Biyokimya Slaytlari

21.09.2017 TİMİDİLAT OLUŞUMU Kemoterapötik ajanların etki mekanizması: Dihidrofolat Doğrudan Dolaylı redüktaz timidilat sentaz inhibisyonu dihidrofolat redüktaz inhibisyonu Metotreksat Timidilat sentazı inhibe eden Methotreksat moleküller enzimi irreversible Aminopterin Trimethoprim olarak inhibe ederler. Folik asid analogları 5-floroürasil 5-fluorodeoksiüridin β-Alanin β-Aminoizobütirat Lösemi ve Malonat Metilmalonat semialdehit Radyasyon semialdehit Metilmalonil-KoA maruziyeti sonucu idrar Malonil-KoA atılımı artar. • Gut Karnozin • X‟e bağlı resesif geçiş gösteren, hiperürisemi ile Anserin karakterize pürin katabolizmasının metabolik bir PÜRĠN VE PĠRĠMĠDĠN bozukluğudur. METABOLĠZMASI • PRPP sentetaz aktivitesinin yüksek olması veya BOZUKLUKLARI HGPRTaz’ın kısmi yetersizliği sonucu gelişir. • Pürin sentezi ve atılımı artmıştır. • Ürik asitin suda çözünürlülüğünün az olması nedeniyle eklemlerde biriken ürik asit gut artritine, böbreklerde ise taĢ oluĢumuna yol açar. 93

• Lesch-Nyhan sendromu 21.09.2017 • X‟e bağlı resesif geçiş gösterir ve von Giercke HGPRTaz’ın yokluğu sonucu gelişir. Glikoz-6-fosfataz eksikliği • Pürin sentezi ve atılımında artış Glikoz-6-fosfat artıĢı (hiperürisemi), kendi kendine zarar verme ile karakterizedir. Pentoz fosfat yolunda yığılım Riboz-5-fosfat ve PRPP’de artıĢ ArtmıĢ pürin biyosentezi • Ksantinüri • Adenozin deaminaz eksikliği • Ksantin oksidaz eksikliği sonucu • Ciddi kombine (T ve B hücre disfonksiyonu) hipoürisemi ve hipoksantin ve ksantinin immün yetmezlik vardır. artmış atılımı bulunur. • Kırmızı kürelerde dATP birikerek ribonükleotid redüktazı dolayısıyla DNA sentezini inhibe eder. • OR kalıtılır ve 2 yaşından önce infeksiyona bağlı ölüm gözlenir. • Allopürinol hangisinin sentezini inhibe • Lesh-Nyhan sendromunda eder? (2001-Eylül) aşağıdakilerden hangisinde artış gözlenir? (2002-eylül) a. Asetoasetik asit b. Üre a. ATP c. Ürik asit b. Ürik asit d. Kreatin c. Fosfaribozilpirofosfa e. İnozin d. Riboz 5-fosfat e. GMP 94

21.09.2017 • Orotik asidüri, aşağıdaki metabolik yolların • İnsanlarda, ribonükleotidlerin hangisindeki enzim eksikliği sonucunda deoksiribonük-leotidlere indirgenmesinde ortaya çıkar? (2003-eylül) aşağıdakilerden hangisi rol oynar?(2003- eylül) a. Pürin nükleotid sentezi b. Pirimidin nükleotid sentezi a. Glutatyon c. Pürin baz yıkımı b. NADH d. Pirimidin baz yıkımı c. FMNH2 e. Pürin türevi yapılar içeren koenzimlerin d. FADH2 sentezi e. Tioredoksin • Aşağıdaki enzimlerden hangisinin • Aşağıdaki hastalıkların hangisinde aktivitesinin artması hiperürisemiye neden fosforibozilpirofosfat (PRPP) sentetaz olur? (2004-nisan) enzim bozukluğu vardır? (2006-nisan) A) Aspartat transkarbomoilaz A) Gut B) Karbomoil fosfat sentetaz C) Dihidroorataz B) Lesch-Nyhan sendromu D) PRPP sentetaz C) von Gierke hastalığı E) Timidilat sentaz D) Ürolitiyazis E) Ksantinüri NÜKLEĠK ASĠTLER • Nükleik asitlerin monomerik birimleri nükleotidlerdir; her bir nükleotid heterosiklik bir azot bazı, bir şeker ve fosfat içerir. • DNA; adenin (A) guanin (G) sitozin (C) timin (T) RNA; adenin (A) guanin (G) sitozin (C) urasil (U) 95

21.09.2017 • RNA başlıca dört ana sınıf altında incelenir. • Tüm ökaryotik hücreler; ribozomal RNA, transfer RNA, haberci RNA küçük nükleer RNA (snRNA) olmak üzere dört büyük RNA sınıfı içerir. • İlk üçü protein sentezinde görev alırken, snRNA ise RNA uçlarının birbirine bağlanmasında rol oynar. • Haberci RNA (mRNA): • Şapka; • Büyüklük ve kararlılık açısından en mRNA‟nın 5‟ ucundaki ribozun hidroksil grubuna heterojen RNA grubu olan haberci RNA bağlı metillenmiĢ guanin trifosfattan oluşurken, (mRNA) hücre içindeki RNA‟nın sadece poli (A) kuyruğu mRNA‟nın 3‟ ucundaki hidroksil %5‟ini oluşturur. grubuna bağlı 20-250 arası adenin nükleotidi içerir. • mRNA bir gendeki bilgiyi ribozomlara aktarmakla ve protein sentezi için kalıp • 5‟ ucundaki kapalı uç (şapka) hem mRNA‟yı 5‟- olmakla görevlidir. ekzonükleazların saldırısından korur hem de protein sentezi için bir başlangıç noktası olarak hizmet eder. • mRNA bir Ģapka (cap) yapısı ve bir poli(A) kuyruğu içerir. • Kuyruk kısmının görevi tam olarak bilinmemekle birlikte 3‟-ekzonüklazların saldırısına karşı mRNA‟yı koruyarak kararlılığını arttırdığı sanılmaktadır. 96

21.09.2017 • Transfer RNA (tRNA): • tRNA‟ların ortak özellikleri: • Hücredeki RNA‟nın %15 kadarını oluşturur. • Hepsi yonca yaprağına benzeyen bir • tRNA molekülleri RNA‟lar arasında en küçük yapıya sahiptir. boyuta sahip olanıdır ve 80 civarında nükleotid içerir. • Hepsi 3‟-ucunda ACC dizesi taşır (alıcı kol) ve bu kol amino asitlerin karboksil • tRNA molekülleri, bağladıkları amino asitleri grubuna bir ester bağı ile bağlanır. ribozoma taşıyarak protein sentezine amino asit sağlarlar. • Bütün tRNA‟lar, kalıp mRNA‟nın üçlü nükleotid dizesini veya kodonunu • İnsanların yapısında bulunan 20 aminoasitin tanıyan antikodon taşırlar. herbirine özgü en az bir tRNA molekülü mevcuttur. • Antikodon, kodona karşılık gelen bir Amino asitlerin nükleotid dizisi taşır ve tRNA‟nın özgüllüğünden sorumludur. karboksil grubunu bağlar. • D kolu ve TψC kolu tüm tRNA‟larda ortak olan diğer yapılardır. Özgüllekten • Fazladan kol, tRNA‟nın en değişken sorumludur. niteliğidir ve tRNA‟ların uzunluklarının mRNA‟nın farklılıklarından sorumludur. kodonunu tanır. • Ribozomal RNA (rRNA): • Prokaryotlar; • Hücredeki RNA‟nın %80‟ini oluşturur. 16S, 23S, ve 5S rRNA • Memeli ribozomlarının sedimentasyondaki • Ökaryotlar; çökelme hızları 80S‟dir (Svedberg, S) ve 18S, 28S, 5S ve 5.8S rRNA büyüğü 60S, küçüğü 40S olan iki nükleoprotein alt biriminden oluşur. • Memelilerdeki 60S‟lik altbirim; • rRNA molekülleri sedimentasyon 5S rRNA + 50’den fazla katsayıları yönünden farklılık gösterirler 5.8S rRNA protein ve ribozomları oluşturmak üzere 28S rRNA proteinlerle ilişkiye girerler. 97

• 40S‟lik altbirim; 21.09.2017 18S rRNA + 30 protein 98 • 5S rRNA hariç diğerlerinin hepsi çekirdekte yer alan 45S‟lik öncül rRNA molekülünden türetilir. • Mitokondriyal ribozomlar ise prokaryotik ribozomlara benzer. DNA Sentezi (Replikasyon) Replikasyon mekanizması • DNA replikasyonu ökaryotlarda çift taraflıdır ve semikonservatif bir süreçtir. • Replikasyonun bir bölgede başlayıp bu noktadan her iki yöne aynı anda hareket etmesi çift yönlü olmasını ifade eder. • Replikasyonu takiben yeni oluşan DNA molekülünün her bir üyesi birbiriyle eşleşmiş durumda bir ebeveyn sarmal ve bir yeni sentezlenmiş sarmal içerir (semikonservatif).

21.09.2017 • Bir replikasyon çatalı 4 yapı taşından kurulur: • DNA helikaz: Ata DNA çift sarmalının kısa bir parçasını açar. • Primaz: DNA sentezinin başlaması için gereken öncü RNA‟yı (RNA primer) sentezler. • DNA polimeraz: Her iki ipliğin sentezlerini başlatır. • SSBs (single strand binding proteins: tek bağlayan proteinler): açılmış DNA‟nın tek ipliğine bağlanırlar ve DNA‟nın iki zincirinin bağlanmasını önlerler. • Topoizomerazlar helikazın yaptığı zincir • DNA polimerazlar sadece 3’-5’ yönündeki bir açılmasından doğan burkulma gerginliğini alırlar DNA kalıbını kesintisiz kopyalayabilir ve buna ve ebeveyn heliksin aşırı kıvrılmasını önlerler. karşılık gelen 5’-3’ yönünde yeni sentezlenmiş sarmalı parça parça üretirler. • Topoizomerazlar, DNA zincirlerini kırar ve tekrar birleştirir. • Deoksiribonükleotid trifosfatlar (dATP, dGTP, dTTP ve dCTP) DNA sentezinin prekürsörleridir. • DNA giraz, kinolonlar tarafından inhibe edilen bir topoizomerazdır ve sadece prokaryotlarda • Her bir prekürsör, kalıp sarmal üzerinde uygun bulunan bir enzimdir. bazla eşleşir ve büyüyen zincirin ucundaki şekerin 3‟-karbonundaki hidroksil grubuyla bir fosfodiester bağı oluşturur. • Aşağıdakilerden hangisi DNA sentezi için gerekli değildir? (2005-nisan) A) DNA kalıbı B) DNA polimeraz C) Primer D) Ribonükleozid trifosfatlar E) Metal iyonları 99

21.09.2017 • DNA çift sarmalında, helikazın gevşetici etkisiyle bükülme noktalarını kesip tekrar birleştirerek düzelten enzim aşağıdakilerden hangisidir? (2006-nisan) A) DNA polimeraz B) DNA primaz C) DNA ligaz D) Topoizomeraz E) DNA bağımlı RNA polimeraz • Reverse transkripsiyon: Bir RNA kalıbından DNA sentezine denir ve reverse transkriptaz tarafından katalizlenir. • Retroviruslar genetik materyal olarak RNA içerir. • Retroviral RNA, reverse transkriptaz (RNA- bağımlı DNA polimeraz) tarafından DNA sentezi için bir kalıp olarak fonksiyon görür. • Genetik materyal olarak RNA içeren bir RNA Sentezi virus aşağıdaki enzimlerden hangisi için (Transkripsiyon) gerekli bilgiyi taşır? (2003-nisan) a. DNA-bağımlı RNA polimeraz b. DNA-bağımlı DNA polimeraz c. Topoizomeraz d. RNA-bağımlı DNA polimeraz e. DNA ligaz 100

21.09.2017 • Ökaryotlarda; mRNA RNA polimeraz II • RNA polimerazın çalışması için tarafından üretilir. aşağıdakilerden hangisi gerekli değildir? (2006-nisan) • rRNA ise RNA polimeraz I tarafından nükleolusta üretilir. A) DNA kalıbı B) Primerler • 5S RNA, RNA polimeraz III tarafından ayrı bir C) Transkripsiyon faktörleri genden nükleusta üretilir. D) Ribonükleozid trifosfatlar E) Metal iyonları • Ökaryotik tRNA, RNA polimeraz III tarafından 5‟ ve 3‟ uçlarından kesilen bir prekürsör olarak üretilir. • mRNA sentezi: • RNA polimeraz II başlangıçta heterojen nükleer RNA (hnRNA) olarak adlandırılan ve intronlar ve eksonlar içeren büyük bir RNA zincirini DNA‟dan sentezler. • Ġntronlar çıkarılır ve eksonlar uç uca eklenir ve matür mRNA oluşturulur. • Transkripsiyon sırasında 5‟ ucuna Ģapka yapısı ve 3‟ ucuna 20-250 nükleotid uzunluğunda bir poli(A) kuyruğu eklenir. • rRNA sentezi: •5S rRNA, nükleolusun dışında RNA • 45S prekürsör, RNA polimeraz I polimeraz III tarafından üretilir. tarafından üretilir. • Daha sonra 45S prekürsör metilasyonla modifiye olur ve bir miktar parçalanarak 28S rRNA, 18S rRNA ve 5.8S rRNA üretilir. 101

21.09.2017 Protein Sentezi (mRNA’nın Translasyonu) •tRNA sentezi ise RNA polimeraz III tarafından gerçekleştirilir. • Bir polipeptid zinciri sentezinin başlaması • mRNA‟daki kodonlar 5‟-3‟ yönüne AUG kodonu içeren metionin amino ilerlerken bir protein N-ucundan C-ucuna asitiyle gerçekleşir. doğru sentezlenir. • Daha sonra amino asitler, büyüyen • Polipeptid sentezi tamamlandığında, UGA, polipeptid zincirine mRNA‟daki kodon UAG veya UAA gibi bir sonlanma kodonu dizisine göre eklenir. polipeptid zincirinin serbestleşmesine yol açar. • tRNA‟lar ve GTP, zincir uzaması için gerekli olan enerjiyi sağlar. AUGCAGCCGAAG Peptidil Transferaz 1 2 GUC AUGCAGCCGAAG 102

1 21.09.2017 2 1 UF 2 GUC GUC AUGCAGCCGAAG AUGCAGCCGAAG 1 1 2 2 3 3 GGC UF AUGCAGCCGAAG GGC AUGCAGCCGAAG VĠTAMĠNLER 103

21.09.2017 • Tiamin (B1 vitamini) • Tiamin (B1 vitamini) 1. -keto asitlerin oksidatif • Kuru Beriberi dekarboksilasyonunda • YaĢ Beriberi • Wernicke-Korsakoff sendromu  -Ketoglutarat dehidrogenaz  pirüvat dehidrogenaz • Tiamin eksikliği olan hastalarda teşhis için  lösin, izolösin ve valinin gibi dallı zincirli eritrositlerde transketolaz aktivitesi ölçülür. İdrar ve kanda glioksalat artar. aminoasit dehidrogenaz 2. transketolaz reaksiyonunda -ketollerin yıkımı ve oluşumunda koenzim olarak rol oynar. • Ribofilavin (B2 vitamini) yapısında • Niasin (Nikotinamid, B3 Vitamini) : piridin izoalloksazin halkası bulundurur. türevidir. • FAD’nin rol aldığı reaksiyonlar: • Nikotinamid adenin dinükleotid (NAD+) ve  D-aminoasit dehidrogenaz onun fosforile şekli olan nikotinamid  UDPglukoz dehidrogenaz adenin dinükleotid fosfattır (NADP+)  Aldehid dehidrogenaz  Ksantin oksidaz (pürin katabolizması) biyolojik olarak aktif olan koenzim  Gliserol 3-fosfat dehidrogenaz şekilleridir (sitokrom P450).  Süksinat dehidrogenaz  Açil Koa dehidrogenaz  Dihidrolipoil dehidrogenaz • FMN reaksiyonları:  L-aminoasit dehidrogenaz • Aşağıdakilerden hangisi adipoz dokuda • Demans, daire, dermatit tablosunda lipolizi inhibe eder? (2006-nisan) hangi vitamin eksiktir? a)Cvit A) Riboflavin b)B12vit B) Pantotenik asid c)B2vit C) Nikotinik asid d) B1 vit D) Folik asid e) Nikotinik asit E) Vitamin E 104

21.09.2017 • Pantotenik asit (B5 vitamini): Pantoik asit ve • AĢağıdakilerden hangisi açil taĢıyıcı -alaninden meydana gelmiştir. proteinin yapısına girer ? a) Folik asit • Etkin pantotenik asit, KoA ve Açil taşıyıcı b) Nikotinik asit proteindir (ACP). c) Pantotenik Asit d) Piridoksin • Biyotin: imidazol türevidir. e) Riboflavin • AĢağıdakilerden hangisi organik Piridoksin (B6 vitamini) bileĢiklere CO2 katılmasında rol alır? a) Biotin Enzimatik reaksiyonlar Örnek b) Pridoksin c) Follik asit Aminoasit Tirozin, histidin, 5-OH-triptamin, d) Niasin dekarboksilasyonu glutamin dekarboksilaz e) Lipoik asit Aminoasit AST, ALT • Hangi vitamin eksikliğinde irritabilite, transaminasyonu konvulsiyon, glossit, hipokrom- mikrositer anemi, periferik nöropati Aminoasitlerden H2O Serin, treonin dehidrataz ortaya çıkar? ayrılması a) Retinol b) Piridoksin Aminoasitlerden H2S Sistein, homosistein desülfidraz c) Niasin ayrılması d) Askorbik asit e) Riboflavin Aminoasit Kinüreninaz, treonin aldolaz, serin parçalanması aldolaz Transsülfirasyon Sistation sentetaz, sistationaz Kondensasyon -aminolevülinik asit sentaz Rasemizasyon Alanin rasemaz (D-alanin L-alanin) • Folik asit (Piteroilglutamik asid) • Folik asit ve folat birer molekül p-aminobenzoik asit (PABA) ve glutamik aside bağlanmış pteridin bazından oluşur. • THF güçlü bir tek C‟lu birim taşıyıcısıdır. • Metil, metilen ve formil gruplarının transferini gerçekleştiren enzimlerin koenzimidir. • Tetrahidrofolat serin, glisin ve histidin gibi vericilerin bir karbon parçalarını alır ve amino asitlerin, pürinlerin ve timidinin sentezindeki ara metabolitlere taşır. 105

21.09.2017 • Histidin verilmesi sonucu idrarda • Folat, aĢağıdaki olaylardan hangisinde formiminoglutamik asit artıĢı hangisinin kofaktör olarak rol almaz? eksikliğinde görülür? a. Serinden glisin oluşumu b. Histidin katabolizması a) C vitamini c. Metionin sentezi b) Pridoksin c) B12 eksikliği d. Timidilat sentezi d) Folik asit eksikliği e. Metil malonil KoA „dan Süksinil KoA e) Biotin eksikliği oluşumu • Kobalamin (B12 vitamini) • Kobalamin barsaklarda midenin paryetal hücrelerince sentezlenen intrensek faktör tarafından bağlanarak aktif transportla özel reseptörler aracılığı ile emilir. • Emildikten sonra transkobalamin II‟ye bağlı olarak plazmada taşınır. • Dokulara geçen kobalamin transkobalamin I‟e bağlı olarak aquakobalamin şeklinde depo edilir. • Dokularda depolanabilen tek suda çözünen vitamindir. Ġzolösin Açil-KoA Propiyonil-KoA Metiyonin Treonin sentetaz Valin Tek C zincirli y.a Propiyonat ATP AMP+PPi ATP Biyotin ADP+Pi Propiyonil-KoA Metilmalonil-KoA Propiyonil-KoA Metilmalonil-KoA karboksilaz B12 mutaz Propiyonat ve metilmalonatın Süksinil-KoA idrarla atılımı B12 eksikliğinde artar. 106

• Vit B12 eksikliği olan hastaların 21.09.2017 plazmasında aĢağıdakilerden hangisinin seviyesinde yükselme • Tek karbon transferi yapan (metenil, beklenir? metil gibi) vitamin hangisidir? a) Vit B6 a. Metil malonik asit b) Vit E c) Vit A b. Valin d) Folik asit c. Lösin e) Vit B2 d. Arginin e. Aspartat • Askorbik Asit (C vitamini) • AĢağıdakilerin hangisinin eksikliği kolesterolün 7 alfa hidrokolesterole • Prolin ve lizin hidroksilaların koenzimi dönüĢümünü kısıtlayarak kolesterol • Ekstasellüler sıvıda bulunan ve lipid birikimine yol açar? peroksidasyonunu inhibe eden en önemli a) B 6 vitamini plazma komponentidir. (Antioksidandır) • Eksikliğinde kolesterolun, 7hidroxikolesterole b) C vitamini dönüşümü azalır ve kolesterol birikir. • Demir emiliminde, demirin nonenzimatik c) B 12 vitamini indirgenmesinde rol alır. • NE sentezinde rol alır.(Dopamin  hidroksilazın d) Biotin kofaktörü) • Lizinden karnitin sentezinde rol alır. e) Pantotenik asid • Immünite ve yara iyileşmesinde rol alır. • A Vitamini: • K Vitamini • Şilomikronlardaki retinol esterleri karaciğer • Pıhtılaşma faktörlerinin belli glutamik asit tarafından alınır ve depolanır. birimlerinin karboksilasyonunda koenzim olarak kullanılır. • Çinko eksikliğinde A vitamini düzeyi düşer. • Görme: • K vitamini protrombin, faktör II, VII, IX, X, • Epitel Hücrelerinin Normal Durumlarının protein C ve S‟in sentezlenmesi için gereklidir. Sürdürülmesi • Büyüme ve Farklılaşma • Pıhtılaşma faktörlerinin oluşumu, glutamik • Üreme asit birimlerinin vitamin K‟ya bağlı • Immün Sistem: karboksilasyonunu gerektirir, böylece - karboksiglutamat (Gla) içeren olgun bir pıhtılaşma faktörü oluşur. 107

21.09.2017 • E Vitamini • Membrandaki çoklu doymamış yağ asitleri moleküler oksijen ve serbest radikaller tarafından kolayca oksitlenir. • E vitamini bu olayı membranda önleyen en önemli faktördür. (antioksidan) 108