YTÜ Project Catalog 2021

15 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Dr. Öğr. Üyesi / Asst. Prof. Dr. Sakip ÖNDER - TUBITAK 3501 için Ca2+ kullanımı ve hapsetme yöntemleri kullanıldı. Ca2+ and entrapment. The microspheres attached Ca2+ yönteminde kürelerin yüzeylere bağlanmasının to the surfaces weakly with Ca2+ while entrapment zayıf olduğu, kitosan ince film içerisinde hapsedilmesi in a chitosan thin film caused strong bonding. nHA durumunda ise Ti yüzeylere çok daha sağlam bir was precipitated following the immobilization. The şekilde yüzeye bağlanabilecekleri gösterildi. Kürelerin performance of the coated Ti surfaces was evaluated tutuklanmasından sonra yüzeylere nHA çöktürüldü. using antimicrobial activity and bioactivity tests. Kaplanmış Ti yüzeylerin performansları antimikrobiyal Antimicrobial tests using S.aureus showed that aktivite ve biyoaktivite testleri ile ortaya kondu. S.aureus antimicrobial activity of the coated Ti surfaces was ile yapılan antimikrobiyal aktivite testleri kaplanmış Ti significantly higher compared to uncoated ones. yüzeylerinin antimikrobiyal aktivitesinin kaplanmamış Bioactivity tests carried out in simulated body fluids yüzeylerden istatiksel olarak daha yüksek olduğunu (SBF) revealed enhanced crystalline HA growth on gösterdi. Yapay vücut sıvısı ile gerçekleştirilen coated surfaces. Therefore, the proposed coating biyoaktivite testlerinde ise kaplanmış Ti yüzeylerinde can be used to improve antimicrobial activity and kristalin HA büyümesinin kaplanmamış yüzeylere bioactivity of the Ti materials. göre daha hızlı olduğu görüldü. Dolayısıyla tasarlanan kaplama Ti malzemelerin hem antimikrobiyal 31 Şekil 1. Kitosan sünger ve serbest mikro kürenin sırasıyla Şekil 3. Yapay vücut sıvısı ile 3 hafta muamele edilen nHA ile kaplanmadan (a,c) ve kaplandıktan sonraki (b,d) nHA kaplanmış (a,b) ve kaplanmamış (a',b') yüzeylerde SEM görüntüleri hidroksiapatit büyümesi Figure 1. SEM images of chitosan sponge and free Figure 3. Hydroxyapatite growth on nHA coated (a, b) microsphere after (a, c) and (b, d) coated with nHA, and uncoated (a ', b') surfaces treated with artificial body respectively fluid for 3 weeks. Şekil 2. nHA ve mikro küre ile kaplanmış Ti yüzeylerin Şekil 4. Kaplanmış Ti malzemelere ait antimikrobiyal aktivite test görüntüleri sonuçları Figure 2. Images of Ti surfaces coated with nHA and Figure 4. Antimirobial activity test results of coated Ti materials microsphere

17 PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PRINCIPAL INVESTIGATOR BÖLÜM PROF. DR. TARIK EREN DEPARTMENT KİMYA / CHEMISTRY BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI START-END DATE 15.06.2016 - 15.12.2018 DESTEK TÜRÜ TUBITAK 1001 FUNDED BY 374.243 TL BÜTÇESI BUDGET VANKOMISIN ILE ANTIBAKTERIYEL POLIMERLERIN KONJUGASYONU ILE SINERJISTIK ANTIBAKTERIYEL ETKINLIĞININ İNCELENMESI CONJUGATION OF VANCOMYCIN AND ANTIBACTERIAL POLYMERS TO INVESTIGATE THE SYNERGISTIC ANTIBACTERIAL ACTIVITY www.yildiz.edu.tr Enfeksiyona yakalanma riski günümüzde Infectious diseases are critically önemli bir sağlık problemi oluşturmaktadır. important in global healthcare. For Dünyadaki genel durum WHO verileri example, two million nosocomial ışığında incelenecek olursa, 2012- infections occur in hospitals in the United 2014 yılları arasında özellikle bakteriyel States annually and add 5 billion dollars enfeksiyonlardan dolayı gelişmekte olan to healthcare costs. The rate of bacterial ülkelerin yanında diğerülkelerde de ölümle resistance, to even most powerful sonuçlanan vakaların arttığı kaydedilmiştir. antibiotics, is increasing at an alarming Özellikle bakterilerin antibiyotiklere karşı rate. Hospitals are the main source and direnç kazanması bu ilaçların etkisini origin of multiple drug resistant bacteria göstermesini önlemektedir. Bu kapsamda and patients infected with these have yeni ilaçlara ihtiyaç duyulmaktadır. Proje clinical courses and they require çalışmalarında potansiyel antibiyotik prolonged hospital treatments. Based adayı moleküller sentezlenmiştir. on WHO databases, between 2012 and Vankomisin Gram-pozitif bakterilere 2014, deaths due to bacterial infections karşı bakterisit etkisinden dolayı FDA are on the rise not only for developing tarafından onay almış bir antibiyotik countries but also others. Only in the olmasına rağmen Gram-negatif bakteriler United States, almost two million people üzerine etkisizdir. Bu dezavantajı ise bazı get infected second degree and more

16 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Prof. Dr. Tarık EREN - TUBITAK 1001 enfeksiyonel hastalıklarda tamamen etkisiz olmasına than five billion dollars are spent only on the R&D ve kullanım alanının sınırlanmasına yol açmıştır. Proje for these types of diseases. In our country as people kapsamında yüksek biyosidal aktivite gösteren iyi dying of infectious diseases are on the rise, Ministary tasarlanmış katyonik polimerler ile vankomisinin ortak of Health declaration against infection based kullanılması ile antibakteriyel özelliği kapsamında diseases, it is emphasized that R&D funding should sinerjistik etki incelenmiştir. Ayrıca çevresel faktörlere be increased for the development of antibacterial karşı son derece labil olan vankomisinin stabilitesini ve and antiviral medicine. Especially in new generation Gram-negatif bakterilere etkinliğini artırmak için proje antibiotic studies, natural and synthetic peptides çalışmaları planlanmıştır. are now frequently encountered. In the synthesis of synthetic derivatives, there are some desired features such as having a wide spectrum, to be 33 resistant towards environmental conditions, low cost, low toxicity with specifity. Vancomycin is widely used antibiotic all around the world. FDA approved Vancomycin, being a bacteriacide effective against Gram-positive bacteria, is nevertheless completely ineffective against Gram-negative bacteria. This disadvantage makes it ineffective in many infectious diseases and limits its use. In order to make vancomycin that is already effective against Gram- positive bacteria, to be effective also against Gram- negative bacteria, a conjugate of vancomycin with an antibacterial cationic polymer is designed. The amphiphilic structure of synthetic polymers disrupts cell membranes, causing breakdown of the transmembrane potential, leakage of cytoplasmic contents, and ultimately cell death. When the mechanism of cell death is investigated, apart from the hydrophobic interactions, the interaction between the positively charged polymer and negatively charged bacteria cell wall also results in cell death. Therefore, in the literature, hydrophobic antibacterial polymers with cationic groups such as pyridine, and primary amine salts are frequently encountered. In this project, highly active, well- designed cationic polymers are planned to be used in conjugation with vancomycine, exploiting the synergistic effects on antibacterial activity. In the synthesis of cationic polymers, controlled polymerization technique ROMP (ring opening methathesis polymerization) method will be used to obtain well defined polymers with precise molecular weights and low polydispersities. In the second stage, vancomycine will be conjugated to the main polymer chain covaletly.

18 PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PRINCIPAL INVESTIGATOR BÖLÜM DOÇ. DR. /ASSOC. PROF. DR. ÖMER TAHIR GÜNKARA DEPARTMENT KİMYA / CHEMISTRY BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI 01.11.2017 - 01.11.2019 START-END DATE TUBITAK 1001 DESTEK TÜRÜ 373.018 TL FUNDED BY BÜTÇESI BUDGET ANTI-KANSER AJANLARI YA DA GSK-3S İNHIBITÖRLERI OLABILECEK HETEROHALKALI YENI MOLEKÜLLERIN SENTEZI VE AKTIVITE ÇALIŞMALARI SYNTHESIS AND ACTIVITY STUDIES OF NEW HETEROCYCLIC MOLECULES WHICH CAN BE ANTI- CANCER AGENTS OR GSK-3S INHIBITORS www.yildiz.edu.tr Son yıllarda, çok çeşitli heterohalkalı In recent years, a wide variety of bileşikler sentezlenmekte ve bunların heterocyclic compounds is synthesized biyolojik aktiviteleri araştırılmaktadır. and investigated for their biological Özellikle heterohalkalı bileşiklerin activity. Heterocyclic compounds, kanser hücrelerine karsı davranışları especially against the behavior of the incelenmektedir. İlaç hammaddesi olarak cancer cells are studied. Since they kullanılabilmeleri nedeniyle piperidin, can be used as pharmaceutical raw piridin, piperazin, oksazol, tiyazolidin ve materials five- and six-membered pirol gibi beş ve altı üyeli heterohalkalı heterocyclic compounds such as bileşikler 20.yüzyılın baslarından itibaren piperazine, pyrrole, pyridine and farmasötik kimyacılar tarafından üzerinde piperidine, at the beginning of the 20th önemle durulan bir konu haline gelmiştir. century by pharmaceutical chemists Bu tür heterohalkalı bileşiklerin yüzyıllık has become a matter which should be tarihinin incelenmesi sonucunda azot ve emphasized. Century of history of such oksijen içeren yapı iskeletinin biyolojik heterocyclic compounds of nitrogen olarak aktif bileşiklerin modellenmesinde and oxygen as a result of examination

17 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Doç.Dr. / Assoc. Prof. Dr. Ömer Tahir GÜNKARA - TUBITAK 1001 kullanılması durumunda büyük bir çeşitliliğin ortaya of the scaffold containing the biologically active çıktığı görülmüştür. Bu tür heterohalkalı organik compound when used for modeling was found bileşiklerin oldukça önemli biyolojik ve fizyolojik to occur in a large variety. Heterocyclic organic aktivite göstermelerinin nedeni karakteristik olarak compounds such important cause of biological and N-C-O grubuna sahip olmalarından kaynaklandığı physiological characteristics showed activity stems bilinmektedir. Literatürdeki heterohalkalı bileşik from the NCO groups are known. On the basis of the sentezlerinin temelini çeşitli halka kapanması literature synthesis of heterocyclic compounds are reaksiyonları oluşturmaktadır. composed of various ring closure reaction. O N NO N NNN N Cl N O O O NO O NN NO N NNN NNN 35 NNN ON NN N N N O N

19 PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PRINCIPAL INVESTIGATOR BÖLÜM PROF. DR. MUALLA ÖNER DEPARTMENT KIMYA MÜHENDISLIĞI / CHEMICAL ENGINEERING BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI START-END DATE 15.03.2016 - 15.03.2018 DESTEK TÜRÜ TÜBİTAK ULUSLARARASI / TUBITAK INTERNATIONAL FUNDED BY BÜTÇESI 358.529 TL BUDGET GAZ BARIYER UYGULAMALARI İÇIN GRAFEN BENZERI BOR NITRÜR (BN) / BIYOPOLIMER NANOBIYOKOMPOZITLERI GRAPHENE-LIKE BN / BIOPOLYMERS NANOBIOCOMPOSITES FOR GAS BARRIER APPLICATIONS www.yildiz.edu.tr Projede amacımız, ekstrüzyon işleme The project was undertaken to develop ve çözelti döküm yöntemi kullanılarak bio-nanocomposite based on poly(3- gelişmiş bariyer, mekanik ve termal hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate, özelliklere sahip poli (3-hidroksibutirat- PHBV), and Boron Nitride (BN) with ko-3-hidroksvalerat, PHBV) ve Bor enhanced barrier, mechanical and Nitrür (BN) bazlı biyo-nanokompozit thermal properties by melt intercalation geliştirmesidir. Bor nitrür nanopartikülleri using extrusion processing and içeren biyopolimer nanokompozitler solution casting method. Biopolymer üretilmiş ve farklı tekniklerle karakterize nanocomposites containing boron edilmiştir. Bu amaçla altı aşamalı bir nitride nanoparticles were fabricated çalışma yapılmıştır. and characterized through different 1. Silan birleştirme ajanı kullanılarak techniques. For this purpose, a six-step partiküllerin eksfoliyasyonu ve yüzey study was conducted. modifikasyonu. 1. The exfoliation and surface 2. NanoS, parçacık boyutu analizi, SEM, modification of particles by using silane XRD ve FTIR kullanılarak parçacıkların coupling agent.

18 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Prof. Dr. Mualla ÖNER - TÜBİTAK ULUSLARARASI / TUBITAK INTERNATIONAL karakterizasyonu. 2. Characterization of the particles by using NanoS, 37 3. Bu nanopartiküller kullanılarak farklı particle size analysis, SEM, XRD and FTIR. konsantrasyonlarda eriyik ekstrüzyon ve çözelti 3. Design of nanocomposites using these döküm yöntemi ile nanokompozit tasarımı. nanoparticles at varying concentrations by melt 4. Hazırlama yöntemlerinin nanokompozitlerin extrusion and solution casting method. özelliklerine etkisinin araştırılması. 4. Investigate the effect of preparation methods on 5. Nanokompozit bileşenlerinin özelliklere olan katkısını the properties of the nanocomposites. gözlemek için nanokompozitlerin karakterizasyonu. 5. Characterization of the nanocomposites to isolate 6. BN partiküllerinin oksijen transferi üzerindeki the contribution of the nanocomposite constituents etkisinin incelenmesi;gaz geçirgenlik ve mekanik on the properties. özelliklerin değerlerinin analitik modeller kullanılarak 6. The gas permeation and analytical mechanical değerlendirilmiştir. models were employed to evaluate the effect of BN En iyi bariyer özellikleri, saf PHBV’ye kıyasla oksijen particles on oxygen transfer and the mechanical geçirgenliğinde %36’ya varan bir azalma gözlemlenen properties of composites. ağırlıkça %2 OSFBN içeren nanokompozit numunesi The best barrier properties are obtained for the için elde edilmiştir. nanocomposite sample containing 2 wt% OSFBN, PHBV/BN kompozitlerinin üretiminde eriyik for which a reduction of oxygen permeability up to ekstrüzyon yöntemi ile karşılaştırma amacıyla 36% was observed in comparison to the neat PHBV. çözelti döküm yöntemi kullanılmıştır. O2, N2, CO2 Solution casting has been used for fabrication of ve CH4 için gaz geçirgenlik katsayıları ölçülmüştür. PHBV/BN composites for comparison purposes Saf PHBV’ye kıyasla test edilen tüm gazlar için with melt extrusion method. The gas permeability geçirgenlik değerlerinde olağanüstü bir azalma coefficients for O2, N2, CO2 and CH4 were measured. elde edilmiştir. Tüm bu sonuçlar, BN’nin, polimer An outstanding decrease of the permeability values nanobiyokompozitlerin gaz bariyeri uygulamasında was obtained for all tested gases compared to umut verici nano ölçekli dolgu maddesi olduğunu neat PHBV. All these results showed that BN is göstermiştir. considered as promising nanoscale fillers in gas barrier application of polymer nanobiocomposites.

20 PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PRINCIPAL INVESTIGATOR DOÇ. DR. / ASSOC. PROF. DR. TÜLIN ARASOĞLU BÖLÜM MOLEKÜLER BIYOLOJI VE GENETIK DEPARTMENT BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI MOLECULAR BIOLOGY AND GENETICS START-END DATE 01.03.2017 - 01.09.2018 DESTEK TÜRÜ TUBITAK 1005 FUNDED BY 324.255 TL BÜTÇESI BUDGET BRUSELLOZIS’E KARŞI ENDEMIK REKOMBINANT OMP25 PROTEININ ÜRETIMI PRODUCTION OF ENDEMIC OMP25 RECOMBINANT PROTEIN AGAINST BRUCELLOSIS www.yildiz.edu.tr Sunduğumuz projede rekombinant In our project, it is aimed obtained DNA teknolojileri kullanarak yöresel and production of the endemic Brucella’ya spesifik rekombinant subunit Brucella-specific recombinant subunit ımmunojenik proteinin eldesi ve üretimi ımmunogenic protein used recombinant hedeflenmektedir. Çalışmanın ana DNA Technologies. The main borderlines hatları; Erzurum’un brusellozis prevalansı of the present study, it will be provided yüksek olan bölgelerinden alınan development of Brucella abortus in dairy sığır süt örneklerinden mikrobiyolojik cattle samples taken from areas with a kültür yöntemleri ile Brucella abortus high prevalence of brucellosis in Erzurum bakterisinin geliştirilmesi ve kültürden and isolation of genomic DNA from genomik DNA izolasyonu sağlanacaktır. culture. In the next step, production and Daha sonraki adımda ise; literatürlerde sequence analysis of omp25 gene region antijenik özelliği tespit edilmiş ve yüksek which it has been identified antigenic derecede korunmuş immunojenik property and the highly conserved in the Omp25 gen bölgesinin eldesi ve literature will be performed. Considering sekans analizi gerçekleştirilecektir. to the data obtained by performed Sekans sonuçlarına göre in silico in silico analyzes due to the results of analizler yapılarak elde edilecek veriler sequence, the expression, purification ışığında DNA teknolojileri kullanılarak and characterization of Omp 25

19 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Doç. Dr. / Assoc. Prof. Dr. Tülin ARASOĞLU - TUBITAK 1005 rekombinant olarak endemik Omp25 proteinin proteins will be performed by recombinant DNA sentezlenmesi, saflaştırılması ve karakterize edilmesi technologies. gerçekleştirilecektir. Bu proje ile ülkemizde ilk defa By the present project, endemic recombinant brusellozis hastalığına karşı immunojenik özellikte proteine from omp25 gene region that known to be olduğu bilinen Omp25 gen bölgesinden endemik immunogenic properties against brucellosis disease rekombinant protein üretilmesi gerçekleştirilecektir. will be synthesized in our country for the first time. Ayrıca üretilecek rekombinant proteinin yöresel saha Moreover, the produced recombinant proteine strainimizden elde edilecek olması ülkemiz için bir is acquired from our local strain in our country ilktir ve başlangıç mahiyetindedir. Elde edilecek olan for the first time. It is tought that pure endemic saf immunojenik omp25 proteininin endemik aşı immunogenic omp25 protein can be supply antigen geliştirilmesi çalışmalarında kullanılabileceği, tanıya demands in diagnostic applications, it can serve as yönelik alanlarda saf antijen ihtiyacını karşılayabileceği, an immunodiagnostic tool and it can be used for immünodiagnostik birtest aracı olarak kullanılabileceği, gaining proteine specific anti-omp25 monoclonal proteine spesifik anti-omp25 monoklonal antibodies to cure human diseases. Additionally, antikorlarının eldesine ve böylece hastalığın obtaining endemic recombinant proteins will be tedavisine imkan sağlayabileceği düşünülmektedir. alternative recombinant omp25 protein which Ayrıca mikrobiyolojik ve biyoteknolojik yöntemler ile allowed high volume production with microbiological yüksek miktarda üretimine olanak sağlanan ve ticari and biotechnological methods and paid a high olarak elde edilmek istendiğinde yüksek bedeller price when purchased. By the clarifying production ödenen rekombinant Omp25 proteinine alternatif process, the economical loss from the dependence olabilecek endemik rekombinant protein eldesi ve on abroad will be prevented. In addition, it will be bunun üretim prosesinin aydınlatılarak ülkemizin dışa proved a contribution in increasing of qualified bağımlı politikasının meydana getirdiği ekonomik young academiciens of our country by training two zararın önüne geçilmesine olanak sağlanacaktır. graduate students in this projects. 39 Endemik Brucella abortus biovar tip3 straini saf Omp25 gen bölgesi SDS-PAGE jel görüntüsü- pET-TOP102 vektörü içeren ve içermeyen amplikon ürünü M: GeneRuler DNA Markır: 1,2: Saf amplikon ürünü (iki tekrarlı çalışma) BL21 (DE3) E coli konukçusundaki ekpresyon profili 41 kDa’luk protein Endemic Brucella abortus biovar type3 strain pure Omp25 gene region amplicon product M: GeneRuler DNA Marker: 1,2: Pure amplicon product bandı (duplicate study)'' SDS-PAGE gel image - expression profile in BL21 (DE3) E coli host with and without pET-TOP102 vector protein band of 41 kDa Eldesi gerçekleştirilen rOmp25 ile ticari rOmp25 saflığının karşılaştrıldığı Denature şartlarda elde edilen elüant ile ticari rOmp25 saflığının GPS ışık SDS- PAGE görüntüsü M: Protein markır; E: Elüant U:Ultrafiltrasyon sonrası saçılım kromatogram ile karşılaştırma gösterimi jel görüntüsü; T: Ticari rOmp25 görüntüsü elde edilen rOmp25 protein bandı Comparison demonstration of the eluant obtained under denatured ticari rOmp25 bandı conditions and commercial rOmp25 purity by GPS light scattering SDS-PAGE image comparing the obtained rOmp25 with the commercial chromatogram rOmp25 purity M: Protein marker; E: Eluant U: Gel image after ultrafiltration; T: Commercial rOmp25 image obtained rOmp25 protein band commercial rOmp25 band

21 PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PRINCIPAL INVESTIGATOR BÖLÜM PROF. DR. TARIK EREN DEPARTMENT KİMYA / CHEMISTRY BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI START-END DATE 01.03.2017 - 01.03.2019 DESTEK TÜRÜ TUBITAK 1001 FUNDED BY 303.400 TL BÜTÇESI BUDGET FOSFONYUM GRUPLARI İÇEREN POLIELEKTROLITLERIN SENTEZI, KARAKTERIZASYONU VE ANTIBAKTERIYEL ETKINLIKLERININ İNCELENMESI SYNTHESIS AND CHARACTERIZATION OF PHOSPHONIUM-CONTAINING POLYELECTROLYTES AND INVESTIGATION OF THEIR ANTIBACTERIAL ACTIVITY Bakteri enfeksiyonu global bir problemdir. Infectious disease is a critically important global healthcare issue. For example, Özellikle son yıllarda bakterilerin kullanılan two million nosocomial infections occur in hospitals in the United States annually ilaçlara karşı direnç kazanması, enfeksiyon and add 5 billion dollars to healthcare costs. The rate of bacterial resistance, hastalıklarının yayılmasına ve sonucunda to even most powerful antibiotics, is increasing at an alarming rate. ölüm oranlarının artmasına sebep Hospitals are the main source and origin of multiple drug resistant bacteria and olmaktadır. Yeni nesil antibiyotiklerin patients infected with these have clinical courses and they require prolonged geliştirilmesi ve özellikle implant hospital treatments. Pathogenic bacteria can easily malzemelerin (kateter gibi) yüzeyinin deposit on the common objects such as door knobs, linen, public antimikrobiyal hale getirilmesi bakterilere telephones, children’s toys as well. When these surfaces are touched karşı yapılan savaşta önemli bir yer teşkil by infected people, then bacterial etmektedir. Doğal peptitlerin sentetik taklitleri. Bu çalışma kapsamında kontrollü polimerizasyon yöntemlerinden ROMP (halka açılma metatez polimerizasyonu) www.yildiz.edu.tr kullanılarak fosfonyum tuzu esaslı homopolimerler sentezlenmiştir. Antibakteriyel polimerlerin sentezlenmesi sırasında dikkat edilmesi gereken başlıca özellikleri; polimerlerin geniş

20 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Prof. Dr. Tarık EREN - TUBITAK 1001 spektruma sahip olması, uzun süre ortam şartlarına infections can be transferred. This is one of the dayanıklı olması, ucuz olması ve özellikle toksik primary pathways for the acquisition of nocosomial olmaması gerekmektedir. Bu polimerlerin yapısal infectious pathogens. These ordinary materials are özelliği (hidrofobik/hidrofilik özellik) doğal peptitlerin not antibacterial and they require modification. özelliklerine benzetilmektedir. Bu moleküllerin toksik Increased effort has focused on materials that özelliğinin düşük olması ile vücut içerisinde kullanılan limit bacteria colonization, in other words, biofilm implant malzemelerin yanı sıra yeni nesil antibiyotik formation, on their surfaces in an effort to prevent olarak önümüzdeki yıllarda karşımıza çıkacağı the growth of bacteria and the transmission of öngörülmektedir. infectious organisms. Polymeric antibacterial agents represent new developing direction in this field and offer great promise for enhancing activity 41 and selectivity. There are some important properties for the antibacterial polymers: First of all, they should be very active with high efficiency to a large range of microorganism; secondly life time activity should be long; thirdly, toxicity to the environment should be taken into consideration; behind that it should be produced at an acceptable cost; finally selectivity should be enhanced during the design especially for application in implant materials. The amphiphilic structure of synthetic polymers disrupt cell membranes, causing breakdown of the transmembrane potential, leakage of cytoplasmic contents, and ultimately cell of death. In general, polymer biocides are considered to be polymers that kill all living organisms and often the main motivation to make polymer biocides is to create highly sterile materials or surfaces. In certain application such as medical implant, “selective” or “non-toxic” antibacterial agents are desired. In this study, we will investigate and apply “well-defined” polymerization systems. Mainly ROMP based polymerization will be studied, after synthesizing norbornene monomers Grubbs’catalyst will be used for metathesis polymerization. Structure- activity relationship of the synthesized polymers will be investigated with real cell data, bacteria, and biophysical techniques to get information about the mechanism in action. Interaction of polymers with dye encapsulated bacteria will be investigated by Fluoresence microscopy using Live/Dead assay procedure. In the application part of this study, new antibacterial compounds will be added to polyester and paint formulations to get “antibacterial polyester” and “antibacterial paint”.

22 PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PRINCIPAL INVESTIGATOR BÖLÜM PROF. DR. SONGÜL VARLI DEPARTMENT BILGISAYAR MÜHENDISLIĞI / COMPUTER ENGINEERING BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI START-END DATE 01.03.2017 - 01.03.2019 DESTEK TÜRÜ TUBITAK 1001 FUNDED BY 292.473 TL BÜTÇESI BUDGET DIZ EKLEMI MR GÖRÜNTÜLERINDE KIKIRDAK DOKU VE MENİSKÜS BÖLÜTLEME VE ÖLÇÜMLEME SEGMENTATION AND QUANTITATIVE ASSESSMENT OF CARTILAGE AND MENISCUS ON KNEE JOINT MR IMAGES www.yildiz.edu.tr Günümüzde manyetik rezonans (MR) Today magnetic resonance (MR) görüntüleri birçok hastalığın teşhisinde, images are useful in diagnosis of many klinik araştırmalarda, cerrahi karar diseases, clinical researches and surgical süreçlerinde faydalı olmaktadır. Bu decision processes. These images görüntüler dizdeki kıkırdak ve menisküs enable morphological and quantitative anatomik yapılarının elle veya otomatik assessment of cartilaginous and şekilde bölütlenerek morfolojik olarak meniscal anatomic structures through değerlendirilmesi ve ölçülmesine de manual or automatic segmentations imkân sağlamaktadır. Bu projede diz of the structures. In this project, the eklem MR görüntülerindeki tüm kıkırdak principal aim is to fully-automatically ve menisküs ilgi yapılarına ait bölgelerin segment, model and quantitatively aşırı özelleşmiş yaklaşımlardan kaçınarak assess all cartilaginous and meniscal üç boyutta tamamen otomatik olarak compartments in MR images of the knee bölütlenmesi, modellenmesi ve ölçülmesi joint avoiding approaches specialized amaçlanmaktadır. Geliştirilecek bölütleme for the structures of interest. The sistemi osteoartrite tutulmuş ve menisküs segmentation system to be developed

21 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Prof. Dr. Songül VARLI - TUBITAK 1001 yırtıklı katılımcılara ait diz MR görüntülerinde de etkin is going to be designed to effectively work for the olarak çalışabilecek şekilde tasarlanacaktır. knee MR images of participants with osteoarthritis Osteoartrit genellikle diz eklemlerini etkileyen ve and meniscal tears. eklemlerde kıkırdak yıkımına bağlı olarak eklem Osteoarthritis is a degenerative disease, which ağrılarına ve eklem tutukluğuna yol açan bir hastalıktır. generally affects the knee joints, and results in Erken tanı ve tedavinin yapılmaması durumunda pain and movement disability in the joints due osteartrite de neden olan ve genellikle sporcularda to deterioration of cartilage. Meniscal tears that ve ileri yaslardaki kişilerde sıklıkla görülen menisküs frequently occur in typically the elderly and yırtıklarının tespiti de önem arz eden bir konumdadır. sportsmen can lead to osteoarthritis in case early Bu rahatsızlıklar diz MR görüntülerinden uzman diagnosis and treatment is not practiced. Therefore, radyologlar tarafından, uzmanının tecrübesi ile diagnosis of meniscal tears has also importance. doğru orantılı olarak gözlemlenmekte ve gerek These diseases are observed by the expert görüldüğü takdirde ilgi bölgeleri elle bölütlenerek radiologists in proportion with their expertise in knee analiz edilmektedir. Bu esnada hem uzman içi veya MR images, and the compartments of interest are uzmanlar arası gözlem farklılıklarının oluşması hem manually segmented for analysis in case of necessity. de elle bölütleme işleminin uzun sürmesi otomatik In the meantime, both occurrence of intra-observer bir sisteme olan ihtiyacı göstermektedir. Bu projede and inter-observer variations, and long durations of önerilen otomatik bölütleme sistemi bahsedilen bu the manual segmentation task indicate the need for eksiklikleri gidererek osteoartrit ve menisküs yırtıkları an automatic system. The automatic segmentation için erken tanı ve tedavi süreçlerinde yardımcı system proposed in this project can aid in early olacaktır. diagnosis and treatment processes of osteoarthritis and meniscal tears by addressing these mentioned shortcomings. 43

23 PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PRINCIPAL INVESTIGATOR BÖLÜM PROF. DR. MUHAMMET ARICI DEPARTMENT GIDA MÜHENDISLIĞI / FOOD ENGINEERING BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI START-END DATE 01.08.2013 - 31.07.2015 DESTEK TÜRÜ TAGEM FUNDED BY BÜTÇESI 168.490,38 TL BUDGET EKŞI HAMURDAN STARTER KÜLTÜR OLARAK KULLANILABILECEK MAYALARIN İZOLASYONU, TEKNOLOJIK ÖZELLIKLERININ BELIRLENMESI VE BU MAYALARIN EKMEK ÜRETIMINDE KULLANILMASI ISOLATION OF YEASTS THAT CAN BE USED AS STARTER CULTURE FROM SOURDOUGH, DETERMINATION OF TECHNOLOGICAL PROPERTIES AND USE OF THESE YEASTS IN BREAD PRODUCTION www.yildiz.edu.tr Bu projenin amacı geleneksel ekşi The aim of this project is the identification hamurlardan izole edilen mayaların of yeasts isolated from traditional tanımlanması ve tanımlanması yapılan sourdough and determination of yeast mayaların ekmek üretiminde kullanılarak species to produce traditional mouth- geleneksel damak tadımıza uygun ekşi pleasing sourdough bread. Within hamur ekmeği üretimi için maya türlerinin the scope of this Project, 9 sourdough tespit edilmesidir. Proje kapsamında, samples from Aegean Region and Ege Bölgesinden 9 farklı ekşi hamur 6 sourdough samples from Black örneği ve Karadeniz Bölgesinden 6 farklı Sea Region of Turkey were collected. ekşi hamur örneği temin edilmiştir. Bu 49 yeast species were isolated from bölgelerdeki muhtelif köy ve kasabalarda these 15 sourdough samples collected bulunan fırınlardan toplanan bu 15 adet from different village and towns ekşi hamur örneğinden toplamda 49 located in these regions. Additionaly, adet maya izolasyonu gerçekleştirilmiştir. 3 sourdough samples were produced Ayrıca geleneksel metotlarla 3 adet at laboratuary conditions based on ekşi hamur laboratuvar ortamında traditional formulations and 20 yeast hazırlanmış ve bu örneklerden de 20 species were isolated from these lab- adet maya izolasyonu gerçekleştirilmiştir. scale sourdough. 29 yeast isolates İzole edilen 69 tane mayanın 29 adedi in all 69 yeast isolate were identified

22 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Prof. Dr. Muhammet ARICI - TAGEM moleküler biyolojik yöntemlerle tanımlanırken izole via molecular biological methods while almost 45 edilen tüm mayalar FTIR cihazında da tanımlanmıştır. all isolates were identified by FTIR analyses. Rep- Moleküler biyolojik yöntem olarak projemizde rep- PZR and 26S-rDNA gene analyses methods PZR ve 26S-rDNA gen analizi kullanılmıştır. Moleküler were used in this project as molecular biological yöntemlerden alınan sonuçlara göre maya izolatları methods. According to the results of molecular içerisinde en baskın türün Saccharomyces cerevisiae biological methods, Saccharomyces cerevisiae olduğu tespit edilirken bunu Torulaspora delbrueckii was the most dominant species in all followed by takip etmiştir. Laboratuvar ortamında hazırlan ekşi Torulaspora delbrueckii. Kluyveromyces marxianus hamur örneklerinde ise Kluyveromyces marxianus was frequently isolated from lab-scale sourdugh türüne rastlanmıştır. Bölgelerden toplanan ekşi hamur samples. While pH these traditional sourdoughs örneklerinin pH değeri 3,50-5,06 arasında değişirken was varied between 3.50 to 5.06, titrable acidity titre edilebilir asit miktarı ise laktik asit cinsinden was ranged from 0.94% to 1.67% in lactic acid. %0,94-%1,67 arasındadır. Ekşi hamur örneklerinin The number of yeast enumerated in these maya sayıları ise 3.78 ile 6.28 log kob/g arasında samples ranged from 3.78 to 6.28 log CFU/g. The olduğu tespit edilmiştir. Proje kapsamında izole edilen technological properties such as acid production mayaların asit geliştirme, tuz ve antifungal maddeye ability, salt and antifungal agent (potassium (potasyum sorbat) dirençleri ve lipolitik, proteolitik sorbate) resistance of some isolated yeast species aktiviteleri gibi teknolojik özellikleri tespit edilmiştir. were also determined in this project. Torulaspora İzolatlar içerisinde, tuza karşı en iyi direnci (%2 ve %4 delbrueckii TGM 20 isolated from Black Sea Region konsantrasyon seviyesinde) Karadeniz Bölgesinden of Turkey has shown the best salt resistance (2% and (Safranbolu) izole edilen Torulaspora delbrueckii TGM 4% level) in all isolates. Saccharomyces cerevisiae 20 göstermiştir. Sırasıyla, Ege Bölgesi ve Karadeniz TGM 6 and 43 isolated from Aegean Region and Bölgesi izole edilen Saccharomyces cerevisiae TGM 6 Black Sea Region of Turkey, respectively have drawn ve 43 kodlu izolatlar ise antifungal ajan olan potasyum the attention for potassium sorbate resistance (200 sorbata karşı (200 ve 500 ppm seviyesinde) and 500 ppm level) among all isolates. All isolates göstermiş oldukları dirençle dikkat çekmişlerdir. were successfull to develop acidity. Saccharomyces Projede, tüm maya izolatlarının asit geliştirmede cerevisiae TGM 55 isolated from Aegean Region başarılı olduğuna fakat Ege Bölgesinden izole edilen and Torulaspora delbrueckii TGM 5 isolated from Saccharomyces cerevisiae TGM 55 ve laboratuvar laboratory production sourdough demostrated the ortamında üretilen ekşi hamurdan izole edilen highest acid production ability. Finally, yeast isolates Torulaspora delbrueckii TGM 5’in asit geliştirmede showing the best technological properties were daha başarılı olduğu sonucuna varılmıştır. Proje selected and used for bread making by straight kapsamında son olarak teknolojik özellikleri açısından dough fermentation method. The specific volume üstün olduğu düşünülen maya izolatları seçilmiş ve (2.68 mL/g) and the hardness value (57.90 g) of the direk hamur fermentasyonu yoluyla ekmek üretimi bread produced with Saccharomyces cerevisiae yapılmıştır. Ekmek üretiminde, Ege Bölgesinden izole TGM 55 isolated from Aegean Region was quite edilen Saccharomyces cerevisiae TGM 55 üretilen similar to the bread produced with commercial ekmeğin spesifik hacim değeri (2,68 mL/g) ve ekmek baker's yeast. It was concluded that Saccharomyces içi sertlik değeri (57,90 g) ticari mayadan üretilen cerevisiae TGM 55 isolated from Aegean Region kontrol ekmeğine en yakın sonuçları vermiştir. Ege sourdough could be used as natural sourdough Bölgesinden izole edilen Saccharomyces cerevisiae starter. TGM 55’in doğal ekşi hamur starteri olarak kullanılmaya daha elverişli olduğu sonucuna varılmıştır. FTIR (Tensor-27) ve mikroorganizma Bazı maya izolatlarının FTIR tanımlama (HTS-XT) ünitesi spektrumları FTIR (Tensor-27) and microorganism FTIR spectra of some yeast isolates identification (HTS-XT) unit

24 PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PRINCIPAL INVESTIGATOR BÖLÜM PROF. DR. DIDEM ÖZÇİMEN DEPARTMENT BIYOMÜHENDISLIK / BIOENGINEERING BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI START-END DATE 01.12.2015 - 01.12.2017 DESTEK TÜRÜ TAGEM FUNDED BY BÜTÇESI 135.561,42 TL BUDGET MIKROALGAL EKZOPOLISAKKARITLERIN SÜTLÜ TATLILAR ENDÜSTRISINDE KULLANIMI VE BIYOAKTIF, REOLOJIK VE TEKNOLOJIK ÖZELLIKLERININ BELIRLENMESI USE OF MICROALGAL EXOPOLYSACCHARIDES IN DAIRY DESSERTS INDUSTRY AND DETERMINATION OF THEIR BIOACTIVE, RHEOLOGICAL AND TECHNOLOGICAL PROPERTIES www.yildiz.edu.tr Bu projenin amacı oldukça fazla kullanım The aim of this project is to determine the alanı olan mikroalglerin ekzopolisakkarit exopolysaccharide (EPS) production (EPS) üretim potansiyellerini belirlemek potential of microalgae having many ve üretilen EPS’lerin sütlü tatlı usage areas, and to examine the use of endüstrisinde kıvam arttırıcı olarak EPS produced as food thickener in the kullanımını incelemektir. Bu kapsamda dairy dessert industry. In this content, mikroalg türlerinden Botrycoccus the algae production was carried out braunii, Chlorella sorokiniana ve Chlorella in photobioreactor to investigate the minutissima’ nın büyüme koşulları ve growth conditions of microalgae species ekzopolisakkarit üretim miktarlarındaki that are Botrycoccus braunii, Chlorella farklılığın ayrıntılı incelenebilmesi için sorokiniana and Chlorella minutissima alglerin fotobiyoreaktörde üretimleri and their difference in EPS production gerçekleştirilmiştir. Optimum EPS üretim amount. Amount of nitrogen, amount koşullarının belirlenmesi için azot miktarı, of carbon and luminous-darkness karbon miktarı ve aydınlık-karanlık süreleri time were changed to determine the üzerinde değişiklikler yapılmıştır. Alg optimum EPS production conditions.

23 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Prof. Dr. Didem ÖZÇİMEN - TAGEM üretim parametrelerinin EPS ürün verimi üzerine olan The effect of algae production parameters on the etkisi Box-behnken metotu kullanılarak istatistiksel yield of EPS was statistically examined by using Box- olarakta incelenmiş ve her mikroalg türü için en behnken method. In addition to this, optimum algae yüksek EPS veriminin sağlandığı optimum alg production conditions providing the highest yield of üretim koşulları belirlenmiştir. Ayrıca üretilen EPS EPS were determined for each microalgae. Also, FTIR ürünlerine FTIR, TGA gibi karakterizasyon işlemleri and TGA characterization procedures were applied uygulanmış olup bakteriyel kaynaklı EPS ile mikroalgal to EPS products; differences and/or similarities of kaynaklı EPS ürünleri arasındaki farklılık ve/veya products which were produced from bacterial EPS benzerlikler ortaya konulmuştur. Bunların yanı sıra and from microalgae EPS were revealed. Besides üretilen algal ekzopolisakkaritler puding ve kazandibi these, produced algal exopolysaccharides were sütlü tatlılarında kıvam arttırıcı olarak kullanılmıştır. used as a thickener in dairy desserts like pudding Üretilen puding ve kazandibi tatlılarına uygulanan and kazandibi. Characterization and sensory karakterizasyon ve duyusal analizler sonucunda algal analysis applied to the produced desserts showed ekzopolisakkaritlerin normal kıvam arttırıcıların yerine that algal exopolysaccharides could be used kullanılabileceği görülmüştür. instead of common thickeners. 47

25 PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PRINCIPAL INVESTIGATOR DR. ÖĞR. ÜYESI / ASST. PROF. DR. EMEL ORDU BÖLÜM MOLEKÜLER BIYOLOJI VE GENETIK DEPARTMENT BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI MOLECULAR BIOLOGY AND GENETICS START-END DATE 15.04.2017 - 15.04.2019 DESTEK TÜRÜ TUBITAK 3001 FUNDED BY 105.000 TL BÜTÇESI BUDGET PAMUK BITKISINDEN (GOSSYPIUM HIRSUTUM) İZOLE EDILEN NAD+-BAĞIMLI FORMAT DEHIDROGENAZ’IN REKOMBINANT ÜRETIMI VE BIYOTEKNOLOJIK KULLANIMININ ARAŞTIRILMASI INVESTIGATION OF RECOMBINANT PRODUCTION AND BIOTECHNOLOGICAL USE OF NAD+-DEPENDENT FORMAT DEHYDROGENASE ISOLATED FROM COTTON PLANT (GOSSYPIUM HIRSUTUM) NAD(P)H rejenerasyonu ve CO2 NAD+-dependent dehydrogenases are indirgenmesini sağlayan çift yönlü industrially important enzymes because of the bidirectional reaction system reaksiyonundan dolayı NAD+-bağımlı providing NAD(P)H regeneration and CO2 reduction. Although studies about format dehidrogenazlar endüstriyel olarak biotechnological usage of FDH have been focusing on the microorganisms, önemli enzimlerdir. Ancak FDH enzimi there is an important shortcoming to evaluate the biotechnological potential ile ilgili araştırmalar mikroorganizmalar of plant sourced FDHs. Based on this information, it is aimed to show üzerinde yoğunlaşmıştır, bitki kaynaklı the biotechnological availability of Gossypium hirsutum (cotton) NAD+ rekombinant FDH’lerin biyoteknolojik -dependent formate dehydrogenase enzyme (GhFDH) in our project. In line potansiyelinin değerlendirilmesinde with our aim, the gene encoding the önemli bir eksiklik bulunmaktadır. Bu bilgi ile projemizde Gossypium hirsutum (pamuk) NAD+-bağımlı format www.yildiz.edu.tr dehidrogenaz enziminin (GhFDH) biyoteknolojik kullanılabilirliğinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Amacımız doğrultusunda hedef enzimi kodlayan

24 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Dr. Öğr. Üyesi / Asst. Prof. Dr. Emel ORDU - TUBITAK 3001 gen bitkiden izole edilmiş, pQE-2 vektörüne aktarılarak target enzyme was isolated from the plant, cloned into the pQE-2 vector, and an efficient heterologous etkin bir heterolog ekpresyon sistemi oluşturulmuş ve expression system was established by using E. coli DH5∆ host cell. GhFDH enzyme was successfully E. coli DH5∆ konakçı hücresinde %87 oranı ile başarıyla overproduced with a yield of 87% in E. coli. The recombinant protein was purified using Ni-NTA üretilmiştir. Rekombinant protein, Ni-NTA kullanılarak system. The 3D structure of recombinant GhFDH (QMEAN value of 0.58 and 0.84) was modeled with saflaştırılmıştır. GhFDH’in 3D yapı modeli (QMEAN SWISS-MODEL homology modeling tool using the apo-form of NAD-dependent FDH from higher-plant değeri ise 0.58 ve 0.84) SWISS-MODEL homoloji Arabidopsis thaliana, which has 87.6% sequence identity with GhFDH as template. Kinetic analyses modelleme aracı ile %87.6 dizi benzerliği göseteren suggest that GhFDH has considerably high affinity to formate (0.76 ± 0.07 mM), NAD+ (0.06 ± 0.01 Arabidopsis thaliana FDH kalıp olarak kullanılarak mM) and NADP (1.98 ± 0.4 mM). The CO2 reduction activity of the recombinant GhFDH enzyme was yapılmıştır. Kinetik analiz sonucu format, NAD+, ve also tested and any measurable activity was not recorded. NADP+ affinity show that GhFDH is a NADP+ için Km değerleri 0.76 ± 0.07, 0.06 ± 0.01 and valuable enzyme for protein engineering studies that is trying to change the coenzyme preference from 1.98 ± 0.4 mM olarak hesaplanmıştır. CO2 redüksiyonu NAD to NADP which has a much higher cost than için ölçülebilir bir aktivite gözlenememiştir. GhFDH’ın that of NAD. The midpoint of thermal inactivation (T0.5 ) value for GhFDH was calculated as 53.3 °C literatürdeki diğer bitki FDH’lerine gore formata daha using Grafit 5. The activity of the GhFDH enzyme reached the highest level at 30 °C (1.06 ± 0.015 yüksek afinite göstermesi endüstriyel uygulamalarda U/mg). GhFDH enzyme purified from H2O2 treated E.coli culture did not show activity after 15 minutes öne çıkabileceğini göstermektedir. Sıcaklık in the presence of 3M H2O2 but the purified GhFDH enzyme from the culture grown with H2O2 stress denaturasyon deneyleri Grafit 5’de değerlendirilerek lost its activity after 30 minutes in the presence of 3M H2O2. When the urea denaturation experiments enzimin başlangıç aktivitesinin %50’sini kaybettiği were analyzed by fluorescence spectrophotometer, ∆H and ∆Cp, values at 25 °C was calculated to be T0.5 değeri 53 °C olarak hesaplanmıştır. En yüksek approximately +66000 ± 12000 j / mol and -6029 ± 1000 j/mol/K, respectively. (-T∆S) at 25 °C was aktivite (1.06 ± 0.015 U/mg) 30 °C’de ölçülmüştür. 254 ± 42 j/mol and Tm value calculated from this curve is 72 °C. H2O2 uygulanmamış kültürden saflaştırılan GhFDH GhFDH which is a promising enzyme for NAD (P) 49 enzimi 3M H2O2 varlığında 15. dakikadan sonra regeneration and biotransformation studies with aktivite vermezken, H2O2 stresi ile büyütülen kültürden its stability and NADP affinity, is a plant-derived saflaştırılmış GhFDH enzimi 3M H2O2 varlığında considerable enzyme for protein engineering 30. dakikadan sonra aktivitesini kaybetmiştir. Üre studies.The results were obtained during this project were shared with 2 articles. 2 master thesis were denaturasyon deneyleri floresan spektrofotometre supported. ile analiz edildiğinde, 25 °C’de ∆H değeri yaklaşık +66000 ± 12000 j/mol ve ∆Cp, -6029 ± 1000 j/ mol/K olarak hesaplanmıştır. 25 °C’deki (-T∆S) 254 ± 42 j/mol ve bu eğriden hesaplanan Tm değeri 72 oC’dir. GhFDH NAD(P)H rejenerasyonu ve biyotransformasyon çalışmaları için stabilitesi ve NADP afinitesi ile umut vaad eden, protein mühendisliği teknikleri ile geliştirilmeye değer bitkisel kaynaklı bir enzimdir. Proje sonuçları 2 uluslararası makale ile paylaşılmıştır, 3. makalemiz hazırlık aşamasındadır. 2 Yüksek Lisans tezi desteklenmiştir.

26 PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PRINCIPAL INVESTIGATOR BÖLÜM PROF. DR. DILEK TURGUT BALIK DEPARTMENT BIYOMÜHENDISLIK / BIOENGINEERING BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI START-END DATE 01.10.2014 - 01.10.2016 DESTEK TÜRÜ TAGEM FUNDED BY BÜTÇESI 100.168,83 TL BUDGET THEILERIOSIS’IN TEDAVISINDE KULLANILABILECEK YENI BIR İLAÇ ADAYI TESPIT ETMEK İÇIN KUMARIN TÜREVLERININ THEILERIA ANNULATA’NIN ENOLAZ ENZIMINI İNHIBISYON POTANSIYELININ ARAŞTIRILMASI INVESTIGATION ON THEILERIA ANNULATA ENOLASE INHIBITION POTENTIAL OF COUMARIN DERIVATIVES TO IDENTIFY NEW DRUG CANDIDATES TO BE USED IN THE TREATMENT OF THEILERIOSIS Tropikal theileriosis, bir apikompleksan Tropical theileriosis is a tick-borne disease which is caused by an parazit Theileria annulata’nın neden apicomplexan parasite Theileria annulata. Enolase might be a druggable olduğu kene kaynaklı bir hastalıktır. protein target has an important role in glycolytic pathway of this parasite. Enolaz, bu parazitin glikolitik yolağında In this study, inhibition potential of coumarin derivatives was assessed on T. önemli bir role sahip olması nedeniyle annulata enolase (TaENO), for the first time in the literature. Inhibitor screening potansiyel olarak ilaç bağlanabilen analyses were carried out using 38 coumarin derivatives on highly purifed bir protein hedeftir. Bu çalışmada; TaENO (> 95%), and four coumarin derivatives [4-(3,4-dimethoxyphenyl)- literatürde ilk defa T. annulata enolazının 6,7-dihydroxy-2H-chromen-2-one (C8); 4-(3,4-dihydroxyphenyl)-7,8 dihydroxy- (TaENO) aktivitesi üzerinde kumarin türevlerinin inhibisyon performansının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. İnhibitör tarama analizleri yüksek saflıktaki www.yildiz.edu.tr TaENO üzerinde 38 adet kumarin türevi kullanılarak gerçekleştirilmiştir ve dört kumarin türevinin 4-(3,4-dimetoksifenil)- 6,7-dihidroksi-2H-kromen-2-on (K8);

25 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Prof. Dr. Dilek TURGUT BALIK - TAGEM 4-(3,4-dihidroksifenil)-7,8-dihidroksi-2H-kromen- 2H-chromen-2-one (C9); 4-(3,4-dihydroxyphenyl)- 2-on (K9); 4-(3,4-dihidroksifenil)-6,7-dihidroksi- 6,7-dihydroxy-2H-chromen-2 one (C21); 2H-kromen-2-on (K21) ve 3-(3,4-dihidroksifenil)- and 3-(3,4-dihydroxyphenyl)-7,8-dihydroxy 7,8-dihidroksi-2H-kromen-2-on (K23)] sırasıyla 2Hchromen-2-one (C23)] showed the highest 10.450, 13.170, 8.871 ve 10.863 µM IC50 değerleri inhibitory effects with the IC50 values of 10.450, ile en iyi inhibitör etkisine sahip olduğu belirlenmiştir. 13.170, 8.871 and 10.863 µM, respectively. The Kinetik analizler sonucunda bu bileşiklerin TaENO kinetic results indicated that these compounds aktivitesini yarışmasız inhibisyon mekanizması ile inhibited the enzyme by uncompetitive inhibition. In inhibe ettiğini göstermektedir. Ek olarak, en düşük addition, the binding of C21 coumarin derivative on IC50 değerine sahip K21 kumarin türevinin TaENO’ya TaENO was confirmed by using MALDI-TOF mass bağlandığı MALDI-TOF kütle spektroskopisi spectrophotometry. Three-dimensional models of kullanılarak doğrulanmıştır. TaENO’nun açık ve kapalı open and closed conformations of TaENO have konformasyonlarının 3 boyutlu modelleri homoloji been described by homology modeling method. modelleme metodları kullanılarak tanımlanmıştır. Also, active site and potential drug binding regions TaENO modelinin aktif bölge ve potansiyel ilaç of TaENO model were predicted. Molecular docking bağlanma bölgeleri öngörülmüştür. 2-Fosfogliserik analyses of 2-phosphoglyceric acid and the four asidin ve belirlenen dört kumarin türevinin TaENO coumarin derivatives were also performed to predict üzerinde muhtemel bağlanma bölgelerinin possible binding poses on TaENO. Taken together, öngörülmesi için bu bölgelere moleküler yanaştırma our results reveal that C8, C9, C21 and C23 coumarin analizleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen sonuçlar derivatives are potent, non-substrate, uncompetitive birlikte değerlendirildiğinde, K8, K9, K21 ve K23 inhibitors of TaENO, for the first time in literature. kumarin türevlerinin literatürde ilk defa TaENO’nun substrat benzeri olmayan, etkili, yarışmasız bir 51 inhibitörü olduğu belirlenmiştir.

27 PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PRINCIPAL INVESTIGATOR BÖLÜM PROF. DR. HASAN TATLIPINAR DEPARTMENT FIZIK / PHYSICS BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI START-END DATE 01.08.2015 - 01.08.2017 DESTEK TÜRÜ TUBITAK 3001 FUNDED BY 100.000 TL BÜTÇESI BUDGET SICAKLIĞA DUYARLI OLIGO (ETILEN GLIKOL) METIL ETER METAKRILAT (OEGMA) TEMELLI POLIMERLERIN MOLEKÜLER DINAMIK YÖNTEMI ILE INCELENMESI INVESTIGATION OF THERMORESPONSIVE OLIGO (ETHYLENE GLYCOL) METHYL ETHER METHACRYLATE (OEGMA) BASED POLYMERS BY MOLECULAR DYNAMICS METHOD www.yildiz.edu.tr Projenin amacı, oligo(etilen glikol) The aim of the project is to investigate metil eter metakrilat (OEGMA) the thermoresponsive phase transitions temelli polimerlerin sıcaklığa bağlı faz of oligo(ethylene glycol) methyl ether geçişlerinin moleküler düzeyde detaylı methacrylate (OEGMA) based polymers bir şekilde incelenmesidir. Bunun için in detail at molecular level. Accordingly, yan zincirlerinde farklı sayıda etilen oksit POEGMA homopolymers that contain (EO) içeren POEGMA homopolimerleri different numbers of ethylene oxides ve bu homopolimerler arasında farklı blok (EO) on their side chains and copolymers oranlarında kopolimerler oluşturulacaktır. of these homopolymers with different Tüm polimer sistemleri, ‘düşük kritik block ratios will be formed. All polymer çözelti sıcaklığı’ (LCST) değerlerinin systems will be investigated at four altında ve üzerinde seçilecek dört farklı different temperatures which are to be sıcaklıkta incelenecektir. Sıcaklığa duyarlı selected below and above the so-called bir polimer türü olan POEGMA’lar, su ‘lower critical solution temperature’ içinde LCST davranışı gösterirler. Buna (LCST) values. POEGMAs, which are göre düşük sıcaklıklarda suda çözünür a type of thermoresponsive polymers,

26 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Prof. Dr. Hasan TATLIPINAR - TUBITAK 3001 halde bulunan POEGMA’lar, sıcaklığın LCST değerini exhibit LCST behaviour in water. While they are aşmasıyla beraber çözünmemeye başlarlar. LCST water-soluble at low temperatures, they become değerindeki bu faz geçişi, polimer zincirlerinin insoluble when the temperature exceeds above the özelliklerine ve suyla olan etkileşimlere bağlıdır. LCST value. The phase transition at LCST depends Bu polimerlerin sıcaklığa bağlı fonksiyonlarının on the properties of polymer chains and interactions belirlenmesinde, konformasyon değişimleri kritik with water. Conformational changes play a rol oynamaktadır. POEGMA’lar, kontrollü ilaç salımı critical role on the determination of temperature- ve genetik materyalin in vivo taşınmasında güçlü dependent functions of these polymers. POEGMAs bir kullanım potansiyeline sahiptir. Bu nedenle bu have a strong potential in use for controlled drug polimerlerin fizyolojik ortamdaki davranışlarının release and in vivo delivery of genetic materials. analizi için, sudaki davranışlarının bilinmesi oldukça Therefore, it is quite important to know how these önemlidir. Buna karşılık, POEGMA sistemlerinin LCST polymers behave in water, in order to analyse their faz geçişleri ile polimer-su etkileşimlerinin moleküler behaviours in physiological environment. However, ayrıntıları henüz yeterince anlaşılamamıştır. Bu proje the molecular details of the LCST phase transitions of ile OEGMA temelli polimerlerin sıcaklığa bağlı faz POEGMA systems and polymer-water interactions geçişlerinin yapısal ve dinamik özellikleri atomik have not yet been fully understood. By this project, seviyede incelenecektir. the structural and dynamic properties of the phase transitions of OEGMA based polymers through temperature will be investigated at atomic level. 53

28 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ DR. ÖĞR. ÜYESI / ASST. PROF. DR. SAKİP ÖNDER PRINCIPAL INVESTIGATOR BIYOMEDIKAL MÜHENDISLIĞI / BIOMEDICAL ENGINEERING BÖLÜM DEPARTMENT 01.02.2018 - 01.08.2019 BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI TUBITAK 3001 START-END DATE 98.250 TL DESTEK TÜRÜ FUNDED BY BÜTÇESI BUDGET MAGNEZYUM KATKILI TiN KAPLAMALARIN IN VIVO KOŞULLARDA OSTEOENTEGRASYON ÖZELLIKLERININ BELIRLENMESI ASSESSMENT OSTEOINTEGRATION PROPERTIES OF MAGNESIUM DOPED TiN COATINGS IN VIVO CONDITIONS Titanyum ve alaşımları kullanılarak elde Success of hard tissue implant materials that used titanium and titanium alloys edilen sert doku implant malzemelerinin depends on the surface properties in addition mechanical properties. başarısı, mekanik özelliklerinin dışında Therefore, surface of implant materials are modified for better integration yüzey özelliklerine de bağlıdır. Bu of implant and tissue. TiN thin film coatings have been preferred on nedenle implantların yüzey özellikleri, titanium-based materials because of their biocompatibility, and corrosion dokuyla hızlı ve etkili bir şekilde bağlanma resistance. In this project, behaviour of (Ti,Mg)N thin sağlamak üzere değiştirilmektedir. TiN film coatings was studied in vivo. Firstly, TiN and (Ti,Mg)N thin film coatings ince film kaplamalar korozyon, aşınma using arc-PVD were deposited onto titanium plates. After characterization, dirençleri ve biyouyumluluklarının yüksek the plates were used to fix bone fractures formed on the femoral bones olması nedeniyle titanyum malzemelerde of the rabbits.Plates were removed after kaplama olarak kullanılmaktadır. Bu projede, (Ti,Mg)N ince film kaplamaların in vivo koşullardaki davranışları araştırılmıştır. Öncelikle TiN www.yildiz.edu.tr ve (Ti,Mg)N kaplamalar titanyum plaka yüzeylerine fiziksel buhar biriktirme yöntemiyle kaplanmıştır. Karakterizasyon sonrasında plakalar, kırık hattı oluşturulan tavşanların femur kemiklerine

27 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Dr. Öğr. Üyesi / Asst. Prof. Dr. Sakip ÖNDER - TUBITAK 3001 sabitlenmiştir. Plakalar 6 hafta sonunda çıkartılarak 6 weeks and SEM, EDS, Von Kossa and FTIR to femur/plaka arakesitindeki bağlanma için SEM, EDS, visualize osteointegration, micro tomography (µCT) Von Kossa ve FTIR analizleri, kemik iyileşmesinin and histology analyses to determine osteosynthesis tespiti için mikro tomografi (µCT) ve histoloji analizleri were done. yapılmıştır. Osteointegration analyses showed that HA Plaka ile kemik arasındaki bağlanmanın formation and cell density were higher on (Osteoentegrasyon) tespiti için yapılan deneyler, (Ti,Mg)N coated plates. Higher bone regeneration Mg katkılı TiN ile kaplanmış plaka yüzeylerinde HA was shown in osteosynthesis analyses conducted oluşumunun ve hücre yoğunluğunun daha fazla at fracture site where Mg containing plates were olduğunu göstermiştir. Kemik iyileşmesi için yapılan applied. Cartilage bone tissue was higher at the deneylerde de kompakt kemik oluşumunun Mg katkılı fracture site where Mg free-coated plates were TiN içeren plakaların uygulandığı kırık hatlarında daha applied. As a conclusion; in vivo results showed fazla olduğu gösterilmiştir. Mg salımı yapılmayan that local Mg release affected osteosynthesis and kırık hatlarında kıkırdak kemik dokusu daha fazladır. osteointegration positively and (Ti,Mg)N coating Bu sonuçlara göre plaka yüzeylerinden lokal Mg has a potency for clinical applications. salımının kemik iyileşmesi ve osteoentegrasyon üzerine pozitif bir etkisinin olduğu in vivo deneylerle de desteklenmiş olup (Ti,Mg)N ince film kaplamaların klinik kullanımının önünü açılmıştır. 55 Şekil 3. 6 Haftalık iyileşme sonrasında kırık hattının farklı yönlerden elde edilmiş µCT görüntüleri Figure 3 .µCT images obtained from different directions of the fracture line after 6 weeks of healing. Şekil 1. (Ti,Mg)N kaplanan vidaların farklı büyütmelerdeki (35x,500x) yüzey görüntüleri; İkincil elektron görüntüleri (solda), geri saçılan elektron görüntüleri (sağda) Figure 1. (Ti, Mg) N coated screws surface images at different magnifications (35x, 500x); Secondary electron images (left), backscattered electron images (right) Şekil 2. Femur kemiğinin orta kısmında oluşturulan (solda) ve Şekil 4. Kırık hattında Hematoxylin & Eosin ile yapılan boyama plaka/vida ile sabitlenen kırık hattı (sağda) işlemleri. (a, b) TiN ve (c, d) (Ti, Mg) N kaplı plakalarla temas eden kemik numunelerine ait görüntüler. (CB) Kompakt Kemik, Figure 2. Fracture line formed in the middle of the femur (CR) Kıkırdak, (BM) Kemik İliği, (OSN) Osteon. Objective: 10x. bone (left) and fixed with a plate / screw (right) Figure 4. Painting procedures performed with Hematoxylin & Eosin on the fracture line. Images of (a, b) TiN and (c, d) (Ti, Mg) N-coated bone specimens in contact with plates. (CB) Compact Bone, (CR) Cartilage, (BM) Bone Marrow, (OSN) Osteon. Objective: 10x.

29 PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PRINCIPAL INVESTIGATOR BÖLÜM PROF. DR. MELDA ALTIKATOĞLU YAPAÖZ DEPARTMENT KIMYA / CHEMISTRY BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI START-END DATE 01.08.2014 - 01.08.2016 DESTEK TÜRÜ TUBITAK 3001 FUNDED BY 76.962 TL BÜTÇESI BUDGET DEKSTRAN ILE STABILIZE EDILMIŞ ÜREAZ ENZIMI VE KOMPOZIT AMONYUM SENSÖR KULLANILARAK MIKRO BÜYÜKLÜKTE YENI TIP POTANSIYOMETRIK ÜRE BIYOSENSÖR GELIŞTIRILMESI DEVELOPMENT OF A MICRO-SIZED NEW TYPE OF POTENTIOMETRIC UREA BIOSENSOR USING DEXTRAN STABILIZED UREASE ENZYME AND COMPOSITE AMMONIUM SENSOR Planlanan proje çalışması, Under the planned project study, the laboratuvarlarımızda geliştirdiğimiz mikro development of a new type urea sensitive boyutlarda kompozit amonyum duyarlı biosensor has been purposed by using sensör kullanılarak yeni tip üre duyarlı micro sized potentiometric ammonium potansiyometrikbiyosensörgeliştirilmesini sensitive composite membrane sensor hedeflemektedir. Bu çalışmada ilk olarak produced in our laboratories. In this üreaz/dekstran-aldehit non-kovalent study, urease-dextran aldehyde non- kompleksleri sentezlenmiştir. Üre tayini covalent complexes were synthesized. yapabilmek için, PVC-COOH membran Potantiometric urea biosensor elektrodu kullanılarak potansiyometrik has been devepoled using PVC- üre biyosensörü geliştirilmiştir. Enzim COOH membrane electrode for the olarak stabilize üreaz-dekstran kompleksi determination of the urea. The urea- www.yildiz.edu.tr kullanılarak, ortam koşullarına karşı daha sensitive biosensor by enhanced stability dirençli ve kararlı hale getirilmiş olan üre against environmental conditions using duyarlı biyosensör iç referans elektrot urease-dextran complexes were not ve iç referans çözelti içermemektedir. included inner reference electrode and

28 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Prof.. Dr. Melda ALTIKATOĞLU YAPAÖZ - TUBITAK 3001 Uzun sure kararlı okuma yapabileceği ve sürekli inner reference solution. The biosensor is thought to ölçüm sistemlerinde kullanılmaya elverişli olabileceği be more suitable to make stable readings for a long düşünülen biyosensörün potansiyometrik performansı time and to be used for continuous measurement (seçicilik sabitleri, doğrusal çalışma aralığı, tayin limiti, systems. Potentiometric performance (selectivity cevap süresi, pH çalışma aralığı, tekrarlanabilirliği ve constants, lineer working range, determination kullanım ömrü) bilgisayar kontrollü ölçüm sistemi ile of limit, response time, pH working range, belirlenmiştir. reproducibility and lifetime) of biosensor have been examined with a computer-contolled measurement system designated. 57

30 PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PRINCIPAL INVESTIGATOR BÖLÜM PROF. DR. SEVIL YÜCEL DEPARTMENT BIYOMÜHENDISLIK / BIOENGINEERING BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI START-END DATE 01.05.2014 - 01.11.2015 DESTEK TÜRÜ TUBITAK 3001 FUNDED BY 73.500 TL BÜTÇESI BUDGET PIRINÇ KABUĞU SILIKASINDAN YAPAY KEMIK OLARAK KULLANILABILECEK BIYOAKTIF CAMLARIN ÜRETIMI VE OSTEOSIT HÜCRELERI ÜZERINE ETKISI PRODUCTION OF BIOACTIVE GLASSES FOR ARTIFICIAL BONE USING SILICA OBTAINED FROM RICE HUSK ASH AND IT’S EFFECT ON OSTEOCYTE CELLS www.yildiz.edu.tr Silikanın kullanım alanları içerisinde yer Bioactive glasses, which contain silica, alan biyoaktif camlar kemik bozuklukları ve are used as bone defect fillers for kemik onarımında, kemik dolgu materyali bone repair and restoration, and bone ve çene yüz cerrahisinde kemik graftı grafting during maxillofacial surgery. yapı malzemesi olarak kullanılmaktadır. Bioactive glasses basically consists Biyoaktif camların yapısında temel of silicon, calcium, phosphorus and olarak silisyum, kalsiyum, fosfor ve sodium oxides. Metal ions added affect sodyum oksitleri bulunmaktadır. Yapısına the properties (mechanical, bioactivity, eklenen metal iyonları biyoaktif camların cell proliferation) of bioactive glasses. özelliklerini (mekanik, biyoaktivite, hücre Bioactive glasses are inorganic glasses çoğalması) etkilemektedir. Biyoaktif that can bond to living tissues (bone, camlar vücut sıvısı içerisinde yüksek ligament, muscle) through the formation oranda biyoaktivite gösteren, doku ile of hydroxyapatite layer at the glass/ cam arasında hidroksiapatit tabakası tissue interface. The levels of bioactivity, oluşturarak canlı dokulara (kemik, that is, the rate of apatite layer formation, kas, ligament) bağlanabilen inorganik and the apatite like layer thickness

29 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Prof. Dr. Sevil YÜCEL - TUBITAK 3001 malzemelerdir. Biyoaktif camların biyoaktivite depend on the glass chemical composition and 59 seviyeleri apatit tabakası oluşum oranına, camın on the morphological parameters, such as surface kimyasal kompozisyonuna ve yüzey genişliği, por area, pore size, and pore volume. hacmi ve büyüklüğü gibi morfolojik parametrelere Produced SiO2 fom rice hull ash will be used as SiO2 bağlıdır. source in 45S5 bioactive glasses. These bioactive Pirinç kabuğundan elde edilecek SiO2 45S5 glasses will be produced according to the melting biyoaktif camların üretiminde SiO2 kaynağı olarak method at 1450 °C with CaO, P2O5, Na2O5 sources kullanılacaktır. Biyoaktif camlar ergitme yöntemiyle and RHA based SiO2, RHA SiO2 contains different 1450 °C’de CaO, P2O5, Na2O5 kaynakları ve pirinç metal ions Mg, Mn, Ti, Fe, Cu, K, Al, Na at 5% as külü bazlı SiO2 ile üretilecektir. RHA kaynaklı SiO2, impurity which are compatible to human body. In silika haricinde %5 oranında vücuda uyumlu çeşitli order to enhance the bioactivity and mechanical metal iyonlarını (Mg, Mn, Ti, Fe, Cu, K, Al, Na ) da properties of bioactive glasses, which are used içermektedir. Literatürde yapılan çalışmalarda kemik in bone fracture treatment, metal ions like Sr, Mg, kırıklarının tedavisinde kullanılan biyoaktif camların Cu, K, Al, Zn, Ag were added to bioactive glasses biyoaktivitelerini ve mekanik özeliklerini iyileştirmek and their effects were investigated previously in the amacı ile Sr, Mg, Cu, K, Al, Zn, Ag gibi metal iyonları literature. Whereas, SiO2 which will be produced in biyoaktif camlara katılmış ve etkileri incelenmiştir. Oysa this project contains clear majority of these ions. projede ürettiğimiz silika içerisinde zaten bu iyonların Within the aim of the project, mechanical properties büyük bir çoğunluğu mevcuttur. Bu metal iyonlarını (Vickers), bioactivity (SEM, XRD, behavior in içeren pirinç kabuğu bazlı silikadan üretilen biyoaktif artificial body fluid) of bioactive glasses, produced camların proje kapsamında mekanik özellikleri from RHA SiO2 that contain these metal ions, will (Vickers), biyoaktivitesi (SEM, XRD, vücut sıvısı be investigated. Osteoblast cell culture studies of içersindeki davranışı) incelenecek, osteoblast hücre bioactive glasses which are modified with these ions kültürü çalışmaları yapılarak hücrelerin çoğalmaları will be carried out and their effect on proliferation üzerine etkisi araştırılacaktır. Projede üretilen silikalara of cells will also be investigated. Besides naturally doğal olarak içerdiği inorganik maddelerin yanı occurring impurities of produced SiO2 Mo,Se which sıra şu ana kadar literatürde etkisinin incelendiği bir is not investigated previously in the literature, and çalışma bulunmayan molibden, selenyum ve etkileri Sr, Mg, Al that are investigated previously will be daha önce incelenen stronsiyum, magnezyum added to bioactive glasses and their effects on ve alüminyum da ilave edilerek biyoaktif camların mechanical and in vitro properties (mentioned yukarda belirtilen mekanik ve in vitro özelliklerine olan above) of bioactive glasses will be studied. 45S5 etkileri incelenecektir. Bu iyonlarla modifiye olmuş bioactive glasses produced from commercial SiO2 biyoaktif camların hem ticari hem de RHA kaynaklı and RHA SiO2, which are modified with these ions, silikadan aynı yöntemle üretilen 45S5 biyoaktif will be compared according to their mechanical camların mekanik ve biyoaktivite özellikleri arasındaki and chemical properties. farklar incelenecektir.

31 PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PRINCIPAL INVESTIGATOR BÖLÜM PROF. DR. MELDA ALTIKATOĞLU YAPAÖZ DEPARTMENT KIMYA / CHEMISTRY BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI START-END DATE 01.07.2014 - 01.07.2016 DESTEK TÜRÜ TAGEM FUNDED BY BÜTÇESI 56.900 TL BUDGET FARKLI NANOPARTIKÜLLERIN YEŞIL SENTEZI VE BITKILERE ETKILERI GREEN SYNTHESIS OF DIFFERENT NANOPARTICLES AND ITS EFFECTS ON PLANTS www.yildiz.edu.tr Bu çalışmada; nanoteknoloji alanında In this study, synthesis of Ag, Au and Cu yaygın olarak araştırılan Ag, Au ve Cu nanoparticles was carried out widely nanopartiküllerin çeşitli bitkilerden examined in nanotechnology using plant biyosentezi gerçekleştirilmiştir. Çalışma extracts. The nanoparticles obtained are sonucunda elde edilen nanopartiküller characterized by UV–vis (Ultraviolet– UV-VIS (Ultraviyole ve görünür visible spectroscopy), FTIR (Fourier bölge spektroskopisi), FTIR (Fourier transform infrared spectroscopy) and dönüşümlü infrared spektroskopisi) ve SEM (scanning electron microscopy. SEM (Geçirgen elektron mikroskobu) The synthesized nanoparticles are ile karakterize edilmiştir. Sentezlenen tested antibacterial activity against nanopartiküllerin Escherichia coli Escherichia coli. The peaks that belong bakterisine karşı antibakteriyel aktivitesi to nanoparticles were obtained in UV– tayin edilmiştir. UV-Vis Spektrumlarında vis spectra. The average size of particles metal nanopariküllere ait pikler sentezin was found in the range nanometer. başarılı olduğunu göstermiştir. SEM analizi The synthesized nanoparticles showed sonuçları ile elde edilen partiküllerin noteworthy antibacterial activity against

30 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Prof. Dr. Melda ALTIKATOĞLU YAPAÖZ - TAGEM ortalama büyüklüğünün nanometre aralığında olduğu Escherichia coli. Biological method for synthesis tespit edilmiştir. Ayrıca sentezlenen nanopartiküller of nanoparticles using plant extracts has been oldukça iyi antibakteriyel etkinlik göstermiştir. Bitki suggested as a possible ecofriendly alternative to ekstraktları kullanılarak biyolojik yöntemle sentezlenen chemical and physical methods. metal nanopartiküller, kimyasal ve fiziksel yöntemlere alternatif çevre dostu olarak öngörülmektedir. 61

32 PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PRINCIPAL INVESTIGATOR DOÇ. DR. / ASSOC. PROF. DR. NELISA TÜRKOĞLU BÖLÜM MOLEKÜLER BIYOLOJI VE GENETIK DEPARTMENT BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI / MOLECULAR BIOLOGY AND GENETICS START-END DATE 15.09.2014 - 15.09.2016 DESTEK TÜRÜ TUBITAK 3001 FUNDED BY 52.738 TL BÜTÇESI BUDGET YARA ÖRTÜ MATERYALI OLARAK KULLANILMAK AMACIYLA BIYOBOZUNUR ANTI-MIKROBIYAL SELÜLOZ MEMBRAN HAZIRLANMASI PREPARATION OF A BIODEGRADABLE ANTIBACTERIAL CELLULOSE MEMBRANE FOR WOUND HEALING www.yildiz.edu.tr Mikrobiyal selülozun nanofiber yapısı, Microbial Cellulose has a distinctive bakteriyel selülozu yara iyileştirilmesi nanofibrillar structure that may uygulamaları için vazgeçilmez become a perfect matrix as an optimal yapmaktadır. Bakteriyel selülozun wound healing environment. Bacterial bulunduğu ortama nem sağlayabilme cellulose is an interesting material as yeteneğine sahip olması, yara a wound dressing material since it iyileştirmesine katkı sağladığı için yara provides moist environment to a wound iyileştirme materyali olarak kullanımını resulting in a better wound healing. ilginçtir kılmaktadır. Selüloz yapısındaki Cellulose-based hydrogels have wide hidrojellerin biyouyumlu olması, toksik applications in tissue engineering and olmaması ve üretim maliyetinin düşük controlled delivery systems thanks olması nedeniyle doku mühendisliği ve to their biocompatibility, non-toxic kontrollü salım sistemlerinde yaygın olarak feature and low cost production. There kullanılmaktadır. Biofill, Gengiflex, XCell are also commercial cellulose-based gibi selüloz yapısında olan ticari olarak wound healing systems such as Biofill, üretilen ve kullanılmakta olan ürünlerde Gengiflex, XCell. However, bacterial

01 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Doç. Dr. / Assoc. Prof. Dr. Nelisa TÜRKOĞLU - TUBITAK 1003 günümüzde mevcuttur. Sunulan çalışmada, bakteriyel cellulose itself is non biodegradable and has no selüloz Gluconacetobacter xylinus (Acetobacter antimicrobial activity to prevent wound infection. In xylinum) bakterisi kullanılarak hücre dışı üretilecektir. the presented study, bacterial cellulose is going to Üretilen selüloz membran peryodat oksidasyonu be produced extracellularly by Gluconacetobacter yöntemi ile biyobozunur hale getirilip, difüzyon xylinus (Acetobacter xylinum) and oxidized to 2,3 ile şişirme yöntemi ile ampisilin yüklenecektir. İlaç dialdehyde cellulose (DABC) by using sodium ile membran arasındaki etkileşim ATR-FTIR analizi metaperiodate method. Additionally, membrane is ile saptanacaktır. İlacın membrandan salımı ise going to be loaded Ampicillin (AMP), a β-lactam LC-tandem mass spectrometer (LC/MS/MS) ile antibiotic by using swelling-diffusion method.The belirlenecektir İlaç yüklü membranın, antibakteriyal interactions between BC fibrils and drugs will be testleri disk difüzyon yöntemi ile S. aureus ve E.coli’ ye illustrated via ATR-FTIR analysis Drug release from karşı belirlenecektir. Daha sonra ilaç yüklü membranın membranes will be observed by positive-ion yüzeyine fibroblast hücre tutunması, MTT yöntemi ile electrospray and detected by multiple reaction in vitro olarak belirlenecektir. monitoring (MRM) with an LC-tandem mass spectrometer (LC/MS/MS). Antibacterial activities are going to be tested against S. aureus and E.coli by disc diffusion tests. Additionally, in vitro fibroblast cell adhesion and proliferation is going to be investigated on drug loaded biodegradable membranes. The aim of the study is to prepare biodegradable, antibacterial membranes for wound healing. 63

32 PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PRINCIPAL INVESTIGATOR DOÇ. DR. / ASSOC. PROF. DR. CÜNEYT YILMAZ BÖLÜM MEKATRONIK MÜHENDISLIĞI DEPARTMENT BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI MECHATRONICS ENGINEERING START-END DATE 30.10.2014 - 01.10.2016 DESTEK TÜRÜ TUBITAK 2232 FUNDED BY 30.000 TL BÜTÇESI BUDGET İNSANLARDA AKCIĞER FONKSIYON VE MEKANIĞININ MÜDAHALESIZ ÖLÇÜMÜ İÇIN SISTEM TASARIMI VE TIBBI GÖRÜNTÜ ANALIZI ILE AKCIĞER YAPISININ İNCELENMESI A SYSTEM DESIGN FOR NON-INVASIVE MEASUREMENT OF LUNG FUNCTION AND MECHANICS AND EXAMINATION OF LUNG STRUCTURE BY MEDICAL IMAGE ANALYSIS IN HUMANS www.yildiz.edu.tr Erken teşhis her hastalıkta hayat Early diagnosis is life-saving in any kurtarıcıdır. Müdahalesiz akciğer fonksiyon disease. Non-invasive lung function ölçümleri ve tıbbi görüntü analizi (yüksek measurements and medical image çözünürlüklü bilgisayarlı tomografi ve analysis (high resolution computed manyetik rezonans) yöntemleri erken tomography and magnetic resonance) teşhisde ve ayrıca hastalıkların tedaviye methods play a very important ne şekilde cevap verdiklerini anlamakta role in early diagnosis and also in çok önemli rol oynarlar. understanding how diseases respond to Bu projenin amacı, insanlarda akciğer a treatment. fonksiyonunun ölçümü için sensörler, The aim of this project is to develop a data iletişim kartları, pnömatik ve computer-aided system design that elektronik elemanlar içeren bilgisayar includes sensors, data communication destekli bir sistem tasarımı ve ileri düzeyde cards, pneumatic and electronic görüntü analizi yöntemlerine sahip, elements for the measurement of lung tıbbi görüntüleri (DICOM formatında function in humans, and a computer tomografi verileri) işleyebilen bir bilgisayar program that can process medical

31 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Biyoteknoloji Biotechnology Doç. Dr. / Assoc. Prof. Dr. Cüneyt YILMAZ - TUBITAK 2232 programı geliştirmektir. images (tomography data in DICOM format) by Bu proje 2 ana kısımdan oluşmaktadır: advanced image analysis methods. 1) Akciğer fonksiyonu ölçümü için This project consists of 2 main parts: a. Tek nefes (veya nefes tutma) ve Designing and prototyping an electro-mechanical b. Tekrarlı nefes system in which both Single-breath (or breath- yöntemlerinin her ikisinin de kullanılabildiği bir holding) and Rebreathing methods can be used for elektro-mekanik akciğer fonksiyonunu ölçüm sistemi a lung function measurement, tasarlayıp prototipin oluşturulması, 1) Designing and prototyping an electro-mechanical 2) Akciğer yapısının (hava hacmi, doku hacmi, system in which both yoğunluğu vs özelliklerinin) tıbbi görüntü verilerinin a) Single-breath (or breath-holding) and işlenmesiyle analizinin yapılmasına yardımcı olabilecek b) Rebreathing bir yazılımın tasarlanıp gerçekleştirilmesidir. Üretilen methods can be used for a lung function yazılım yardımıyla, akciğer verileri hem matematiksel measurement, (grafik veya tablo) hem de görsel (3-boyutlu ve renkli 2) Designing and implementing a software that can ölçeklendirilmiş) olarak sunulabilmektedir. help analyze the lung structure (air volume, tissue volume, density, etc.) by processing medical image data. By the help of the software produced, lung data can be demonstrated both mathematically (graphic or table) and visually (3-dimensional and color scaled). 65 1 Şekil 1. Akciğer fonksiyonu Ölçüm Sistemi Fotoğrafları Şekil 2. Akciğer Görüntü İşleme Programının bir Ekran Görüntüsü Figure 1. Lung Function 2 Measurement System Photos Figure 2. A Screenshot of Lung Image Processing Program



YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY 67 THE GLOBAL UNIVERSITY AT THE HEART OF HISTORY Temiz Enerji Teknolojileri Clean Energy Technologies

01 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ PROF. DR. SEMA Z. BAYKARA PRINCIPAL INVESTIGATOR KİMYA MÜHENDISLIĞI / CHEMISTRY ENGINEERING BÖLÜM DEPARTMENT 01.02.2016 – 01.08.2020 BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI TUBITAK 1003 START-END DATE 2.898.985 TL DESTEK TÜRÜ FUNDED BY BÜTÇESI BUDGET BIYOKÜTLEDEN GAZLAŞTIRMA YOLUYLA HIDROJEN ÜRETIM TEKNOLOJISI HYDROGEN PRODUCTION VIA BIOMASS GASIFICATION www.yildiz.edu.tr Bu proje, TÜBİTAK 1003 Öncelikli Alanlar Yildiz Technical University (Chemical Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı Engineering Department), TUBITAK kapsamında Yıldız Teknik Üniversitesi Marmara Research Center (Energy Kimya Mühendisliği Bölümü, TÜBİTAK Institute) and Yalova University (Energy Marmara Araştırma Merkezi (MAM) Systems Engineering Department) Enerji Enstitüsü ve Yalova Üniversitesi established a consortium to perform Enerji Sistemleri Mühendisliği Bölümü’ this project. The project is carried out nün katılımı ile bir konsorsiyum kurularak within the scope of the 1003 program of oluşturulmuştur. TUBITAK ARDEB. A technology has been Projede yenilenebilir ve ulusal enerji developed for production of hydrogen kaynaklarımızdan biri olan biyokütleden, via gasification of biomass, which is enerji ve ulaşım sektörlerinde kullanılmak one of the renewable and national üzere gazlaştırma yoluyla hidrojen energy sources for use in energy and üretmeye yarayan bir teknoloji geliştirilmiş transportation sectors. Within this study, ve bir pilot sistem kurulmuştur. Bu a pilot plant was designed and installed sayede, ülkemizin; tamamen yerli kaynak for hydrogen using national resources

01 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Temiz Enerji Teknolojileri Clean Energy Technologies Prof. Dr. Sema Z. BAYKARA - TUBITAK 1003 ve imkânlarla geliştirilen hidrojen üretim teknolojisine, and means. The studies at Yildiz Technical University kurulan bir pilot ölçekli tesise, teknolojik bilgi birikimine has been carried out at laboratory scale in the ve tecrübeli insan kaynağına sahip olması sağlanmıştır. Chemical Engineering department, and they have Yıldız Teknik Üniversitesindeki çalışmalar laboratuvar been dedicated to development of catalysts and ölçeğinde katalizör ve katalitik filtre geliştirme catalytic filters. As a result of the studies in YTU, 8 SCI konusunda yoğunlaşmış, YTÜ’de elde edilen article, 8 international conference presentations, 1 sonuçlarla 8 adet SCI makale, 11 adet uluslararası PhD thesis and 1 MSc thesis have been prepared. In konferans bildirisi, 1 adet Yüksek Lisans tezi ve the project, 3 PhD and 6 Master theses have been 1 adet Doktora tezi hazırlanmış bulunmaktadır. completed. Furthermore, 15 SCI articles, 3 national Projede; toplam 3 Doktora tezi , 6 Yüksek Lisans tezi articles were published and 15 oral and 1 poster tamamlanmıştır. 15 adet SCI makale, 3 adet Ulusal presentations were made at various conferences. Makale yayınlanmış ve çeşitli konferanslarda 15 adet sözlü, 1 adet poster sunum gerçekleştirilmiştir 69 Pilot tesis ana üniteleri / Pilot plant main units (TUBITAK-MAM, Enerji Enstitüsü) / (TUBITAK-MRC, Energy Institute)

02 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ PROF. DR. EYÜP DEBİK PRINCIPAL INVESTIGATOR ÇEVRE MÜHENDISLIĞI / ENVIRONMENTAL ENGINEERING BÖLÜM DEPARTMENT 01.06.2007 - 19.03.2012 BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI TUBITAK 1007 START-END DATE 1.941.520 TL DESTEK TÜRÜ FUNDED BY BÜTÇESI BUDGET HAYVANSAL ATIK YÖNETIMI ANIMAL MANURE MANAGEMENT www.yildiz.edu.tr Amasya, Tokat, Çorum, Afyon, Manisa ve In some of the provinces such as Çanakkale gibi büyükbaş hayvancılığın Amasya, Tokat, Çorum, Afyon, Manisa yoğun bir şekilde yapıldığı bölgelerde and Çanakkale inwhich ranching is hayvansal katı atıklar oldukça büyük bir being done in large amounts, the cattle çevre kirliliğine yol açmakta ve dolayısıyla wastes result in environmental pollution yöre halkının sağlıksız koşullarda and therefore, the residents live in an yaşamlarını sürdürmelerine neden unhealthy environment. olmaktadır. The objective of the project is to increase Bu projenin amacı Amasya, Tokat, the usage capacity of the animal Çorum, Afyon, Manisa ve Çanakkale manure within the frame of healthy gibi büyükbaş hayvancılığın yoğun environment, economical and social olarak yapıldığı bölgelerde sürdürülebilir benefits in selected pilot areas like by bir yöntem izlenerek söz konusu büyük following a sustainable method. miktardaki potansiyel büyükbaş hayvan The proposed project covers the atıklarının kullanım kapasitesini sağlıklı establishment of composting and çevre, ekonomik ve sosyal yararlar baz anaerobic digestion processes in which

01 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Temiz Enerji Teknolojileri Clean Energy Technologies Prof. Dr. Eyüp DEBİK - TUBITAK 1007 alınarak arttırmaktır. the animal manures will be used as raw materials. Proje kapsamında belirlenecek olan pilot bölgelerde The residents in the pilot areas will get direct benefits uygun olmayan şekilde kullanılmasından dolayı from the project. The shed wastes derived from the ekonomik kayba, çevre kirliliğine ve olumsuz halk animal manure will be utilized and as a result of this sağlığı koşullarına neden olan hayvansal atıkların utilization, animal waste origined environmental değerlendirilerek ekonomiye geri kazandırılacağı pollution will be decreased dramatically. The kompostlama ve havasız çürütme prosesleri farmers and related institutions will be trained on the kurulacaktır. use of utilized animal manure and to maintain the Pilot bölgelerde yaşayan halk söz konusu projeden sustainability. doğrudan yarar sağlayacaktır. Önerilen projenin gerçekleşmesi durumunda hayvansal katı ve sıvı atıklar gübreleme amaçlı değerlendirilecek ve dolayısıyla hayvan atıklarından kaynaklanan çevre kirliliği ortadan kalkacak ve besicilik yapan aileler hayvan atıklarının değerlendirilmesiyle ekonomik açıdan kazançlı duruma geleceklerdir. Kimyasal gübrelere büyük miktarda döviz ödeyerek ithal eden ülkemizde, çiftçiler için kimyasal gübre masrafı büyük yük teşkil etmektedir. Tarımsal üretimde daha ucuz organik gübre kullanımının artmasıyla ve kimyasal gübre kullanımının azalmasıyla orantılı olarak verim artışı ve dolayısıyla çiftçi ailelerinde gelir artışı gözlenebilecektir. 71

03 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ PROF. DR. SEVIL YÜCEL PRINCIPAL INVESTIGATOR BIYOMÜHENDISLIK / BIOENGINEERING BÖLÜM DEPARTMENT 2008 - 2011 BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI AB / EU START-END DATE DESTEK TÜRÜ 150.000 € FUNDED BY BÜTÇESI BUDGET YENILENEBILIR KAYNAKLARIN SÜRDÜRÜLEBILIR KULLANIMI SUSTAINABLE UTILIZATION OF RENEWABLE RESOURCES www.yildiz.edu.tr 'Yenilenebilir Kaynakların Sürdürülebilir 'Sustainable Utilization of Renewable Kullanımı', gıda ve gıda dışı ürünler için Resources' communicates the state of büyük ve küçük miktarlarda yenilenebilir the art of geographically dependent kaynakların coğrafi olarak bağımlı üretim production and utilization of renewable ve kullanımının son teknolojisini anlatır. resources of major and minor quantities Ekolojinin bağımlılığı ve uygulanan işleme for food and non-food products. The yaklaşımlarının ekonomisi ve ayrıca tarıma dependence of ecology and economy dayalı enerji ile beslenme talebi arasında of applied processing approaches ortaya çıkan rekabet ele alınacaktır. Ekolojik will be covered as well as the arising ayak izleri ve Yaşam Döngüsü Analizleri competition between agro-based (LCA), çeşitli teknolojik yaklaşımların energy and demand for nutrition. kalitesi hakkında bilgi sağlayacaktır. Ecological footprints and Life Cycle Topluluklar, bölgesel kuruluşlar ve Analyses (LCA) will provide information işletmeler gezilere yaklaşımlarının artılarını on quality of various technological ve eksilerini gösterecek ve tartışacaklardır. approaches. Communities, regional organizations and enterprises will demonstrate and argue the pros & cons of their approaches on excursions

02 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Temiz Enerji Teknolojileri Clean Energy Technologies Prof. Dr. Sevil YÜCEL - AB / EU 73

04 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ PROF. DR. MUAMMER ÖZKAN PRINCIPAL INVESTIGATOR MAKİNE MÜHENDİSLİĞİ / MECHANICAL ENGINEERING BÖLÜM DEPARTMENT 15.01.2013 - 14.01.2014 BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI İSTKA START-END DATE DESTEK TÜRÜ 975.000 TL FUNDED BY BÜTÇESI BUDGET İETT ŞEHIRIÇI OTOBÜS FILOSUNUN YAKIT TÜKETIMI VE EMISYON YAYIMININ AZALTILMASI AMACIYLA ÖLÇÜME DAYALI MODELLENMESI MEASUREMENT BASED MODELLING OF IETT PUBLIC TRANSPORT BUS FLEET FOR DECREASING THE FUEL CONSUMPTION AND EMISSIONS Çalışmada İstanbul Metrobüs hattında The virtual model of a bus and Metrobus çalışan ve filo ortalamasını temsil line operating on the Istanbul Metrobus edebilecek niteliklere sahip bir otobüsün line and capable of representing the fleet ve metrobüs hattının sanal modeli gerçek average was verified with real road test yol testi sonuçları ile doğrulanarak, yakıt results, and an optimization study was tüketimi ve egzoz emisyonun azaltılması carried out to reduce fuel consumption yönelik optimizasyon çalışması yapılmıştır. and exhaust emission. www.yildiz.edu.tr

03 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Temiz Enerji Teknolojileri Clean Energy Technologies Prof. Dr. Muammer ÖZKAN - İSTKA 75

05 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ PROF. DR. SEMA Z. BAYKARA PRINCIPAL INVESTIGATOR KİMYA MÜHENDISLIĞI / CHEMISTRY ENGINEERING BÖLÜM DEPARTMENT 15.12.2011 – 15.09.2015 BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI TÜBİTAK ULUSLARARASI / TUBITAK INTERNATIONAL START-END DATE DESTEK TÜRÜ 80.000 EURO FUNDED BY BÜTÇESI BUDGET MIKRO YAPILI PROTON GEÇIRGEN KATI OKSIT MEMBRAN REAKTÖRLE H2S’DEN HIDROJEN ÜRETIMI HYDROGEN PRODUCTION FROM H2S DECOMPOSITION IN MICRO-STRUCTURED PROTON-CONDUCTING SOLID OXIDE MEMBRANE REACTORS www.yildiz.edu.tr CERTH-CPERI (Proje yöneticisi kurum: The project has been realized by an Centre for Research & Technology Hellas/ international consortium including Chemical Process Engineering Research CERTH-CPERI (Greece), KIT-IMVT Institute, Selanik, Yunanistan) ve KIT- (Germany), and YTU-Chemical IMVT (Karlsruhe Institute of Technology, Engineering Department (Turkey). Institute for Micro Process Engineering, Development of catalyst and electrodes Karlsruhe, Almanya) ile ortak bir projedir. for microstructured proton conducting Projede, “düşük oranda hidrojen sülfit electrochemical membrane reactor with (H2S) gazı içeren buhar karışımlarından the purpose of hydrogen production from hidrojen üretimi amacıyla kullanılabilecek vapor mixtures including low amounts of olan mikro yapılı, proton geçirgen hydrogen sulfide (H2S) has been carried elektrokimyasal membran reaktörler için out by the YTU group. Perovskite oxide katalizör ve elektrot geliştirilmesi” bölümü catalysts were developed and tested YTU grubunun görevini oluşturmuştur. for the first time in decomposition of Hidrojen veriminin arttırılması ve gerekli H2S in order to enhance hydrogen yield dekompozisyon sıcaklığının düşürülmesi and decrease reaction temperature. An

01 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Temiz Enerji Teknolojileri Clean Energy Technologies Prof. Dr. Sema Z. BAYKARA - TÜBİTAK ULUSLARARASI / TUBITAK INTERNATIONAL amacıyla perovskit oksit katalizörler sentezlenmiş independent laboratory for catalyst development ve ilk kez denenmiştir. YTÜ Kimya Mühendisliği and testing has been established, and the results Bölümü’nde bağımsız bir katalizör geliştirme ve test obtained in YTU have been published in terms of laboratuarı kurulmuş, 6 lisansüstü ve 1 lisans öğrencisi 4 articles (SCI) and 1 PhD thesis. By the way, as bursiyer bu laboratuarda çalışma olanağı bulmuştur. a continuation of the project, a new project was Çalışmalardan 4 makale (SCI) ve 1 doktora tezi granted within the scope of the ERA.NET-MED call yayınlanmış, devam projesi olarak ERA.NET-MED (EU Supported International Project) in 2017 and çağrısı (AB Destekli Uluslararası Proje) kapsamında is still ongoing. The consortium shared information yeni bir proje alınmış ve halen devam etmektedir. with BSEC (Black Sea Economic Cooperation) in Uluslararası Proje Grubu (CERTH-CPERI, KIT-IMVT Istanbul pertaining to the project. ve YTU) 17.05.2013 tarihinde Karadeniz Ekonomik Topluluğu Merkezi’ni (BSEC, İstanbul) çalışmalar hakkında bilgilendirmiştir. 77 Katalizör Test Düzeneği (YTÜ) / Catalyst Test Setup

06 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ PROF. DR. DIDEM ÖZÇİMEN PRINCIPAL INVESTIGATOR BIYOMÜHENDISLIK / BIOENGINEERING BÖLÜM DEPARTMENT 01.09.2014 - 31.08.2015 BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI İSTKA START-END DATE DESTEK TÜRÜ 793.962,43 TL FUNDED BY BÜTÇESI BUDGET FARKLI ATIK SU KAYNAKLARI KULLANARAK YENI VE ETKIN MIKROALG YETIŞTIRME SISTEMI TASARIMI VE BIYOYAKIT ÜRETIMI NEW AND EFFICIENT MICROALGAE CULTIVATION SYSTEM DESIGN AND BIOFUEL PRODUCTION USING DIFFERENT WASTEWATER RESOURCES www.yildiz.edu.tr Bu projenin genel amacı, İstanbul The general purpose of this project is bölgesindeki üniversite-İSKİ işbirliği the production of algae that will provide ile yapılacak olan AR-GE ve pilot environmental economic benefit as çalışmaları sonucu çevresel ekonomik a result of R&D and pilot studies to be yarar sağlayacak olan alglerin üretilmesi carried out in cooperation with the ve üretim sonrası prosesler yardımıyla university - İSKİ in the Istanbul region, biyoyakıt üretimi ve bu biyoyakıtların and the production of biofuels and the çeşitli alanlarda kullanılmasıdır. Ayrıca alg use of these biofuels in various fields. üretiminin modellenmesiyle birlikte yeni In addition, it is aimed to adapt new teknolojilerin üretim için uyarlanması, alg technologies for production with the yetiştirme sistemlerinin üretim maliyetinin modeling of algae production, to reduce düşürülmesi, enerji verimliliğini sağlamak the production cost of algae growing için güneş ve biyokütle enerjisinden systems, to design special algae growing faydalanılarak özel alg yetiştirme units by using solar and biomass energy ünitelerinin tasarlanması ve bunların ticari to ensure energy efficiency and to use üretimde kullanılması amaçlanmıştır. them in commercial production. In line

04 YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY Temiz Enerji Teknolojileri Clean Energy Technologies Prof. Dr. Didem ÖZÇİMEN - İSTKA Bu amaç doğrultusunda, var olan teknolojilerin with this purpose, in addition to the development geliştirilmesine ek olarak yeni endüstriyel üretim alanları of existing technologies, it is aimed to create new ve potansiyel iş imkânlarının oluşturulması, elde edilen industrial production areas and potential business biyoyakıtları kullanan kurumlarda enerji tasarrufu opportunities, and to save energy in institutions using sağlanması hedeflenmiştir. Biyoyakıtlar, alternatifi biofuels. Since biofuels have less carbon emission olduğu yakıtlara göre daha az karbon salınımına sahip than fossil fuels, they enable the foundations of olduğundan, daha temiz ve daha yeşil bir İstanbul’un a cleaner and greener Istanbul. This project also temelleri atılmasına imkan sağlamaktadır. Bu proje became an important step economically and gerek yerel gerekse de Türkiye çapında ekonomik ve sociologically in local and country-wide to prove sosyolojik açıdan İstanbul’un var olan önemini bir kez the importance of Istanbul once again and the daha kanıtlamak ve vizyonunun genişletilmesi adına expansion of vision. önemli bir adım olmuştur. 79

07 PROJE YÜRÜTÜCÜSÜ YILDIZ TECHNICAL UNIVERSITY PRINCIPAL INVESTIGATOR DOÇ. DR. / ASSOC. PROF. DR. ÖNDER YARGI BÖLÜM FIZIK/PHYSICS DEPARTMENT BAŞLAMA-BITIŞ TARIHI 15/05/2016 -15/05/2018 START-END DATE TUBITAK 1003 DESTEK TÜRÜ 457.480 TL FUNDED BY BÜTÇESI BUDGET YÜKSEK ENERJI YOĞUNLUKLU ASIMETRIK SÜPERKAPASITÖR ÜRETIMI HIGH ENERGY DENSITY ASYMMETRIC SUPERCAPACITOR PRODUCTION www.yildiz.edu.tr Bu projenin amacı yüksek enerji ve güç The aim of this project is to achieve the yoğunluklu ve çevrim kararlığına sahip production of Cr2032 supercapacitors Cr2032 süperkapasitörlerin üretiminin with high energy and power density başarılmasıdır. Ana çalışma elektroaktif and cycle stability. The main work was malzeme geliştirilmesi üzerinden yürütül- carried out on the development of ele- müştür. Bu malzemelerin elektrokimyasal ctroactive materials. Nano manufactu- indirgenmesi, klik tepkimeleri ve alaşım- ring processes such as electrochemical sızlandırma gibi nano üretim süreçleri ge- reduction of these materials, click reac- liştirilmiştir. Ayrıca süperkapasitörler için tions and alloysing have been develo- küçük boyutlarda geniş akfit alana sahip ped. In addition, electrode structure and elektrot yapısı ve tasarım prensipleri de- design principles with small dimensions ğerlendirilmiştir. Bu amaçla nikel ve bakır and large acphyte areas for supercapa- köpük üzerinde direkt olarak sırasıyla na- citors were evaluated. For this purpose, nogözenekli nikel(np-Ni) ve kobalt(II,II) nanoporous nickel (np-Ni) and cobalt oksit(Co3O4/grafen) elektroaktif malze- (II, II) oxide (Co3O4 / graphene) were me olarak biriktirilmiştir. Katot olarak ise directly deposited on nickel and copper Nikel üzerinde çinko biriktirmesi yapılarak foam, respectively, as electroactive ma-