The aim of the Cell Dynamics Research Center El objetivo del Centro de Investigación en Dinámica(Centro de Investigación en Dinámica Celular- CIDC) Celular (CIDC) es innovar nuestra comprensión deis to innovate our understanding of living organisms los seres vivos a través de la investigación científicathrough inter - and multidisciplinary scientific inter - y multidisciplinar, enfocándose en estrategiasresearch that focuses on molecular, cellular and de biología molecular, celular y de sistemas, quesystems biology approaches, that allow us to nos permiten integrar el estudio de la dinámicaintegrate cellular dynamics. This approach gives us a celular. Este enfoque nos da un conocimientoholistic knowledge of physiological and pathological integral de los procesos fisiológicos y patológicos yprocesses and a greater potential to find applied un mayor potencial para encontrar solucionessolutions to complex biological challenges. aplicadas a los problemas biológicos complejos.We want to advance our society by developing a Queremos mejorar nuestra sociedad mediante elproductive synergy between basic and applied desarrollo de una sinergia productiva entre lascience that can be the foundation of solid strategies ciencia básica y aplicada que puede ser la base deto solve problems that are affecting our quality of life. estrategias sólidas para resolver los problemas queWe take into account that to accomplish this we must afectan nuestra calidad de vida. Tenemos en cuentahave a strong global network with academic que para lograr esto debemos tener una fuerteinstitutions, governments and the private sector. conexión global con instituciones académicas, gobiernos y sector privado.In the CIDC we have a strong background andcommitment in the training of highly skilled En el CIDC tenemos una gran experiencia yundergraduate and graduate human resources, compromiso en la formación de alumnos altamentenational and foreign, that acquire specialized calificados, nacionales y extranjeros, de pregrado yknowledge and abilities in the study of cellular posgrado, en el estudio de la dinámica celular.dynamics.
PROFESORES-INVESTIGADORES Dr. Armando Dra. Carmen Dra. Lina Rivillas Hernández Nina Pastor Acevedo Mendoza Colón Dr. Nelson Dr. Iván Avonce Vergara Martínez Dr. José Fermín Duncker Díaz Escudero Dr. Ramón Ramírez Alberto García Dra. María Dra. María Angélica Batista Eugenia Núñez Santana Calderón Dr. Raúl Peralta Valdez Rodríguez Dr. Raúl Dr. Ramón Arredondo Peter Dra. Verónica Antonio Lira Ruan Dra. SoniaGonzález García Dávila Ramos Conde Dra. Verónica Dr. Rodrigo Said MercedesRazo Hernández Narváez Padilla
CA-151: Biotecnología de Plantas y CUERPOS ACADÉMICOSMicroorganismos.(Consolidado) Jorge Luis Folch Mallol ( Centro de Investigaciones en Biotecnología) Luis Caspeta Guadarrama (Centro de Investigaciones en Biotecnología)CA-160: Dinámica de Proteínas. María del Rayo Sánchez Carbente ( Centro de Investigaciones en(Consolidado) Biotecnología)CA-74: Producción Agrícola. Ramón Alberto Batista García (CIDC)(Consolidado) Verónica Lira Ruan (CIDC)CA-26: Regulación de la Respuesta Carlos Daniel Amero Tello (Centro de Investigaciones Químicas)Inmune en Infección y Autoinmunidad. Carmen Nina Pastor Colón (CIDC)(Consolidado) Lina Andrea Rivillas Acevedo (CIDC)CA-93: Biotecnología y Agricultura Dagoberto Guillén Sánchez ( Escuela de Estudios Superiores deSustentable. Xalostoc)(En consolidación) Irán Alia Tejacal (Facultad de Ciencias Agropecuarias)CA-40: Regulación de la Expresión Nelson Avonce Vergara (CIDC)Genética. Óscar Gabriel Villegas Torres ( Facultad de Ciencias Agropecuarias)(En consolidación) Porfirio Juárez López ( Facultad de Ciencias Agropecuarias) Víctor López Martínez ( Facultad de Ciencias Agropecuarias) Delia Vanessa López Guerrero (Facultad de Medicina) Fernando Roger Esquivel Guadarrama (Facultad de Medicina) Judith González Christen (Facultad de Farmacia) Iván Martínez Duncker Ramírez (CIDC) José Luis Montiel Hernández (Facultad de Farmacia) Gabriela Rosas Salgado (Facultad de Medicina) Mario Ernesto Cruz Muñoz (Facultad de Medicina) María Angélica Santana Calderón (CIDC) Antonio Castillo Gutiérrez (Escuela de Estudios Superiores de Xalostoc) Gregorio Bahena Delgado (Escuela de Estudios Superiores de Xalostoc) María Eugenia Núñez Valdez (CIDC) Vicente Emilio Carapia Ruiz (Escuela de Estudios Superiores de Xalostoc) Armando Hernández Mendoza (CIDC) Ramón Antonio González García Conde (CIDC) Raúl Peralta Rodríguez (CIDC) Sonia Dávila Ramos (CIDC) Verónica Mercedes Narváez Padilla (CIDC)
Red Mexicana de Virología-CONACYT Iván Martínez Duncker Ramírezhttp://www.redvirologia.org/ Miembro InvestigadorRed Glicociencia en Salud-CONACYT Ramón González García Condehttp://red-glico.org Miembro Consejo Técnico AcadémicoRed Estructura, Función y Evolución de Proteínas-CONACYThttp://www.redproteinas.org/ Raúl Peralta Rodríguez Miembro InvestigadorRed Inmunología Molecular de Virus- PRODEP Sonia Dávila Ramos Miembro Investigador Carmen Nina Pastor Colón Miembro Investigador Iván Martínez Duncker Ramírez Responsable Técnico Nelson Avonce Vergara Miembro Investigador Ramón González García Conde Miembro Investigador Carmen Nina Pastor Colón Miembro Investigador Armando Hernández Mendoza Miembro Investigador Carmen Nina Pastor Colón Miembro Investigador Iván Martínez Duncker Ramírez Miembro Investigador José Fermin Díaz Escudero Miembro Investigador Lina Andrea Rivillas Acevedo Miembro Investigador María Angélica Santana Calderón Miembro Investigador Ramón González García Conde Miembro Investigador Raúl Peralta Rodríguez Miembro Investigador Sonia Dávila Ramos Miembro Investigador Verónica Mercedes Narváez Padilla Miembro Investigador
Armando Hernández Mendoza, Ph.D. SNI IEvolutionary Bioinformatics Laboratory / Laboratorio de Bioinformática EvolutivaPh.D. in Biochemical SciencesInstituto de BiotecnologíaUniversidad Nacional Autónoma de México.Email: [email protected] Interests: Línea de investigación: Applied bioinformatics in structural, functional Análisis Bioinformático aplicado a la and comparative genomics. Genómica Estructural y Funcional Genómica comparativa.Projects: Proyectos: Bioinformatic analysis of massive sequencing of DNA and RNA from different model Análisis bioinformáticos de secuenciación organisms. masiva de DNA y RNA en diversos organismos modelo. Assembly, annotation and comparative studies of bacterial genomes. Ensamblado, anotación y comparación de genomas bacterianos.Recent publications:1. Draft Genome Sequence of a Pseudomonas aeruginosa NA04 Bacterium Isolated from an Entomopathogenic Nematode. Salgado-Morales, R., Rivera-Gómez, N., Lozano-Aguirre Beltrán, L. F., Hernández-Mendoza, A., & Dantán-González, E. Genome Announcements .2017.2. Draft Genome Sequence of Photorhabdus luminescens HIM3 Isolated from an Entomopathogenic Nematode in Agricultural Soils. Salgado-Morales, R., Rivera-Gómez, N., Martínez-Ocampo, F., Lozano-Aguirre Beltrán, L. F., Hernández-Mendoza, A., & Dantán-González, E. Genome Announcements .2017.
3. Human neonatal CD8 T cells are biased towards innate immunity defense mechanisms. Galindo-Albarrán Ariel O., Bergon Aurélie, Loriodb-d Béatrice, Holota Hélène, Imbert Jean, López-Portales Oscar H., Rodríguez-Jorge Otoniel, Sánchez Villanueva José Antonio, Gutiérrez-Reyna Darely Y., Ramírez Pliego Oscar, Valencia Alfonso, Carrillo Enrique, Hernández-Mendoza Armando, Ferrier Pierre, Spicuglia Salvatore, Santana M. Angélica. Cell Reports. 2016.4. Morphological, Biochemical, and Functional Study of Viral Replication Compartments Isolated from Adenovirus- Infected Cells. Hidalgo, P., Anzures, L., Hernández-Mendoza, A., Guerrero, A., Wood, C. D., Valdés, M., Gonzalez, R. A. Journal of Virology. 2016.5. High-Throughput Profiling of Caenorhabditis elegans Starvation-Responsive microRNAs. Garcia-Segura, L., Abreu-Goodger, C., Hernandez-Mendoza, A., Dimitrova Dinkova, T. D., Padilla-Noriega, L., Perez-Andrade, M. E., & Miranda-Rios, J. PLoS ONE. 2015.6. Burkholderia cenocepacia Strain CEIB S5-1, a Rhizosphere-Inhabiting Bacterium with Potential in Bioremediation. Martínez-Ocampo, F., Lozano-Aguirre Beltrán, L. F., Hernández-Mendoza, A., Rojas-Espinoza, L. E., Popoca- Ursino, E. C., Ortiz-Hernández, M. L., Dantán-González, E. Genome Announcements. 2015.7. Identification of a New Alcaligenes faecalis Strain MOR02 and Assessment of Its Toxicity and Pathogenicity to Insects. Quiroz-Castañeda, R. E., Mendoza-Mejía, A., Obregón-Barboza, V., Martínez-Ocampo, F., Hernández- Mendoza, A., Martínez-Garduño, F., Dantán-González, E. BioMed Research International. 2015.8. A Newly Sequenced Alcaligenes faecalis Strain: Implications for Novel Temporal Symbiotic Relationships. Hernández-Mendoza, A., Lozano-Aguirre Beltrán, L. F., Martínez-Ocampo, F., Quiroz-Castañeda, R. E., & Dantán- González, E. Genome Announcements. 2014.9. Draft Genome Sequence of the Organophosphorus Compound-Degrading Burkholderia zhejiangensis Strain CEIB S4-3. Hernández-Mendoza, A., Martínez-Ocampo, F., Lozano-Aguirre Beltrán, L. F., Popoca-Ursino, E. C., Ortiz- Hernández, L., Sánchez-Salinas, E., & Dantán-González, E. Genome Announcements. 2014.
Carmen Nina Pastor Colón, Ph.D. SNI IIProtein Dynamics Laboratory / Laboratorio de Dinámica de ProteínasPh.D. in BiomedicineCUNY, Mount Sinai School of Medicine, USAEmail: [email protected] Interests: protein Líneas de investigación: Functional and anomalous Dinámica funcional y anómala de proteínas. dynamics. Reconocimiento molecular. Molecular recognition. Proyectos:Projects: Caracterización computacional del Computational modeling of the folding plegamiento de modelos de amiloidosis de pathways of models of light chain amyloidosis. cadena ligera. Multifunctional proteins and their role in Proteínas multifuncionales y su papel en la gene expression. regulación de la expresión genética. Structural, dynamic and evolutionary Análisis estructural, dinámico y evolutivo de analysis of cell wall degrading enzymes. enzimas que degradan la pared celular. Antiviral and antiparasitic drug Prospección de fármacos antivirales y prospection. antiparasitarios. Recent publications:1. Localized conformational changes trigger the pH-induced fibrillogenesis of an amyloidogenic λ light chain protein. Velázquez-López, I., Valdés-García, G., Romero Romero, S., Maya Martínez, R., Leal-Cervantes, A.I., Costas, M., Sánchez-López, R., Amero, C., Pastor, N., Fernández Velasco, D.A. Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects. 2018.2. Replacement of oxidizable residues predicted by QM-MM simulation of a fungal laccase generates variants with higher operational stability. Avelar Mayra, Pastor Nina, Ramirez-Ramirez Joaquin, Ayala Marcela. Journal of Inorganic Biochemistry. 2018.3. Novel-substituted heterocyclic GABA analogues. Enzymatic activity against the GABA-AT enzyme from pseudomonas fluorescens and in silico molecular modeling. Tovar-Gudiño E, Guevara-Salazar JA, Bahena- Herrera JR, Trujillo-Ferrara JG, Martínez-Campos Z, Razo-Hernández RS, Santiago Á, Pastor N, Fernández- Zertuche M. Molecules. 2018.
3. Two novel mutations in ZAP70 gene that result in human immunodeficiency. Llamas-Guillén Beatriz Adriana, Pastor Nina, López-Herrera Gabriela, González-Serrano Maria Edith, Valenzuela-Vázquez Lucero, Bravo-Adame Maria Elena, Villanueva-Cabello Tania Maria, Gaytán Paul, Yañez Jorge, Martinez-Duncker Ivan, Ruiz-Fernández Miguel, Veillette André, Espinosa-Padilla Sara Elva, Cruz-Munoz Mario Ernesto. Clinical Immunology. 2017.4. Convergent mechanisms favor fast amyloid formation in two lambda 6a Ig light chain mutants. Valdés-García G, Millán-Pacheco C, Pastor N. Biopolymers. 2017.5. Dissecting the protein architecture of DNA-binding transcription factors in bacteria and archaea. Rivera-Gómez N, Martínez-Núñez M, Pastor N, Rodriguez-Vazquez K, Perez-Rueda E. Microbiology. 2017.6. A family 13 thioesterase isolated from an activated sludge metagenome: Insights into aromatic compounds metabolism. Sánchez-Reyez, A., Batista-García, R. A., Valdés-García, G., Ortiz, E., Perezgasga, L., Zárate- Romero, A., Pastor, N. and Folch-Mallol, J. L. Proteins. 2017.7. Synthetic peptide antigens derived from long-chain alpha-neurotoxins: Immunogenicity effect against elapid venoms. De la Rosa Guillermo, Pastor Nina, Alagón Alejandro, Corzo Gerardo. Peptides. 2017.8. Structure-function studies of the alpha pheromone receptor from yeast. Robles Laura Marina, Millán-Pacheco César, Pastor Nina & Del Río Gabriel. TIP 20. 2017.9. Early expression of the receptor for advanced glycation end products in a toxic model produced by 6- hydroxydopamine in the rat striatum. Serratos Iris N., Castellanos Pilar, Pastor Nina, Millán-Pacheco César, Colín- González Ana Laura, Rembao Daniel, Pérez-Montfort Ruy, Cabrera Nallely, Sánchez-García Aurora, Gómez Isabel, Rangel-López Edgar & Santamaria Abel. Chemico-Biological Interactions. 2016.10. Inhibition of light chain 6aJL2-R24G amyloid fiber formation associated with light chain amyloidosis. Pelaez-Aguilar AE, Rivillas-Acevedo L, French-Pacheco L, Valdes-Garcia G, Maya-Martinez R, Pastor N, Amero C. Biochemistry, 2015.11. Modeling the interaction between quinolinate and the Receptor for Advanced Glycation end products (RAGE): Relevance for early neuropathological processes. Serratos, I. N., Castellanos, P., Pastor, N., Millán-Pacheco, C., Rembao, D., Pérez-Montfort, R., Santamaria, A. PLoS ONE. 2015.12. Information flow and protein dynamics: the interplay between nuclear magnetic resonance spectroscopy and molecular dynamics simulations. Pastor, N., & Amero, C. Frontiers in Plant Science. 2015.13. Electrostatic analysis of bacterial expansins. Pastor, N., Dávila, S., Pérez-Rueda, E., Segovia, L. and Martínez- Anaya, C. Proteins: Structure, Function and Bioinformatics. 2015.14. PcExl1 a novel acid expansin-like protein from the plant pathogen Pectobacterium carotovorum, binds cell walls differently to BsEXLX1. Olarte-Lozano, M., Mendoza-Nuñez, M. A., Pastor, N., Segovia, L., Folch-Mallol, J., & Martínez-Anaya, C. PLoS ONE. 2014.15. A novel TctA citrate transporter from an activated sludge metagenome: structural and mechanistic predictions for the TTT family. Batista-García RA, Sánchez-Reyes A, Millán-Pacheco C, González-Zuñiga VM, Juárez S, Folch- Mallol JL, Pastor N. Proteins: Structure, Function and Bioinformatics. 2014.
Iván Martínez-Duncker Ramírez, MD. Sc.D. SNI IHuman Glycobiology and Molecular Diagnostics Laboratory / Laboratorio deGlicobiología Humana y Diagnóstico MolecularM.D. Escuela Médico MilitarSc.D. HematologyÉcole Practique Des Hautes Études, FranceEmail: [email protected] Interests: Línea de investigación: Glycoscience in the immune response and Glicobiología de la respuesta inmune y de las viral infections. infecciones virales.Projects: Proyectos: Regulation of CMP-Sialic acid transport in Regulación del transporte de CMP-ácido the Golgi. siálico en el aparato de Golgi. Sialic acid dynamics in T cell activation. Dinámica del ácido siálico en la activación de Glycosylation changes induced by viral las células T. infection and cancer. Alteraciones en la glicosilación inducidas por Diagnosis and research of Congenital infecciones virales y cáncer. Disorders of Glycosylation. Diagnóstico e investigación de los Human ID. desórdenes congénitos de glicosilación. ID Humana. Recent publications:1. Saccharomyces cerevisiae KTR4, KTR5 and KTR7 encode mannosyltransferases differentially involved in the N- and O-linked glycosylation pathways. V. Hernández Nahúm, López-Ramírez Luz A., Díaz-Jiménez Diana F., Mellado-Mojica Erika, Martínez-Duncker Iván, López Mercedes G., Mora-Montes Héctor M.. Research in Microbiology. 2017.
2. Two novel mutations in ZAP70 gene that result in human immunodeficiency. Llamas-Guillén Beatriz Adriana, Pastor Nina, López-Herrera Gabriela, González-Serrano Maria Edith, Valenzuela-Vázquez Lucero, Bravo- Adame Maria Elena, Villanueva-Cabello Tania Maria, Gaytán Paul, Yañez Jorge, Martinez-Duncker Ivan, Ruiz- Fernández Miguel, Veillette André, Espinosa-Padilla Sara Elva, Cruz-Munoz Mario Ernesto. Clinical Immunology. 2017.3. Sporothrix schenckii sensu stricto and Sporothrix brasiliensis are differentially recognized by human peripheral blood mononuclear cells. Martínez-Álvarez, J. A., Pérez-García, L. A., Mellado-Mojica, E., López, M. G., Martínez-Duncker, I., Lópes-Bezerra, L. M., & Mora-Montes, H. M. Frontiers in Microbiology. 2017.4. A functional splice variant of the human Golgi CMP-sialic acid transporter. Salinas-Marín Roberta, Mollicone Rosella, Martínez-Duncker Iván. Glycoconjugate Journal. 2016.5. Determination by microscopy of GD3 and GD2 ganglioside membrane expression in activated human naïve CD4+ T cells. Villanueva-Cabello, Tania M., Martínez-Duncker Iván. J Vis Exp. 2016.6. Activation of human naïve Th cells increases surface expression of GD3 and induces neoexpression of GD2 that colocalize with TCR clusters. Villanueva-Cabello TM., Mollicone R., Cruz Muñoz ME., López-Guerrero DV., Martínez-Duncker I. Glycobiology 2015.7. Comparative analysis of protein glycosylation pathways in humans and the fungal pathogen Candida albicans. Martínez-Duncker, I., Díaz-Jímenez, D. F., & Mora-Montes, H. M. International Journal of Microbiology. 2014.8. ATP6V0A2 mutations present in two Mexican Mestizo children with an autosomal recessive cutis laxa syndrome type IIA. Bahena-Bahena, D., López-Valdez, J., Raymond, K., Salinas-Marín, R., Ortega-García, A., Ng, B. G., Martínez-Duncker, I. Molecular Genetics and Metabolism Reports. 2014.
José Díaz Escudero, Ph.D.Dynamics of gene networks lab / Laboratorio de dinámica de redes genéticasPh.D. in Sciences (Biophysics)Universidad Autónoma del Estado de MorelosEmail: [email protected] [email protected] Interests: Línea de investigación: Dynamics of regulatory gene networks. Dinámica de redes genéticas regulatorias. Projects: Proyectos: Dynamics of viral genetic networks. Dinámica de redes genéticas virales. Dynamics of the genetic network of insuline Dinámica de la red genética de respuesta a response. insulina. Dynamics of the genetic network of the Dinámica de la red genética del centro quiescent center of the Arabidopsis thaliana quiescente de la raíz de Arabidopsis thaliana. root. Teoría de la información y redes genéticas. Theory of information and genetic networks. Recent Publications:1. Information theory in systems biology: Protein-protein interaction and signaling networks. Mousavian Zaynab, Díaz José, and Masoudi-Nejad Ali. Seminars in Cell & Developmental Biology. 2015.
Lina Rivillas Acevedo, Ph.D. SNI IPh.D. in Biomedical ScienciesUniversidad Nacional Autónoma de MéxicoEmail: [email protected] Interests: Línea de investigación: Spectroscopy. Bioquímica. Biochemistry. Espectroscopía. Peptide synthesis. Síntesis de péptidos.Projects: Proyectos: Spectroscopic study of the interaction of the Estudio espectroscópico de la interacción de la gamma D-crystalline with peptide fragments of gama D- cristalina con fragmentos peptídicos crystallines. de cristalinas. Cu(II) effect on 6aJL2 aggregation. Estudio del papel del Cu(II) en la agregación Spectroscopic characterization of At-LEA4-5 de 6aJL2. interaction with metal ions. Caracterización espectroscópica de la interacción de At-LEA4-5 con iones metálicos. Recent Publications:1. Metal-binding polymorphism in late embryogenesis abundant protein AtLEA4-5, an intrinsically disordered protein. French-Pacheco L, Cuevas-Velazquez CL, Rivillas-Acevedo L, Covarrubias AA, Amero C. PeerJ. 2018.2. Methionine 109 plays a key role in Cu(II) binding to His111 in the 92–115 fragment of the human prion protein. Sánchez-López Carolina, Rivillas-Acevedo Lina, Cruz-Vásquez Octavio, Quintanar Liliana. Inorganica Chimica Acta. 2017.3. Copper and zinc ions specifically promote nonamyloid aggregation of the highly stable human gamma-D crystalline. Quintanar L, Domínguez-Calva JA, Serebryany E, Rivillas-Acevedo L, Haase-Pettingell C, Amero C , King JA. ACS Chemical Biology. 2016.4. Spectroscopic and theoretical study of CuI binding to His111 in the human prion protein fragment. Arcos-López, T., Qayyum, M., Rivillas-Acevedo, L., Miotto, M. C., Grande-Aztatzi, R., Fernández, C. O., Quintanar, L. Inorganic Chemistry. 2016.
5. Inhibition of light chain 6aJL2-R24G amyloid fiber formation associated with light chain amyloidosis. Pelaez-Aguilar AE, Rivillas-Acevedo L, French-Pacheco L, Valdes-Garcia G, Maya-Martinez R, Pastor N, Amero C. Biochemistry, 2015.6. Structural basis for the inhibition of truncated islet amyloid polypeptide aggregation by Cu(II): Insights into the bioinorganic chemistry of type II Diabetes. Rivillas-Acevedo Lina, Sánchez-López Carolina, Amero Carlos, and Quintanar Liliana. Inorganic Chemistry, 2015.7. Drug Development in Conformational Diseases: A Novel Family of Chemical Chaperones that Bind and Stabilise Several Polymorphic Amyloid Structures. Sablón-Carrazana, M., Fernández, I., Bencomo, A., Lara-Martínez, R., Rivera-Marrero, S., Domínguez, G., Altamirano-Bustamante, M. M. PLoS ONE. 2015.
María Angélica Santana Calderón, Ph.D. SNI IICellular Immunology Laboratory / Laboratorio de Inmunología CelularPh.D. in Molecular and Cellular BiologyUniversité Louis Pasteur, Strasbourg, FranceEmail: [email protected],Research Interests: Línea de investigación: Cell differentiation of T cells and cytokine Diferenciación celular de Linfocitos T y balance in response to co-receptor balance de citocinas en respuesta a molecules. moléculas correceptoras. Characterization of the immune response in Caracterización de la respuesta inmune de neonates. neonatos.Projects: Proyectos: Viral Immunology network. Modulation of the Red de Inmunología Viral. Modulación de la immune response by viral proteins. respuesta inmune por proteínas virales. Importance of the wnt/ ß -catenin pathway in Importancia de la vía de wnt/ ß -catenina en neonatal CD8 cells. células CD8 neonatales. Evaluate the function of the wtn/ß-catenin Evaluar el funcionamiento de la vía de signaling pathway in neonatal T CD8 señalización a través de wtn/ß-catenina en lymphocytes and its role in the life, linfocitos T CD8 neonatales y evaluar el efecto proliferation and effector functions of neonatal de esta vía en la vida, proliferación y funciones and adult T CD8 lymphocytes. efectoras de células T CD8 de neonatos y adultos humanos. Epigenetic regulation during activation and differentiation of lymphocytes. Regulación epigenética durante la activación y diferenciación de linfocitos. Participation of CBP and p300 associated to ßcatenin in the low effector functions of Participación de CBP y p300 asociados a neonatal T cells and possible acquisition of ßcatenina en las bajas funciones efectoras de these functions with combined signals of the células T neonatales y posible adquisición de TCR and TLR5. estas funciones con señales combinadas del TCR y TLR5.
Recent Publications: 1. Acetone fraction from Sechium edule (Jacq.) S.w. edible roots exhibits anti-endothelial dysfunction activity. Trejo-Moreno C, Castro-Martínez G, Méndez-Martínez M, Jiménez-Ferrer JE, Pedraza-Chaverri J, Arrellín G, Zamilpa A, Medina-Campos ON, Lombardo-Earl G, Barrita-Cruz GJ, Hernández B, Ramírez CC, Santana MA, Fragoso G, Rosas G. Journal of Ethnopharmacology. 2018. 2. Flagellin is a Th1 polarizing factor for human CD4+T cells and induces protection in a murine neonatal vaccination model of rotavirus infection. Rosario Guadalupe Labastida-Conde, Oscar Ramírez-Pliego, Mercedes Peleteiro-Olmedo, Delia Vanessa Lopez-Guerrero, Oscar Daniel Badillo-Godinez, María de Lourdes Gutiérrez-Xicoténcatl, Gabriela Rosas-Salgado, África González-Fernández, Fernando R. Esquivel- Guadarrama, M. Angélica Santana. Vaccine. 2018. 3. Data of the effects of acetone fraction from Sechium edule (Jacq.) S.w. edible roots in the kidney of endothelial dysfunction induced mice. Trejo-Moreno, C., Castro-Martínez, G., Méndez-Martínez, M., Jiménez-Ferrer, J.E., Pedraza-Chaverri, J., Arrellín, G., Zamilpa-Álvarez, A., Medina-Campos, O.N., Lombardo-Earl, G., Barrita-Cruz, G.J., Hernández, B., Ramírez, C.C., Santana, M.A., Fragoso, G., Rosas, G. Data in Brief. 2018. 4. Cucumis sativus aqueous fraction inhibits angiotensin II-induced inflammation and oxidative stress in vitro. Celeste Trejo-Moreno, Marisol Méndez-Martínez, Alejandro Zamilpa, Enrique Jiménez-Ferrer, Maria Dolores Perez-Garcia, Omar N. Medina-Campos, José Pedraza-Chaverri, María Angélica Santana, Fernando R. Esquivel-Guadarrama, Aida Castillo, Jacquelynne Cervantes-Torres, Gladis Fragoso, and Gabriela Rosas- Salgado. Nutrients. 2018. 5. Human neonatal CD8 T cells are biased towards innate immunity defense mechanisms. Galindo-Albarrán Ariel O., Bergon Aurélie, Loriodb-d Béatrice, Holota Hélène, Imbert Jean, López-Portales Oscar H., Rodríguez-Jorge Otoniel, Sánchez Villanueva José Antonio, Gutiérrez-Reyna Darely Y., Ramírez Pliego Oscar, Valencia Alfonso, Carrillo Enrique, Hernández-Mendoza Armando, Ferrier Pierre, Spicuglia Salvatore, Santana M. Angélica. Cell Reports. 2016. 6. Dynamic recruitment of Ets1 to both nucleosome-occupied and -depleted enhancer regions mediates a transcriptional program switch during early T-cell differentiation. Cauchy, P., Maqbool, M. A., Zacarias- Cabeza, J., Vanhille, L., Koch, F., Fenouil, R., Andrau, J.-C. Nucleic Acids Research. 2016. 7. Rotavirus activates dendritic cells derived from umbilical cord blood Monocytes. D. Rosales-Martinez, L. Gutierrez-Xicotencatl, O. Badillo-Godinez, D. Lopez-Guerrero A. Santana-Calderon, R. Cortez-Gomez, O. Ramirez-Pliego, F. Esquivel-Guadarrama. Microbial Pathogenesis. 2016. 8. Recent insights in T cell activation and differentiation. Rodríguez Jorge, O., Santana, M.A. Recent Trends In Immunology. 2015. 9. CD43 Signals Prepare Human T Cells to Receive Cytokine Differentiation Signals. Judy L. Cannon, Amélie Collins, Purvi D. Mody, Diwaker Balachandran, Kammi J. Henriksen, Cassandra E. Smith, Jiankun Tong, Bryan S. Clay, Stephen D. Miller, and Anne I. Sperling. Journal of Cellular Physiology. 2014.
María Eugenia Núñez, Ph.D.Molecular Bacterial Pathogenicity Laboratory / Laboratorio de Patogenicidad MolecularBacterianaPh.D. in Cellular and Molecular BiologyUniversity of Canterbury, New ZelandEmail: [email protected] Interests: Línea de investigación: Molecular pathogenicity of bacteria. Patogenicidad Molecular de Bacterias.Projects: Proyectos: Molecular pathogenicity and virulence factors Patogenicidad molecular y factores de of the mexican strain of Serratia entomophila virulencia de la cepa mexicana Serratia Mor4.1, a bacterial pathogen of Scarabaeidae entomophila Mor4.1, bacteria patógena hacia (Coleoptera) larvae of agricultural interest: a larvas de Scarabaeidae (Coleoptera) de genomic approach. importancia agrícola: un enfoque genómico. Cytotoxic activity of cell-free culture broths Actividad citotóxica de sobrenadantes de from Serratia spp towards human cancer cell cultivo de cepas de Serratia spp hacia líneas lines. celulares de canceres humanos.Recent Publications: 1. Variabilidad genética y asociación morfológica entre poblaciones nativas de maíz y sus cruzas F1. Cervantes Adame Yessica Flor; Castillo Gutiérrez Antonio; Carapia Ruiz Vicente Emilio; Rodríguez María Andrade; Núñez Valdéz María Eugenia; Villegas Torres Oscar Gabriel; Perdomo Roldán Francisco; Suárez Rodríguez Ramón; López Santillán José Alberto. Revista Mexicana de Ciencias Agrícolas. 2016. 2. Pathogenicity of isolates of Serratia marcescens towards larvae of the scarab Phyllophaga blanchardi (Coleoptera). Pineda-Castellanos, M. L., Rodríguez-Segura, Z., Villalobos, F. J., Hernández, L., Lina, L., & Nuñez-Valdez, M. E. Pathogens. 2015.
Nelson Avonce Vergara, Ph.D. SNI IPh.D. in Biochemical SciencesInstituto de BiotecnologíaUniversidad Nacional Autónoma de MéxicoEmail: [email protected] Interests: Línea de Investigación: Role of trehalose metabolism in the growth Papel del metabolismo de trehalosa en el and development of plants. crecimiento y desarrollo de plantas Production of heterologous proteins in the Producción de proteínas heterólogas en el moss Physcomitrella patens. musgo Physcomitrella patens.Projects: Proyectos: The moss Physcomitrella patens as a plant El musgo Physcomitrella patens como planta model for expression of heterologous proteins modelo para la expresión de proteínas of medical interest and proteins with cell heterólogas de interés médico y proteínas con markers functions. funciones de marcadores celulares. Metabolic role of trehalose and trehalose 6- Papel del metabolismo de trehalosa y phosphate in the regulation of growth and trehalosa 6 fosfato en la regulación del development in plants. crecimiento y desarrollo en plantas. Use of the endosymbiotic bacteria Klebsiella Manipulación genética del metabolismo de variicola towards the genetic manipulation of the metabolism of trehalose in plants. trehalosa en plantas mediante el empleo de la Selection of new varieties of Anturium bacteria endosimbionte Klebsiella variicola (Anthurium andreanum L.) capable to produce Desarrollo de variedades de Anturio spates with un-common colors (Anthurium andreanum L.) capaces de producir espatas de colores no convencionales
3. Parallelizing the bayesian analysis of blinking and bleaching for super-resolution microscopy. Hernández Haydee O., Hidalgo Paloma, Wood Christopher D., González Ramón, Guerrero Adán. Communications in Computer and Information. 2016.4. Polymorphisms FTO rs9939609, PPARG rs1801282 and ADIPOQ rs4632532 and rs182052 but not lifestyle are associated with obesity related-traits in Mexican children. Muñoz-Yáñez, C., Pérez-Morales, R., Moreno- Macías, H., Calleros-Rincón, E., Ballesteros, G., González, R. A., & Espinosa, J. Genetics and Molecular Biology. 2016.5. Morphological, Biochemical, and functional study of viral replication compartments isolated from adenovirus- infected cells. Hidalgo, P., Anzures, L., Hernández-Mendoza, A., Guerrero, A., Wood, C. D., Valdés, M., Gonzalez, R. A. Journal of Virology. 2016.6. Isolation of viral replication compartment-enriched sub-nuclear fractions from adenovirus-infected normal human cells. Hidalgo, P., & Gonzalez, R. A. Journal of Visualized Experiments : JoVE. 2015.7. DNA virus replication compartments. Schmid, M., Speiseder, T., Dobner, T., & Gonzalez, R. A. Journal of Virology. 2014.
Raúl Arredondo Peter, Ph.D. SNI IIBiophysics and Molecular Biology / Laboratorio de Biofísica y Biología MolecularPh.D. in Sciences (Biology)Universidad Nacional Autónoma de MéxicoEmail: [email protected] Interests: Línea de investigación: Evolution and function of plant hemoglobins Evolución y función de las hemoglobinas de and diazotrophic bacteria. plantas y bacterias diazotróficas.Projects: in Proyectos: Identify the variability of hb genes Identificación de la variabilidad de los genes monocotyledonous plants. hb en plantas monocotiledóneas. Characterize Hbs from rhizobial bacteria. Caracterización de Hbs de bacterias rizobiales.Recent Publications: 1. Prediction of folding pathway and rate for selected rhizobial single domain and truncated hemoglobins using an average distance map method. Matsuoka Masanari, Kabata Michirou, Ohnishi Shohei, Kikuchi Takeshi and Arredondo-Peter Raúl. Int. J. Comp. Bioinf. 2017. 2. Phytoglobin: a novel nomenclature for plant globins accepted by the globin community at the 2014 XVIII conference on Oxygen-Binding and Sensing Proteins. Hill, R., Hargrove, M., & Arredondo-Peter, R. F1000Research. 2016. 3. Effect of the synthesis of rice non-symbiotic hemoglobins 1 and 2 in the recombinant Escherichia coli TB1 growth. Álvarez-Salgado, E., & Arredondo-Peter, R. F1000Research. 2015. 4. A bioinformatics insight to rhizobial globins: gene identification and mapping, polypeptide sequence and phenetic analysis, and protein modeling. Gesto-Borroto, R., Sánchez-Sánchez, M., & Arredondo-Peter, R. F1000Research. 2015. 5. Rice (Oryza) hemoglobins. Arredondo-Peter, R., Moran, J. F., & Sarath, G. F1000Research. 2014.
Raúl Peralta Rodríguez, Ph.D. SNI IPh.D. in Biomedicine and molecular BiotechnologyEscuela Nacional de Ciencias BiológicasInstituto Politécnico Nacional, MéxicoEmail: [email protected] Interests: carcinogenesis and Línea de investigación: Infectious agents, Agentes infecciosos, carcinogénesis y complexity. complejidad.Projects: Proyectos: Epidemiological dynamics of human papilloma Dinámica epidemiológica del virus de papiloma virus in the post-vaccination era. humano (VPH) en la era post-vacunación. Study of unexplored biological risk factors in Estudio de los factores de riesgo biológicos no susceptibility to HPV infection. explorados en la susceptibilidad a la infección por VPH. Development of agent-based models for the study of biological complexity in cancer. Desarrollo de modelos basados en agentes para el estudio de la complejidad biológica en cáncer.Recent Publications: 1. Modeling the dynamics of chromosomal alteration progression in cervical cancer: A computational model Cabrera-Becerril, A., Vargas-De-León, C., Hernández, S., Miramontes, P., & Peralta, R. PLoS ONE. 2017. 2. Global Stability Results in a SVIR Epidemic Model with Immunity Loss Rate Depending on the Vaccine-Age. Peralta Raúl, Vargas-De-León Cruz and Miramontes Pedro. Abstract and Applied Analysis, 2015. 3. Carcinogénesis Y Complejidad. Miramontes Pedro, Peralta Raúl, Garcés Homero, Cocho Germinal. Interdisciplina 3. 2015. 4. Los Genes Del Cáncer. Peralta-Rodríguez Raúl, Valdivia Alejandra, Mendoza Mónica, Rodríguez Jade, Marrero Daniel, Paniagua Lucero, Romero Pablo, Taniguchi Keiko, Salcedo Mauricio. Rev Med Inst Mex Seguro Soc 53. 2015. 5. Dynamics of High-Risk Nonvaccine Human Papillomavirus Types after Actual Vaccination Scheme. Peralta, R., Vargas-De-León, C., Cabrera, A., & Miramontes, P. Computational and Mathematical Methods in Medicine. 2014.
Rodrigo Said Razo Hernández, Ph.D. SNI IPh.D. in Chemical SciencesUniversidad de ColimaEmail: [email protected] Interests: Línea de investigación: Quantitative Structure Property Relationship Estudios Cuantitativos de Relación Estructura studies (QSPR). Propiedad (QSPR). Quantitative Structure Activity Relationship Estudios Cuantitativos de Relación Estructura studies (QSAR). Actividad (QSAR). In silico Molecular docking. Acoplamientos Moleculares in silico (docking). Pharmacophore models generation.. Desarrollo de modelos Farmacofóricos. In silico receptor based drug design. Diseño in silico de fármacos en base al In silico ligand based drug design. receptor biológico.Projects: Diseño in silico de fármacos en base al Study of FtsZ and HPPK proteins as biological ligando. targets for in silico design, synthesis, and biological test of new bactericides. Proyectos: Study of the potency and selectivity of inhibitors Estudio de las proteínas FtsZ y HPPK como of the JNK proteins. blancos biológicos para el diseño in silico, síntesis y pruebas biológicas de nuevos Study of the antiinflammatory activity of diverse bactericidas. compounds over COX proteins. Estudio de la potencia y selectividad de In silico design of antiviral compounds based on compuestos inhibidores de las proteínas the RNA polymerase and C protein of dengue JNKs. virus. Estudio de la actividad antiinflamatoria de diversos compuestos sobre las proteínas COXs. Diseño in silico de antivirales en base a la proteína RNA polimerasa y la proteína C del virus del Dengue.
Recent Publications: 1. Novel-substituted heterocyclic GABA analogues. Enzymatic activity against the GABA-AT enzyme from pseudomonas fluorescens and in silico molecular modeling. Tovar-Gudiño E, Guevara-Salazar JA, Bahena- Herrera JR, Trujillo-Ferrara JG, Martínez-Campos Z, Razo-Hernández RS, Santiago Á, Pastor N, Fernández- Zertuche M. Molecules. 2018. 2. Synthesis, structural investigation and DFT studies on the intramolecular interaction in group 14 (2-CH 3 OC 6 H 4 )CH 2 MPh 3 (M = Si, Ge, Sn, Pb) organometallic compounds. López-Cardoso Marcela, Vargas-Pineda Gabriela, Román-Bravo Perla, Rosas-Valdez María Elena, Ariza-Roldan Alan, Razo- Hernández Rodrigo Said, Pannell Keith, Cea-Olivares Raymundo. Inorganica Chimica Acta, 2018. 3. Silicon containing ibuprofen derivatives with antioxidant and anti-inflammatory activities: An in vivo and in silico study. Pérez, M. David J., Díaz-Reval Irene, Obledo-Benicio Fernando, Zakai Uzma I., Gómez-Sandoval Zeferino, Razo-Hernández Rodrigo Said, West Robert, Sumaya-Martínez María Teresa, Pineda-Urbina Kayim, Ramos-Organillo Ángel. European journal of pharmacology. 2017. 4. Synthesis, characterization, antimicrobial and theoretical studies of the first main group tris(ephedrinedithiocarbamate) complexes of As(III), Sb(III), Bi(III), Ga(III) and In(III). Alan O. Ariza-Roldán, Elia M. López-Cardoso, María E. Rosas-Valdez, Perla P. Roman-Bravo, Diana G. Vargas-Pineda, Raymundo Cea- Olivares, Macdiel Acevedo-Quiroz, Rodrigo S. Razo-Hernández, Patricia Alvarez-Fitz, Vojtech Jancik. Polyhedron. 2017. 5. In silico receptor-based drug design of X,Y-benzenesulfonamide derivatives as selective COX-2 inhibitors. Pérez David J., Sarabia Orlando, Villanueva-García Manuel, Pineda-Urbina Kayim, Ramos-Organillo Ángel, Gonzalez- Gonzalez Jorge, Gómez-Sandoval Zeferino, Razo-Hernández Rodrigo Said. Comptes Rendus Chimie. 2017. 6. Lactobacillus plantarum WCFS1 β-Fructosidase: Evidence for an open funnel-like channel through the catalytic domain with importance for the substrate selectivity. Mendoza-Llerenas Edgar Omar, Pérez David Javier, Gómez- Sandoval Zeferino, Escalante-Minakata Pilar, Ibarra-Junquera Vrani, Razo-Hernández Rodrigo Said, Capozzi Vittorio, Russo Pasquale, Spano Giuseppe, Fiocco Daniela, Osuna-Castro Juan Alberto, Moreno Abel. Applied Biochemistry and Biotechnology. 2016. 7. Synthesis and Biological Screening of Silicon-Containing Ibuprofen Derivatives: A Study of Their NF-kB Inhibitory Activity, Cytotoxicity, and Their Ability to Bind IKKB. Pérez David J., Zakai Uzma I., Guo Song,. Guzei Ilia A, Gómez-Sandoval Zeferino, Razo-Hernández Rodrigo Said, West Robert, Ramos-Organillo Ángel. Australian Journal of Chemistry. 2015. 8. QSAR study of the DPPH· radical scavenging activity of coumarin derivatives and xanthine oxidase inhibition by molecular docking. Razo-Hernández Rodrigo Said, Pineda-Urbina Kayim, Velazco-Medel Marlene A., Villanueva- García Manuel, Sumaya-Martínez M. TeresaMartínez-Martínez, Francisco J., Gómez-Sandoval Zeferino. Central European Journal of Chemistry. 2014.
Sonia Dávila Ramos, Ph.D.Ph.D. in SciencesInstituto de EcologíaUniversidad Nacional Autónoma de MéxicoEmail: [email protected] Interests: Línea de investigación: Viral metagenomics. Metagenómica ViralProjects: Proyectos: Viral metagenomics in hydrothermal vents of Metagenómica viral en ventilas hidrotermales the Gulf of California for biotechnological del Golfo de California con fines applications. biotecnológicos. Comparative viral metagenomics in respiratory Metagenómica viral comparativa entre infectious disease. pacientes con IRAs y personas sanas. Isolation of Arbovirus from different Obtención de Arbovirus de distintas populations of mosquitoes in México. poblaciones de mosquitos en México.Recent Publications: 1. The CRISPR-Cas system in Enterobacteriaceae. Medina-Aparicio Liliana, Dávila Sonia, Rebollar-Flores Javier E, Calva Edmundo, Hernández-Lucas Ismael. Pathogens and Disease. 2018. 2. Electrostatic analysis of bacterial expansins. Pastor, N., Dávila, S., Pérez-Rueda, E., Segovia, L. and Martínez-Anaya, C. Proteins: Structure, Function and Bioinformatics. 2015. 3. Bacterial populations (First Record) at two shallow hydrothermal vents of the Mexican pacific west coast. Dávila Ramos Sonia, Estradas-Romero Alejandro, Prol-Ledesma Rosa María, Juárez-López Katy. Geomicrobiology Journal. 2014.
Verónica Lira Ruan, Ph.D. SNI IKaterina Lira RuanPlant physiology and developmental Laboratory / Laboratorio de fisiología ydesarrollo vegetalPh.D. in Biomedical SciencesUniversidad Nacional Autónoma de MéxicoEmail: [email protected] Interests: Línea de investigación: Nitric oxide synthesis and function in plant Estudio de la síntesis y las funciones del development. óxido nítrico en el desarrollo de las plantas. Moss-microorganism interactions. Interacciones de musgos con microorganismos.Projects: Proyectos: Analyze the nitric oxide (NO) production and its role in the moss Physcomitrella patens Análisis de la producción del óxido nítrico (NO) developmen. y análisis del papel del NO en el desarrollo del musgo Physcomitrella patens. Evaluation of Physcomitrella patens interaction with microorganisms from extreme ambients. Caracterización de las interacciones entre el musgo Physcomitrella patens y microorganismos provenientes de ambientes extremos.Recent Publications: 1. The first description of a hormone‐sensitive lipase from a basidiomycete: Structural insights and biochemical characterization revealed Bjerkandera adusta BaEstB as a novel esterase. Sánchez-Carbente MDR, Batista-García RA, Sánchez-Reyes A, Escudero-Garcia A, Morales-Herrera C, Cuervo-Soto LI, French-Pacheco L, Fernández-Silva A, Amero C, Castillo E, Folch-Mallol JL. Microbiology Open. 2017. 2. The nitric oxide production in the moss Physcomitrella patens is mediated by nitrate reductase. Medina- Andrés Rigoberto, Solano-Peralta Alejandro, Saucedo-Vázquez Juan Pablo, Napsucialy-Mendivil Selene, Pimentel-Cabrera Jaime Arturo, Sosa-Torres Martha Elena, Dubrovsky Joseph G., Lira-Ruan Verónica. PLoS ONE. 2015. 3. The root indeterminacy-to-determinacy developmental switch is operated through a folate-dependent pathway in Arabidopsis thaliana. Reyes-Hernández BJ1, Srivastava AC, Ugartechea-Chirino Y, Shishkova S, Ramos-Parra PA, Lira-Ruan V, Díaz de la Garza RI, Dong G, Moon JC, Blancaflor EB, Dubrovsky JG. New Phytologist. 2014.
Verónica Mercedes Narváez Padilla, Ph.D. SNI I Developmental Biology Laboratory / Laboratorio de Biología del Desarrollo Ph.D. in Developmental Biology National Institute for Medical Research University College London Email: [email protected] Interests: Línea de investigación: Búsqueda y análisis de genes que participan Screening and analysis of genes associated to en la sensibilidad a nicotina.nicotine addictionProjects: Proyectos: Multifunctional proteins and their role in the Proteínas multifuncionales y su papel en la regulation of gene expression. regulación de la expresión genética.Recent Publications: 1. Adrenergic ligands that block oviposition in the cattle tick Rhipicephalus microplus affect ovary contraction. Cossío-Bayúgar R, Miranda-Miranda E, Fernández-Rubalcaba M, Narváez Padilla V, Reynaud E. Scientific Reports. 2015. 2. Commercial Bombus impatiens as reservoirs of emerging infectious diseases in central México. Bernardo Sachman-Ruiz, Verónica Narváez-Padilla, Enrique Reynaud. Biol Invasions. 2015. 3. The Esg gene is involved in nicotine sensitivity in Drosophila melanogaster. Sanchez-Díaz, I., Rosales- Bravo, F., Reyes-Taboada, J. L., Covarrubias, A. A., Narvaez-Padilla, V., & Reynaud, E. PLoS ONE. 2015.
TÉCNICOS ACADÉMICOS Dr. Agustín Reyes Pérez Lic. Óscar Ramírez Pliego Developmental Biology Cellular Immunology Laboratory / Laboratorio de Laboratory / Laboratorio de Biología del Desarrollo. Inmunología Celular.Lic. Ana María González Jaimes Mtra. Silvia Grisel Ballesteros Hernández Human Glycobiology and MolecularDiagnostics Laboratory / Laboratorio de Molecular Virology Laboratory / Laboratorio de Virología Glicobiología Humana y Diagnóstico Molecular. Molecular. Dra. Roberta Salinas Marín Mtra. Angélica Ortega García Human Glycobiology and Molecular Plant physiology and Diagnostics Laboratory / developmental Laboratory / Laboratorio de fisiología y Laboratorio de Glicobiología Humana y Diagnóstico Molecular. desarrollo vegetal.
Avenida Universidad No. 1001, Colonia Chamilpa, Cuernavaca, Morelos, México. C.P. 62209 777-3-29-70-00 ext. 3695 [email protected] www.cidc.uaem.mx Centro de Investigación en Dinámica Celular-UAEM
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