan apakah suatu viridae dan retroviridae dibagi lagi atas sub-jasad termasuk virus atau bukan hanyaatas dasar famili. Nama subfamili diberi akhiran virinae.kemampuannya melewati saringan kuman.Dengan lebih diketahuinya penyakit yang ditim- Nama genus virus ditandai dengan akhiranbulkannya, cara penula r anrty a dan ekologinya, virus. Anggota genus merupakan spesies yangpenggolongan virus dikembangkan lebih lanjut.Penggolongan tersebut kurang menguntungkan mempunyai sifat serupa. Kriteria penggolongankarena kurang kuat dipakai sebagai dasar pe-ngembangan ilmu, walaupun dari segi praktis spesies dalam genus tertentu masih belum sera-klinis menguntungkan. Atas dasar itu pada tahun gam dan bervariasi tergantung familinya. Kri-7966 dibentuk komite internasional untuk terra y ^ngdipakai dapat berupa sifat fisikokimiapenamaan dan penggolongan virus. Pada saat ini dan/atau serologi.hierarki penggolongan virus meliputi pembagianatas famili, subfamili (pada beberapa famili), genus Pengelompokan virus atas spesies merupakandan spesies. Hierarki penggolongan lebih rendah, hal yang masih diperdebatkan. Ada yang meng-yaitu s.ebagai subspesies, galur dan varian tidakditentukan oleh komite tetapi oleh kelompok- anggap bahwa spesies merupakan kumpulan galur kelompok kerja tertentu. dengan sifat tertentu yang berbeda dari kum- Nama famili virus ditandai dengan akhiran pulan galur lain. Sifat yang dipakai sebagai kri- viridae. Anggota famili merupakan virus yang mempunyai sifat umum sama dan tidak banyak teria penentuan spesies dapat berupa sifat fisiko- berubah. Anggota famili tertentu mempunyai morfologi virion, struktur dan replikasi genom kimia, sifat serologik ataupun sifat biologik lain. khas. Hal ini menunjukkan kemungkinan filo- genitas yang sama. Dari berbagai famili, emPat Penamaan virus tidak mengikuti penamaan famili, yaitu herpesviridae, poxviridae, papova- binomial seperti pada penamaan bakteri. Dengan kata lain tidak mengikuti penamaan Linnaeus. Untuk kepentingan formal, huruf pertama dari famili, subfamili dan genus harus huruf besar dan nama lengkap ditulis dengan huruf miring atau digaris bawahi. Aturan tersebut boleh tidak dipakai pada pemakaian informal. Lwoff, Horrie dan Tournier merupakan ahli yang berjasa dalam pengembangan taksonomi 297

298 Buku Ajar Mikrobiologi KedokteranUnsur Tabel 30-1Virion Sifat virus untuk penggolonganGenom Sifat yang dinilaiProtein virus Besar dan benruk virionReplikasi Ada-tidaknya selubung Simetri dan struktur kapsomerSifat fisik Jenis asam nukleat (RNA atau DNA).Sifat biologik Jumlah rantai asam nukleat Polaritas asam nukleat ; Segmentasi asam nukleat Berat molekul asam nukleat Morfologi rantai (linier atau sirkuler) Jenis nukleotida di ujung 5' (ima prime) genom Ada tidaknya polipeptida di ujung 5' (imaprime) genom Ada tidaknya poliadenosin di ujung 5' Qima prime) genom Jumlah jenis protein Ukuran protein Fungsi protein IJrutan susunan asam amino Strategi replikasi asam nukleat Sifat transkripsi Sifat translasi dan kejadian pasca-translasi : Tempat pengumpulan protein virion, tempat perakitan virion, tenipat dan carapelepasan virion dari sel. Sitopatologi sel akibat infeksi Stabilitas terhadap pengaruh pH, suhu, pelarut, deterjen, radiasi dan ion Mg, ion Mn. Reaksi silang serologik, spektrum hospes, patogenitas, trofisme, (histo)patoiogi, rantai penularan, hubungan dengan vektor dan distribusi geografik'virus. Mereka mengajukan beberapa kriteria se- Dengan lebih majunya pengetahuan tentangbagai dasar penggolongan virus. virus, banyak kriteria tambahan yang dipakai.Kriteria tersebut adalah: Secara ringkas kriteria tersebut dapat dilihatL Jenis asam nukleat, RNA atau DNA pada Tabel 30-1.2. Simetri kapsid Saat ini telah lebih dari enam puluh satu famili3. Ada-tidaknya selubung virus diidentifikasi. Dua puluh satu di antaranya4. Banyaknya kapsomer untuk virus ikosahe- mempunyai anggota yang mampu menyerangdral atau diameter nukleokapsid untuk virus manusia dan binatang. Famili yang pentingdapathelikoidal. dilihat pada uraian di bawah dan untuk memu-

Penggolongan Virus 299 Tabel 30 - 2 Virus RNAFamili Sifat pentingPicornaviridae RNA: rantai tunggal, polaritas positif, segmen tunggal, replikasi RNA melalui pembentukanCaliciviridae RNA komplementer yang benindak sebagai cetakan sintesis RNA genom.Togaviridae Virion: DTiidaamketbeer rsrerll.uiobunnig, bentuk ikosahedral, tersusun atas empat jenis protein utama.Flaviviridae \"..: :.':,. (Picos = kecil) Replikasi dan morfogenesis virus terjadi di sitoplasma'Bunyaviridae , Spektrum hospes sempit.Arenaviridae RNA: n, polaritas positif, segmen tunggal. Virion: tidak berselubung, berbentuk ikosahedral, tersusun atas tiga jenis protein utama. Diametervirion'i;' \"\" ..,''. Replikasi dan morfogenesis di sitoplasma. Spektrum hospes sempit. RNA: rt, polaritas positif, segmen tunggal, replikasi RNA melalui pembentukan RNA komplementer yang bertindak sebagai cetakan RNA genom. Virion: berselubung, nukleokapsid berbentuk ikosahedral, tersusun atas tiga sampai empat jenis protein utama. Protein selubung mempunyai aktivitas hemaglutinasi. Diameter virion Replikasi di sitoplasma dan morfogenesis melalui proses budding di membran sel. Spektrum hospes luas. RNA: rt, polaritas positif, segmen tunggal, replikasi RNA melalui RNA komplementer yang kemudian bertindak sebagai cetakan bagi sintesis RNA genom. Virion: berselubung, simetri nukleokapsid belum jelas, tersusun atas empat jenis protein utama. Protein selubung mempunyai aktivitas hemaglutinasi. Diameter virion .. Replikasi di sitoplasma dan morfogenesisnya melalui proses budding di membran sel. Spektrum hospes luas. RNA: rt, polaritas negatif, terdiri dari tiga segmen. Pada proses replikasinya, RNA virion disalin menjadi mRNA dengan bantuan transkriptasa virion. Dengan bantuan produk translasi mRNA selanjutnya disintesis RNA komplementer. Setiap segmen RNA komplementer kemudian menjadi cetakan bagi RNA genom. Virion: berselubung, nukleokapsid berbentuk helik, tersusun atas empat protein utama. Protein seiubung mempunyai aktivitas hemaglutinasi. Diameter virion . Replikasi terjadi di sitoplasma dan morfogenesisnya melaiui proses buddingdi membran Golgi. Spektrum hospes luas. RNA: rt, polaritas negatif, terdiri dari dua segmen. Prinsip replikasi RNA-nya sama dengan viri.\", iHltffitl]ln,rkl.okrprid berbentuk helik, tersusun atas tiga protein utama. Bentuk virion pleomorfik. Diameter virion :, -.:.'.: , ,,, (rata-rata i i'-' l'.',.. :. '-,:). Replikasi terjadi di sitoplasma dan morfogenesisnya melalui proses buddingdi membran plasma. Spektrum hospes luas.

300 Buku Ajar Mikrobiologi Kedokteran Tabel 30-2 Virus RNA (I-anjutan)Famili Sifat pentingCoronaviridae RNA: n, polaritas positif, terdiri dari satu segmen. Replikasi RNA genom melalui pembentukan rantai RNA negatif yang kemudian benindak sebagai cetakan bagi RNA genom. Sinresis RNA negatif disenai sintesis enam jenis mRNA. Virion: berselubung, nukleokapsid berbentuk helik, tersusun atas riga protein utama. Bentuk virion pleomorfik. Diameter virion li- ii:l ,,,''. Replikasi terjadi di sitoplasma dan morfogenesisnya melalui proses budd.ing di membran intrasitoplasma.Rhabdovirida\" RNA : rr, polaritas negatif, satu segmen. Prinsip replikasi RNA-nya sama dengan Bunyaviridae Virion: berselubung, nukleokapsid berbenruk helik, tersusun atas empat sampai lima Proteln. Virion berbentuk sepeni peluru dengan selubungSeraktivitas hemaglutinasi. Diameter dan . panjang vrrron l'.:-!li ::r:: dan 1.|i-':it) it:z':. Replikasi terjadi di sitoplasma dan morfogenesisnya terjadi di membran plasma atau membran intrasitoplasma, tergantung spesies virus.Filoviridae RNA : rt, polaritas negatif, segmen tunggal. Virion: berselubung, nukleokapsid helik, tersusun atas tujuh jenis protein utama. Berbentuk . pleomorfik. Diameter virion 8l ::rr:r dan panjangnya dapat mencapai i.1\"*:)* t;:*. Replikasi terjadi di sitoplasma.paramlxoviridae RNA : il#ff1xj;,T,-,J\"T';;'ff.\";-\"Tr-;\"Ti*x';Hti'il1i*m,iffii\"1.iifi cetakan RNA genom. Virion: berselubung, nukleokapsid helik, tersusun atas 6-10 jenis protein utama. Virion berbentuk pleomorfik. Selubung mempunyai aktivitas hemaglutinasi dan menginduksi fusi sel. Replikasi terjadi di sitoplasma dan morfogenesisnya melalui proses bud.dingdi membran plasma. Diameter virion 15**-1** xis:'. Spektrum hospes sempit.onhomyxoviridae RNA : rr, segmen berganda (7 untuk influenza c dan 8 untuk influenza A danB), polaritas negadf. Replikasi RNA dimulai dengan sintesis nRNA dengan bantuan transkriptasa virion. Dengan bantuan protein produk mRNA. RNA komplementer dibuat dan dijadikan cetakan untuk pembuatan RNA genom. Sifat segmentasi genom virus memudahkan terjadinya virus mutan. y'irion: berselubung, nukleokapsid helik, tersusun atasT-9 jenis protein utama. Virion berbentuk pleomorfik. Selubung mempunyai aktivitas hemaglutinasi. Diameter {}:-1::; ::r::. Pada yang filamentosa pani^ngnya dapat mencapai beberapa mikrometer. ' Replikasi RNA terjadi di inti dan sitoplasma dan morfogenesis terjadi melalui proses budding di membran plasma.

Famili Penggolongan l4rus 301Reoviridae Tabel 30-2Retroviridae Virus RNA (-anjutan) Sifat penting RNA: rantai ganda, segmen berganda (10 untuk reovirus dan orbivirus, 11 untuk'rotavirus, 12 untuk Colorado tick fever virus. Setiap mRNA berasal dari satu segmen genom. Sebagian mRNA dipakai untuk sintesis protein dan sebagian lagi dipakai sebagai cetakan untuk pembuatan rantai RNA pasangannya. Virion: tak berselubung, kapsidnya dua lapis dan bersimetri ikosahedral. Replikasi dan morfogenesis terjadi di siroplasma. Diameter virion ii. r , ., r,r. RNA: n, rerdiri dari dua molekul polaritas negatif yang identik. Replikasi dimulai dengan pemisahan kedua molekul RNA dan pembuatan rantai . DNA dengan cetakan RNA tersebut dengan bantuan reoerse transcriptase virion. Setelah molekul RNA-DNA terpisah, dibuat rantai DNA komplementer terhadap pasangan DNA yang sudah ada. DNA serat ganda kemudian mengalami sirkularisasi dan berintegrasi dengan kromosom hospes. Selanjutnya RNA genom dibuat dengan v,,,\"\",;:'::r*r\"d:,ffi iT#J[TJffi ]:**\"n1lx;\"r,.*spro,ehu,ama Diameter virion E**1,1* *m. Morfogenesis virus terjadi melalui pr<xes bud.dingdt membran plasma.

302 Buku Ajar Mikrobiologi Kedokteran Tabel 30-3 Virus DNAFamili Sifat pentingAdenoviridae DNA: rg, segmen runggal. Replikasi DNA dan translasinya menjadi protein kompleks.HerpesviridaeHepadnaviridae Virion: tidak berselubung, simetri kapsid ikosahedral. Diameter virion ZO-90 nm.Papovaviridae Virion tersusun atas paling sedikit sepuluh jenis protein.Parvoviridae Replikasi dan morfogenesis terjadi di inti sel. Spektrum hospes sempit. DNA: rg, segmen runggal. Replikasi DNA kompleks. Virion: berselubung, simetri kapsid ikosahedral. Diameter virion 15-200 nm. Replikasi terjadi di inti sel. Morfogenesis melalui proses budding di membran inti. Di dalam sitoplasma virion dibawa dalam vesikel-vesikel ke membran plasma. Di membran plasma membran vesikel fusi dengan membran plasma. DNA: rg ftagian terbesar) dan n (bagian kecil, di ujung molekul DNA), segmen tunggal. Pada replikasi genom, bagian rt-nya harus dibuat rg. Transkripsi DNA menghasilkan mRNA untuk sintesis protein dan RNA lain sebagai .\"t\"krrt bagi pembuatan DNA oleh reoerse transcriptase. virion: berselubung (HBsAg), berdiameter 42 nm. Tersusun atas selubung (HBsAg) dan nukleokapsid. Dalam nukleokapsid terdapat core (HBcAg) dan protein penting lain (HBeAg). Replikasi di hepatosit terjadi di inti sei sedangkan HBsAg dibuat di sitoplasma. DNA: rg, segmen tunggal sirkuler. Replikasi DNA kompleks dan selama replikasi bentuknya tetap sirkuler. Sikius replikasi DNA dapat melibatkatr DNA genom yang episomal maupun yang berintegrasi dengan kromosom sel. virion: tidak berselubung, diamerernya 45 nm (polyomavirus) dan 55 nm (papilomavirus), tersusun atas lima sampai tujuh jenis protein utama. Replikasi dan morfogenesis terjadi di inti sel. Spektrum hospes sempit. DNA: rt' segmen tunggal. Genus Parvovirus lebih banyak mengandung rantai DNA polaritas negarif sedang dua genus lain DNA polaritas negarif dan positifnya seimbang. Replikasi DNA kompleks. Virion: tidak berselubung, nukleokapsid bersimetri ikosahedral dan berdiameter 18-26 nm, tersusun atas tiga jenis protein utama. Replikasi dan morfogenesis terjadi di inti sel dan memerlukan bantuan sei hospes. Spektrum hospes sempit.Poxviridae DNA: rg, segmen tunggal. Replikasi DNA kompleks. virion: berselubung, berbentuk sepefti baru bata dan merupakan virus dengan dimensi terbesar. Tersusun atas lebih dari seratus jenis protein. Selubung -Lpr'y\"i aktivitas hemaglutinasi. Replikasi dan morfogenesis_terjadi di sitoplasma yaitu dalam viroplasma (semacam pabrik virus). Hasil morfogenesis dapat berupa virion berselubung ataupun tidak.Keterangan: rt=rantai tunggal; rg= rantai ganda

Virus Penggolongan Wrus 303Penyebab ensefalopatispongiformis Tabel 30-4 Unclassified virusVirus Hepatitis delta SifatVirus Hepatitis CVirus Norwalk Sangat tahan terhadap pengaruh lingkungan fisik dan kimiawi. Setelah melewati masaAtrovirus inkubasi yang sangat lama penyakit berlangsung progresif disenai kerusakan histologi dan faal jaringan saraf. Sering disebut sebagai oiroid atau prion. Termasuk golongan ini adalah penyebab penyakit manusia sindroma Creutzfeldt-Jacob dan penyakit kuru; penyebab penyakit serupa pada macam-macam ternak. Genomnya RNA rantai tunggal. Virion berdiameter 35-37 nm terdiri dari selubung HBsAg dan antigen delta serta genom RNA. Merupakan virus defekdf yang berkembang biaknya memerlukan bantuan virus hepatitis B. Infeksinya pada manusia merupakan ko-infeksi atau superinfeksi hepatitis B. Genomnya RNA rantai tunggal berpolaritas positif. Virion berselubung dan diameternya 45 nm. Mula-mula dimasukkan sebagai anggota famili Caliciviridae. Belum dapat dibiakkan lz aitro. Penyebab diare. Genom berupa RNA rantai tunggal tidak bersegmentasi. Virion berdiameter 27-30 nm berbentuk s{eris dan tersusun atas empat jenis piotein.dahkan, virus digolongkan dua bagian, yaitu virus Tidak semua virus anggota famili yang telahbergenom RNA dan virus bergenom DNA. disebutkan di atas patogen bagi manusia. DiPengelompokan sederh^na dapat dilihat pada antara yang patogen bagi manusiapun, sebagianTabel30-2 dan 30-3. diantar any a mempunyai hospes primer binatang Selain itu masih terdapat sekelompok virus (penyebab zoonosis). Di bawah ini dicantumkanyang belum dapat diklasifikasikan dan sering beberapa virus yang patogen bagi manusia.disebut sebagai unclassified virus. Dikelom- \Walaupun mengandung banyak kelemahan,pokkan sebagai unclassified virus karena banyaksifat biologiknya belum diketahui dan sifat-sifat- penggolongan virus atas trofisme dan pola penu-nya yang telah diidentifikasi belum memung- laran sangat berguna untuk keperluan epidemio-kinkan virus tersebut dimasukkan ke dalam logi, klinik dan diagnostik. Kelemahan yang dimaksud antara lain satu virus yang dapatgolongan yang sudah ada. Dalam tabel 30 - 4 virus dimasukkan ke dalam lebih dari satu golongan. Didan beberapa sifatnya diuraika.'r secara singkat. bawah dapat dilihat salah satu uraian singkatnya.

304 Buku Ajar Mikrobiologi KedokteranFamili Genus Tabel 30-5AdenoviridaeHerpesviridae VIRUS PATOGEN BAGI MANUSIAHepadnaviridae VirusParvoviridaePapovaviridae Mastadenovirus Adenovirus 1-49Poxviridae Simplex virus Virus herpes simpleks 1-2, virus B LymphocryptovirusTogaviridae Cltomegalovirus Virus Epstein-Barr Varicella virusFlaviviridae Belum jelas CytomegalovirusCoronaviridae Hepadna virusRhabdoviridae Parvovirus Virus varisela-zosterFiloviridae Papilloma virusParamyxoviridae Polyoma virus Virus herpes 6 Orthopox virus Orthomyxovirus Virus hepatitis B Bunyaviridae Parapoxvirus Parvovirus B 19, Parvoviruss RA-l Yatapoxvirus Arenaviridae Moluscipoxvirus Papilloma virus manusia Alphavirus Virus JC, virus BK, virus SV 40 Reoviridae Virus variola, virus vaccinia, virus cacar monyet dan Rubivirus Retroviridae Flavivirus virus cacar sapi Virus Orf, virus pseudocowpox Coronavirus Virus yabapox, virus tanapox Vesiculovirus Lyssavirus Virus moluscum contagiosum Filovirus Virus Chikungunya, virus EEE, virus \(iEE, virus VEE, Paramyxovirus Morbillivirus virus Ross River, virus m yaro' virus Onyong-Onyong Pneumovirus Influenzavirus Virus rubela Belum jelas Virus dengue 1-4, virus JE, virus demam kuning, Bunyavirus virus'S?N, virus SLE, virus TBE, virus MVE, dll Coronavirus manusia 229-E danOC43 Phlebovirus Virus stomatitis vesicularis, virus Piry, virus Isfahan, virus Chandipura Nairovirus Virus rabies, virus Mokola, virus Duvenhage Flantaanvirus Virus Marburg, virus Ebola Arenavirus Parainfluenza 1-4, virus parotitis Virus morbili (rubeola) Reovirus Orbivirus Virus sinsisial pernapasan (RSV) Rotavirus Virr.s influenza A dan B Oncooirus C Lentivirus Virus influenza C Virus Bunyawera, virus Bwamba, virus Oriboca, virus Oropouche, virus Guama, virus ensefalitis California, virus LaCrosse, dll Yirws sandfly fetter Virus Demam berdarah Crimea-Congo Virus demam berdarah Korea (virus Hantaan). Virus Machupo (demam berdarah Bolivia), virus Junin (demam berdarah Argentina), virus Lassa, virus lymphocytic choriomeningitis Reovirus 1-3 Virus Orungo, virus Kemerov Rotavirus manusia HTLV 7 dan2 HfV 1 dan 2

PenggolonganVirus 305 Tabel 30-6 PENGGOLONGAN ATAS DASAR TROPISMA DAN CARA PENULARANKelompok Uraian singkatVirus enterik Penularan terj adi secara fekal-oral. Replikasi terjadi di saluran cerna dan biasanya tidak menimbulkan infeksi sistemik. Termasuk di antaranya ialah: rotavirus, reovirus, enterovirus, coronavirus, calicivirus, adenovirus.Virus hepatotropik Penularan dapat terjadi dengan berbagai cara. Infeksi virus menimbulkan gejala utama kelainan fungsi hati' Dapat digolongkan di sini adalah virus hepatitis dan virus demam kuning. Virus hepatotropik dan enterik sering disebut sebagai virus viserotropik.Virus pernapasan Penularan terjadi melalui inhalasi bahan terkontaminasi. Replikasi terjadi di saluran pernapasan dan tidak menyebabkan infeksi sistemik. Termasuk di artar any a ialah orthomlxovirus, paramlxovirus, pneumovirus, rhinovirus, adenovirusVirus tumorigenik Penularan terjadi melalui cara kontak fisik yang erat, Per injectionum atau dengan caralain. Virus menyerang jenis sel tertentu dan sering menimbulkan infeksi persisten. Pada suatu saat sel terinfeksi mengalami transformasi dan mungkin berubah menjadi karsinoma. Virus yang mempunyai kemampuan tumorigenik sekalipun dt antaronyahanya terbukti pada binatan g di antaranya adalah papovavirus, Epstein-Barr virus, buman T cell lymphotrophic oirus I dan II, virus hepatitis B dan C, virus herpes, adenovirus.Virus neurotropik Penularan terjadi melalui berbagai cara. Replikasi virus terjadi tidak hanya di jaringan saraf tetapi manifestasi klinik utama terjadi pada fungsi susunan saraf. Termasuk dalam golongan ini ialah virus poliomielitis, virus ensefalitis B Jepang, dsbVirus dermatotropik Penularan terjadi melaiui cara koritak atau cara\ain' ' Replikasi virus dapat terjadi di berbagai tempat tetapi manifestasi klinik utama terjadi di jaringan mukokutan. Termasuk kelompok ini ialah herpes virus, papovavirus, adenovirus, poxvirus, dsb