CIDC

The aim of the Cell Dynamics Research Center El objetivo del Centro de Investigación en Dinámica(Centro de Investigación en Dinámica Celular- CIDC) Celular (CIDC) es innovar nuestra comprensión deis to innovate our understanding of living organisms los seres vivos a través de la investigación científicathrough inter - and multidisciplinary scientific inter - y multidisciplinar, enfocándose en estrategiasresearch that focuses on molecular, cellular and de biología molecular, celular y de sistemas, quesystems biology approaches, that allow us to nos permiten integrar el estudio de la dinámicaintegrate cellular dynamics. This approach gives us a celular. Este enfoque nos da un conocimientoholistic knowledge of physiological and pathological integral de los procesos fisiológicos y patológicos yprocesses and a greater potential to find applied un mayor potencial para encontrar solucionessolutions to complex biological challenges. aplicadas a los problemas biológicos complejos.We want to advance our society by developing a Queremos mejorar nuestra sociedad mediante elproductive synergy between basic and applied desarrollo de una sinergia productiva entre lascience that can be the foundation of solid strategies ciencia básica y aplicada que puede ser la base deto solve problems that are affecting our quality of life. estrategias sólidas para resolver los problemas queWe take into account that to accomplish this we must afectan nuestra calidad de vida. Tenemos en cuentahave a strong global network with academic que para lograr esto debemos tener una fuerteinstitutions, governments and the private sector. conexión global con instituciones académicas, gobiernos y sector privado.In the CIDC we have a strong background andcommitment in the training of highly skilled En el CIDC tenemos una gran experiencia yundergraduate and graduate human resources, compromiso en la formación de alumnos altamentenational and foreign, that acquire specialized calificados, nacionales y extranjeros, de pregrado yknowledge and abilities in the study of cellular posgrado, en el estudio de la dinámica celular.dynamics.



INDICADORES 2016 DEL CENTRO DE INVESTIGACIÓN EN DINÁMICA CELULAR

CUERPOS ACADÉMICOS  Carlos Daniel Amero Tello (Centro de Investigaciones Químicas)  Sonia Dávila Ramos (CIDC)CA-26: Regulación de la Respuesta  José Fermín Díaz Escudero (CIDC)Inmune en Infección y Autoinmunidad.  Ramón Antonio González García Conde (CIDC)(Consolidado)  Armando Hernández Mendoza (CIDC)  Lina Andrea Rivillas Acevedo (CIDC)  Verónica Mercedes Narváez Padilla (CIDC)  Raúl Peralta Rodríguez (CIDC)  Carmen Nina Pastor Colón (CIDC)  Fernando Roger Esquivel Guadarrama (Facultad de Medicina)  Judith González Christen (Facultad de Farmacia)CA-40: Regulación de la Expresión  Iván Martínez Duncker Ramírez (CIDC)Genética.  José Luis Montiel Hernández (Facultad de Farmacia)(En consolidación)  Gabriela Rosas Salgado (Facultad de Medicina)  Mario Ernesto Cruz Muñoz (Facultad de Medicina)  María Angélica Santana Calderón (CIDC)  Vicente Emilio Carapia Ruiz (Escuela de Estudios Superiores de Xalostoc)CA-93: Biotecnología y Agricultura  Gregorio Bahena Delgado (Escuela de Estudios SuperioresSustentable. de Xalostoc)(En consolidación)  Antonio Castillo Gutiérrez (Escuela de Estudios Superiores de Xalostoc)  María Eugenia Núñez Valdez (CIDC)  Ramón Alberto Batista García (CIDC)  Luis Caspeta Guadarrama (Centro de Investigaciones enCA-151: Biotecnología de Plantas y Biotecnología)Microorganismos.  Jorge Luis Folch Mallol ( Centro de Investigaciones en(Consolidado) Biotecnología)  Verónica Lira Ruan (CIDC)  María del Rayo Sánchez Carbente ( Centro de Investigaciones en Biotecnología)

Red Mexicana de Virología- CONACYT  Dr. Ramón González García Condehttp://www.redvirologia.org/ Miembro Consejo Técnico AcadémicoRed Glicociencia en Salud- CONACYT  Dr. Iván Martínez Duncker Ramírezhttp://red-glico.org/ Miembro InvestigadorRed Estructura Función y Evolución de Proteínas-  Dr. Iván Martínez Duncker RamírezCONACYT Responsable Técnicohttp://www.redproteinas.org/  Dr. Ramón González García CondeRed Inmunología Molecular de Virus- PRODEP Miembro Investigador  Dra. Carmen Nina Pastor Colón Miembro Investigador  Dr. Nelson Avonce Vergara Miembro Investigador  Dra. Carmen Nina Pastor Colón Miembro Consejo Técnico Académico  Dra. Carmen Nina Pastor Colón Miembro Investigador  Dr. Ramón González García Conde Miembro Investigador  Dra. María Angélica Santana Calderón Miembro Investigador  Dr. Iván Martínez Duncker Ramírez Miembro Investigador  Dr. Raúl Peralta Rodríguez Miembro Investigador  Dra. Verónica Mercedes Narváez Padilla Miembro Investigador  Dr. Lina Andrea Rivillas Acevedo Miembro Investigador  Dr. Armando Hernández Mendoza Miembro Investigador  Dr. José Fermín Díaz Escudero Miembro Investigador  Dra. Sonia Dávila Ramos Miembro Investigador

Armando Hernández Mendoza, Ph.D.Evolutionary Bioinformatics Laboratory / Laboratorio de Bioinformática Evolutivahttps://www.researchgate.net/profile/Armando_Hernandez_Mendozahttps://scholar.google.com.mx/citations?user=0uXYQlAAAAAJ&hl=esPh.D. in Biochemical SciencesInstituto de BiotecnologíaUniversidad Nacional Autónoma de México.Email: [email protected] Interests: Línea de investigación:  Applied bioinformatics in structural, functional  Análisis Bioinformático aplicado a la and comparative genomics. Genómica Estructural y Funcional Genómica comparativa.Projects: Proyectos:  Bioinformatic analysis of massive sequencing of DNA and RNA from different model  Análisis bioinformáticos de secuenciación organisms. masiva de DNA y RNA en diversos  Assembly, annotation and comparative organismos modelo. studies of bacterial genomes.  Ensamblado, anotación y comparación de genomas bacterianos.Recent publications:1. Ariel O. Galindo-Albarrán, Aurélie Bergon, Béatrice Loriodb-d, Hélène Holota, Jean Imbert, Oscar H. López-Portales, Otoniel Rodríguez-Jorge, José Antonio Sánchez Villanueva, Darely Y. Gutiérrez-Reyna, Oscar Ramírez Pliego, Alfonso Valencia, Enrique Armando Carrillo, Hernández-Mendoza, Pierre Ferrier, Salvatore Spicuglia, M. Angélica Santana, Human neonatal CD8 T cells are biased towards innate immunity defense mechanisms. Cell Reports. 2016 17: 2151-21602. Hidalgo P, Anzures L, Hernández-Mendoza A, Guerrero A, Wood CD, Valdés M, Dobner T, Gonzalez RA. Morphological, Biochemical, and Functional Study of Viral Replication Compartments Isolated from Adenovirus-Infected Cells . J Virol. 2016 Jan 13;90(7):3411-27. doi: 10.1128/JVI.00033-16. PubMed PMID: 26764008; PubMed Central PMCID: PMC4794690.3. Garcia-Segura L, Abreu-Goodger C, Hernandez-Mendoza A, Dimitrova Dinkova TD, Padilla-Noriega L, Perez-Andrade ME, Miranda-Rios J. High- Throughput Profiling of Caenorhabditis elegans Starvation-Responsive microRNAs . PLoS One. 2015 Nov 10;10(11):e0142262. doi:10.1371/journal.pone.0142262. eCollection 2015. PubMed PMID: 26554708; PubMed Central PMCID: PMC4640506.4. Martínez-Ocampo F, Lozano-Aguirre Beltrán LF, Hernández-Mendoza A, Rojas-Espinoza LE, Popoca-Ursino EC, Ortiz-Hernández ML, Sánchez- Salinas E, Ramos Quintana F, Dantán-González E. Burkholderia cenocepacia Strain CEIB S5-1, a Rhizosphere-Inhabiting Bacterium with Potential in Bioremediation . Genome Announc. 2015 Mar 5;3(2). pii: e00056-15. doi: 10.1128/genomeA.00056-15. PubMed PMID: 25744996; PubMed Central PMCID: PMC4358383.5. Quiroz-Castañeda RE, Mendoza-Mejía A, Obregón-Barboza V, Martínez-Ocampo F, Hernández-Mendoza A, Martínez-Garduño F, Guillén-Solís G, Sánchez-Rodríguez F, Peña-Chora G, Ortíz-Hernández L, Gaytán-Colín P, Dantán-González E. Identification of a new Alcaligenes faecalis strain MOR02 and assessment of its toxicity and pathogenicity to insects . Biomed Res Int. 2015;2015:570243. doi: 10.1155/2015/570243. Epub 2015 Jan 18. PubMed PMID: 25667924; PubMed Central PMCID: PMC4312618.6. Hernández-Mendoza A, Lozano-Aguirre Beltrán LF, Martínez-Ocampo F, Quiroz-Castañeda RE, Dantán-González E. A Newly Sequenced Alcaligenes faecalis Strain: Implications for Novel Temporal Symbiotic Relationships . Genome Announc. 2014 Dec 24;2(6). pii: e01246-14. doi: 10.1128/genomeA.01246-14. PubMed PMID: 25540337; PubMed Central PMCID: PMC4276815.7. Hernández-Mendoza A, Martínez-Ocampo F, Lozano-Aguirre Beltrán LF, Popoca-Ursino EC, Ortiz-Hernández L, Sánchez-Salinas E, Dantán-González E. Draft Genome Sequence of the Organophosphorus Compound-Degrading Burkholderia zhejiangensis Strain CEIB S4-3 . Genome Announc. 2014 Dec 18;2(6). pii: e01323-14. doi: 10.1128/genomeA.01323-14. PubMed PMID: 25523778; PubMed Central PMCID: PMC4271168.

Carmen Nina Pastor Colón, Ph.D.Laboratorio de Dinámica de Proteínas y Ácidos Nucleicos / Protein and Nucleic AcidDynamics Laboratoryhttps://www.researchgate.net/profile/Nina_Pastorhttps://scholar.google.com/citations?user=D85LBTYAAAAJPh.D. in BiomedicineCUNY, Mount Sinai School of Medicine, USAEmail: [email protected] Interests: Líneas de investigación:  Functional and anomalous protein dynamics.  Dinámica funcional y anómala de proteínas.  Molecular recognition.  Reconocimiento molecular.Projects: Proyectos:  Computational modeling of the folding pathways of  Caracterización computacional del plegamiento de models of light chain amyloidosis. modelos de amiloidosis de cadena ligera.  Multifunctional proteins and their role in gene  Proteínas multifuncionales y su papel en la regulación de expression. la expresión genética.  Structural, dynamic and evolutionary analysis of cell  Análisis estructural, dinámico y evolutivo de enzimas que wall degrading enzymes. degradan la pared celular.  Antiviral and antiparasitic drug prospection.  Prospección de fármacos antivirales y antiparasitarios.Recent publications: 1. Laura Marina Robles et al., “Structure-function studies of the alpha pheromone receptor from yeast,” TIP 20, no. 1 (2017): 16–26, doi:10.1016/j.recqb.2016.11.002. 2. Iris N. Serratos, et al. “Early Expression of the Receptor for Advanced Glycation End Products in a Toxic Model Produced by 6- Hydroxydopamine in the Rat Striatum,” Chemico-Biological Interactions, 2016, doi:10.1016/j.cbi.2016.02.014. 3. Angel E. Pelaez-Aguilar et al., “Inhibition of Light Chain 6aJL2-R24G Amyloid Fiber Formation Associated with Light Chain Amyloidosis,” Biochemistry, 2015, doi:10.1021/acs.biochem.5b00288. 4. Iris N. Serratos et al., “Modeling the Interaction between Quinolinate and the Receptor for Advanced Glycation End Products (RAGE): Relevance for Early Neuropathological Processes,” PLoS ONE, 2015, doi:10.1371/journal.pone.0120221. 5. Nina Pastor and Carlos Amero, “Information Flow and Protein Dynamics: The Interplay between Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy and Molecular Dynamics Simulations,” 2015, doi:10.3389/fpls.2015.00306. 6. Nina Pastor et al., “Electrostatic Analysis of Bacterial Expansins,” Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, 2015, doi:10.1002/prot.24718. 7. Laura I. Cuervo-Soto et al., “Identification of a Novel Carbohydrate Esterase from Bjerkandera Adusta: Structural and Function Predictions through Bioinformatics Analysis and Molecular Modeling,” Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, 2015, doi:10.1002/prot.24760. 8. Miguel Olarte-Lozano et al., “PcExl1 a Novel Acid Expansin-like Protein from the Plant Pathogen Pectobacterium Carotovorum, Binds Cell Walls Differently to BsEXLX1,” PLoS ONE, 2014, doi:10.1371/journal.pone.0095638. 9. Ramón Alberto Batista-García et al., “A Novel TctA Citrate Transporter from an Activated Sludge Metagenome: Structural and Mechanistic Predictions for the TTT Family,” Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, 2014, doi:10.1002/prot.24529.

Iván Martínez-Duncker Ramírez, MD. Sc.D.Human Glycobiology and Molecular Diagnostics Laboratory / Laboratorio deGlicobiología Humana y Diagnóstico Molecularhttps://www.researchgate.net/profile/Ivan_Martinez_Duncker2https://scholar.google.com/citations?user=9pVhT38AAAAJ&hl=enM.D. Escuela Médico MilitarSc.D. HematologyÉcole Practique Des Hautes Études, FranceEmail: [email protected] Interests: Línea de investigación:  Glycoscience in the immune response and viral  Glicobiología de la respuesta inmune y de las infections. infecciones virales.Projects: Proyectos:  Regulation of CMP-Sialic acid transport in the  Dinámica del ácido siálico en la activación de Golgi. las células T.  Sialic acid dynamics in T cell activation.  Alteraciones en la glicosilación inducidas por  Glycosylation changes induced by viral infecciones virales y cáncer. infection and cancer.  Diagnóstico e investigación de los desórdenes  Diagnosis and research of Congenital congénitos de glicosilación. Disorders of Glycosylation.  ID Humana.  Human ID.Recent publications: 1. Salinas-Marín, R., Mollicone, R. & Martínez-Duncker, I. A functional splice variant of the human Golgi CMP-sialic acid transporter. Glycoconj J (2016) 33: 897. doi:10.1007/s10719-016-9697-8 2. Villanueva-Cabello, T. M., Martinez-Duncker, I. Preparation of CD4+ T Cells for Analysis of GD3 and GD2 Ganglioside Membrane Expression by Microscopy. J. Vis. Exp. (117), e54569, doi: 10.3791/54569 (2016). 3. Villanueva-Cabello TM., Mollicone R., Cruz Muñoz ME., López-Guerrero DV., Martínez-Duncker I. Activation of human naïve Th cells increases surface expression of GD3 and induces neoexpression of GD2 that colocalize with TCR clusters. Glycobiology 2015. 4. Iván Martínez-Duncker, Diana F. Díaz-Jimenez, and Héctor M. Mora-Montes, “Comparative Analysis of Protein Glycosylation Pathways in Humans and the Fungal Pathogen Candida Albicans,” International Journal of Microbiology, 2014, doi:10.1155/2014/267497. 5. D. Bahena-Bahena , J. López-Valdez , K. Raymond, R. Salinas-Marín, A. Ortega-García, B.G. Ng, H.H. Freeze, M. Ruíz-García , I. Martínez-Duncker. ATP6V0A2 mutations present in two MexicaN Mestizo children with an autosomal recessive cutis laxa syndrome type IIA. Molecular Genetics and Metabolism Reports Vol. 1:203-212 2014. 6. Iván Martínez-Duncker and Joe Tiralongo, “Sialobiology: Structure, Biosynthesis and Function Sialic Acid Glycoconjugates in Health and Disease”, 2013, doi: 10.2174/97816080538651130101.

José Díaz Escudero, Doctor en Ciencias (Biofísica)Dynamics of gene networks lab / Laboratorio de dinámica de redes genéticasDoctor en Ciencias (Biofísica)Universidad Autónoma del Estado de MorelosEmail: [email protected], [email protected] Interests: Línea de investigación: Dynamics of regulatory gene networks  Dinámica de redes genéticas regulatoriasProjects: Proyectos: Dynamics of viral genetic networks.  Dinámica de redes genéticas virales. Dynamics of the genetic network of insuline  Dinámica de la red genética de respuesta a insulina. response.  Dinámica de la red genética del centro Dynamics of the genetic network of the quiescente de la raíz de Arabidopsis thaliana. quiescent center of the Arabidopsis thaliana  Teoría de la información y redes genéticas. root. Theory of information and genetic networks.Recent Publications: 1. Antonio Bensussen and José Díaz (2015). Dynamical Aspects of Apoptosis en “Evolution of Ionizing Radiation Research\",” Intech, Croacia. 2. Zaynab Mousavian, José Díaz, and Ali Masoudi-Nejad (2015) “Information Theory in Systems Biology: Protein-Protein Interaction and Signaling Networks.,” Seminars in Cell & Developmental Biology, doi:10.1016/j.semcdb..12.006. 3. Verónica Narváez-Padilla and José Díaz (2012) Calcium transients and gene expression during the MBT stage of Xenopus Trends in Developmental Biology 6, 85-111

Lina Rivillas Acevedo, Ph.D. https://www.researchgate.net/profile/Lina_Rivillas-Acevedo2 https://scholar.google.com.mx/citations?user=RiQqKhEAAAAJ&hl=es Ph.D. in Biomedical Sciencies Universidad Nacional Autónoma de México Email: [email protected] Interests: Línea de investigación:  Spectroscopy.  Bioquímica.  Biochemistry.  Espectroscopía.  Peptide synthesis.  Síntesis de péptidos.Projects: Proyectos:  Spectroscopic study of the interaction of the  Estudio espectroscópico de la interacción de la gamma D-crystalline with peptide fragments of gama D- cristalina con fragmentos peptídicos crystallines.  Cu(II) effect on 6aJL2 aggregation. de cristalinas.  Spectroscopic characterization of At-LEA4-5  Estudio del papel del Cu(II) en la agregación interaction with metal ions. de 6aJL2.  Caracterización espectroscópica de la interacción de At-LEA4-5 con iones metálicos.Recent Publications: 1. Liliana Quintanar, José Dominguez, Eugene Serebryany, Lina Rivillas-Acevedo, et al. “Copper and zinc ions specifically promote nonamyloid aggregation of the highly stable human gamma-D crystallin”. ACS Chemical Biology, 2016, DOI: 10.1021/acschembio.5b00919 2. Trinidad Arcos-López, Munzarin Mayyum, Lina Rivillas-Acevedo, et al. “Spectroscopic and theoretical study of Cu(I) binding to His111 in the human prion protein fragment 106-115. Inorganic Chemistry, 2016, DOI: 10.1021/acs.inorgchem.5b02794 3. Angel Pelaez-Aguilar, Lina Rivillas-Acevedo, et al. “Inhibition of light chain 6aJL2-R24G amyloid fiber formation associated with light chain amyloidosis” Biochemistry, 2015. DOI:10.1021/acs.biochem.5b00288. 4. Lina Rivillas-Acevedo et al., “Structural Basis for the Inhibition of Truncated Islet Amyloid Polypeptide Aggregation by Cu(II): Insights into the Bioinorganic Chemistry of Type II Diabetes,” Inorganic Chemistry, 2015, doi:10.1021/ic502945k. 5. Marquiza Sablón-Carrazana et al., “Drug Development in Conformational Diseases: A Novel Family of Chemical Chaperones That Bind and Stabilise Several Polymorphic Amyloid Structures,” PLoS ONE, 2015, doi:10.1371/journal.pone.0135292.

María Angélica Santana Calderón, Ph.D.Cellular Immunology Laboratory / Laboratorio de Inmunología Celularhttps://www.researchgate.net/profile/Angelica_SantanaPh.D. in Molecular and Cellular BiologyUniversité Louis Pasteur, Strasbourg, FranceEmail: [email protected],Research Interests: Línea de investigación:  Cell differentiation of T cells and cytokine balance in  Diferenciación celular de Linfocitos T y balance de response to co-receptor molecules. citocinas en respuesta a moléculas correceptoras.  Characterization of the immune response in neonates.  Caracterización de la respuesta inmune de neonatos.Projects: Proyectos:  Viral Immunology network. Modulation of the immune  Red de Inmunología Viral. Modulación de la respuesta response by viral proteins. inmune por proteínas virales.  Importance of the wnt/ ß -catenin pathway in neonatal  Importancia de la vía de wnt/ ß -catenina en células CD8 CD8 cells. neonatales.  Evaluate the function of the wtn/ß-catenin signaling  Evaluar el funcionamiento de la vía de señalización a pathway in neonatal T CD8 lymphocytes and its role in través de wtn/ß-catenina en linfocitos T CD8 neonatales y the life, proliferation and effector functions of neonatal evaluar el efecto de esta vía en la vida, proliferación y and adult T CD8 lymphocytes. funciones efectoras de células T CD8 de neonatos y adultos humanos.  Epigenetic regulation during activation and differentiation of lymphocytes.  Regulación epigenética durante la activación y diferenciación de linfocitos.  Participation of CBP and p300 associated to ßcatenin in the low effector functions of neonatal T cells and possible  Participación de CBP y p300 asociados a ßcatenina en las acquisition of these functions with combined signals of bajas funciones efectoras de células T neonatales y the TCR and TLR5. posible adquisición de estas funciones con señales combinadas del TCR y TLR5.Recent Publications: 1. Ariel O. Galindo-Albarrán, Aurélie Bergon, Béatrice Loriodb-d, Hélène Holota, Jean Imbert, Oscar H. López-Portales, Otoniel Rodríguez-Jorge, José Antonio Sánchez Villanueva, Darely Y. Gutiérrez-Reyna, Oscar Ramírez Pliego, Alfonso Valencia, Enrique Armando Carrillo, Hernández- Mendoza, Pierre Ferrier, Salvatore Spicuglia, M. Angélica Santana, Human neonatal CD8 T cells are biased towards innate immunity defense mechanisms. Cell Reports. 2016 17: 2151-2160. 2. Pierre Cauchy, Muhammad A Maqbool, Joaquin Zacarias-Cabeza, Laurent Vanhille, Frederic Koch, Romain Fenouil, Marta Gut, Ivo Gut, Maria A Santana, Aurélien Griffon,Jean Imbert, Carolina Moraes-Cab, Jean-Christophe Bories, Pierre Ferrier, Salvatore Spicuglia, and Jean-Christophe Andrau. Dynamic recruitment of Ets1 to both nucleosome -occupied and -depleted enhancer regions mediates transcriptional program switch during early T-cell differentiation. Nucleic Acids Research 2016 144 (8) 3567-3585. 3. D. Rosales-Martinez, L. Gutierrez-Xicotencatl, O. Badillo-Godinez, D. Lopez-Guerrero A. Santana-Calderon, R. Cortez-Gomez, O. Ramirez- Pliego, F. Esquivel-Guadarrama Rotavirus activates dendritic cells derived from umbilical cord blood Monocytes. Microbial Pathogenesis 2016 99: 162-172. 4. Rodríguez Jorge, O., Santana, M.A. 2015 Recent insights in T cell activation and differentiation, 14 pp. en Recent Trends In Immunology. Editor Shabir Ahmad Mir Editorial SM Group. ISBN:978-0-9962745-4-8. 5. Pierre Cauchy et al., “Dynamic Recruitment of Ets1 to Both Nucleosome-Occupied and -Depleted Enhancer Regions Mediates a Transcriptional Program Switch during Early T-Cell Differentiation,” Nucleic Acids Research, 2015, doi:10.1093/nar/gkv1475. 6. A. O. Galindo-Albarrán et al., “CD43 Signals Prepare Human T Cells to Receive Cytokine Differentiation Signals,” Journal of Cellular Physiology, 2014, doi:10.1002/jcp.24430.

María Eugenia Núñez, Ph.D.Molecular Bacterial Pathogenicity Laboratory / Laboratorio de Patogenicidad MolecularBacterianahttps://www.researchgate.net/profile/Maria_Nunez-ValdezPh.D. in Cellular and Molecular BiologyUniversity of Canterbury, New ZelandEmail: [email protected] Interests: Línea de investigación:  Molecular pathogenicity of bacteria.  Patogenicidad Molecular de Bacterias.Projects: Proyectos:  Molecular pathogenicity and virulence  Patogenicidad molecular y factores de virulencia de la cepa mexicana Serratia factors of the mexican strain of Serratia entomophila Mor4.1, bacteria patógena entomophila Mor4.1, a bacterial pathogen of hacia larvas de Scarabaeidae (Coleoptera) Scarabaeidae (Coleoptera) larvae of de importancia agrícola: un enfoque agricultural interest: a genomic approach. genómico.  Cytotoxic activity of cell-free culture broths  Actividad citotóxica de sobrenadantes de from Serratia spp towards human cancer cell cultivo de cepas de Serratia spp hacia lines. líneas celulares de canceres humanos.Recent Publications: 1. Cervantes-Adame, y. F., Castllo-Gutiérrez, A., Carapia-Ruíz, V.E., Andrade-Rodriguez, M., Nuñez-Valdez, M. E., Villegas-Torres, O. G., Perdomo-Roldán, F., Suárez-Rodríguez, R., López-Santillan, J. A. (2016) Variabilidad genética y asociación morfológica entre poblaciones nativas de maíz y sus cruzas F1. Revista Mexicana de Ciencias Agrícolas, 7 (8):1919-1931. ISSN 2007-9230. 2. Rebolloza-Hernández, H., Castllo-Gutiérrez, A., Carapia-Ruíz, V.E., Andrade-Rodriguez, M., Villegas-Torres, O. G., Nuñez-Valdez, M.E., Suárez-Rodríguez, R., Perdomo-Roldán, F. (2016) Estimación de parámetros genéticos y selección de líneas S1 en una población segregante de maíz tropical. Revista Mexicana de Ciencias Agrícolas, 7 (8), 1893-1904. 3. ISSN 2007-9230. 4. Pineda-Castellanos, et al., Pathogenicity of isolates of Serratia marcescens towards larvae of the scarab Phyllophaga blanchardi (Coleoptera), Pathogens, 2015, doi: 10.3390/pathogens4020210. 5. Rodríguez-Segura, et al., “The Lipopolysaccharide Biosynthesis Core of the Mexican Pathogenic Strain Serratia Entomophila Is Associated with Toxicity to Larvae of Phyllophaga Blanchardi,” Journal of Invertebrate Pathology, 2012, doi:10.1016/j.jip.2012.01.008.

Nelson Avonce Vergara, Ph.D.https://www.researchgate.net/profile/Nelson_AvoncePh.D. in Biochemical SciencesInstituto de BiotecnologíaUniversidad Nacional Autónoma de MéxicoEmail: [email protected] Interests: Línea de Investigación:  Role of trehalose metabolism in the growth and  Papel del metabolismo de trehalosa en el development of plants. crecimiento y desarrollo de plantas  Production of heterologous proteins in the moss  Producción de proteínas heterólogas en el musgo Physcomitrella patens. Physcomitrella patens.Projects: Proyectos:  The moss Physcomitrella patens as a plant model  El musgo Physcomitrella patens como planta for expression of heterologous proteins of medical modelo para la expresión de proteínas heterólogas interest and proteins with cell markers functions. de interés médico y proteínas con funciones de  Metabolic role of trehalose and trehalose 6- marcadores celulares. phosphate in the regulation of growth and  Papel del metabolismo de trehalosa y trehalosa 6 development in plants. fosfato en la regulación del crecimiento y desarrollo en plantas.Recent Publications: 1. Suzana Pampurova et al., “Functional Screening of a cDNA Library from the Desiccation-Tolerant Plant Selaginella Lepidophylla in Yeast Mutants Identifies Trehalose Biosynthesis Genes of Plant and Microbial Origin,” Journal of Plant Research, 2014, doi:10.1007/s10265-014-0663-x. 2. Benjamín Hernández-Campuzano et al., “Una Mutante de Arabidopsis Thaliana Por Inserción de T-DNA Es Insensible a Azúcares Y Tolerante Al Estrés Abiótico,” n.d. 2014. 3. Júlio César et al., “Metabolic Engineering of Kluyveromyces Lactis for L-Ascorbic Acid (Vitamin C) Biosynthesis,” Microbial Cell Factories 12 (2013): 1, doi:10.1186/1475-2859-12-59. 4. Hilde Van Houtte et al., “Overexpression of the Trehalase Gene AtTRE1 Leads to Increased Drought Stress Tolerance in Arabidopsis and Is Involved in Abscisic Acid-Induced Stomatal Closure 1[W][OA],” n.d., doi:10.1104/pp.112.211391. 2013.

Ramón Alberto Batista García, Ph.D.https://www.researchgate.net/profile/Ramon_Batista_Garciahttps://scholar.google.com.mx/citations?user=BOq83poAAAAJ&hl=esPh.D. in Science (Cellular and molecular biology)Facultad de CienciasUniversidad Autónoma del Estado de Morelos, MéxicoEmail: [email protected] Interests: Línea de investigación:  Molecular biology of fungi.  Biología molecular de hongos.  Molecular biology and biological applications of  Biología molecular y aplicaciones biológicas de extremophiles fungi. hongos extremófilos.  Omics approaches.  Estudios globales ómicos.Projects: Proyectos:  Molecular physiology of halophilic fungi.  Transcriptomic analysis of halophilic fungi.  Fisiología molecular de hongos halófilos.  Structural analysis of amorphogenic proteins.  Análisis transcriptómico de hongos halófilos.  Degradation of xenobiotics by extremophile fungi.  Análisis estructural de proteínas amorfogénicas.  Metagenomics of extreme environments.  Degradación de xenobióticos por hongos  Biofertilizers with psychophilous organisms (yeasts). extremófilos.Recent Publications:  Metagenómica de ambientes extremos.  Biofertilizantes con organismos psicrófilos (levaduras).1. Batista-García, R. A., del Rayo Sánchez-Carbente, M., Talia, P., Jackson, S. A., O'Leary, N. D., Dobson, A. D. W. and Folch-Mallol, J. L. (2016), From lignocellulosic metagenomes to lignocellulolytic genes: trends, challenges and future prospects. Biofuels, Bioprod. Bioref., 10: 864–882. doi:10.1002/bbb.17092. Batista-García RA., et al. (2016) Prokaryotic diversity from the culture-independent taxonomic analysis of a sugarcane bagasse metagenome. Merti Research Journal of Microbiology and Biological Sciences. Vol. 4(1) pp. 022-038.3. Balcázar-López E, Méndez-Lorenzo LH, Batista-García RA., et al. (2016) Xenobiotic compounds degradation by heterologousexpression of a Trametes sanguineus laccase in Trichoderma atroviride. PloS ONE, 11(2), e0147997.4. Tovar-Herrera OE, Batista-García RA., et al. (2015) A novel expansin protein from the white-rot fungus Schizophyllum commune. PloS ONE, doi:10.1371/journal.pone.0122296.5. Cuervo-Soto L, Valdés-García, Batista-García RA., et el. (2015) Identification of a novel carbohydrate esterase from Bjerkandera adusta: structural and function predictions through bioinformatics analysis and molecular modeling. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 83(3), 533-546.6. Batista-García RA., et al.. (2014) Characterization of lignocellulolytic activities from a moderate halophile strain of Aspergillus caesiellus isolated from a sugarcane bagasse fermentation. PLoS ONE, doi:10.1371/journal.pone.0105893.7. Batista-García RA., et al. (2014). A novel TctA citrate transporter from an activated sludge metagenome: Structural and mechanisticpredictions for the TTT family. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 82(9), 1756-1764.

Ramón A. González García Conde, Ph.D.Molecular Virology Laboratory / Laboratorio de Virología MolecularPh.D. in Basic Biomedical ResearchInstituto de BiotecnologíaUniversidad Nacional Autónoma de MéxicoEmail: [email protected] Interests: Línea de investigación:  Postranscriptional regulation of viral and cellular gene  Regulación postranscripcional de la expresión de expression in adenovirus infected cells. genes virales y celulares, en células infectadas por adenovirus.Projects: Proyectos:  Role of phoshporylation and sumoylation of adenoviral protein E1B 55K, in the regulation of viral and cellular  Papel de la fosforilación y la sumoilación de la proteína genes, during the replication cycle of adenovirus. adenoviral E1B 55K, en la regulación de genes virales y celulares, durante el ciclo de replicación de  Effect of Adenovirus 36 infection in the differentiation adenovirus. and proliferation of human pre-adipocytes as a cause of obesity.  Efecto de la infección con adenovirus 36 sobre la diferenciación y proliferación de preadipocitos  Viral Immunology network. Modulation of the immune humanos como una causa de la obesidad. response by viral proteins.  Red de Inmunología Viral. Modulación de la respuesta  Mexican Virology Network. inmune por proteínas virales.  Red Mexicana de Virología.Recent Publications: 1. Yasel Garcés, Adán Guerrero, Paloma Hidalgo, Raul Eduardo López, Christopher D. Wood, Ramón A. Gonzalez and Juan Manuel Rendón-Mancha. Automatic detection and measurement of viral replication compartments by ellipse adjustment. 2016. Scientific Reports 6, Article number: 36505 doi:10.1038/srep36505. 2. Haydee O. Hernández, Paloma Hidalgo, Christopher D. Wood, Ramón González, Adán Guerrero. Parallelizing the Bayesian Analysis of Blinking and Bleaching for Super-Resolution Microscopy. 2016. In: High Performance Computer Applications. Communications in Computer and Information Science Vol 595: pp 356-366. 3. Muñoz-Yáñez C, Pérez-Morales R, Moreno-Macías H, Calleros-Rincón E, Ballesteros G, González R.A. and Espinosa J. Polymorphisms FTO rs9939609, PPARG rs1801282 and ADIPOQ rs4632532 and rs182052 but not lifestyle are associated with obesity related-traits in Mexican children. 2016. Genetics and Molecular Biology. Jul 14. pii: S1415-47572016005007103. doi: 10.1590/1678-4685-GMB-2015-0267. 4. Paloma Hidalgo, Lourdes Anzures, Armando Hernández-Mendoza, Adán Guerrero, Christopher Wood, Margarita Valdes, Thomas Dobner, and Ramon A. Gonzalez. Morphological, biochemical and functional study of viral replication compartments isolated from adenovirus-infected cells. 2016. Journal of Virology. 90:3411-3427. ISSN: 1098-5514 5. Paloma Hidalgo and Ramon A. Gonzalez. Isolation of Viral Replication Compartment-Enriched Sub-Nuclear Fractions from Adenovirus-Infected Normal Human Cells. 2015. JoVE. Nov 12;(105). ISSN: 1940-087X 6. Elizabeth Castillo-Villanueva, Grisel Ballesteros, Melanie Schmid, Paloma Hidalgo, Sabrina Scheiner, Thomas Dobner and Ramón A. Gonzalez. The Mre11 cellular protein is modified by conjugation of SUMO-1 and SUMO-2/3 during adenovirus infection. 2014. ISRN Virology. Volume 2014, Article ID 989160. ISSN: 2090-8814. 7. Schmid M, Speiseder T, Dobner T, Gonzalez RA. DNA Virus Replication Compartments. 2014. Journal of Virology. 88:1404-1420. ISSN: 1098-5514.

Raúl Arredondo Peter, Ph.D.Biophysics and Molecular Biology / Laboratorio de Biofísica y Biología Molecularhttps://www.researchgate.net/researcher/38738154_Raul_Arredondo-Peterhttps://scholar.google.com.mx/citations?view_op=search_authors&mauthors=raul+arredondo+peter+&hl=es&oi=aoPh.D. in Sciences (Biology)Universidad Nacional Autónoma de MéxicoEmail: [email protected] Interests: Línea de investigación:  Evolution and function of plant hemoglobins and diazotrophic bacteria.  Evolución y función de las hemoglobinas de plantas y bacterias diazotróficas.Projects: Proyectos:  Genomic analysis of hemoglobins in diazotrophic  Análisis genómico de las hemoglobinas de bacterias bacteria. diazotróficas.  Genomic analysis of corn hemoglobins.  Análisis genómico de las hemoglobinas del maíz.  Genomic analysis of plants from the Phaseoleae Análisis genómico de plantas de la tribu Phaseoleae. tribe.Recent Publications: 1. Robert Hill, Mark Hargrove and Raúl Arredondo-Peter. (2016). Phytoglobin: a novel nomenclature for plant globins accepted by the globin community at the 2014 XVIII conference on Oxygen-Binding and Sensing Proteins. F1000Research. 5: 212 (doi: 10.12688/f1000research.8133.1). 2. Emma Álvarez-Salgado and Raúl Arredondo-Peter. (2015). Effect of the synthesis of rice non-symbiotic hemoglobins 1 and 2 in the recombinant Escherichia coli TB1 growth. F1000Research. 4: 1053 (doi: 10.12688/f1000research.7195.1). 3. Reinier Gesto-Borroto, Miriam Sánchez-Sánchez and Raúl Arredondo-Peter. (2015). A bioinformatics insight to rhizobial globins: gene identification and mapping, polypeptide sequence and phenetic analysis, and protein modeling. F1000Research. 4: 117 (doi: 10.12688/f1000research.6392.1). 4. Raúl Arredondo-Peter, Jose F. Moran and Gautam Sarath. (2014). Rice (Oryza) hemoglobins. F1000Research. 3: 253. 5. Roldán Roldán A., Berruecos Villalobos J.M., Arredondo-Peter R. and Valencia Méndez J. (2014). Use of RAPD method for detecting genetic polymorphisms in sheeps. Rvta. Fac. Agron. 31: 467-492. 6. Gustavo Rodríguez-Alonso and Raúl Arredondo-Peter. (2013). Variability of non-symbiotic and truncated hemoglobin genes from the genome of cultivated monocots. Comm. Integ. Biol. DOI: 10.4161/cib.27496. 7. Gopalasubramaniam S.K., Kondapalli K.C., Millán-Pacheco C., Pastor N., Stemmler T.L., Moran J.F. and R. Arredondo-Peter (2013). Soybean dihydrolipoamide dehydrogenase (ferric leghemoglobin reductase 2) interacts with and reduces ferric rice non-symbiotic hemoglobin 1. ScienceJet. 2: 33.

Raúl Peralta Rodríguez, Ph.D.https://www.researchgate.net/profile/Raul_Peralta-Rodriguezhttps://scholar.google.com/citations?user=0-ND4NAAAAAJ&hl=esPh.D. in Biomedicine and molecular BiotechnologyEscuela Nacional de Ciencias BiológicasInstituto Politécnico Nacional, MéxicoEmail: [email protected] Interests: Línea de investigación:  Infectious agents, carcinogenesis and  Agentes infecciosos, carcinogénesis y complexity. complejidad.Projects: Proyectos:  Epidemiological dynamics of human  Dinámica epidemiológica del virus de papilloma virus in the post-vaccination era. papiloma humano (VPH) en la era post-  Study of unexplored biological risk factors in vacunación. susceptibility to HPV infection.  Estudio de los factores de riesgo  Development of agent-based models for the biológicos no explorados en la study of biological complexity in cancer. susceptibilidad a la infección por VPH.  Desarrollo de modelos basados en agentes para el estudio de la complejidad biológica en cáncer.Recent Publications: 1. Raúl Peralta et al., “Global Stability Results in a SVIR Epidemic Model with Immunity Loss Rate Depending on the Vaccine-Age,” Abstract and Applied Analysis, 2015, doi:10.1155/2015/341854. 2. Raúl Peralta et al., “Carcinogénesis Y Complejidad,” Interdisciplina 3, no. 6 (2015): 63–82. 3. Raúl Peralta-Rodríguez et al., “Los Genes Del Cáncer,” Rev Med Inst Mex Seguro Soc 53, no. 2 (2015): 178–87. 4. Raúl Peralta, Cruz Vargas-De-León, Augusto Cabrera, and Pedro Miramontes, “Dynamics of High-Risk Nonvaccine Human Papillomavirus Types after Actual Vaccination Scheme,” Computational and Mathematical Methods in Medicine, vol. 2014, Article ID 542923, 8 pages, 2014. doi:10.1155/2014/542923

Sonia Dávila Ramos, Ph.D.Ph.D. in SciencesInstituto de EcologíaUniversidad Nacional Autónoma de MéxicoEmail: [email protected] Interests: Línea de investigación:  Viral metagenomics.  Metagenómica ViralProjects: Proyectos:  Viral metagenomics in hydrothermal vents of  Metagenómica viral en ventilas the Gulf of California for biotechnological hidrotermales del Golfo de California con applications. fines biotecnológicos.  Comparative viral metagenomics in  Metagenómica viral comparativa entre respiratory infectious disease. pacientes con IRAs y personas sanas.  Isolation of Arbovirus from different  Obtención de Arbovirus de distintas populations of mosquitoes in México. poblaciones de mosquitos en México.Recent Publications: 1. Pastor et al., “Electrostatic Analysis of Bacterial Expansins.” Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, 2015, doi:10.1002/prot.24718. 2. Sonia Dávila-Ramos et al., “Geomicrobiology Journal Bacterial Populations (First Record) at Two Shallow Hydrothermal Vents of the Mexican Pacific West Coast,” Geomicrobiology Journal, 2014, doi:10.1080/01490451.2014.980526.

Dra. Verónica Lira Ruan, Ph.D.Katerina Lira RuanPlant physiology and developmental Laboratory / Laboratorio de fisiología ydesarrollo vegetalhttps://www.researchgate.net/profile/Veronica_Lira-RuanPh.D. in Biomedical SciencesUniversidad Nacional Autónoma de MéxicoEmail: [email protected] Interests: Línea de investigación:  Nitric oxide synthesis and function in plant  Estudio de la síntesis y las funciones del development. óxido nítrico en el desarrollo de las plantas.  Moss-microorganism interactions.  Interacciones de musgos con microorganismos.Projects: Proyectos:  Analyze the nitric oxide (NO) production and its role in the moss Physcomitrella patens  Análisis de la producción del óxido nítrico (NO) developmen. y análisis del papel del NO en el desarrollo del musgo Physcomitrella patens.  Evaluation of Physcomitrella patens interaction with microorganisms from extreme ambients.  Caracterización de las interacciones entre el musgo Physcomitrella patens y microorganismos provenientes de ambientes extremos.Recent Publications: 1. Rigoberto Medina-Andrés et al., “The Nitric Oxide Production in the Moss Physcomitrella Patens Is Mediated by Nitrate Reductase,” PLoS ONE, 2015, doi:10.1371/journal.pone.0119400. 2. Cuervo-Soto et al., “Identification of a Novel Carbohydrate Esterase from Bjerkandera Adusta: Structural and Function Predictions through Bioinformatics Analysis and Molecular Modeling.” 2015. Proteins 83:533-546. 3. Blanca Jazmín Reyes-Hernández et al., “The Root Indeterminacy-to-Determinacy Developmental Switch Is Operated through a Folate- Dependent Pathway in Arabidopsis Thaliana,” New Phytologist, 2014, doi:10.1111/nph.12757. 4. Veronica Lira-Ruan, Selene Napsucialy Mendivil, and Joseph G Dubrovsky, “Heuristic Aspect of the Lateral Root Initiation Index: A Case Study of the Role of Nitric Oxide in Root Branching Ap Applicati Tions Ons,” Source: Applications in Plant Sciences Applications in Plant Sciences 1, no. 10 (2013), doi:10.3732/apps.1300029.

Dra. Verónica Mercedes Narváez Padilla, Ph.D. Developmental Biology Laboratory / Laboratorio de Biología del Desarrollo https://www.researchgate.net/profile/Veronica_Narvaez https://scholar.google.com/citations?user=ciV2KkcAAAAJ&hl=en Ph.D. in Developmental Biology National Institute for Medical Research University College London Email: [email protected] Interests: Línea de investigación: Screening and analysis of genes  Búsqueda y análisis de genes que participan en la sensibilidad a nicotina.associated to nicotine addictionProjects: Proyectos:  Proteínas multifuncionales y su papel en Multifunctional proteins and their role inthe regulation of gene expression. la regulación de la expresión genética.Recent Publications: 1. Raquel Cossío-Bayúgar et al., “Adrenergic Ligands That Block Oviposition in the Cattle Tick Rhipicephalus Microplus Affect Ovary Contraction,” Nature Publishing Group, 2015, doi:10.1038/srep15109. 2. Bernardo Sachman-Ruiz et al., “Commercial Bombus Impatiens as Reservoirs of Emerging Infectious Diseases in Central México,” Biol Invasions 17 (2015): 2043–53, doi:10.1007/s10530-015-0859-6. 3. Iván Sanchez-Díaz et al., “The Esg Gene Is Involved in Nicotine Sensitivity in Drosophila Melanogaster,” PLoS ONE, 2015, doi:10.1371/journal.pone.0133956.

Avenida Universidad No. 1001, Colonia Chamilpa, Cuernavaca, Morelos, México. C.P. 62209 777-3-29-70-00 ext. 3695 [email protected] www.cidc.uaem.mx Centro de Investigación en Dinámica Celular-UAEM