E. Pilipčinec a kol._KEGA monografia 2022_č.j. 07UVLVF-4-2021

V prípade, že nedôjde k liečbe, dochádza k smrti v priebehu niekoľko desiatok hodín v dôsledku kardiovaskulárneho zlyhania. Tab. 6.61 Majoritné, minoritné a ostatné toxíny C. perfringens Toxíny Biologický účinok Toxinotyp C. perfringensa AB C DE Majoritné (Letálne) α (alfa) lecitináza (fosfolipáza C), letálny, ++ + ++ nekrotizujúci, hemolytický β (beta) letálny, dermonekrotický, edematózny, -+ + -- enterotoxický, cytotoxický, citlivý voči proteolytickej aktivite trypsínu ε (epsilon) permeáza, letálny, dermonekrotický, -+ - +- edematózny, aktivovaný trypsínom ι (jóta) letálny, nekrotizujúci, aktivovaný -- - -+ trypsínom Minoritné γ (gama) biologický účinok nedefinovaný -± ± -- δ (delta) hemolyzín -± + -- η (éta) biologický účinok nedefinovaný, je ±- - -- otázna jeho produkcia θ (théta) hemolyzín (O2 labilný), cytolyzín, ±+ + ++ perfingolyzín O κ (kappa) kolagenáza, želatináza ++ + ++ λ (lambda) proteáza hyaluronidáza -+ - ++ μ (mí) DNáza ±+ ± ±± ν (ní) glykohydroláza kys. N- ±+ + ±± Neuraminidáza acetylneuramínovej ++ + ++ Ostatné toxíny Enterotoxín ±± ± ±± β2 (beta2) dermonekrotický, edematózny, ±± ± ±± enterotoxický, cytotoxický a+ = toxín produkovaný väčšinou kmeňov, ± = toxín produkovaný niektorými kmeňmi, - = toxín neprodukovaný žiadnym kmeňom, NT = u nedostatočne veľkého súboru testovaných kmeňov boli výsledky negatívne Klostrídiová celulitída (plynová flegmóna) Pri klostrídiovej celulitíde býva postihnuté tkanivo kože a podkožia, pričom inkubačná doba je dlhšia (niekoľko dní) a priebeh choroby pozvoľnejší (miernejšia bolesť a menej rozsiahly edém postihnutého miesta). Klostrídiová celulitída sa od celulitíd inej etiológie (napr. streptokokovej) líši hlavne zvláštnym zápachom a krepitáciou pri palpácii. Faktory virulencie Clostridium perfringens Na základe prítomnosti jedného alebo viacerých letálnych toxínov sú kmene C. perfringens rozdelené do piatich toxinotypov označených veľkým písmenom abecedy od A po E957 (Tab. 451

6.61). Uvedená klasifikácia C. perfringens bola nedávno revidovaná, nakoľko bol popísaný nový toxinotyp F, ktorý produkuje α toxín a enterotoxín, nie však β, ε a ι toxín a toxinotyp G, ktorý produkuje taktiež α toxín a tzv. NetB toxín (Net = Necrotic enteritis toxin)958. C. perfringens typ A je súčasťou normálnej črevnej mikroflóry človeka a zvierat a je bežne izolované z pôdy. Kmene C. perfringens typu B, C, D a E v pôde neprežívajú a sú považované za obligátnych patogénov. Môžu však byť prítomné v intestinálnom trakte zvierat959. Jednotlivé typy C. perfringens produkujú aj ďalšiu skupinu, tzv. minoritných toxínov, enterotoxín a β2 toxín960 (Tab. 6.61). I vďaka uvedenej skupine toxínov a ich biologickému účinku zaraďujeme kmene a jednotlivé typy C. perfringens medzi histotoxické aj enterotoxigénne, resp. enteropatogénne klostrídie. Clostridium novyi C. novyi je pohyblivou, Gram-variabilnou (mladšie kultúry sú Gram-pozitívne a staršie kultúry Gram-negatívne) tyčinkou veľkosti 0,5 – 1,6 × 1,6 – 18 μm s výnimkou kmeňov C. novyi typu B, ktoré sú väčšie (1,1 – 2,5 × 3,3 – 22,5 μm). Spóry sú uložené centrálne alebo subterminálne. Faktory virulencie Clostridium novyi Na základe prítomnosti jedného alebo viacerých toxínov boli kmene C. novyi rozdelené pôvodne do štyroch typov označených veľkým písmenom abecedy ako A, B, C a D961. Neskôr bolo C. novyi typu D preklasifikované na C. haemolyticum (Tab. 6.62). C. novyi typu A produkuje α, γ, δ a ε toxín a jeho kmene sú izolované u človeka a zvierat (Tab. 6.62). Za jeho najvýznamnejší faktor virulencie sa považuje α a δ toxín. α toxín spôsobuje v mieste infekcie masívny edém v dôsledku poruchy permeability kapilár a δ toxín (novyilyzín) C. novyi typu A je cholesterol viažucim cytolyzínom. Viaže sa na cholesterol obsahujúce „rafty“ prítomné v bunkovej stene eukaryotických buniek, tvorí v nich póry, následkom čoho dochádza k smrti bunky. C. novyi typu B produkuje α, β, ξ a η toxín a jeho kmene sú izolované zo zvierat. Za jeho najvýznamnejší faktor virulencie sa považuje α a β toxín. C. novyi typu C neprodukuje ani jeden z toxínov a jeho kmene sú apatogénne. C. novyi typu D (teraz Clostridium haemolyticum) produkuje β, η a θ toxín a jeho kmene sú izolované zo zvierat. Boli však popísané aj infekcie človeka vyvolané C. haemolyticum962. Za jeho najvýznamnejší faktor virulencie sa považuje β toxín. 452

Tab. 6.62 Toxíny C. novyi a C. haemolyticum Toxín Biologický účinok Typ C. novyi ABC D (teraz C. haemolyticum) α (alfa) letálny, nekrotizujúci ++ - - β (beta) -+- + lecitináza (fosfolipáza C), letálny, nekrotizujúci, hemolytický γ (gama) lecitináza (fosfolipáza C), nekrotizujúci, + - - - hemolytický δ (delta) novyilyzín, letálny, O2 labilný +- - - hemolyzín ε (epsilon) lipáza +- - - - ξ (zeta) hemolyzín -+- + + η (éta) tropomyozináza -+- θ (théta) faktor podmieňujúci opalescenciu na - - - pôde s vaječným žĺtkom Nakoľko C. novyi bolo ťažko kultivovateľné, dlho sa ani nevedelo, že je u človeka dôležitým pôvodcom klostrídiovej myonekrózy963. Predpokladá sa, že C. novyi typu A sa podieľa u človeka na viac ako jednej tretine plynových gangrén veľakrát s fatálnym priebehom v prípade, že dôjde k spoločnej infekcii s Clostridium sporogenes. Clostridium septicum C. septicum je pohyblivou, Gram-variabilnou (mladšie kultúry sú Gram-pozitívne a staršie kultúry Gram-negatívne) tyčinkou veľkosti 0,6 – 1,9 × 1,9 – 35 μm. Vytvára subterminálne spóry. Faktory virulencie Clostridium septicum C. septicum produkuje štyri hlavné toxíny s rôznymi biologickými aktivitami: α toxín (letálny, nekrotizujúci), β toxín (DNáza), γ toxín (hyaluronidáza) a δ toxín (O2 labilný hemolyzín) 943 (Tab. 6.63). Tab. 6.63 Toxíny produkované C. septicum Druh Toxín Biologická aktivita Letálny, hemolytický, nekrotizujúci C. septicum α Deoxyribonukleáza (DNáza) Hyaluronidáza β Septikolyzín O, O2 labilný hemolyzín γ δ Celulitída a myonekróza, pôvodcom ktorej je C. septicum, je častá u narkomanov pri intravenóznej aplikácii drog alebo môže byť spojená s nezákonnými abortami za nehygienických podmienok, kedy dochádza k septickej metritíde. Ďalej je spojená s kožnými 453

infekciami, periférnou vaskulopatiou pri diabete a ťažkým traumatickým poškodením. U ľudí boli popísané aj prípady „spontánnej“ myonekrózy bez predchádzajúcej infekcie rany964. Obdobne, ako je to pri sneti šelestivej u prežúvavcov, keď dochádza ku germinácii „vycestovaných“ spór C. chauvoei, ktoré lymfatickou a krvnou cestou prestúpili z intestinálneho traktu do svalstva965. C. septicum býva často izolované aj z krvných kultúr u pacientov s malignitami hrubého a slepého čreva966. Enterotoxigénne a enteropatogénne klostrídie Spôsob a podmienky života, stravovacie návyky, vrátane prijímania dostatočne tepelne alebo ináč upravenej potravy, chráni človeka v mnohom, v porovnaní s inými živočíšnymi druhmi, pred enterotoxigénnymi a enteropatogénnymi klostrídiami. V našich podmienkach sa u človeka z enterotoxigénnych a enteropatogénnych klostrídií uplatňujú „iba“ kmene C. perfringens typu A a F pri tzv. klostrídiovej enterotoxikóze, kmene C. perfringens typu A, C a D pri tzv. enterotoxínovej enteritíde a kmene C. difficile (teraz Clostridioides difficile) pri pseudomembranóznej enterokolitíde967. C. septicum môže byť vzácne u pacientov s vrodenou alebo cytostatikami vyvolanou neutropéniou, prípadne u pacientov s inými hematologickými malignitami, pôvodcom tzv. neutropenickej enterokolitídy a za úplne špecifických podmienok môžu byť kmene C. perfringens typu B alebo C pôvodcami nekrotizujúcej enteritídy, ktorá je považovaná za enterotoxémiu (Tab. 6.56). Pri klostrídiovej enterotoxikóze dochádza k lokálnemu pôsobeniu jedného alebo viacerých klostrídiových toxínov, na rozdiel od klostrídiovej enterotoxémie, pri ktorej dochádza navyše k prestupu jedného alebo viacerých klostrídiových toxínov do krvného systému a vzniku enterotoxémie, čomu zodpovedá aj klinický obraz infekcie. Clostridium perfringens Kmene C. perfringens typu A a F môžu byť u človeka pôvodcom klostrídiovej enterotoxikózy, kmene C. perfringens typu A, C a D môžu byť u človeka pôvodcom enterotoxínovej enteritídy a kmene C. perfringens typu B alebo C môžu byť u človeka pôvodcom nekrotizujúcej enteritídy967 (Tab. 6.56). 454

6.4.8 Rod Clostridioides Rod Clostridioides vznikol v roku 2016 reklasifikáciou Clostridium difficile na Clostridioides difficile a reklasifikáciou Clostridium mangenotii na Clostridioides mangenotii. Obidvaja zástupcovia rodu Clostridioides patria medzi Gram-pozitívne, striktne anaeróbne tyčinky tvoriace spóry968,969. C. difficile je pohyblivým peritrichom veľkosti 0,5 – 1,9 × 3,0 – 16,9 μm. Bunky C. difficile sú usporiadané jednotlivo, u niektorých kmeňov však môžu byť usporiadané aj vo dvojiciach alebo vytvárať krátke retiazky. Spóry sú oválne, uložené subterminálne, vzácne môžu byť uložené aj terminálne. Sporuláciou dochádza k zmene tvaru vegetatívnej bunky v dôsledku jej vydutia v mieste uloženia spóry. Za prirodzených podmienok dochádza k sporulácii C. difficile v hrubom čreve. Ku germinácii vysoko rezistentných a metabolicky inaktívnych spór dochádza za prirodzených podmienok vplyvom solí žlčových kyselín, ktoré sú prítomné v gastrointestinálnom trakte vnímavých hostiteľov970. C. mangenotii je nepohyblivou tyčinkou veľkosti 0,6 – 0,9 × 3,1 – 8,2 μm. Vyskytuje sa jednotlivo, vo dvojiciach alebo môže vytvárať krátke retiazky. Spóry sú oválne, uložené subterminálne. Sporuláciou C. mangenotii dochádza k zmene tvaru vegetatívnej bunky v dôsledku jej vydutia v mieste uloženia spóry. C. mangenotii bolo izolované z féces človeka, pôdy a morského sedimentu. Jeho význam z pohľadu humánnej alebo veterinárnej medicíny nateraz preukázaný nebol968,969. Clostridioides difficile C. difficile je u časti ľudskej populácie (asi u 3 – 5 %) súčasťou bežnej komenzálovej mikroflóry intestinálneho traktu. Vyššie percento záchytu C. difficile je v stolici detí, taktiež v stolici starších osôb a osôb málo pohyblivých, až imobilných971. C. difficile je možné izolovať aj z genitálneho traktu žien, nemocničného prostredia, féces mnohých druhov cicavcov (vrátane hospodárskych a spoločenských zvierat), trusu vtákov (vrátane domácej hydiny), pôdy, sladkovodnej a morskej vody, piesku a morského sedimentu971. C. difficile patrí k významným nozokomiálnym (nemocničným) patogénom človeka a môže sa uňho podieľať na postantibiotickej kolitíde, pseudomembranóznej kolitíde alebo na toxickom megakolóne (Tab. 6.64). 455

Tab. 6.64 Podiel C. difficile na niektorých črevných chorobách človeka (prevzaté z: Beneš J. a kol.: Infekční lékařství. Vydanie prvé. Praha : Galen, 2009, str. 271 – 273) Ochorenie Závažnosť ochorenia Podiel C. difficile na etiológii ochorenia Postantibiotická kolitída Menej závažné 15 – 25 % Pseudomembranózna kolitída 10 – 15 % úmrtnosť 90 – 95 % Toxický megakolón % úmrtnosť > 95% Infekcie človeka, pôvodcom ktorých je C. difficile, sa pred rokom 2000 označovali ako Clostridium difficile-associated disease alebo ako Clostridium difficile-associated diarrhea a zaužívaným akronymom pre ich označenie bol akronym CDAD. Po roku 2000 bol pre tieto infekcie zavedený akronym CDI (Clostridium difficile infection), od ktorého by sa nemalo opúšťať ani po reklasifikácii Clostridium difficile na Clostridioides difficile972. Avšak, infekcie vyvolané C. difficile boli od svojho začiatku a dodnes sú, súčasťou kolitíd spojených s podávaním antibiotík, tzv. AAC (AAC = ATB associated colitis) kolitíd973. Infekcie vyvolané C. difficile majú narastajúcu tendenciu i napriek tomu, že nie sú to typické infekcie prenosné z človeka na človeka974. Dokonca aj nemocničné epidémie vyvolané C. difficile nemajú explozívny charakter, ale majú skôr charakter endemického (trvalého) výskytu. Infekcie C. difficile súvisia najčastejšie s črevnou dysmikróbiou po antibiotickej liečbe, zvyšujúcim sa vekom pacientov, polymorbiditou pacientov, spojenou často s ich obmedzenou hybnosťou alebo pripútaním na lôžko, častým užívaním antisekrečných liekov, prípadne sú podmienené ďalšími rizikovými faktormi975 (Tab. 6.65). Tab. 6.65 Rizikové faktory pre vznik kolitíd vyvolaných C. difficile Rizikový faktor Príklad Črevná dysmikróbia Liečba antibiotikami posledné tri mesiace. Medzi antibiotiká s najväčším rizikom vzniku CDI patria linkozamidy (klindamycín), cefalosporíny, β- laktámové antibiotiká, chinolóny (ciprofloxacín, moxifloxacín). Vyšší vek Vek nad 65 rokov. Celková imobilita Dlhodobá hospitalizácia (pobyt viac ako 3 týždne na lôžku), choroby obmedzujúce hybnosť (najčastejšie reumatického a nervového pôvodu), polymorbidita (prítomnosť viacerých chorôb súčasne), operácie v celkovej anestézii. Imunokompromitovaní Imunosupresívna a onkologická liečba, diabetes mellitus, chronická renálna pacienti insuficiencia, HIV infekcia. Imobilita čreva Stavy po operácii v dutine brušnej, najmä na hrubom čreve, podávanie liekov tlmiacich črevnú peristaltiku, gravidita. Choroby hrubého čreva Chronické zápaly (Crohnova choroba, ulcerózna kolitída), kolorektálny karcinóm. Poruchy slizničnej imunity Nedostatočná tvorba slizničného imunoglobulínu triedy IgA, malnutrícia, gastrointestinálneho traktu malígne tumory, liečba cytostatikami, ulcerózna kolitída. Antisekrečná liečba Dlhodobá liečba blokátormi protónovej pumpy znižujúcimi sekréciu HCl v žalúdku. 456

Rizikovou skupinou sú teda starší, polymorbidní a imunokompromitovaní pacienti, diabetici, ďalej malnutriční a imobilní jedinci. Častejšie sú taktiež postihnutí pacienti s chronickými črevnými chorobami (Crohnova choroba, ulcerózna kolitída). Postantibiotická kolitída Postantibiotická kolitída patrí medzi mierne formy choroby a je výsledkom črevnej dysmikróbie v dôsledku predchádzajúcej antibiotickej liečby. Hlavným príznakom je necharakteristická hnačka, ktorá ustúpi po vysadení antibiotika a väčšina pacientov lekára ani nevyhľadá. I keď C. difficile môže byť v 15 – 25 % pôvodcom takejto kolitídy, nie je však jej jediným pôvodcom. Podobný klinický obraz môžu vyvolať aj iné bakteriálne patogény, najmä Clostridium perfringens a Staphylococcus aureus, prípadne kvasinky z rodu Candida975. Pri klasickom scenári infekcie, antibiotiká poškodzujú a narušujú zloženie normálnej črevnej mikroflóry, čím sa vytvorí priestor pre kolonizáciu hrubého čreva C. difficile. I keď dnes už vieme, že narušenie zloženia normálnej črevnej mikroflóry vedie k infekcii C. difficile, nie sú však ešte objasnené všetky mechanizmy, ktoré sú predpokladom tejto infekcie. Je pravdepodobné, že normálna črevná mikroflóra moduluje prirodzenú imunitnú odpoveď voči infekcii C. difficile. V prípade jej eliminácie antibiotikami ustáva aj prirodzená imunomodulácia a dochádza k infekcii C. difficile. Germináciou spór sa v intestinálnom trakte prirodzene infikovaných hostiteľov uvoľnia vegetatívne formy, čo je obyčajne sprevádzané masívnou kolonizáciou epiteliálnych buniek hrubého čreva C. difficile, produkciou toxínov a ďalších faktorov virulencie a rozvinutím klinických príznakov infekcie976. Germinácia spór sa spúšťa už krátko po ich ingescii v tenkom čreve vplyvom solí žlčových kyselín. Po germinácii spór musia vegetatívne formy C. difficile čeliť vrodeným obranným mechanizmom hostiteľa, predovšetkým kationickým antimikrobiálnym peptidom a lyzozýmu. Týmto obranným mechanizmom hostiteľa uniknú predovšetkým pomocou modifikácie zloženia svojej bunkovej steny. Vrstvu hlienu prítomnú v črevnom trakte im napomôže prekonať motilita zabezpečená bičíkmi. Akonáhle sa dostanú do bezprostredného kontaktu s epiteliálnymi bunkami čreva, adherujú k nim pomocou viacerých povrchových proteínov (adhezínov). Je pravdepodobné, že pri C. difficile sa po adherencii k epiteliálnym bunkám spomalí, až zastaví tvorba bičíkov a začnú sa tvoriť toxíny. Účinkom toxínov, i pri produkcii malých množstiev, dôjde k rozrušeniu tesných spojení medzi epiteliálnymi bunkami hrubého čreva a C. difficile môže migrovať z apikálnej časti kolonocytu do jeho bazolaterálnej časti. Tu 457

sa môže viazať buď na bunkové receptory alebo na proteíny extracelulárneho matrixu ako je kolagén alebo fibronektín. K šíreniu infekcie napomáha aj produkcia proteolytických enzýmov, predovšetkým Zn2+-metaloproteázy, ktorá spôsobuje degradáciu proteínov extracelulárneho matrixu a rozpad tkanivovej integrity976. S postupujúcou infekciou, ktorá je sprevádzaná ďalšou multiplikáciou C. difficile v mieste infekcie a produkciou ďalších faktorov virulencie dochádza k poruche homeostázy, nekróze tkaniva hrubého čreva a hnačke. Súčasťou infekcie je aj zápalový proces sprevádzaný migráciou makrofágov, mastocytov a neutrofilov do miesta infekcie a leukocytózou. I keď v mieste infekcie je epiteliálna bariéra oslabená, bakteriémia C. difficile je veľmi vzácna. C. difficile nie je považovaný za invazívneho patogéna969. S postupujúcou infekciou dochádza v intestinálnom trakte aj k iniciácii sporulácie C. difficile, ktorá je nevyhnutná z pohľadu rekurentných alebo opakujúcich sa infekcií976. Pseudomembranózna kolitída Pseudomembranózna kolitída je charakterizovaná vznikom pablán na sliznici hrubého čreva. Pre rozvinutú formu kolitídy vyvolanej C. difficile sú patognomické ostrovčekovité pablany, ktoré sú relatívne ľahko preukázateľné endoskopickým vyšetrením. Pôvodcom pseudomembranóznej kolitídy je v 90 – 95 % prípadov C. difficile974. Ochorenie je sprevádzané hnačkami (viac ako 5-krát denne), i keď nie profúznymi a s malým objemom, bolesťami brucha, meteorizmom. Horúčka môže, ale nemusí byť prítomná. V ťažkých prípadoch môže dôjsť k postupnému oslabovaniu peristaltiky (pohyblivosti) čriev, rozvoju paralytického ilea (zastavenie peristaltiky hrubého čreva) a vzniku toxického megakolónu. Podozrenie na kolitídu, vyvolanú C. difficile, by malo byť vyslovené v prípade, že sa jedná o akútne hnačkové ochorenie: a) u osôb, ktoré užívajú antibiotiká, resp. sú po antibiotickej liečbe nie dlhšie ako dva týždne; b) sprevádzané silným meteorizmom, subileóznym stavom, bolesťami brucha a/alebo leukocytózou, pričom bola vylúčená náhla brušná príhoda; c) ku ktorému došlo v nemocnici, najmä u starších a imobilných osôb a/alebo na danom oddelení sa toto ochorenie už v minulosti vyskytlo. Toxický megakolón Toxický megakolón je najťažšou komplikáciou kolitídy vyvolanej C. difficile, nakoľko bezprostredne ohrozuje pacienta na živote974. Je charakterizovaný rozvojom paralytického ilea 458

a enormnou dilatáciou kľučiek hrubého, neskôr i tenkého čreva. Je sprevádzaný vysokou úmrtnosťou. Toxický megakolón nie je obávanou komplikáciou iba pri pseudomembranóznej kolitíde, ale môže vzniknúť aj pri ťažkom priebehu ulceróznej kolitídy a menej často aj pri Crohnovej chorobe. Toxický megakolón sprevádza aj ischemickú kolitídu a vrodené poruchy črevného traktu, najčastejšie tzv. Hirschprungovu chorobu (zúženie hrubého čreva v jeho určitej časti). Opakovaný výskyt infekcie Rekurencia alebo opakovaný výskyt infekcie u toho istého jedinca je v súčasnosti jedným z hlavných zdravotných problémov infekcií ľudí, pôvodcom ktorých je C. difficile. Opakovaný výskyt infekcie môže mať ľahšiu, ale aj ťažšiu formu v porovnaní s infekciou predchádzajúcou. Dochádza k nemu obvykle do dvoch mesiacov po predchádzajúcej infekcii969. Hrozivým nie je len predpoklad, že približne u 15 – 25 % pacientov s prvou epizódou infekcie dôjde aj k epizóde druhej, ale aj skutočnosť, že pravdepodobnosť výskytu tretej epizódy sa zvyšuje na 40 % a štvrtej na 60 %977. Pacienti s opakovanými epizódami kolitídy, vyvolanej C. difficile, sú obvykle ohrození dehydratáciou, minerálnym rozvratom, malnutríciou a celkovým vyčerpaním. V prípade ťažkých infekcií môže dôjsť aj k systémovým komplikáciám, ku ktorým patrí syndróm akútneho respiračného zlyhania, kardiopulmonálne zlyhanie, chronické zlyhanie obličiek a syndróm multiorgánovej dysfunkcie978. Príčinou rekurencie môže byť buď relaps alebo reinfekcia969. Relaps je opätovné vzplanutie infekcie zo spór, ktoré ostali v črevnom trakte, nakoľko s postupujúcou infekciou dochádza v intestinálnom trakte aj k iniciácii sporulácie C. difficile. Reinfekcia je opätovné vzplanutie infekcie vyvolané spórami C. difficile z vonkajšieho prostredia, pričom sa môže jednať o ten istý alebo iný kmeň C. difficile. Predpokladá sa, že reinfekcie sú častejšie ako relapsy. Vychádza sa zo skutočnosti, že pacient s kolitídou, vyvolanou C. difficile, vylučuje pri hnačke stolicou obrovské množstvo spór, čím zároveň kontaminuje aj svoje okolie. Pritom infekčná dávka u vnímavých jedincov nepredstavuje viac ako niekoľko desiatok až stoviek spór. Zodpovedajú tomu aj výsledky niektorých štúdií, ktoré uvádzajú, že až u 50 % pacientov došlo k opakovanej infekcii iným kmeňom ako bol pôvodný kmeň C. difficile, ktorý infekciu vyvolal. Na základe uvedených skutočností musíme mať na pamäti, že opakované výskyty infekcie vyvolané C. difficile nemusia mať svoju príčinu iba v zlyhaní poskytnutej antibiotickej liečby. 459

Faktory virulencie Clostridioides difficile Virulencia C. difficile je spojená s niekoľkými skupinami faktorov virulencie, sekrečnými zložkami i morfologicky definovanými štruktúrami, ktoré sú zodpovedné za únik pred vrodenými obrannými mechanizmami hostiteľa, ďalej za kolonizáciu intestinálneho traktu a interakciu s hostiteľom a v konečnom dôsledku za jeho poškodenie. Medzi najdôležitejšie z nich patrí rezistencia voči vrodeným obranným mechanizmom hostiteľa, tvorba adhezínov, proteáz, bičíkov, fimbrií (pili) typu IV, biofilmu a v neposlednom rade tvorba toxínov a schopnosť sporulovať979. a) rezistencia voči vrodeným obranným mechanizmom hostiteľa Pri C. difficile bola popísaná rezistencia voči lyzozýmu a kationickým antimikrobiálnym peptidom, ktoré sú súčasťou vrodených obranných mechanizmov hostiteľa980. Lyzozým je enzýmom (glykozidová hydroláza) so silným antibakteriálnym účinkom. Vyskytuje sa prirodzene v sekrétoch (sliny, slzy, mlieko), krvnej plazme, granulách neutrofilov, vaječnom bielku. Je však produkovaný v relatívne vysokých koncentráciách, aj epiteliálnymi bunkami slizničných povrchov, vrátane intestinálneho traktu. Súčasťou vrodených obranných mechanizmov hostiteľa sú aj tzv. antimikrobiálne peptidy981. Doposiaľ bolo charakterizovaných viac ako 700 druhov rôznych antimikrobiálnych peptidov. Boli objavené u rôznych druhov organizmov, počínajúc baktériami, cez bezstavovce až po stavovce, vrátane človeka. Viac ako polovica z nich bola objavená u hmyzu. Výskyt antimikrobiálnych peptidov je najvyšší v miestach, kde dochádza k styku organizmu s vonkajším prostredím a nastáva vysoké riziko vzniku infekcie (najmä v gastrointestinálnom, respiračnom a urogenitálnom trakte). Antimikrobiálne peptidy sa študujú predovšetkým z pohľadu ich možného využitia v medicíne pri náhrade antibiotík, nakoľko nepôsobia iba antibakteriálne, ale majú aj antivírusový a antifungálny účinok982. Navyše, ich účinok je rýchly, majú iný mechanizmus pôsobenia ako antibiotiká a nebol voči nim zaznamenaný tak vysoký nárast rezistencie ako voči antibiotikám. Uplatnenie by nepochybne našli aj v oblasti kozmetického a potravinárskeho priemyslu. Antimikrobiálne peptidy sa na základe svojej chemickej štruktúry dajú rozdeliť na látky účinkujúce (pôsobiace) v iónovej forme (enkelytín, dermicidín), látky aromatické (N-β-alanyl- 5-S-glutationyl-3,4-dihydroxyfenylalanín, p-hydroxycinnamaldehyd) a antibakteriálne látky proteínového charakteru, napr. proteíny viažuce kyslík (deriváty hemokyanínu a hemoglobínu) a iné (napr. laktoferín)982. 460

Najväčšiu skupinu predstavujú kationické antimikrobiálne peptidy, ktoré vykazujú zároveň aj mnohonásobne vyššiu aktivitu ako zástupcovia ostatných skupín antimikrobiálnych peptidov. Kationické antimikrobiálne peptidy obsahujú menej ako 50 aminokyselín. Vďaka prítomnosti lyzínu a arginínu majú kladný náboj. Membrány baktérií sú bohaté na fosfolipidy (fosfatidylglycerol, fosfatidylserín a kardiolipín) a spolu s ďalšími zložkami bakteriálnej steny (glykolipidy, lipoproteíny, u Gram-negatívnych baktérií sú to navyše lipopolysacharidy) vytvárajú negatívny náboj. Naproti tomu fosfolipidová dvojvrstva vyšších živočíchov obsahuje vo veľkej miere oboje ióny (kladné aj záporné) fosfatidyletanolamínu, fosfatidylcholínu, sfingomyelínu a cholesterolu, ktoré dávajú membráne neutrálny náboj. Rozdielna distribúcia jednotlivých molekúl na vnútornej i vonkajšej strane membrány vytvára nábojovú asymetriu vedúcu k tvorbe tzv. transmembránového potenciálu. Hodnota transmembránového potenciálu je vyššia u bakteriálnych patogénov v porovnaní s cicavčími bunkami a je dôležitým faktorom na elektrostatické priblíženie sa kationických peptidov k bunkovej stene baktérie a následné rozrušenie jej celistvosti. Z kationických antimikrobiálnych peptidov sú pri infekcii C. difficile najviac preštudované katelicidíny (katelicidín LL-37) a defenzíny (α-defenzíny 1 a 5). Bolo preukázané, že ľudské katelicidíny a defenzíny významným spôsobom inhibujú rast a rozmnožovanie C. difficile pri infekcii. Navyše, zmierňujú zápalový proces a poškodenie tkaniva TcdA a TcdB toxínmi a inhibujú tvorbu zápalových cytokínov983. b) adhezíny Bakteriálne adhezíny sú v podstate povrchové proteíny. Pri C. difficile je známych viacero povrchových proteínov s adhezívnymi vlastnosťami984. Avšak, ich úloha v patogenéze infekcie nie je ešte u všetkých dobre známa. C. difficile adheruje za in vitro podmienok k viacerým bunkovým líniám ako sú Vero bunky, Hela bunky, Hep-2 bunky, enterocytom podobne Caco-2 bunky, HT-29 a hlien produkujúce HT-29-MTX bunky. C. difficile sa taktiež za in vitro podmienok viaže k proteínom extracelulárneho matrixu ako je fibronektín, fibrinogén, vitronektín a kolagén typu I, III, IV a V. Za in vivo podmienok C. difficile adheruje k epiteliálnym bunkám čreva myši a škrečkov. Veľká časť adhezínov C. difficile patrí do tzv. Cwp rodiny proteínov (Cwp = Clostridial wall proteins), t.j. do rodiny proteínov bunkovej steny klostrídií985. 461

Cwp proteíny K expresii Cwp proteínov za in vivo podmienok dochádza buď počas asymptomatického nosičstva alebo počas infekcie C. difficile. Cwp proteíny majú imunogénny charakter a protilátky vytvorené voči nim sú protektívne. Do skupiny Cwp proteínov patria SLP proteíny (S-layer proteins), Cwp84 cysteínová proteáza, Cwp66 adhezín a CwpV proteín. SLP proteíny pozostávajú z dvoch podjednotiek: LMW-SLP (LMW-SLP = Low Molecular Weight S-layer protein) a HMW-SLP (HMW-SLP = High Molecular Weight S-Layer Protein), ktoré sú súčasťou povrchovej vrstvy (S-layer) C. difficile. Ostatné adhezíny Veľká časť bakteriálnych patogénov nesie navyše na svojom povrchu proteíny, ktoré sú známe ako MSCRAMM proteíny (MSCRAMM = Microbial Surface Components Recognizing Adhesive Matrix Molecules), ktoré sprostredkúvajú adherenciu k hostiteľským povrchom väzbou na rôzne proteíny extracelulárneho matrixu vrátane fibronektínu, laminínu, kolagénu a proteoglykánu. Zo skupiny povrchových proteínov, ktoré sa vyznačujú adhezívnymi schopnosťami k proteínom extracelulárneho matrixu bol u C. difficile popísaný Fbp68 proteín (Fibronectin- binding protein), niekedy označovaný aj ako FbpA, CbpA proteín (Collagen-binding protein), lipoproteín CD630_08730 a heat-shock proteín GroEL986. Schopnosť viazať sa za in vitro podmienok k proteínom extracelulárneho matrixu vrátane kolagénu typu I, trombospondínu a vitronektínu má aj HMW-SLP proteín, ktorý patrí do skupiny Cwp proteínov. Funkcia kľúčových povrchových proteínov (adhezínov) C. difficile a ich imunogénny charakter sú uvedené v Tab. 6.66. c) proteázy Z proteolytických enzýmov bola doposiaľ u C. difficile najlepšie preštudovaná tzv. Zn2+- metaloproteáza označená ako Zmp1, ktorá má schopnosť degradovať viacero hostiteľských proteínov, ako sú napr. proteíny extracelulárneho matrixu (fibrinogén, fibronektín), imunoglobulíny triedy IgA2 alebo heat shock proteín HSP90β. Zmp1 je zodpovedná aj za destabilizáciu fibronektínovej siete vytváranej ľudskými fibroblastmi. 462

Zn2+-metaloproteáza je jedným z dôležitých faktorov virulencie C. difficile, ktorý degradáciou extracelulárneho matrixu a niektorých ďalších významných proteínov, podieľajúcich sa priamo na imunitnej odpovedi hostiteľa, napomáha progredovať v infekčnom procese987. Tab. 6.66 Funkcia kľúčových povrchových proteínov (adhezínov) C. difficile a ich imunogénny charakter Povrchový proteín Funkcia Prítomnosť špecifických (adhezín) protilátok v krvnom sére pacientov SLP proteíny Väzba na epiteliálne bunky čreva, Caco-2 bunky + a proteíny extracelulárneho matrixu. Interakcia s TLR 4 (Toll-like receptor 4). Cwp84 Maturácia prekurzora povrchovej (S-layer) vrstvy + SlpA. Degradácia proteínov extracelulárneho matrixu. Cwp66 Väzba na Vero bunky. + CwpV Autoaglutinačná. Rezistencia voči fágom. Nestanovované Fbp68 Väzba k fibronektínu. + CbpA Väzba ku kolagénu. Nestanovované CD630_08730 Väzba ku Caco-2 bunkám + d) bičíky Motilita zabezpečená bičíkmi napomáha C. difficile prenikať cez vrstvu hlienu črevného traktu, kde sa dostáva do bezprostredného kontaktu s epiteliálnymi bunkami čreva, ku ktorým môže následne adherovať pomocou ďalších povrchových proteínov (adhezínov). Prítomnosť bičíkov je dôležitá taktiež z pohľadu tvorby biofilmu988. e) fimbrie (pili) typu IV Fimbrie alebo pili typu IV sú prítomné u mnohých Gram-negatívnych baktérií. Sú zodpovedné za adherenciu, agregáciu buniek a tvorbu biofilmu989. Okrem funkcie adhezínu plnia aj funkciu sekrečného systému typu IV. Sekrečný systém typu IV (T4SS = Type 4 Secretion System) je obdobne ako sekrečný systém typu III (T3SS) a sekrečný systém typu VI (T6SS) závislý na priamom kontakte s hostiteľskou bunkou, nakoľko uvedené systémy „injikujú“ efektorové molekuly priamo do cytosólu eukaryotickej bunky. Tieto sekrečné systémy sa označujú tiež ako jednokrokové tunely. f) tvorba biofilmu C. difficile vytvára biofilm na abiotických povrchoch, pričom jeho hrúbka závisí od charakteru kmeňa (laboratórne kmene alebo klinické izoláty). Tvorbe biofilmu napomáha okrem iného aj motilita a schopnosť autoagregácie984. Predpokladá sa, že C. difficile má schopnosť tvoriť biofilm aj za in vivo podmienok. 463

g) toxíny C. difficile produkuje dva toxíny z rodiny tzv. veľkých klostrídiových cytotoxínov a jeden toxín z rodiny tzv. ι (jóta) binárnych klostrídiových toxínov. Toxíny C. difficile z rodiny veľkých klostrídiových cytotoxínov Z rodiny veľkých klostrídiových cytotoxínov produkuje C. difficile TcdA (TcdA = Toxin C. difficile A) toxín a toxín TcdB (TcdB = Toxin C. difficile B). Do rodiny veľkých klostrídiových cytotoxínov patrí taktiež β toxín Paeniclostridium sordellii (predtým Clostridium sordellii) a β toxín Clostridium novyi typu B. β toxín P. sordellii pozostáva z dvoch toxínov proteínovej povahy s rôznou molekulovou hmotnosťou a rôznou biologickou aktivitou. Jedným je letálny (LT) a druhým hemoragický (HT) toxín. LT je cytotoxínom, antigénne a biologickou aktivitou blízky toxínu B (TcdB) C. difficille. HT je taktiež cytotoxínom, antigénne a biologickou aktivitou blízky toxínu A (TcdA) C. difficille. Toxín C. difficile A (TcdA) je enterotoxínom a obdobným mechanizmom ako ostatné enterotoxíny vyvoláva u postihnutých jedincov hnačku. Toxín C. difficile B (TcdB) je cytotoxínom. TcdA je kódovaný génom tcdA a TcdB je kódovaný génom tcdB. Obidva gény sú lokalizované na tzv. PaLoc lokuse (PaLoc = Pathogenicity Locus), ktorý je súčasťou chromozómovej DNA C. difficile. Súčasťou PaLoc lokusu sú ďalšie tri gény, z ktorých gén tcdR reguluje syntézu obidvoch toxínov pozitívne a gén tcdC, naopak brzdí produkciu obidvoch toxínov pomocou produkovaného proteínu C. Gén tcdE je zodpovedný za extracelulárne uvoľnenie toxínov. V prípade mutácie génu tcdC nedochádza k potlačeniu alebo supresii produkcie toxínov (TcdA a TcdB), nakoľko nie je produkovaný supresorový proteín C. Uvedená strata negatívnej regulačnej funkcie génu tcdC vedie u takýchto kmeňov C. difficile k zvýšenej produkcii toxínov a ich vysokej virulencii. Napr. kmeň C. difficile 027/BI/NAP1 obsahuje delečnú mutáciu nukleotidu (na pozícii 117) génu tcdC, čím je porušená supresia génov pre produkciu obidvoch toxínov a kmeň produkuje 16-krát viac TcdA a 23-krát viac TcdB. Toxíny C. difficile z rodiny ι (jóta) binárnych klostrídiových toxínov Z rodiny ι (jóta) binárnych klostrídiových toxínov produkuje C. difficile CDT (CDT = Clostridioides difficile transferase) toxín, ktorý je adenozíndifosfát (ADP) – 464

ribozyltransferázou a pozostáva z dvoch odlišných proteínových častí označených ako CDTa a CDTb. Do rodiny jóta binárnych klostrídiových toxínov patrí taktiež ι (jóta) toxín Clostridium perfringens typu E, C2 toxín Clostridium botulinum a CST toxín Clostridium spiroforme. Binárne toxíny sú pre svoje zloženie označované tiež ako A-B toxíny. Podjednotka A je zodpovedná za enzymatickú aktivitu toxínu a podjednotka B je zodpovedná za väzbu toxínu na receptor cieľovej hostiteľskej bunky. V prípade jóta binárnych klostrídiových toxínov dochádza k smrti bunky zablokovaním polymerizácie bunkového aktínu v dôsledku jeho adenozíndifosfát (ADP) – ribozylácie, ktorá je spôsobená binárnym toxínom. Zablokovaním polymerizácie bunkového aktínu dôjde k rozpadu organizácie bunkového cytoskeletu a smrti bunky. Binárny CDT toxín C. difficile je kódovaný génmi (jeden pre produkciu CDTa a druhý pre produkciu CDTb), ktoré sú taktiež lokalizované na chromozóme, ale nie je súčasťou PaLoc lokusu. Zaujímavosťou však je, že expresia génov pre produkciu binárneho CDT je spojená s čiastočným potlačením expresie génu tcdC a produkcie supresorového proteínu C. Ináč povedané, produkcia binárneho CDT toxínu vedie k vyššej produkcii TcdA a TcdB a vyššej virulencii takýchto kmeňov. h) sporulácia Pre C. difficile je charakteristická tvorba spór. Za prirodzených podmienok k sporulácii vegetatívnych foriem C. difficile dochádza v hrubom čreve. Odtiaľto sa potom uvoľňujú féces (najmä pri hnačke) do prostredia, ktoré kontaminujú. Tab. 6.67 Rezistencia spór C. difficile k rôznym podmienkam prostredia Podmienky prostredia Charakter podmienok prostredia Rezistenciaa Nízka teplota – 20 °C/4 mesiace +++ – 80 °C/4 mesiace ++ Vysoká teplota 63 °C/30 minút +++ 85 °C/30 minút ± 96 °C/30 minút ± Mikrovlnné žiarenie 800 W/60 sekúnd - Dezinfekčný prostriedok Etanol (85 %/15 minút) +++ Butanol (50 %/15 minút) + Chloroform (50 %/15 minút) + Chlórnan sodný (8000 mg/L/15 minút) +++ Vysoký tlak 150 MPa/15 minút +++ UV žiarenie 100 mJ/15 minút ± a +++ = 100 % prežívanie, ++ = 75 % prežívanie, + = 50 % prežívanie, - = 0 % prežívanie, ± = prežívanie v závislosti na kmeni 465

Spóry C. difficile sa vyznačujú vysokou rezistenciou voči fyzikálnym, chemickým i mechanickým vplyvom prostredia, v ktorom majú možnosť prežívať mesiace i roky (Tab. 6.67). Vysoká rezistencia spór C. difficile k podmienkam prostredia, ich výskyt u mnohých druhov zvierat, vrátane hospodárskych a spoločenských zvierat a ich prítomnosť v životnom prostredí, ako aj v surovinách a potravinách rastlinného a živočíšneho pôvodu, vytvára relatívne veľký zoonotický potenciál. Zoonotický prenos C. difficile sa nateraz nepotvrdil. 6.4.9 Rod Corynebacterium Zástupcovia rodu Corynebacterium patria medzi pleomorfné baktérie. Tvoria tenké a rovné alebo mierne ohnuté až kyjovité tyčinky veľkosti 0,5 × 2,0 – 6,0 µm s nehomogénne sa farbiacou cytoplazmou, ktorá môže obsahovať metachromatické granuly. Ich spôsob delenia je odlišný od spôsobu delenia iných tyčiniek. Materská bunka sa po fáze rastu delí na dve dcérske bunky, ktoré v mieste delenia ostávajú na čas spojené a zvierajú tupý uhol (90 – 100°). Tým vzniká ich charakteristické usporiadanie v tvare písmena „V“ alebo v tvare „havraních krídiel“. Vyskytujú sa jednotlivo alebo sú poprekladané „krížom-krážom“ a celkový obraz korynebaktérií v mikroskopickom preparáte sa prirovnáva k čínskemu písmu alebo obrazu rozsypaného čaju. Prípadne riadky niekoľkých tyčiniek korynebaktérií, usporiadaných vedľa seba, sa javia ako koly v palisáde (tzv. palisádové usporiadanie). Označenie „koryneformné tyčinky“, „koryneformné baktérie“ (z angl. „coryneforms“), „difteroidy“, „difteroidné“ usporiadanie sa používa spravidla pre Gram-pozitívne tyčinky kyjovitého tvaru, i keď niektoré z nich môžu mať aj odlišný tvar a nemusia patriť iba do rodu Corynebacterium. Rod Corynebacterium pozostáva v súčasnosti z viac ako 130 zástupcov743. Časť zástupcov rodu bola izolovaná z prostredia, najmä z pôdy, vrátane soľnej pôdy (C. halotolerans), rastlín, vody, vrátane morskej vody a morského sedimentu (C. marinum), morských korálov (C. maris) a niektorých morských živočíchov, napr. tuleňov (C. phocae). Takmer polovica zástupcov rodu vyvoláva príležitostné infekcie človeka, pričom časť z nich je na človeka prenosná zo zvierat (Tab. 6.68). Niektorí zástupcovia rodu, napr. C. amycolatum a C. jeikeium, sú považovaní za súčasť normálnej mikroflóry kože, resp. slizníc. Iní osídľujú sliznice respiračného traktu (nazofarynx) alebo sú súčasťou intestinálneho traktu človeka a zvierat. Polyrezistentné kmene niektorých 466

druhov môžu byť zase pôvodcami fatálnych infekcií, najmä u imunokompromitovaných pacientov alebo pri nozokomiálnych infekciách v nemocniciach, sanatóriách a domovoch dôchodcov (Tab. 6.68). Tab. 6.68 Medicínsky významní zástupcovia rodu Corynebacterium a zoonotický pôvod niektorých z nich Zástupca Hostiteľ Ochorenie/Klinické príznaky/Izolácia C. accolens1 Človek Krvná kultúra, osteomyelitída, absces C. afermentans subsp. Človek Krvná kultúra, absces afermentans2, 3 C. afermentans subsp. Človek Krvná kultúra, absces lipophilum1, 2 C. ammoniagenes Človek Féces C. amycolatum2 Hovädzí dobytok Mastitída Človek (zoonóza) Celulitída, infekcie rán, septická endokarditída C. appendicis1 Človek Absces C. argentoratense Človek Krvná kultúra, respiračný trakt (tonzilitída) C. atypicum Človek Neznáma humánna klinická vzorka C. aurimucosum Človek Krvná kultúra, urogenitálny trakt, komplikácie pri gravidite C. auris Človek Ucho zdravých jedincov, aj pri infekcii C. auriscanis Psy Otitída a hnisavé procesy Človek (zoonóza) Infekcia rany po pohryzení psom C. bovis1 Hovädzí dobytok Subklinická mastitída, abscesy Králiky Abscesy Človek (zoonóza) Krvná kultúra C. canis Pes Dutina ústna Človek (zoonóza) Infekcia rany po pohryzení psom C. confusum Človek Absces, krvná kultúra C. coyleae Človek Krvná kultúra, absces, sepsa, vred C. diphtheriae1, 2 Človek Diftéria (záškrt) Hovädzí dobytok Mastitída, dermatitída, infekcie rán Kone Infekcie rán (vzácne) C. durum Človek Krvná kultúra, respiračný trakt C. falsenii Orly Dutina ústna Človek (zoonóza) Krvná kultúra, mozgovomiešny mok C. freiburgense Psy Dutina ústna Človek (zoonóza) Infekcia rany po pohryzení psom C. freneyi Človek Rana, absces, vred, krvná kultúra, ženský pohlavný trakt C. glucuronolyticum Človek Prostatída, uretritída Ošípané Urogenitálny trakt C. hansenii Človek Hnis C. imitans Človek Faryngeálna infekcia, hrdlo, krvná kultúra C. jeikeium1, 2 Človek Endokarditída, sepsa, infekcie rán, krvná kultúra C. kroppenstedtii1 Človek Granulomatózna mastitída, absces prsníka, otitis externa C. kutscheri (predtým Laboratórne hlodavce: Abscesy pečene, obličiek, pľúc, lymfatických uzlín Corynebacterium murium) myši, krysy, morčatá Človek (zoonóza) Infekcie kože a mäkkých tkanív po pohryzení hlodavcami C. lipophiloflavum1 Človek Vaginálny sekrét C. macginleyi1, 2 Človek Konjunktivitída, infekcie očí, bakteriémia, endokarditída, absces aorty C. massiliense Človek Tekutina z bedrového kĺbu pri protetickej náhrade C. matruchotii Človek Dutina ústna C. minutissimum2 Človek Bakteriémia, meningitída, endokarditída, celulitída, abscesy, peritonitída, pyelonefritída Hovädzí dobytok Mastitída C. mucifaciens Človek Bakteriémia, infekcie rán, abscesy, tekutina z kĺbu, peritoneálna tekutina, pneumónia C. mycetoides Človek Kožný vred C. pilbarense Človek Aspirát z členku C. propinquum Človek Bakteriémia, vzorky z respiračného traktu, endokarditída, osteomyelitída 467

C. pseudodiphtheriticum2 Človek Pneumónia, exsudatívna faryngitída, endokarditída keratitída, konjunktivitída, moč, peritoneálna a synoviálna tekutina, infikované rany, krvné kultúry C. pseudotuberculosis2 (predtým Corynebacterium ovis) biovar ovis (biovar Ovce, kozy, ťavy Kazeózna lymfadenitída (pseudotuberkulóza) neredukujúci dusičnany) Človek (zoonóza) Lymfadenitída a abscesy s granulomatózno nekrotickými léziami, pneumónie, zápaly kože biovar equi (biovar redukujúci Kone, hovädzí dobytok, Ulceratívna lymfangitída, abscesy, kontagiózne akné (angl. „Canadian horse pox“) dusičnany) ošípané Hovädzí dobytok Mastitída C. pyruviciproducens Človek Abscesy, krvné kultúry, synoviálna tekutina C. resistens1, 3 Človek Krvné kultúry, bronchiálny aspirát, celulitída C. riegelii Človek Infekcie urogenitálneho traktu žien, urosepsa, krvné kultúry C. simulans Človek Abscesy, vredy, krvné kultúry C. singulare Človek Sperma, krvné kultúry C. sputi1 Človek Pneumónia C. stationis Človek Krvné kultúry, féces, morská voda C. striatum2, 3 Človek Bakteriémia, pneumónia, bronchitída, endokarditída, osteomyelitída, abscesy, infekcie rán C. sundsvallense Človek Krvná kultúra, infekcia v spojitosti so zavedením intrauterinného antikoncepčného telieska C. thomssenii Človek Pleurálna tekutina C. timonense Človek Krvná kultúra, endokarditída C. tuberculostearicum1 Človek Krvná kultúra, abscesy, klinické vzorky (lymfatické uzliny, koža, moč, urogenitálny trakt, synoviálna tekutina) C. tuscaniense Človek Krvná kultúra, endokarditída C. ulcerans2 Hovädzí dobytok Mastitída Mačky, psy, ošípané, Respiračné ochorenie kozy, ťavy, levy, opice, veveričky, vydry, kosatky Človek (zoonóza) Diftérii podobné ochorenie (toxigénne kmene), faryngitída, sinusitída, tonzilitída, kožné vredy C. urealyticum1, 2, 3 Človek Infekcie urinárneho traktu (pyelonefritída, cystitída), endokarditída, pneumónia, infekcie mäkkých tkanív Mačky, psy Infekcie urinárneho traktu C. ureicelerivorans1 Človek Krvná kultúra, ascitická tekutina C. xerosis2 Kozy, ovce, hovädzí Abscesy, artritída, mastitída, aborty, septikémia, dobytok, ošípané osteomyelitída Človek (zoonóza) Abscesy uší, mozgu, osteomyelitída 1 = lipofilný zástupca rodu Corynebacterium; 2 = relatívne často izolovaný zástupca rodu Corynebacterium; 3 = výskyt polyrezistentných kmeňov Viac ako 30 zástupcov rodu Corynebacterium bolo izolovaných taktiež zo zvierat, vrátane vtákov. Sú to buď komenzály alebo potenciálni pôvodcovia chorôb zvierat a človeka. Viacerí sú pôvodcami profesných zoonóz, najmä ošetrovateľov zvierat a veterinárnych lekárov, prípadne človek je infikovaný po pohryzení psom. Zoonotický pôvod môžu mať infekcie vyvolané C. amycolatum, C. auriscanis, C. bovis, C. canis, C. diphtheriae, C. falsenii, C. freiburgense, C. kutscheri, C. pseudotuberculosis, C. ulcerans a C. xerosis990 (Tab. 6.68). Na druhej strane, infekcie vyvolané C. glucuronolyticum, C. minutissimum a C. urealyticum sú považované skôr za primárne infekcie človeka a nie primárne infekcie zvierat a doposiaľ sa nepreukázal ich prenos zo zvierat na človeka990 (Tab. 6.68). 468

Faktory virulencie Corynebacterium spp. Najvýznamnejšie faktory virulencie patogénnych zástupcov rodu Corynebacterium sa viažu najmä na schopnosť adherencie na hostiteľské bunky, produkciu difterického toxínu, fosfolipázy D a povrchových lipidov bunkovej steny991 (Tab. 6.69). Tab. 6.69 Najvýznamnejšie faktory virulencie zástupcov rodu Corynebacterium Faktory virulencie Zástupca Funkcia Difterický toxín C. diphtheriae C. pseudotuberculosis A-B exotoxín, ktorý vo vnímavých bunkách hostiteľa inhibuje proteosyntézu, čo následne vedie k ich smrti C. ulcerans Fosfolipáza D C. diphtheriae Zvyšuje permeabilitu ciev a napomáha diseminácii C. pseudotuberculosis patogénu, inhibuje chemotaxiu, spôsobuje C. ulcerans degranuláciu a smrť neutrofilov, inaktivuje komplement Povrchové lipidy C. pseudotuberculosis Napomáhajú intracelulárnemu prežívaniu patogénu bunkovej steny Nositeľom uvedených faktorov virulencie je tzv. skupina toxigénnych zástupcov rodu Corynebacterium, do ktorej patrí C. diphtheriae, C. pseudotuberculosis a C. ulcerans992 (Tab. 6.70). Tab. 6.70 Klinicky významní toxigénni a netoxigénni zástupcovia rodu Corynebacterium Toxigénni zástupcovia rodu Corynebacterium Netoxigénni zástupcovia rodu Corynebacterium Corynebacterium diphtheriae biotyp belfanti Niektoré kmene Corynebacterium diphtheriae Corynebacterium diphtheriae biotyp gravis Niektoré kmene Corynebacterium pseudotuberculosis Corynebacterium diphtheriae biotyp intermedius Niektoré kmene Corynebacterium ulcerans Corynebacterium diphtheriae biotyp mitis Corynebacterium jeikium Corynebacterium pseudotuberculosis Corynebacterium striatum Corynebacterium ulcerans Difterický toxín je jednoduchý polypeptid o molekulovej hmotnosti 62 kDa, ktorý sa skladá z dvoch podjednotiek. Podjednotka B zaisťuje väzbu toxínu na hostiteľskú bunku a internalizáciu podjednotky A, t.j. prestup podjednotky A do cytoplazmy hostiteľskej bunky endocytózou. Následne podjednotka A zablokuje v hostiteľskej bunke proteosyntézu, čím spôsobí jej smrť. Na vyvolanie smrti jednej hostiteľskej bunky stačí jedna molekula toxínu, pričom každá bakteriálna bunka C. diphtheriae dokáže vyprodukovať 5000 molekúl difterického toxínu za hodinu993. Medzi najcitlivejšie bunky k difterickému toxínu patria bunky myokardu a periférnych nervov. Dôvodom je zrejme skutočnosť, že v porovnaní s inými bunkami, obsahujú väčšie množstvo receptorov pre väzbu toxínu. Podjednotka B nesie zároveň antigénnu determinantu a tvoria sa voči nej protilátky. 469

Štruktúrny tox gén, kódujúci syntézu difterického toxínu, nie je stabilnou súčasťou bakteriálneho genómu. Je súčasťou tzv. temperovaného β-fága, ktorý je počas lyzogénneho cyklu inkorporovaný do bakteriálneho chromozómu ako profág. Až včlenením fágovej DNA s tox génom pre syntézu difterického toxínu do bakteriálneho chromozómu môže dôjsť k vlastnej produkcii toxínu. Hovoríme o lyzogénnych a toxigénnych kmeňoch C. diphtheriae. Produkcia toxínu je však podmienená viacerými faktormi, okrem iného aj dostupnosťou železa v prostredí. Nedostatok železa, ku ktorému dochádza napr. pôsobením bielkovín akútnej fázy zápalu, podporuje tvorbu toxínu. Môžeme povedať, že C. diphtheriae zvyšuje tvorbu toxínu ako odpoveď na zápalovú reakciu organizmu. Pôsobením difterického toxínu dochádza v mieste infekcie k nekróze epitelových buniek slizničných povrchov dýchacích ciest994. V prípade, že sa difterický toxín dostane do krvi (tzv. malígna diftéria), dochádza k poškodeniu buniek myokardu (myokarditída), periférnych nervov (difterická polyneuritída) a epitelových buniek obličkových tubulov (toxická nefritída). Letálna dávka difterického toxínu je ~ 0,1 μg/kg živej hmotnosti vnímavých živočíšnych druhov, vrátane človeka995. Fosfolipáza D je sfingomyelináza, ktorá hydrolyzuje sfingomyelíny membrán hostiteľských buniek, čím pravdepodobne napomáha diseminácii patogénu v organizme. Vyznačuje sa toxicitou voči endotelovým bunkám, lyzuje erytrocyty oviec a hovädzieho dobytka, je cytotoxická voči makrofágom kôz, dermonekrotická a letálna pre mnohé laboratórne zvieratá. Povrchové lipidy bunkovej steny vytvárajú okolo C. pseudotuberculosis ochrannú vrstvu, ktorá mu zabezpečuje ochranu pred mechanickým a pravdepodobne aj biochemickým poškodením enzýmami fagolyzozómu. Na základe uvedenej skutočnosti môže C. pseudotuberculosis prežívať vo fagocytoch ako intracelulárny patogén a tým zabezpečiť svoju disemináciu z miesta infekcie až na miesto tvorby abscesov. Corynebacterium diphtheriae Na základe morfológie kolónií, biochemických vlastností a antigénnej štruktúry rozlišujeme pri C. diphtheriae štyri biotypy: belfanti, gravis, intermedius a mitis. Toto delenie však nesúvisí s produkciou toxínu996. C. diphtheriae je pôvodcom záškrtu, latinsky diphtheria (gr. difthera = blana, vypracovaná jemná koža). C. diphtheriae je primárnym, ale nie invazívnym typom patogénu. Neinvaduje do hlbších vrstiev sliznice, ani sa nešíri do iných častí organizmu. Pomocou fimbrií adheruje najmä k slizničným povrchom nosa, nosohltana a tonzíl. V mieste adherencie sa pomnožuje 470

a kolonizuje slizničné povrchy994. Difterický toxín spôsobuje nekrózu epitelových buniek a polymorfonukleárov, pričom sa tvoria nepravé membrány, tzv. pablany. Pablany, ktoré sú tvorené fibrínom, nekrotickými bunkami a leukocytmi, sú pevne spojené s podložím, rýchle tmavnú a zapáchajú. Pri pokuse o ich odstránenie dochádza ku krvácaniu. Pablana môže viesť k respiračnej obštrukcii a k smrti udusením. Pri uzdravovaní je pablana postupne vykašlávaná. V hrdle sa objavuje rozsiahly zápal a edém. Cervikálne lymfatické uzliny bývajú obyčajne zväčšené, takže obličaj postihnutého jedinca má vzhľad „býčej šije“. C. diphtheriae sa môže replikovať aj v rane, napr. v pooperačnej rane alebo v rane po traumatickom poškodení kože alebo sliznice, napr. i krv cicajúcim hmyzom. Podľa charakteru a závažnosti lokálneho nálezu a celkového stavu pacienta je známych niekoľko klinických foriem diftérie: respiračná (klasická alebo faryngeálna forma), nosová, laryngeálna alebo tracheobronchiálna a malígna (diphtheria gavis)996. V minulosti bola popisovaná aj diftéria spojiviek, ucha a genitálií, nakoľko C. diphtheriae sa môže replikovať aj na sliznici spojiviek, pošvy a na koži v uchu. Vďaka dlhodobému vakcinačnému programu sa záškrt v rozvinutých krajinách, vrátane Slovenskej republiky, nevyskytuje. Môže sa však ojedinele vyskytnúť ako importované ochorenie997. Netoxigénne kmene Corynebacterium diphtheriae Vakcinácia difterickým toxoidom chráni imunizovaných jedincov voči difterickému toxínu C. diphtheriae, nie však voči samotnej infekcii, i keď netoxigénnymi kmeňmi C. diphtheriae. Z uvedeného dôvodu i netoxigénne kmene C. diphtheriae môžu byť vzácne pôvodcom endokarditídy, artritídy, osteomyelitídy998. Corynebacterium pseudotuberculosis C. pseudotuberculosis bolo prvýkrát izolované v roku 1888 Edmondom Isidorom Etienom Nocardom (1850 – 1903), francúzskym veterinárnym lekárom a mikrobiológom pri ulceratívnej lymfangitíde kravy. O tri roky neskôr, v roku 1891, podobnú baktériu izoloval pri renálnom abscese ovce aj Hugó Preisz (1860 – 1940), maďarský lekár a mikrobiológ, ktorú v roku 1894 podrobne prvýkrát popísal a zároveň aj poukázal na jej podobnosť s C. diphtheriae. I z uvedeného dôvodu bolo C. pseudotuberculosis pôvodne označované ako Preiszov- Nocardov bacilus999. Medzi ostatné synonymá C. pseudotuberculosis patria Bacillus pseudotuberculosis ovis, Bacillus pseudotuberculosis a Corynebacterium ovis. 471

C. pseudotuberculosis (predtým Corynebacterium ovis) je typickým zástupcom pleomorfných, koryneformných baktérií. Vyskytuje sa v kokoidnej až vláknitej forme. Obyčajne dosahuje veľkosť 0,5 – 0,6 × 1,0 – 3,0 μm. Netvorí kapsulu, je nepohyblivé, v cytoplazme obsahuje často granuly a tvorí fimbrie. Neboli u neho izolované žiadne plazmidy. Infekcia C. pseudotuberculosis patrí u človeka väčšinou k profesným zoonózam, najmä ošetrovateľov zvierat, strihačov oviec a veterinárnych lekárov a u infikovaných jedincov vedie k lymfadenitíde a tvorbe abscesov s granulomatózno nekrotickými léziami. Medzi hlavné faktory virulencie C. pseudotuberculosis patrí fosfolipáza D a povrchové lipidy bunkovej steny1000 (Tab. 6.69). Corynebacterium ulcerans C. ulcerans je pôvodcom viacerých infekcií u relatívne širokej skupiny hostiteľov, vrátane človeka (Tab. 6.68 a 6.70). U človeka je C. ulcerans najčastejšie pôvodcom faryngitídy, ktorá bola v niektorých prípadoch popísaná v súvislosti s konzumáciou surového kravského mlieka1001 (Tab. 6.68). Toxigénne kmene C. ulcerans môžu však spôsobovať rovnaké ochorenie ako C. diphtheriae. Medzi najdôležitejšie faktory virulencie C. ulcerans patrí produkcia fosfolipázy D, exotoxínu, ktorý je podobný fosfolipáze D pri C. pseudotuberculosis a produkcia difterického toxínu toxigénnym kmeňom C. ulcerans, ktorý je podobný difterickému toxínu C. diphtheriae1002 (Tab. 6.69). Medzi ďalšie potenciálne faktory virulencie C. ulcerans patrí produkcia ureázy a tvorba systémov na zachytávanie a transport železa. Lipofilné korynebaktérie Zvláštnu skupinu zástupcov rodu Corynebacterium predstavuje tzv. skupina lipofilných korynebaktérií, ktoré sa vyznačujú prirodzenou rezistenciou voči penicilínom, cefalosporínom a aminoglykozidom. Často však vykazujú aj rezistenciu voči makrolidom a fluorochinolínom. Hlavnými predstaviteľmi tejto skupiny korynebaktérií sú C. jeikeium a C. urealyticum. Medzi lipofilných zástupcov rodu Corynebacterium patrí však aj C. accolens, C. afermentans subsp. lipophilum, C. appendicis, C. bovis, C. kroppenstedtii, C. lipophiloflavum, C. macginleyi, C. resistens, C. sputi a C. ureicelerivorans990 (Tab. 6.68). 472

ZOZNAM SKRATIEK ABC ATP-Binding Cassette Superfamily (Jeden z efluxných systémov antimikrobiálnej rezistencie) ABU Asymptomatická bakteriúria Acp ACF Acid phosphatase function Act Accessory Colonization Factor AEEC Aerolysin-related cytotoxic enterotoxin (Aerolyzínu podobný cytotoxický Agf enterotoxín) AIDA AIEC Attaching/Effacing E. coli Ail Aggregative fimbriae (Agregatívne fimbrie) App AslA Adhesin Involved in Diffuse Adherence ATP Adherentno-invazívne E. coli ATR ASLO Attachment invasion locus BabA Adhesion penetration protein (Adhezívno penetračný proteín) BadA Arylsulfatase Activity BatB Adenozíntrifosfát Beps Bfp Acid Tolerance Response Bgp Antistreptolyzín O Blood group antigen-binding Adhesin (Adhezín viažuci sa na antigén krvnej BhuR skupiny) Brps Bartonella adhesin A (Adhezín Bad A Bartonella henselae) BSL 3 BvgAS Imunoglobulin-Binding autotransporter in Bordetella BvrS Bartonella effector proteins (Efektorové proteíny Bartonella spp.) Bundle forming pili (Pilusy tvoriace zväzky) BvrR Borrelia glycosaminoglycans binding protein (Proteín viažuci boréliový glykosaminoglykán) CadF Bordetella heme uptake Receptor (Membránový receptor pre získavanie hemového železa) cag A Bartonella repeat proteins (Adhezín Brps B. vinsonii) CAMP Bio Safety Level-3 (Úroveň/stupeň biologickej ochrany laboratória) Bordetella virulence gene AS (Gén virulencie AS Bordetella spp.) cAMP Brucella virulence related Sensory protein (Receptorový proteín majúci vzťah CapA CAPs k virulencii Brucella spp.) CDC Brucella virulence related Regulator protein (Regulátorový proteín majúci vzťah k virulencii Brucella spp.) CDT Campylobacter adhesion to Fibronectin (Kampylobakterový adhezín CFA k fibronektínu) CFSPH cytotoxin associated gene A (Gén kódujúci syntézu proteínu A) Christie–Atkins–Munch-Peterson (CAMP) test na detekciu β hemolytických streptokokov skupiny B (Streptococcus agalactiae) Cyklický adenozínmonofosfát Campylobacter adhesion protein A (Kampylobakterový adhezín A) Cationic Antimicrobial Peptides (Kationické antimikrobiálne peptidy) Centers for Disease Control and Prevention (Centrom pre kontrolu a prevenciu chorôb) Cytolethal Distending Toxin (Cytoletálny toxín) Colonization Factor Antigens (Antigény kolonizačných faktorov) Center for Food Security and Public Health (Centrum pre potravinovú bezpečnosť a verejné zdravie) 473

cGMP Cyklický guanozínmonofosfát Cia Campylobacter invasion antigens (Campylobacter invazívne antigény) Cif Cycle inhibiting factor (Faktor inhibujúci bunkový cyklus) CPS Capsular Polysaccharide (Kapsulárny polysacharid) CRASPs Complement Regulator – Acquiring Surface Proteins CS Coli Surface (Povrchové coli antigény) CT CTX Cholera Toxin Cwp DAEC Cholera Toxin phage Dbp Clostridial wall proteins (Proteíny bunkovej steny klostrídií) EAEC Difúzno-adherentné E. coli EAF Decorin binding protein (Dekorín viažuci proteín) EAST1 Enteroagregatívne E. coli ECDC EPEC Adherence Factor Enteroaggregative E. coli Heat-stable Enterotoxin 1 (Enteroagregatívny EEA termostabilný enterotoxín 1 E. coli) Efa European Centre for Disease Prevention and Control (Európske centrum pre EHEC prevenciu a kontrolu chorôb) EIEC European Economic Area (Európsky hospodársky priestor) EPEC ESBL EHEC factor for adherence Enterohemoragické E. coli Esp Enteroinvazívne E. coli ETEC Enteropatogénne E. coli EÚ Extended Spectrum Beta Lactamases (Bakteriálne kmene produkujúce FlpA laktamázy so širokým spektrom účinku) Fbp E. coli secreted serine protease (Serínová proteáza EspP) FPI Enterotoxigénne E. coli Frp A Európska únia Frp C Fibronectin-like protein A (Fibronektínu podobný proteín A) Fur Fibronectin binding protein (Fibronektín viažúci proteín) GABA GISA Francisella Pathogenicity Island (Ostrov patogenity Francisella spp.) Ferrum regulated protein A (Železo regulujúci proteín A) Hap Ferrum regulated protein C (Železo regulujúci proteín C) Hap Hia Ferric uptake regulation HIV Gamma-Aminobutyric Acid (Kyselina γ-aminomaslová) HMW HMW-SLP Glycopeptide Intermediate Resistant Staphylococcus aureus (Kmene S. aureus Hms rezistentné voči glykopeptidovým antibiotikám HPI Hsf Haemophilus adherence and penetration Ibe IcsA Histidine acid phosphatase ICSB Haemophilus influenzae adhesin Human Immunodeficiency Virus (Vírus ľudskej imunitnej nedostatočnosti) High Molecular Weight High Molecular Weight S-Layer Protein Hemin storage High Pathogenicity Island Haemophilus surface fibril Invasion of brain endothelial cells (Invazín IbeA, IbeB, IbeC) Intracellular cytoskeletal protein actin (Intracelulárny cytoskeletálny proteín aktín) International Committee on Systematic Bacteriology (Medzinárodný výbor pre systematickú bakteriológiu) 474

IgG Imunoglobulín triedy G IgM Imunoglobulín triedy M Iha Iron regulated gene A homologue adhesin (Afimbriálny adhezín Iha) Inv Invasin Ipa Invasion plasmid antigen (Proteíny kódované plazmidom pINV) Iss Increased serum survival JlpA Jejuni lipoprotein A (Jejunálny lipoproteín A) Lbp A Lactoferrin binding protein A (Laktoferín viažuci proteín A) LbpB Lactoferrin binding protein B (Laktoferín viažuci proteín B) LcrV Low calcium response Virulence LEE Locus of Enterocyte Effacement LMW-SLP Low Molecular Weight S-Layer Protein LOS Lipoolisacharid Lpf Long polar fimbriae (Dlhé polárne fimbrie) LPS Lipopolisacharid LT Heat-labile Toxin (Termolabilný enterotoxín E. coli) MAC Membrane Attack Complex (Komplex atakujúci membránu) MALT Mucosa Associated Lymphoid tissue (Lymfoidné tkanivo spojené so sliznicou čreva) MATE Multidrug and Toxic Compound Extrusion Superfamily (Jeden z efluxných systémov antimikrobiálnej rezistencie) MFS Major Facilitator Superfamily (Jeden z efluxných systémov antimikrobiálnej rezistencie) Mip Macrophage infectivity potentiator MOMP Major Outer Membrane Protein (Hlavný proteín vonkajšej membrány) MRSA Methicilin Resistant Staphylococcus aureus (Meticilín rezistentné kmene Styphylococcus aurreus) MSCRAMM Microbial Surface Components Recognizing Adhesive Matrix molecules NAG Non-Agglutinating Vibria NMEC Neonatal Meningitis-causing E. coli (E. coli vyvolávajúce neonatálnu meningitídu) OapA Opacity associated protein A ORF Open Reading Frames Osp Outer surface protein (Vonkajší povrchový proteín) Pap Pyelonephritis associated pili PBP 1, 2 Penicilin Binding Proteins 1, 2 (Penicilín viažuce proteíny 1, 2) PCF Putative Colonization Factors PCR Polymerase Chain Reaction (Polymerázová reťazová reakcia) PEB Proteín Pei, Ellison a Blaser Pef Plasmid encoded fimbriae (Plazmidom kódované fimbrie) Pet Plasmid encoded toxin (Plazmidom kódovaný toxín) PVL Panton-Valentinov leukocidin pYV Plasmid Yersinia virulence PYR Pyrrolidonyl arylamidáza test na odlíšenie β hemolytických streptokokov skupiny A (Streptococcus pyogenes) od enterokokov na základe produkcie enzýmu L-pyrrolidonyl arylamidáza QS Quorum Sensing RAMC Royal Army Medical Corps (Britský kráľovský vojenský lekársky oddiel) R-forma Rough form (Drsná forma) RMSF Rocky Mountain Spotted Fever (Horúčka Skalistých hôr) 475

RND Resistance Nodulation cell Division family (Jeden z efluxných systémov Rpo antimikrobiálnej rezistencie) RNA polymerase (RNA polymeráza) RTX Repeats in Toxin RS Repetitive Sequence Saa Shiga toxin producing E. coli autoagglutinating adhesin SabA Sialic acid-binding adhesin (Adhezín viažúci sa na kys. sialovú) SAT Secreted Autotransporter Toxin SCC Staphylococcal Cassette Chromosome SCV Salmonella Containing Vesicle (Salmonely obsahujúca vezikula) SEPEC Sepsis-Associated E. coli (E. coli vyvolávajúce septikémiu) S-forma Smooth form (Hladká forma) s. l. sensu lato („v širšom zmysle slova“) SMR Small Multidrug and Resistance superfamily (Jeden z efluxných systémov antimikrobiálnej rezistencie) SNAP Synaptosomal-Associated Protein SNARE Soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor (NSF) Attachment REceptor Spv Salmonella plasmid virulence s. s. sensu stricto („v presnom/užšom zmysle slova“) SPATE Serine Protease Autotransporters Enterobacteriaceae SSSS Staphylococcal Scaled Skin Syndrome (Syndróm obarenej kože vyvolaný ST stafylokokmi) STEC Heat-stable Toxin (Termostabilný enterotoxín E. coli) STSS Shiga toxín produkujúce E. coli TAAs Streptococcal Toxic Shock Syndrome (Streptokokový syndróm toxického šoku) Tbp A Trimeric Autotransporter Adhesins (Trimerické autotransportné adhezíny) Tbp B Transferrin binding protein A (Transferín viažuci proteín A) TcfA Transferrin binding protein B (Transferín viažuci proteín B) Tracheal colonization factor A (Tracheálny kolonizačný faktor A) Tfp Transformation frequency pilus Tir Translocated intimin receptor T1SS – T6SS Type 1 – 6 Secretion System (Sekrečný systém typu I – VI) ToxB toxín B TNF Tumor Necrosis Factor TSST-1 Toxic Shock Syndrome Toxin 1 (Toxín syndrómu toxického šoku 1) UPEC Uropatogénne E. coli USAMRIID U.S. Army Medical Research Institute of Infectious Diseases (Ústav americkej armády pre výskum infekčných chorôb) Vac A Vakuolizujúci cytotoxín A VAMP Vesicle-Associated Membrane Protein Vap Virulent A protein (Virulentný proteín A) V/GRE Vankomycin/Glycopeptide Resistant Enterococci (Kmene enterokokov rezistentné voči vankomycínu, resp. voči glykopeptidovým antibiotikám) VirG Virulence Gene (Gén virulencie) VlsE Variable major protein – like sequence Expressed Vomps Variably expressed outer membrane proteins (Rodina adhezínov/proteínov vonkajšej membrány pri Bartonella quintana) VPI V. cholerae Pathogenicity Island phage VRE Vankomycin Resistant Enterococci (Vankomycín rezistentné enterokoky) WHO World Health Organization (Svetová zdravotnícka organizácia) 476

Yad Yersinia adhesin ybt Yersiniobactin Ymt Yersinia murine toxin Yops Yersinia outer membrane proteins (Proteíny vonkajšej membrány Yersinia spp.) YPM Yersinia Pseudotuberculosis Mitogen ysc Yop secretion apparatus Yst Yersinia stable toxin 477

LITERATÚRA 1. Romano, F. et al. Minerva Stomatol 56, 169 – 79, (2007). 2. Shigeishi, H. et al. Diagnostics (Basel) 11, (2021). 3. El Yazouli, L. et al. Pathog Dis 75, (2017). 4. Steere, A. C. J Clin Invest 130, 2148 – 51, (2020). 5. Ramirez, A. S. et al. Rheumatology (Oxford) 44, 912 – 4, (2005). 6. McNees, A. L. et al. Expert Rev Gastroenterol Hepatol 9, 1523 – 34, (2015). 7. Agrawal, G. et al. Dig Dis Sci 66, 348 – 58, (2021). 8. Winn, W. C., Jr. Clin Microbiol Rev 1, 60 – 81, (1988). 9. Wang, Z. et al. Nat Rev Genet 10, 57 – 63, (2009). 10. Marshall, B. J. et al. Lancet 1, 1311 – 5, (1984). 11. Marshall, B. et al. Canadian Journal of Gastroenterology 22, 459810, (2008). 12. https://www.bacterio.net/genus/bartonella 13. Maeda, K. et al. N Engl J Med 316, 853 – 6, (1987). 14. Anderson, B. E. et al. J Clin Microbiol 29, 2838 – 42, (1991). 15. Feng, H. M. et al. Infect Immun 72, 966 – 71, (2004). 16. Nair, G. B. et al. The Journal of Infectious Diseases 169, 1029 – 34, (1994). 17. https://www.health.gov.sk/?who-tbc 18. https://www.hagy.sk/narodny-register-tbc/analyza-situacie-tbc-na-slovensku 19. Russo, G. et al. Emerg Infect Dis 15, 314 – 6, (2009). 20. Ghasemzadeh, I. et al. J Med Life 8, 1 – 5, (2015). 21. Santos, R. L. et al. Front Vet Sci 8, 594291, (2021). 22. Marzetti, S. et al. Comp Immunol Microbiol Infect Dis 36, 55 – 61, (2013). 23. Huarcaya, E. et al. Braz J Infect Dis 8, 331 – 9, (2004). 24. Cheslock, M. A. et al. Trop Med Infect Dis 4, (2019). 25. De Oliveira, D. M. P. et al. Clin Microbiol Rev 33, (2020). 26. Todd, J. et al. Lancet 2, 1116 – 8, (1978). 27. Todd, J. K. Clin Microbiol Rev 1, 432 – 46, (1988). 28. Cone, L. A. et al. N Engl J Med 317, 146 – 9, (1987). 29. Threlfall, E. J. et al. Vet Rec 142, 255, (1998). 30. Poppe, C. et al. Can Vet J 39, 559 – 65, (1998). 31. Villar, R. G. et al. Jama 281, 1811 – 6, (1999). 32. Helms, M. et al. Emerg Infect Dis 11, 859 – 67, (2005). 33. Riley, L. W. et al. N Engl J Med 308, 681 – 5, (1983). 34. Slutsker, L. et al. Ann Intern Med 126, 505 – 13, (1997). 35. Allocati, N. et al. Int J Environ Res Public Health 10, 6235 – 54, (2013). 36. HALL, I. C. et al. American Journal of Diseases of Children 49, 390 – 402, (1935). 37. Bartlett, J. G. Clin Infect Dis 18 Suppl 4, S265 – 72, (1994). 38. George, W. L. et al. Lancet 1, 802 – 3, (1978). 39. Heinlen, L. et al. Am J Med Sci 340, 247 – 52, (2010). 40. Rahman, M. T. et al. Microorganisms 8, 1405, (2020). 41. Woolhouse, M. E. et al. Emerg Infect Dis 11, 1842 – 7, (2005). 42. Jones, K. E. et al. Nature 451, 990 – 3, (2008). 43. Chlebicz, A. et al. Int J Environ Res Public Health 15, (2018). 44. Abebe, E. et al. J Trop Med 2020, 4674235, (2020). 45. Lamps, L. W. Sur. Path. of the GI Tract, Liver, Biliary Tract, and Pancreas, 51 –79, (2009). 46. Pilipčinec, E. et al. 978-80-8077-571-1 47. Elliott, S. P. Clin Microbiol Rev 20, 13 – 22, (2007). 48. Pilo, P. Front Cell Infect Microbiol 8, 258, (2018). 49. Appelt, S. et al. Microorganisms 8, (2020). 50. Newton, P. N. et al. Am J Trop Med Hyg 81, 190 – 4, (2009). 51. Beard, C. et al.129 – 56 (2016). 52. Charrel, R. N. et al. New Microbes New Infect 26, S31 – S36, (2018). 53. Chung, M. H. et al. Infect Chemother 51, 196 – 209, (2019). 54. Valiente Moro, C. et al. Parasite 12, 99 – 109, (2005). 55. Dorko, E. et al. ISBN 80-89089-38-0. 56. Daneš, L. ISBN 80-246-0568-6. 57. Vynograd, N. Arch Immunol Ther Exp (Warsz) 62, 445 – 7, (2014). 58. Damborg, P. et al. J Comp Pathol 155, S27 – 40, (2016). 478

59. Talan, D. A. et al. N Engl J Med 340, 85 – 92, (1999). 60. Hansmann, Y. et al. J Clin Microbiol 43, 3800 – 6, (2005). 61. Stepanić, M. et al. BMC Infect Dis 19, 299, (2019). 62. Giladi, M. et al. J Clin Microbiol 36, 2499 – 502, (1998). 63. Korczak, B. M. et al. Antonie Van Leeuwenhoek 105, 731 – 41, (2014). 64. Christensen, H. et al. Int J Syst Evol Microbiol 62, 1396 – 401, (2012). 65. Oehler, R. L. et al. Lancet Infect Dis 9, 439-47, (2009). 66. Mehboob, R. Asian Pacific Journal of Tropical Biomedicine 7, (2017). 67. Jernigan, J. A. et al. N Engl J Med 382, 1309 – 19, (2020). 68. Sikora, A. et al. Bookshelf ID: NBK559312. 69. Pilipčinec, E. et al. 978-80-8077-632-9. 70. Pohanka, M. et al. 978-80-7231-342-6. 71. Tian, D. et al. PLoS One 9, e101163, (2014). 72. Mourya, D. T. et al. Indian J Med Res 140, 171 – 83, (2014). 73. Pilipčinec, E. et al. 978-80-8077-572-8. 74. Pilipčinec, E. et al. 978-80-8077-633-6. 75. Charon, N. W. et al. Annu Rev Microbiol 66, 349 – 70, (2012). 76. Steere, A. C. et al. Nat Rev Dis Primers 2, 16090, (2016). 77. Margos, G. et al. Int J Syst Evol Microbiol 70, 849 – 56, (2020). 78. Kejíková, R. et al. Epidemiol Mikrobiol Imunol 70, 118 – 30, (2021). 79. Sapi, E. et al. PLoS One 7, e48277, (2012). 80. Radolf, J. D. et al. Nat Rev Microbiol 10, 87 – 99, (2012). 81. Kelesidis, T. Front Immunol 5, 310, (2014). 82. Cervantes, J. L. et al. Front Cell Infect Microbiol 4, 55, (2014). 83. Petnicki-Ocwieja, T. et al. Front Cell Infect Microbiol 4, 175, (2014). 84. Fraser, C. M. et al. Nature 390, 580 – 6, (1997). 85. Stewart, P. E. et al. Plasmid 53, 1 – 13, (2005). 86. Silva, J. et al. Front Microbiol 2, 200, (2011). 87. Kaakoush, N. O. et al. Clin Microbiol Rev 28, 687 – 720, (2015). 88. Vandamme, P. et al. Int J Syst Evol Microbiol 60, 2016 – 22, (2010). 89. Shinha, T. Emerg Infect Dis 21, 1084 – 5, (2015). 90. Gilbert, M. J. et al. Int J Syst Evol Microbiol 68, 1787 – 94, (2018). 91. Bronnec, V. et al. Front Microbiol 7, 1002, (2016). 92. Gölz, G. et al. Int J Med Microbiol 304, 817 – 23, (2014). 93. Sahin, O. et al. Annu Rev Anim Biosci 5, 21 – 42, (2017). 94. https://lpsn.dsmz.de/genus/campylobacter 95. Ang, C. W. et al. Infect Immun 70, 1202 – 8, (2002). 96. Koga, M. et al. J Infect Dis 193, 547 – 55, (2006). 97. Nguyen, V. T. et al. J Food Prot 75, 195 – 206, (2012). 98. Modi, S. et al. Vet World 8, 1 – 8, (2015). 99. Medema, G. J. et al. Int J Food Microbiol 30, 101 – 11, (1996). 100. Epps, S. V. et al. Int J Environ Res Public Health 10, 6292 – 304, (2013). 101. Humphrey, T. et al. Int J Food Microbiol 117, 237 – 57, (2007). 102. Josefsen, M. H. et al. J Microbiol Methods 112, 118 – 25, (2015). 103. Hald, B. et al. Acta Vet Scand 58, 11, (2016). 104. Laprade, N. et al. J Microbiol Methods 124, 41 – 7, (2016). 105. Bolton, D. J. Food Microbiol 48, 99 – 108, (2015). 106. Szymanski, C. M. et al. Infect Immun 63, 4295 – 300, (1995). 107. Guerry, P. et al. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology 2, (2012). 108. Bachtiar, B. M. et al. FEMS Immunology & Medical Microbiology 49, 149 – 54, (2007). 109. Bacon, D. J. et al. Mol Microbiol 40, 769 – 77, (2001). 110. Rojas, J. D. et al. Am J Trop Med Hyg 101, 541 – 48, (2019). 111. Thompson, S. A. Ann Periodontol 7, 43 – 53, (2002). 112. Kanji, A. et al. Microb Pathog 89, 93 – 9, (2015). 113. Koolman, L. et al. Int J Food Microbiol 220, 33 – 8, (2016). 114. Perez-Perez, G. I. et al. Infect Immun 51, 209 – 12, (1986). 115. Ica, T. et al. Appl Environ Microbiol 78, 1033 – 8, (2012). 116. Tram, G. et al. Microorganisms 8, (2020). 117. Moe, K. K. et al. J Vet Med Sci 72, 411 – 6, (2010). 118. Bassler, B. L. Curr Opin Microbiol 2, 582 – 7, (1999). 479

119. Elvers, K. T. et al. Microbiology (Reading) 148, 1475 – 81, (2002). 120. Costa, T. R. et al. Nat Rev Microbiol 13, 343 – 59, (2015). 121. Wiesner, R. S. et al. J Bacteriol 185, 5408 – 18, (2003). 122. Kienesberger, S. et al. J Bacteriol 193, 744 – 58, (2011). 123. Cayrou, C. et al. Front Microbiol 12, 705139, (2021). 124. Rivera-Amill, V. et al. J Infect Dis 183, 1607 – 16, (2001). 125. Christensen, J. E. et al. Mol Microbiol 73, 650 – 62, (2009). 126. T, O. C. et al. Front Cell Infect Microbiol 2, 25, (2012). 127. Stoebner, J. A. et al. Infect Immun 56, 2891 – 5, (1988). 128. Wassenaar, T. M. Clin Microbiol Rev 10, 466 – 76, (1997). 129. Grant, K. A. et al. Infect Immun 65, 1172 – 80, (1997). 130. Kao, C. Y. et al. Biomed J 39, 14-23, (2016). 131. Haesebrouck, F. et al. Clin Microbiol Rev 22, 202 – 23, (2009). 132. Kusters, J. G. et al. Clin Microbiol Rev 19, 449 – 90, (2006). 133. Moran, A. P. et al. J Autoimmun 16, 241 – 56, (2001). 134. Bergman, M. et al. Nat Rev Microbiol 4, 151 – 9, (2006). 135. Ottemann, K. M. et al. Infect Immun 70, 1984 – 90, (2002). 136. Huang, J. Y. et al. PLoS Pathog 13, e1006118, (2017). 137. Yamaoka, Y. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 97, 7533 – 8, (2000). 138. Pang, S. S. et al. J Biol Chem 289, 6332 – 40, (2014). 139. da Costa, D. M. et al. World J Gastroenterol 21, 10563 – 72, (2015). 140. Mobley, H. L. et al. J Clin Microbiol 26, 831 – 6, (1988). 141. Cover, T. L. et al. Nat Rev Microbiol 3, 320 – 32, (2005). 142. Junaid, M. et al. Toxicon 118, 27 – 35, (2016). 143. Young, V. B. et al. Infect Immun 68, 184 – 91, (2000). 144. Varon, C. et al. J Infect Dis 209, 588 – 99, (2014). 145. Basso, D. et al. Helicobacter 15 Suppl 1, 14 – 20, (2010). 146. Backert, S. et al. Cancer Res 76, 4028 – 31, (2016). 147. Yamaoka, Y. Nat Rev Gastroenterol Hepatol 7, 629 – 41, (2010). 148. Okaro, U. et al. Clin Microbiol Rev 30, 709 – 46, (2017). 149. Lin, E. Y. et al. Emerg Infect Dis 16, 500 – 3, (2010). 150. Kerkhoff, F. T. et al. J Clin Microbiol 37, 4034 – 8, (1999). 151. Eremeeva, M. E. et al. N Engl J Med 356, 2381 – 7, (2007). 152. Kosoy, M. et al. J Clin Microbiol 46, 772 – 5, (2008). 153. Saisongkorh, W. et al. J Med Assoc Thai 92, 707 – 31, (2009). 154. Mullins, K. E. et al. Int J Syst Evol Microbiol 65, 3339 – 43, (2015). 155. Anderson, B. E. et al. Clin Microbiol Rev 10, 203 – 19, (1997). 156. Lins, K. A. et al. An Bras Dermatol 94, 594 – 602, (2019). 157. Riess, T. et al. J Exp Med 200, 1267 – 78, (2004). 158. Zhang, P. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 101, 13630 – 5, (2004). 159. Gilmore, R. D., Jr. et al. Infect Immun 73, 3128 – 36, (2005). 160. Schulein, R. et al. J Exp Med 193, 1077 – 86, (2001). 161. Schulein, R. et al. Mol Microbiol 46, 1053 – 67, (2002). 162. Vayssier-Taussat, M. et al. PLoS Pathog 6, e1000946, (2010). 163. Harms, A. et al. Clin Microbiol Rev 25, 42 – 78, (2012). 164. Kempf, V. A. et al. Cell Microbiol 3, 623 – 32, (2001). 165. Dehio, C. Nat Rev Microbiol 3, 621 – 31, (2005). 166. Scheidegger, F. et al. Cell Microbiol 13, 419 – 31, (2011). 167. Balaban, M. et al. Exp Ther Med 20, 56 – 60, (2020). 168. Deng, H. et al. Front Cell Infect Microbiol 8, 431, (2018). 169. Dehio, C. Trends Microbiol 9, 279 – 85, (2001). 170. Gutierrez, R. et al. Vector Borne Zoonotic Dis 15, 27 – 39, (2015). 171. Alton, G. G. et al. in Medical Microbiology (eds th & S. Baron) (1996). 172. de Figueiredo, P. et al. Am J Pathol 185, 1505 – 17, (2015). 173. Glowacka, P. et al. Pol J Microbiol 67, 151 – 61, (2018). 174. Hordt, A. et al. Front Microbiol 11, 468, (2020). 175. Pappas, G. et al. Cell Mol Life Sci 63, 2229 – 36, (2006). 176. Dean, A. S. et al. PLoS Negl Trop Dis 6, e1929, (2012). 177. Sangari, F. J. et al. Infect Immun 75, 774 – 80, (2007). 178. Manterola, L. et al. Infect Immun 75, 4867 – 74, (2007). 480

179. Viadas, C. et al. PLoS One 5, e10216, (2010). 180. Arellano-Reynoso, B. et al. Nat Immunol 6, 618 – 25, (2005). 181. Corbel, M. J. Emerg Infect Dis 3, 213 – 21, (1997). 182. Christopher, S. et al. J Lab Physicians 2, 55 – 60, (2010). 183. O'Callaghan, D. et al. Mol Microbiol 33, 1210 – 20, (1999). 184. Christie, P. J. et al. Annu Rev Microbiol 59, 451 – 85, (2005). 185. Alvarez-Martinez, C. E. et al. Microbiol Mol Biol Rev 73, 775 – 808, (2009). 186. Backert, S. et al. Helicobacter 16 Suppl 1, 19 – 25, (2011). 187. Nagai, H. et al. Front Microbiol 2, 136, (2011). 188. Rossetti, C. A. et al. PLoS One 8, e81719, (2013). 189. Kuchar, E. et al. Adv Exp Med Biol 934, 77 – 82, (2016). 190. Kamanova, J. Front Cell Infect Microbiol 10, 466, (2020). 191. Tuomanen, E. et al. J Infect Dis 152, 118 – 25, (1985). 192. Brown, D. R. et al. Infect Immun 55, 154 – 61, (1987). 193. Smith, A. M. et al. FEMS Microbiol Rev 25, 309 – 33, (2001). 194. Carbonetti, N. H. Curr Opin Infect Dis 29, 287 – 94, (2016). 195. Mooi, F. R. et al. FEMS Microbiol Lett 54, 327 – 31, (1990). 196. Inatsuka, C. S. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 102, 18578 – 83, (2005). 197. Leininger, E. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 88, 345 – 9, (1991). 198. Diavatopoulos, D. A. et al. J Evol Biol 19, 1931 – 8, (2006). 199. do Vale, A. et al. Front Microbiol 7, 42, (2016). 200. Katada, T. et al. Arch Biochem Biophys 224, 290 – 8, (1983). 201. Schmidt, G. et al. J Biol Chem 274, 31875 – 81, (1999). 202. Cookson, B. T. et al. Biochemistry 28, 1744 – 9, (1989). 203. Brickman, T. J. et al. Biometals 20, 303 – 22, (2007). 204. Brickman, T. J. et al. Infect Immun 75, 5305 – 12, (2007). 205. Beall, B. et al. Microbiology (Reading) 141 ( Pt 12), 3193 – 205, (1995). 206. Vanderpool, C. K. et al. J Bacteriol 183, 4278 – 87, (2001). 207. Eberl, L. et al. F1000Res 5, (2016). 208. Van Zandt, K. E. et al. Orphanet J Rare Dis 8, 131, (2013). 209. Leitao, J. H. et al. Appl Microbiol Biotechnol 87, 31 – 40, (2010). 210. Vandamme, P. et al. Front Microbiol 8, 1679, (2017). 211. Syed, I. et al. Front Cell Infect Microbiol 11, 701362, (2021). 212. White, N. J. Lancet 361, 1715 – 22, (2003). 213. Whitmore, A. et al. Ind Med Gaz 47, 262 – 67, (1912). 214. Whitmore, A. J Hyg (Lond) 13, 1 – 34 1, (1913). 215. Currie, B. J. et al. PLoS Negl Trop Dis 4, e900, (2010). 216. Currie, B. J. et al. Clin Infect Dis 31, 981 – 6, (2000). 217. Brundage, W. G. et al. Am J Trop Med Hyg 17, 183 – 91, (1968). 218. Reckseidler, S. L. et al. Infect Immun 69, 34 – 44, (2001). 219. Wiersinga, W. J. et al. Nat Rev Microbiol 4, 272-82, (2006). 220. Burtnick, M. N. et al. Infect Immun 79, 1512 – 25, (2011). 221. Sarovich, D. S. et al. PLoS One 9, e91682, (2014). 222. Stevens, M. P. et al. Mol Microbiol 56, 40 – 53, (2005). 223. Sitthidet, C. et al. J Bacteriol 193, 1901 – 10, (2011). 224. DeShazer, D. et al. Microb Pathog 30, 253 – 69, (2001). 225. Godoy, D. et al. J Clin Microbiol 41, 2068 – 79, (2003). 226. Ulrich, R. L. et al. J Med Microbiol 53, 1053 – 64, (2004). 227. Fernandes, P. J. et al. Infect Immun 75, 3027 – 32, (2007). 228. Galyov, E. E. et al. Annu Rev Microbiol 64, 495 – 517, (2010). 229. Memisevic, V. et al. Mol Cell Proteomics 12, 3036 – 51, (2013). 230. Newman, L. et al. PLoS One 10, e0143304, (2015). 231. Van de Laar, M. et al. Euro Surveill 17, (2012). 232. Edwards, J. L. et al. Clin Microbiol Rev 17, 965 – 81, (2004). 233. Frances-Cuesta, C. et al. Forensic Sci Int Genet 42, 141 – 46, (2019). 234. Roberts, M. C. Clin Microbiol Rev 2 Suppl, S18 – 23, (1989). 235. Pachulec, E. et al. PLoS One 5, e9962, (2010). 236. Mayer, L. W. et al. Infect Immun 10, 712 – 7, (1974). 237. Roberts, M. et al. Nature 266, 630 – 1, (1977). 238. Cehovin, A. et al. J Infect Dis 222, 1826 – 36, (2020). 481

239. Unemo, M. et al. Clin Microbiol Rev 27, 587 – 613, (2014). 240. Unemo, M. et al. Nat Rev Urol 14, 139-52, (2017). 241. Billker, O. et al. EMBO J 21, 560 – 71, (2002). 242. Hauck, C. R. et al. Curr Opin Microbiol 6, 43 – 9, (2003). 243. Massari, P. et al. Trends Microbiol 11, 87 – 93, (2003). 244. Hung, M. C. et al. Biology (Basel) 2, 1054 – 109, (2013). 245. Lewis, L. A. et al. Virulence 5, 98 – 126, (2014). 246. Pizza, M. et al. Curr Opin Microbiol 23, 68 – 72, (2015). 247. Pohlner, J. et al. Nature 325, 458 – 62, (1987). 248. Almogren, A. et al. Infect Immun 71, 3349 – 56, (2003). 249. Huang, J. et al. Front Microbiol 11, 1395, (2020). 250. Perkins-Balding, D. et al. Microbiol Mol Biol Rev 68, 154 – 71, (2004). 251. Lewis, L. A. et al. J Bacteriol 177, 1299-306, (1995). 252. Thanassi, D. G. et al. FEMS Microbiol Rev 36, 1046 – 82, (2012). 253. Piszczek, J. et al. Can Pharm J (Ott) 148, 82-9, (2015). 254. Springer, C. et al. Bookshelf ID: NBK558903. 255. Parkhill, J. et al. Nature 404, 502-6, (2000). 256. Tobiason, D. M. et al. J Bacteriol 192, 2160 – 8, (2010). 257. Comanducci, M. et al. J Exp Med 195, 1445 – 54, (2002). 258. Virji, M. Nat Rev Microbiol 7, 274 – 86, (2009). 259. Khairalla, A. S. et al. Cell Microbiol 17, 1008 – 20, (2015). 260. Simonis, A. et al. FEBS Lett 590, 3854 – 67, (2016). 261. Zughaier, S. M. J Leukoc Biol 89, 469 – 80, (2011). 262. Valeri, M. et al. PLoS One 10, e0127614, (2015). 263. Gasparini, R. et al. J Immunol Res 2015, 189153, (2015). 264. Jarraud, S. et al. Methods Mol Biol 954, 27 – 56, (2013). 265. Fraser, D. W. et al. N Engl J Med 297, 1189 – 97, (1977). 266. Fields, B. S. et al. Clin Microbiol Rev 15, 506 – 26, (2002). 267. Roig, J. et al. Chest 99, 344 – 50, (1991). 268. Cunha, B. A. Semin Respir Infect 13, 116 – 27, (1998). 269. Cunha, B. A. Infect Dis Clin North Am 24, 73 – 105, (2010). 270. Cunha, B. A. et al. Lancet 387, 376 – 85, (2016). 271. Cordes, L. G. et al. Med Clin North Am 64, 395 – 416, (1980). 272. Osterholm, M. T. et al. Am J Epidemiol 117, 60 – 7, (1983). 273. Phin, N. et al. Lancet Infect Dis 14, 1011 – 21, (2014). 274. Fraser, D. W. Ann N Y Acad Sci 353, 61 – 6, (1980). 275. Johnson, J. T. et al. Lancet 2, 298 – 300, (1985). 276. Stone, B. J. et al. Infect Immun 66, 1768 – 75, (1998). 277. Kohler, R. et al. Infect Immun 71, 4389 – 97, (2003). 278. Heuner, K. et al. Int J Med Microbiol 293, 133 – 43, (2003). 279. Schunder, E. et al. Int J Med Microbiol 300, 313 – 23, (2010). 280. Ghosal, D. et al. Nat Microbiol 4, 2101 – 08, (2019). 281. Ge, J. et al. Cell Microbiol 13, 1870 – 80, (2011). 282. Jo, E. K. et al. Front Immunol 4, 97, (2013). 283. Isberg, R. R. et al. Nat Rev Microbiol 7, 13 – 24, (2009). 284. Gellatly, S. L. et al. Pathog Dis 67, 159 – 73, (2013). 285. Reid, T. M. et al. J Hyg (Lond) 86, 357 – 62, (1981). 286. Stellato, G. et al. Front Microbiol 8, 264, (2017). 287. Quintieri, L. et al. Foods 8, (2019). 288. Quintieri, L. et al. Foods 10, (2021). 289. Nychas, G. J. et al. Meat Sci 78, 77 – 89, (2008). 290. Cornelis, P. Appl Microbiol Biotechnol 86, 1637 – 45, (2010). 291. Rada, B. et al. Mucosal Immunol 4, 158 – 71, (2011). 292. Rybtke, M. et al. J Mol Biol 427, 3628 – 45, (2015). 293. Krieg, D. P. et al. Infect Immun 56, 864 – 73, (1988). 294. Meluleni, G. J. et al. J Immunol 155, 2029 – 38, (1995). 295. Akira, S. et al. Cell 124, 783-801, (2006). 296. King, J. D. et al. Innate Immun 15, 261 – 312, (2009). 297. Hahn, H. P. Gene 192, 99 – 108, (1997). 298. Mikkelsen, H. et al. Environ Microbiol 13, 1666 – 81, (2011). 482

299. O'Toole, G. A. et al. Mol Microbiol 30, 295 – 304, (1998). 300. Adamo, R. et al. Am J Respir Cell Mol Biol 30, 627 – 34, (2004). 301. Ertesvag, H. Front Microbiol 6, 523, (2015). 302. Whitfield, G. B. et al. Front Microbiol 6, 471, (2015). 303. Kube, D. et al. Am J Physiol Lung Cell Mol Physiol 280, L493 – 502, (2001). 304. Kessler, E. et al. J Biol Chem 273, 30225 – 31, (1998). 305. Engel, L. S. et al. J Biol Chem 273, 16792 – 7, (1998). 306. Spencer, J. et al. J Mol Biol 396, 908 – 23, (2010). 307. Malloy, J. L. et al. Am J Physiol Lung Cell Mol Physiol 288, L409 – 18, (2005). 308. Michalska, M. et al. Front Microbiol 6, 963, (2015). 309. Maier, R. M. et al. Appl Microbiol Biotechnol 54, 625 – 33, (2000). 310. Engel, J. et al. Curr Opin Microbiol 12, 61 – 6, (2009). 311. Hauser, A. R. Nat Rev Microbiol 7, 654 – 65, (2009). 312. Michel-Briand, Y. et al. Biochimie 84, 499 – 510, (2002). 313. Nutman, J. et al. Isr J Med Sci 24, 228 – 32, (1988). 314. Filloux, A. et al. FEMS Microbiol Rev 22, 177 – 98, (1998). 315. Roy-Burman, A. et al. J Infect Dis 183, 1767 – 74, (2001). 316. McLendon, M. K. et al. Annu Rev Microbiol 60, 167 – 85, (2006). 317. Guryčová, D. ISSN 1335-8219 ISSN 1338-645X. 318. Rossow, H. et al. Vector Borne Zoonotic Dis 14, 193 – 8, (2014). 319. Hestvik, G. et al. J Comp Pathol 157, 103 – 14, (2017). 320. Petersen, J. M. et al. Vet Res 40, 7, (2009). 321. Jackson, J. et al. Emerg Infect Dis 18, 1484 – 6, (2012). 322. Eden, J. S. et al. Emerg Infect Dis 23, 1198 – 201, (2017). 323. Votava, M. ISBN 80-902896-6-5. 324. Fortier, A. H. et al. Infect Immun 63, 1478 – 83, (1995). 325. Jones, B. D. et al. Front Cell Infect Microbiol 4, 32, (2014). 326. Perez, N. M. et al. PLoS One 9, e93558, (2014). 327. Lindgren, H. et al. PLoS One 10, e0119143, (2015). 328. Apicella, M. A. et al. PLoS One 5, e11060, (2010). 329. Jones, C. L. et al. Microbiol Mol Biol Rev 76, 383 – 404, (2012). 330. Hajjar, A. M. et al. Infect Immun 74, 6730 – 8, (2006). 331. Salomonsson, E. N. et al. Front Microbiol 2, 29, (2011). 332. Mathis, L. S. et al. J Gen Microbiol 130, 3165 – 73, (1984). 333. Bergstrom, S. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 83, 3890 – 4, (1986). 334. Taylor, R. K. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 84, 2833 – 7, (1987). 335. Catlin, B. W. Clin Microbiol Rev 3, 293 – 320, (1990). 336. Marrs, C. F. et al. Am J Med 88, 36S – 40S, (1990). 337. Knutton, S. et al. Mol Microbiol 33, 499 – 509, (1999). 338. Clavijo, A. P. et al. Microb Pathog 48, 230 – 8, (2010). 339. Chen, Z. et al. Front Plant Sci 11, 241, (2020). 340. Nano, F. E. et al. Ann N Y Acad Sci 1105, 122 – 37, (2007). 341. Zhou, Y. et al. BMC Infect Dis 19, 158, (2019). 342. Chauret, C. et al. Can J Microbiol 47, 782 – 6, (2001). 343. Goni-Urriza, M. et al. Appl Environ Microbiol 66, 125 – 32, (2000). 344. Gray, S. J. J Hyg (Lond) 92, 365 – 75, (1984). 345. Lehane, L. et al. Med J Aust 173, 256 – 9, (2000). 346. Igbinosa, I. H. et al. ScientificWorldJournal 2012, 625023, (2012). 347. Bravo, L. et al. Rev Cubana Med Trop 55, 208 – 9, (2003). 348. Janda, J. M. et al. Clin Microbiol Rev 23, 35 – 73, (2010). 349. von Graevenitz, A. Infection 35, 59 – 64, (2007). 350. Ghenghesh, K. S. et al. J Infect Dev Ctries 2, 81 – 98, (2008). 351. Alavandi, S. V. et al. Indian J Med Microbiol 21, 233 – 8, (2003). 352. Chopra, A. K. et al. Can J Microbiol 39, 513 – 23, (1993). 353. Merino, S. et al. Res Microbiol 148, 625 – 31, (1997). 354. Sha, J. et al. Infect Immun 70, 1924 – 35, (2002). 355. Gavin, R. et al. FEMS Microbiol Lett 224, 77 – 83, (2003). 356. Canals, R. et al. J Bacteriol 188, 852 – 62, (2006). 357. Duarte, A. S. et al. Lett Appl Microbiol 60, 288 – 97, (2015). 358. Huang, L. et al. Gene 565, 275 – 81, (2015). 483

359. Rasmussen-Ivey, C. R. et al. Front Microbiol 7, 1337, (2016). 360. Tseng, T. T. et al. BMC Microbiol 9 Suppl 1, S2, (2009). 361. Yu, H. B. et al. Infect Immun 72, 1248 – 56, (2004). 362. Rasmussen-Ivey, C. R. et al. Front Microbiol 7, 1615, (2016). 363. van der Putten, B. C. L. et al. Int J Syst Evol Microbiol 71, (2021). 364. Croxen, M. A. et al. Nat Rev Microbiol 8, 26 – 38, (2010). 365. Clermont, O. et al. Appl Environ Microbiol 66, 4555 – 8, (2000). 366. Carlos, C. et al. BMC Microbiol 10, 161, (2010). 367. Palaniappan, R. U. et al. J Clin Microbiol 44, 1495 – 501, (2006). 368. Robins-Browne, R. M. et al. Front Cell Infect Microbiol 6, 141, (2016). 369. Pakbin, B. et al. Int J Mol Sci 22, (2021). 370. Gaastra, W. et al. Trends Microbiol 4, 444 – 52, (1996). 371. Qadri, F. et al. Clin Microbiol Rev 18, 465 – 83, (2005). 372. Wolf, M. K. Clin Microbiol Rev 10, 569 – 84, (1997). 373. Croxen, M. A. et al. Clin Microbiol Rev 26, 822 – 80, (2013). 374. Turner, S. M. et al. FEMS Microbiol Lett 263, 10 – 20, (2006). 375. Fleckenstein, J. M. et al. Microbes Infect 12, 89 – 98, (2010). 376. Korea, C. G. et al. Bioessays 33, 300 – 11, (2011). 377. Evans, D. G. et al. Infect Immun 12, 656 – 67, (1975). 378. Saukkonen, K. M. et al. Infect Immun 56, 892 – 7, (1988). 379. Khan, A. S. et al. Infect Immun 68, 3541 – 7, (2000). 380. Torres, A. G. et al. Infect Immun 73, 18 – 29, (2005). 381. Lane, M. C. et al. Kidney Int 72, 19 – 25, (2007). 382. Saldana, Z. et al. J Bacteriol 191, 3451 – 61, (2009). 383. Semiramoth, N. et al. Infect Immun 78, 2974 – 83, (2010). 384. Farfan, M. J. et al. Infect Immun 79, 3744 – 50, (2011). 385. Jonsson, R. et al. Biochim Biophys Acta Proteins Proteom 1865, 304 – 11, (2017). 386. Elsinghorst, E. A. et al. Infect Immun 60, 2409 – 17, (1992). 387. Elsinghorst, E. A. et al. Infect Immun 62, 3463 – 71, (1994). 388. Patel, S. K. et al. Infect Immun 72, 1786 – 94, (2004). 389. Roy, K. et al. Nature 457, 594 – 8, (2009). 390. Cote, J. P. et al. PLoS One 8, e80739, (2013). 391. Spangler, B. D. Microbiol Rev 56, 622 – 47, (1992). 392. Liang, S. et al. Immunol Invest 39, 449 – 67, (2010). 393. Weiglmeier, P. R. et al. Toxins (Basel) 2, 2213 – 29, (2010). 394. Hajishengallis, G. et al. Vet Immunol Immunopathol 152, 68 – 77, (2013). 395. Navarro-Garcia, F. et al. Infect Immun 69, 1053 – 60, (2001). 396. Menard, L. P. et al. Crit Rev Microbiol 28, 43 – 60, (2002). 397. Gyles, C. L. J Anim Sci 85, E45 – 62, (2007). 398. Hunt, S. et al. Adv Exp Med Biol 677, 116 – 26, (2010). 399. Berlutti, F. et al. Infect Immun 66, 4957 – 64, (1998). 400. Landraud, L. et al. Mol Microbiol 47, 1653 – 67, (2003). 401. Taieb, F. et al. Cell Microbiol 8, 1910 – 21, (2006). 402. Jubelin, G. et al. PLoS One 4, e4855, (2009). 403. Nataro, J. P. et al. Clin Microbiol Rev 11, 142 – 201, (1998). 404. Meza-Segura, M. et al. JMM Case Rep 4, e005079, (2017). 405. Joffre, E. et al. Gut Microbes 7, 75 – 81, (2016). 406. Huang, J. et al. Appl Environ Microbiol 84, (2018). 407. Garcia, A. et al. Comp Med 71, 3 – 45, (2021). 408. Burgess, M. N. et al. Infect Immun 21, 526 – 31, (1978). 409. Lortie, L. A. et al. J Clin Microbiol 29, 656 – 9, (1991). 410. Hitotsubashi, S. et al. Infect Immun 60, 4468 – 74, (1992). 411. Dubreuil, J. D. Curr Issues Mol Biol 14, 71 – 82, (2012). 412. Fleckenstein, J. M. et al. Gut Microbes 4, 392 – 6, (2013). 413. Fleckenstein, J. M. et al. Curr Infect Dis Rep 21, 9, (2019). 414. Sansonetti, P. J. et al. Infect Immun 35, 852 – 60, (1982). 415. Harris, J. R. et al. Infect Immun 37, 1295 – 8, (1982). 416. Pasqua, M. et al. Front Microbiol 8, 2390, (2017). 417. Michelacci, V. et al. Front Cell Infect Microbiol 10, 260, (2020). 418. Parsot, C. et al. Curr Top Microbiol Immunol 209, 25 – 42, (1996). 484

419. Trabulsi, L. R. et al. Emerg Infect Dis 8, 508 – 13, (2002). 420. Law, R. J. et al. Cold Spring Harb Perspect Med 3, a009977, (2013). 421. Jerse, A. E. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 87, 7839 – 43, (1990). 422. Giron, J. A. et al. Science 254, 710 – 3, (1991). 423. Bieber, D. et al. Science 280, 2114 – 8, (1998). 424. Tobe, T. et al. Infect Immun 67, 5455 – 62, (1999). 425. McDaniel, T. K. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 92, 1664 – 8, (1995). 426. McDaniel, T. K. et al. Mol Microbiol 23, 399 – 407, (1997). 427. Robins-Browne, R. M. et al. J Gastroenterol Hepatol 17, 467 – 75, (2002). 428. Kenny, B. et al. Cell 91, 511 – 20, (1997). 429. Kenny, B. Int J Med Microbiol 291, 469 – 77, (2002). 430. Robins-Browne, R. M. Rev Infect Dis 9, 28 – 53, (1987). 431. Kozub-Witkowski, E. et al. J Appl Microbiol 104, 403 – 10, (2008). 432. Blanco Crivelli, X. et al. Front Microbiol 9, 199, (2018). 433. Fagundes-Neto, U. et al. Sao Paulo Med J 118, 21 – 9, (2000). 434. Ochoa, T. J. et al. Curr Opin Infect Dis 24, 478 – 83, (2011). 435. Bhan, M. K. et al. J Infect Dis 159, 1061 – 4, (1989). 436. Nataro, J. P. et al. Pediatr Infect Dis J 6, 829 – 31, (1987). 437. Nataro, J. P. et al. Infect Immun 60, 2297 – 304, (1992). 438. Czeczulin, J. R. et al. Infect Immun 65, 4135 – 45, (1997). 439. Bernier, C. et al. Infect Immun 70, 4302 – 11, (2002). 440. Boisen, N. et al. Infect Immun 76, 3281 – 92, (2008). 441. Estrada-Garcia, T. et al. FEMS Immunol Med Microbiol 66, 281 – 98, (2012). 442. Navarro-Garcia, F. et al. Infect Immun 67, 2184 – 92, (1999). 443. Joseph, J. Dev Med Child Neurol 27, 822 – 6, (1985). 444. Setyarini, W. et al. Infect Dis Rep 12, 8745, (2020). 445. Gomes, T. A. et al. Braz J Microbiol 47 Suppl 1, 3 – 30, (2016). 446. Ogura, Y. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 106, 17939 – 44, (2009). 447. Walker, C. L. et al. J Health Popul Nutr 30, 257 – 61, (2012). 448. O'Loughlin, E. V. et al. Microbes Infect 3, 493 – 507, (2001). 449. Blanco, M. et al. J Clin Microbiol 42, 645 – 51, (2004). 450. Shuman, R. M. Experientia 47, 897 – 905, (1991). 451. McWilliams, B. D. et al. Microbiol Spectr 2, (2014). 452. Zhang, X. et al. J Infect Dis 181, 664 – 70, (2000). 453. Neely, M. N. et al. Mol Microbiol 28, 1255 – 67, (1998). 454. Melton-Celsa, A. R. Microbiol Spectr 2, EHEC-0024-2013, (2014). 455. Lee, M. S. et al. Toxins (Basel) 8, (2016). 456. Scheutz, F. et al. J Clin Microbiol 50, 2951 – 63, (2012). 457. Boerlin, P. et al. J Clin Microbiol 37, 497 – 503, (1999). 458. Lee, M. S. et al. Toxins (Basel) 2, 1515 – 35, (2010). 459. Betz, J. et al. J Lipid Res 52, 618 – 34, (2011). 460. Tesh, V. L. Cell Microbiol 14, 1 – 9, (2012). 461. Schuller, S. Toxins (Basel) 3, 626 – 39, (2011). 462. Betz, J. et al. Biol Chem 393, 133 – 47, (2012). 463. Lathem, W. W. et al. Mol Microbiol 45, 277 – 88, (2002). 464. Bielaszewska, M. et al. Int J Med Microbiol 304, 521 – 9, (2014). 465. Schmidt, H. et al. Infect Immun 63, 1055-61, (1995). 466. Newton, H. J. et al. Emerg Infect Dis 15, 372 – 80, (2009). 467. Brockmeyer, J. et al. Appl Environ Microbiol 73, 6351 – 9, (2007). 468. Janka, A. et al. Infect Immun 71, 3634 – 8, (2003). 469. Bielaszewska, M. et al. Infect Immun 73, 552 – 62, (2005). 470. Paton, A. W. et al. Toxins (Basel) 2, 215 – 28, (2010). 471. Furukawa, T. et al. Microb Pathog 50, 159 – 67, (2011). 472. Paton, A. W. et al. J Exp Med 200, 35 – 46, (2004). 473. Tozzoli, R. et al. J Clin Microbiol 48, 178 – 83, (2010). 474. Michelacci, V. et al. Clin Microbiol Infect 19, E149 – 56, (2013). 475. Dean, P. et al. Curr Opin Microbiol 12, 101 – 9, (2009). 476. Schmidt, M. A. Cell Microbiol 12, 1544 – 52, (2010). 477. Wong, A. R. et al. Mol Microbiol 80, 1420 – 38, (2011). 478. Campellone, K. G. et al. Curr Opin Microbiol 6, 82 – 90, (2003). 485

479. Zhao, S. et al. J Med Microbiol 45, 90 – 6, (1996). 480. Tarr, P. I. et al. Infect Immun 68, 1400 – 7, (2000). 481. Tatsuno, I. et al. Infect Immun 69, 6660 – 9, (2001). 482. Stevens, M. P. et al. Infect Immun 72, 5402 – 11, (2004). 483. Insall, J. N. et al. J Bone Joint Surg Am 65, 1087 – 98, (1983). 484. Mitchell, R. E. J Invest Dermatol 48, 203 – 20, (1967). 485. Ullrich, S. et al. PLoS One 8, e55278, (2013). 486. Smith, J. L. et al. Adv Appl Microbiol 86, 145 – 97, (2014). 487. Ferens, W. A. et al. Foodborne Pathog Dis 8, 465 – 87, (2011). 488. Chase-Topping, M. E. et al. J Clin Microbiol 45, 1594 – 603, (2007). 489. Solomon, E. B. et al. Appl Environ Microbiol 68, 397 – 400, (2002). 490. Chauret, C. Virulence 2, 593 – 601, (2011). 491. Tuttle, J. et al. Epidemiol Infect 122, 185 – 92, (1999). 492. Gunzburg, S. T. et al. J Infect Dis 167, 755 – 8, (1993). 493. Le Bouguenec, C. Clin Microbiol Rev 12, 180 – 1, (1999). 494. Knutton, S. et al. J Pediatr Gastroenterol Nutr 33, 32 – 40, (2001). 495. Kaper, J. B. et al. Nat Rev Microbiol 2, 123 – 40, (2004). 496. Gomez-Duarte, O. G. et al. Foodborne Pathog Dis 7, 199 – 206, (2010). 497. Scaletsky, I. C. et al. Infect Immun 45, 534 – 6, (1984). 498. Servin, A. L. Clin Microbiol Rev 18, 264 – 92, (2005). 499. Le Bouguenec, C. et al. FEMS Microbiol Lett 256, 185 – 94, (2006). 500. Bernet-Camard, M. F. et al. Infect Immun 64, 1918 – 28, (1996). 501. Arikawa, K. et al. Microbiol Immunol 54, 491 – 501, (2010). 502. Abduch Fabrega, V. L. et al. FEMS Microbiol Lett 217, 191 – 7, (2002). 503. Johnson, W. M. et al. Microb Pathog 4, 103 – 13, (1988). 504. Shima, A. et al. Infect Immun 80, 1323 – 32, (2012). 505. Foster, G. et al. Lett Appl Microbiol 26, 395 – 8, (1998). 506. Clark, C. G. et al. J Clin Microbiol 40, 2671 – 4, (2002). 507. da Silva, A. S. et al. Vet Microbiol 89, 195 – 9, (2002). 508. Mainil, J. G. et al. Vet Microbiol 94, 159 – 65, (2003). 509. Hinenoya, A. et al. BMC Microbiol 14, 97, (2014). 510. Beutin, L. et al. J Clin Microbiol 42, 1099 – 108, (2004). 511. Kim, J. et al. Emerg Infect Dis 17, 1755 – 6, (2011). 512. Bien, J. et al. Int J Nephrol 2012, 681473, (2012). 513. Hull, R. A. et al. Infect Immun 67, 429 – 32, (1999). 514. Roos, V. et al. Infect Immun 74, 615 – 24, (2006). 515. Stork, C. et al. Front Microbiol 9, 214, (2018). 516. Farajnia, S. et al. Int J Infect Dis 13, 140 – 4, (2009). 517. Wurpel, D. J. et al. PLoS One 8, e52835, (2013). 518. McLellan, L. K. et al. Trends Mol Med 22, 946 – 57, (2016). 519. Forsyth, V. S. et al. mBio 9, (2018). 520. Winberg, J. Arch Dis Child 59, 180 – 4, (1984). 521. Riegman, N. et al. Mol Microbiol 2, 73 – 80, (1988). 522. Johnson, J. R. Clin Microbiol Rev 4, 80 – 128, (1991). 523. Agarwal, J. et al. Indian J Med Microbiol 30, 141 – 9, (2012). 524. Orskov, I. et al. Scand J Infect Dis Suppl 33, 18 – 25, (1982). 525. van der Bosch, J. F. et al. Infect Immun 29, 226 – 33, (1980). 526. Miyazaki, J. et al. FEMS Immunol Med Microbiol 33, 23 – 6, (2002). 527. Snyder, J. A. et al. Infect Immun 73, 7588 – 96, (2005). 528. Snyder, J. A. et al. Infect Immun 74, 1387 – 93, (2006). 529. Wiles, T. J. et al. Exp Mol Pathol 85, 11 – 9, (2008). 530. Sora, V. M. et al. Pathogens 10, (2021). 531. Nowicki, B. et al. Infect Immun 58, 279 – 81, (1990). 532. Wroblewska-Seniuk, K. et al. Infect Immun 73, 7597 – 601, (2005). 533. Stenutz, R. et al. FEMS Microbiol Rev 30, 382 – 403, (2006). 534. Abe, C. M. et al. FEMS Immunol Med Microbiol 52, 397 – 406, (2008). 535. Paniagua-Contreras, G. L. et al. J Microbiol Immunol Infect 50, 478 – 85, (2017). 536. Van Dijk, W. C. et al. Infect Immun 25, 603 – 9, (1979). 537. Allen, P. M. et al. Infect Immun 55, 2662 – 8, (1987). 538. Schwan, W. R. Int J Med Microbiol 298, 441 – 7, (2008). 486

539. Vega-Hernandez, R. et al. Microorganisms 9, (2021). 540. Bhakdi, S. et al. Eur J Epidemiol 4, 135 – 43, (1988). 541. Boehm, D. F. et al. Infect Immun 58, 1951 – 8, (1990). 542. Ostolaza, H. et al. FEBS Lett 371, 303 – 6, (1995). 543. Caprioli, A. et al. Infect Immun 39, 1300 – 6, (1983). 544. Blanco, J. et al. Res Microbiol 143, 869 – 78, (1992). 545. Davis, J. M. et al. Infect Immun 73, 5301 – 10, (2005). 546. Terlizzi, M. E. et al. Front Microbiol 8, 1566, (2017). 547. Guyer, D. M. et al. Infect Immun 70, 4539 – 46, (2002). 548. Yao, Y. et al. Infect Immun 74, 2196 – 206, (2006). 549. Wijetunge, D. S. et al. BMC Microbiol 15, 211, (2015). 550. Kim, K. S. et al. J Clin Invest 90, 897 – 905, (1992). 551. Prasadarao, N. V. Infect Immun 70, 4556 – 63, (2002). 552. Khan, N. A. et al. Cell Microbiol 9, 169 – 78, (2007). 553. Huang, S. H. et al. J Infect Dis 183, 1071 – 8, (2001). 554. Flatau, G. et al. Nature 387, 729 – 33, (1997). 555. Schmidt, G. et al. Nature 387, 725 – 9, (1997). 556. Procianoy, R. S. et al. J Pediatr (Rio J) 96 Suppl 1, 80 – 86, (2020). 557. Stoll, B. J. et al. Pediatrics 127, 817 – 26, (2011). 558. Zaidi, A. K. et al. Pediatr Infect Dis J 28, S10 – 8, (2009). 559. Ananias, M. et al. Braz J Med Biol Res 41, 877 – 83, (2008). 560. Mokady, D. et al. Int J Med Microbiol 295, 455 – 62, (2005). 561. Ewers, C. et al. Int J Med Microbiol 297, 163 – 76, (2007). 562. Sarowska, J. et al. Gut Pathog 11, 10, (2019). 563. Binns, M. M. et al. Nature 279, 778 – 81, (1979). 564. Ohl, M. E. et al. Annu Rev Med 52, 259 – 74, (2001). 565. Hoelzer, K. et al. Vet Res 42, 34, (2011). 566. Fabrega, A. et al. Clin Microbiol Rev 26, 308 – 41, (2013). 567. Qi, X. et al. Front Microbiol 10, 2025, (2019). 568. Pappas, G. et al. Int J Infect Dis 12, 347 – 50, (2008). 569. Vollaard, A. M. et al. Trans R Soc Trop Med Hyg 99, 440 – 50, (2005). 570. Hendriksen, R. S. et al. J Clin Microbiol 53, 262 – 72, (2015). 571. Kariuki, S. et al. Vaccine 33 Suppl 3, C21 – 9, (2015). 572. Yan, M. et al. Emerg Microbes Infect 5, e62, (2016). 573. Levine, M. M. et al. J Infect Dis 146, 724 – 6, (1982). 574. Parry, C. M. et al. N Engl J Med 347, 1770 – 82, (2002). 575. Hornick, R. B. et al. N Engl J Med 283, 686 – 91, (1970). 576. Bhutta, Z. A. Arch Dis Child 75, 214 – 7, (1996). 577. House, D. et al. Curr Opin Infect Dis 14, 573 – 8, (2001). 578. Butler, T. et al. Rev Infect Dis 13, 85 – 90, (1991). 579. Butler, T. et al. Arch Intern Med 138, 407 – 10, (1978). 580. Wain, J. et al. J Clin Microbiol 36, 1683 – 7, (1998). 581. Wain, J. et al. J Clin Microbiol 39, 1571 – 6, (2001). 582. Bhan, M. K. et al. Lancet 366, 749 – 62, (2005). 583. Sahastrabuddhe, S. et al. Expert Rev Vaccines 12, 1021 – 31, (2013). 584. Alhaj-Qasem, D. M. et al. Diagnostics (Basel) 10, (2020). 585. https://www.epis.sk/InformacnaCast/Publikacie/VyrocneSpravy/Files/VS_SR_2020.aspx 586. Heaton, J. C. et al. J Appl Microbiol 104, 613 – 26, (2008). 587. Vazquez-Torres, A. et al. Nature 401, 804 – 8, (1999). 588. Woods, D. F. et al. J Clin Microbiol 46, 4018 – 22, (2008). 589. Aguado, J. M. et al. Arch Intern Med 150, 54 – 6, (1990). 590. Shimoni, Z. et al. Clin Infect Dis 28, 822 – 7, (1999). 591. Arii, J. et al. Neurology 58, 1641 – 5, (2002). 592. Ashkenazi, S. et al. Infect Immun 56, 3089 – 94, (1988). 593. van Asten, A. J. et al. FEMS Immunol Med Microbiol 44, 251 – 9, (2005). 594. Wiedemann, A. et al. Front Microbiol 5, 791, (2014). 595. Blum, G. et al. Infect Immun 62, 606 – 14, (1994). 596. Blum, G. et al. FEMS Microbiol Lett 126, 189 – 95, (1995). 597. Wood, M. W. et al. Mol Microbiol 29, 883 – 91, (1998). 598. Groisman, E. A. et al. Cell 87, 791 – 4, (1996). 487

599. Marcus, S. L. et al. Microbes Infect 2, 145 – 56, (2000). 600. Blanc-Potard, A. B. et al. J Bacteriol 181, 998 – 1004, (1999). 601. Rychlik, I. et al. BMC Microbiol 9, 268, (2009). 602. Saroj, S. D. et al. J Med Microbiol 57, 424 – 27, (2008). 603. Lou, L. et al. Front Cell Infect Microbiol 9, 270, (2019). 604. Hu, Y. et al. mSphere 4, (2019). 605. Zhang, X. L. et al. Gene 202, 139 – 46, (1997). 606. Parkhill, J. et al. Nature 413, 848 – 52, (2001). 607. Wang, X. et al. BMC Genomics 20, 930, (2019). 608. Eswarappa, S. M. et al. PLoS One 3, e3829, (2008). 609. Mills, D. M. et al. Mol Microbiol 15, 749 – 59, (1995). 610. Collazo, C. M. et al. Gene 192, 51 – 9, (1997). 611. Hensel, M. Mol Microbiol 36, 1015 – 23, (2000). 612. Hensel, M. Int J Med Microbiol 294, 95 – 102, (2004). 613. Blanc-Potard, A. B. et al. EMBO J 16, 5376 – 85, (1997). 614. Gerlach, R. G. et al. Cell Microbiol 9, 1834 – 50, (2007). 615. Folkesson, A. et al. Res Microbiol 153, 537-45, (2002). 616. Gulig, P. A. Microb Pathog 8, 3 – 11, (1990). 617. Wallis, T. S. et al. Infect Immun 63, 2755 – 61, (1995). 618. Rotger, R. et al. Int Microbiol 2, 177 – 84, (1999). 619. Guiney, D. G. et al. Clin Infect Dis 21 Suppl 2, S146 – 51, (1995). 620. Chu, C. et al. Infect Immun 67, 2611 – 4, (1999). 621. Chu, C. et al. Antimicrob Agents Chemother 45, 2299 – 303, (2001). 622. Spink, J. M. et al. FEMS Microbiol Lett 116, 113 – 21, (1994). 623. Wilson, J. A. et al. Microbiology (Reading) 144 ( Pt 7), 1823 – 33, (1998). 624. Raffatellu, M. et al. Infect Immun 74, 19 – 27, (2006). 625. Xiong, K. et al. Front Cell Infect Microbiol 7, 135, (2017). 626. Li, P. et al. NPJ Vaccines 3, 1, (2018). 627. Hitchcock, P. J. et al. J Bacteriol 166, 699 –705, (1986). 628. Hoshino, K. et al. J Immunol 162, 3749 – 52, (1999). 629. Patel, S. et al. Front Immunol 5, 311, (2014). 630. Mroczenski-Wildey, M. J. et al. Microb Pathog 6, 143 – 52, (1989). 631. Tan, Y. et al. Mol Cell 54, 212 – 23, (2014). 632. Li, J. et al. J Med Microbiol 38, 129 – 39, (1993). 633. Holt, P. S. et al. J Clin Microbiol 35, 1016 – 20, (1997). 634. Dauga, C. et al. J Clin Microbiol 36, 2835 – 43, (1998). 635. Jones, B. D. et al. Infect Immun 60, 2475 – 80, (1992). 636. Allen-Vercoe, E. et al. Epidemiol Infect 122, 395 – 402, (1999). 637. Townsend, S. M. et al. Infect Immun 69, 2894 – 901, (2001). 638. Wagner, C. et al. Adv Exp Med Biol 715, 17 – 34, (2011). 639. Baumler, A. J. et al. Infect Immun 64, 61 – 8, (1996). 640. Collinson, S. K. et al. J Bacteriol 178, 662 – 7, (1996). 641. Baumler, A. J. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 93, 279 – 83, (1996). 642. Chary, P. et al. FEMS Microbiol Lett 111, 87 – 92, (1993). 643. Prager, R. et al. FEMS Immunol Med Microbiol 12, 47 – 50, (1995). 644. Pollack, J. R. et al. Biochem Biophys Res Commun 38, 989 – 92, (1970). 645. Raymond, K. N. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 100, 3584 – 8, (2003). 646. Hantke, K. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 100, 3677 – 82, (2003). 647. Muller, S. I. et al. Biometals 22, 691 – 5, (2009). 648. Liu, W. T. et al. Microb Pathog 42, 2 – 10, (2007). 649. Cavaliere, P. et al. Biochem J 475, 341 – 54, (2018). 650. Gottesman, S. J Biol Chem 294, 11685 – 700, (2019). 651. Giannella, R. A. et al. Ann Intern Med 78, 271 – 6, (1973). 652. Wilmes-Riesenberg, M. R. et al. Infect Immun 64, 1085 – 92, (1996). 653. Galan, J. E. Annu Rev Cell Dev Biol 17, 53 – 86, (2001). 654. Finlay, B. B. et al. J Cell Sci 99 ( Pt 2), 283 – 96, (1991). 655. https://lpsn.dsmz.de/genus/yersinia 656. Bancerz-Kisiel, A. et al. Genes (Basel) 9, (2018). 657. Ke, Y. et al. Front Cell Infect Microbiol 3, 106, (2013). 658. Bottone, E. J. CRC Crit Rev Microbiol 5, 211 – 41, (1977). 488

659. Cover, T. L. et al. N Engl J Med 321, 16 – 24, (1989). 660. Galindo, C. L. et al. J Pathog 2011, 182051, (2011). 661. Stenseth, N. C. et al. PLoS Med 5, e3, (2008). 662. Slimani, D. Sante Publique 9, 123-34, (1997). 663. Perry, R. D. et al. Clin Microbiol Rev 10, 35 – 66, (1997). 664. Skurnik, M. et al. Mol Microbiol 37, 316 – 30, (2000). 665. Guiyoule, A. et al. J Clin Microbiol 32, 634 – 41, (1994). 666. Zhou, D. et al. J Bacteriol 186, 5147 – 52, (2004). 667. Prentice, M. B. et al. Lancet 369, 1196 – 207, (2007). 668. Gage, K. L. et al. Annu Rev Entomol 50, 505 – 28, (2005). 669. Zietz, B. P. et al. Int J Hyg Environ Health 207, 165 – 78, (2004). 670. Kugeler, K. J. et al. Emerg Infect Dis 21, 16 – 22, (2015). 671. Yang, R. J Clin Microbiol 56, (2018). 672. https://www.cdc.gov/fleas/fleas_of_the_us.html 673. Blanc, G. Rev Hyg Med Soc 4, 535 – 62, (1956). 674. Gage, K. L. et al. Clin Infect Dis 30, 893 – 900, (2000). 675. https://www.cdc.gov/plague/index.html%20(2018) 676. Hull, H. F. et al. J Infect Dis 155, 113 – 8, (1987). 677. Riedel, S. Proc (Bayl Univ Med Cent) 18, 116 – 24, (2005). 678. Burkle, F. M., Jr. Clin Pediatr (Phila) 12, 291 – 8, (1973). 679. Christie, A. B. et al. J Infect Dis 141, 724 – 6, (1980). 680. Arbaji, A. et al. Ann Trop Med Parasitol 99, 789 – 93, (2005). 681. https://www.mpsr.sk/sprava-o-zoonozach v SR -za-rok-2017/506-111-506-13075/ 682. Bancerz-Kisiel, A. et al. Epidemiol Infect 143, 2758 – 65, (2015). 683. Schaake, J. et al. Infect Immun 81, 4013 – 25, (2013). 684. Huovinen, E. et al. BMC Infect Dis 10, 122, (2010). 685. Achtman, M. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 96, 14043 – 8, (1999). 686. Achtman, M. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 101, 17837 – 42, (2004). 687. Eppinger, M. et al. PLoS Genet 3, e142, (2007). 688. Fukushima, H. et al. J Clin Microbiol 39, 3541 – 7, (2001). 689. Niskanen, T. et al. Appl Environ Microbiol 69, 4670 – 5, (2003). 690. Giannitti, F. et al. J Vet Diagn Invest 26, 88 – 95, (2014). 691. Parn, T. et al. Euro Surveill 20, (2015). 692. Lorusso, A. et al. Ital J Food Saf 9, 8527, (2020). 693. Wunderink, H. F. et al. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 33, 197 – 200, (2014). 694. Amphlett, A. Open Forum Infect Dis 3, ofv202, (2016). 695. Jalava, K. et al. J Infect Dis 194, 1209 – 16, (2006). 696. Vasala, M. et al. Ann Rheum Dis 73, 1793 – 6, (2014). 697. Vincent, P. et al. Emerg Infect Dis 14, 1119 – 22, (2008). 698. Inoue, M. et al. Zentralbl Bakteriol Mikrobiol Hyg B 186, 504 – 11, (1988). 699. Nakano, T. et al. Scand J Infect Dis 21, 175 – 9, (1989). 700. Atkinson, S. et al. F1000Res 5, (2016). 701. Sulakvelidze, A. Microbes Infect 2, 497 – 513, (2000). 702. Rajanna, C. et al. Int J Microbiol 2010, 760819, (2010). 703. Hu, P. et al. J Bacteriol 180, 5192 – 202, (1998). 704. Felek, S. et al. Infect Immun 78, 1163 – 75, (2010). 705. Bearden, S. W. et al. Infect Immun 65, 1659 – 68, (1997). 706. Cornelis, G. R. Nat Rev Mol Cell Biol 3, 742 – 52, (2002). 707. Cornelis, G. R. et al. Mol Microbiol 23, 861 – 7, (1997). 708. Demeure, C. E. et al. Genes Immun 20, 357 – 70, (2019). 709. Iriarte, M. et al. Mol Microbiol 29, 915 – 29, (1998). 710. Sauvonnet, N. et al. Mol Microbiol 45, 805 – 15, (2002). 711. Von Pawel-Rammingen, U. et al. Mol Microbiol 36, 737 – 48, (2000). 712. Chung, L. K. et al. Cell Host Microbe 20, 296 – 306, (2016). 713. Ratner, D. et al. PLoS Pathog 12, e1006035, (2016). 714. Brubaker, R. R. Infect Immun 71, 3673 – 81, (2003). 715. Huang, X. Z. et al. Infect Immun 72, 7212 – 9, (2004). 716. Hinnebusch, J. et al. Int J Med Microbiol 290, 483 – 7, (2000). 717. Patzer, S. I. et al. J Biol Chem 287, 23381 – 96, (2012). 718. Rakin, A. et al. Microbiology (Reading) 142 ( Pt 12), 3415 – 24, (1996). 489

719. Lahteenmaki, K. et al. FEBS Lett 504, 69 – 72, (2001). 720. Carniel, E. et al. J Bacteriol 178, 6743 – 51, (1996). 721. Carniel, E. Microbes Infect 3, 561 – 9, (2001). 722. Perry, R. D. et al. Microbes Infect 13, 808 – 17, (2011). 723. Perry, R. D. et al. J Bacteriol 186, 1638 – 47, (2004). 724. Perry, R. D. et al. Microbiology (Reading) 145 ( Pt 5), 1181 – 90, (1999). 725. Kutyrev, V. V. et al. Microb Pathog 12, 177 – 86, (1992). 726. Hinnebusch, B. J. et al. Science 273, 367 – 70, (1996). 727. Liu, F. et al. Infect Immun 74, 5636 – 44, (2006). 728. Lathem, W. W. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 102, 17786 – 91, (2005). 729. Bubeck, S. S. et al. Infect Immun 75, 697 – 705, (2007). 730. Price, P. A. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 109, 3083 – 8, (2012). 731. Mota, L. J. et al. Science 307, 1278, (2005). 732. Muhlenkamp, M. et al. Int J Med Microbiol 305, 252 – 8, (2015). 733. Hudson, K. J. et al. Infect Immun 74, 6487 – 90, (2006). 734. Kolodziejek, A. M. et al. Front Cell Infect Microbiol 2, 103, (2012). 735. Young, V. B. et al. Mol Microbiol 4, 1119 – 28, (1990). 736. Delor, I. et al. Infect Immun 58, 2983 – 8, (1990). 737. Carnoy, C. et al. Int J Med Microbiol 290, 477 – 82, (2000). 738. Uliczka, F. et al. PLoS Pathog 7, e1002117, (2011). 739. Abeck, D. et al. Hautarzt 40, 407 – 10, (1989). 740. Latyshev, Y. et al. Tex Heart Inst J 40, 608 – 11, (2013). 741. Norskov-Lauritsen, N. Clin Microbiol Rev 27, 214 – 40, (2014). 742. Lewis, D. A. et al. Curr Opin Infect Dis 29, 52 – 7, (2016). 743. https://www.nzip.cz/clanek/51-hemofilove-infekce 744. De Schutter, I. et al. Clin Infect Dis 52, 1437 – 44, (2011). 745. King, P. Clin Transl Med 1, 10, (2012). 746. Duell, B. L. et al. FEBS Lett 590, 3840 – 53, (2016). 747.http://www.szu.cz/uploads/Epidemiologie/Infekce_zakladni_informace/HIB 748. https://www.ruvzsn.sk/Povinn_ockovanie_deti.pdf 749. https://www.nzip.cz/clanek/51-hemofilove-infekce 750. Kroll, J. S. et al. J Bacteriol 170, 859 – 64, (1988). 751. Kroll, J. S. et al. Mol Microbiol 5, 1549 – 60, (1991). 752. Gilsdorf, J. R. et al. Infect Immun 72, 2457 – 61, (2004). 753. Cardines, R. et al. Int J Med Microbiol 302, 45 – 52, (2012). 754. Cerquetti, M. et al. Hum Vaccin Immunother 12, 2357 – 61, (2016). 755. Kubiet, M. et al. Infect Immun 68, 3362 – 7, (2000). 756. Fink, D. L. et al. Infect Immun 70, 4902 – 7, (2002). 757. St Geme, J. W., 3rd et al. Trends Microbiol 17, 355 – 60, (2009). 758. Finney, L. J. et al. Int J Chron Obstruct Pulmon Dis 9, 1119 – 32, (2014). 759. St Geme, J. W., 3rd et al. J Bacteriol 182, 6005 – 13, (2000). 760. Flesher, A. R. et al. J Infect Dis 138, 719 – 30, (1978). 761. Kimura, A. et al. Infect Immun 51, 69 – 79, (1986). 762. Mulks, M. H. et al. J Infect Dis 146, 266 – 74, (1982). 763. Kilian, M. et al. J Infect Dis 165 Suppl 1, S192 – 3, (1992). 764. https://lpsn.dsmz.de/genus/vibrio 765. Harris, J. B. et al. Lancet 379, 2466 – 76, (2012). 766. Finkelstein, R. A. in Medical Microbiology (eds th & S. Baron) (1996). 767. Baker-Austin, C. et al. Nat Rev Dis Primers 4, 8, (2018). 768. Morris, J. G., Jr. Infect Agents Dis 4, 41 – 6, (1995). 769. Albert, M. J. Indian J Med Res 104, 14 – 27, (1996). 770. Parvin, I. et al. PLoS Negl Trop Dis 15, e0009721, (2021). 771. Alam, M. et al. Appl Environ Microbiol 72, 4096 – 104, (2006). 772. Clemens, J. et al. Nat Rev Gastroenterol Hepatol 8, 701 – 10, (2011). 773. Deen, J. et al. Vaccine 38 Suppl 1, A31 – A40, (2020). 774. Ramamurthy, T. et al. Front Public Health 7, 203, (2019). 775.https://www.google.com/search?q=ECDC 776. https://vkport.sk/2020/04/17/cholera-a-velke-kapusany-tzv-vojanska-epidemia 777. Chen, Y. T. et al. PLoS One 10, e0116904, (2015). 778. Albuquerque, A. et al. Gastroenterol Hepatol 36, 309 – 10, (2013). 490

779. Siddique, A. B. et al. Front Microbiol 12, 635539, (2021). 780. Guillod, C. et al. Case Rep Dermatol 11, 94 – 100, (2019). 781. Letchumanan, V. et al. Front Microbiol 5, 705, (2014). 782. Hsueh, P. R. et al. Emerg Infect Dis 10, 1363 – 8, (2004). 783. Jacobs Slifka, K. M. et al. Epidemiol Infect 145, 1491 – 99, (2017). 784. Muller, S. et al. J La State Med Soc 168, 192 – 93, (2016). 785. Magalhaes, V. et al. Mem Inst Oswaldo Cruz 88, 593 – 7, (1993). 786. Derber, C. et al. J Clin Microbiol 49, 2348 – 9, (2011). 787. Ramamurthy, T. et al. Front Microbiol 5, 91, (2014). 788. Brayton, P. R. et al. J Clin Microbiol 23, 104 – 8, (1986). 789. Dalsgaard, A. et al. J Med Microbiol 45, 494 – 500, (1996). 790. Pariente Martin, M. et al. Rev Inst Med Trop Sao Paulo 50, 311 – 2, (2008). 791. Jensen, J. et al. J Med Case Rep 8, 348, (2014). 792. Nelson, E. J. et al. N Engl J Med 364, 5 – 7, (2011). 793. Morris, J. G., Jr. Clin Infect Dis 37, 272 – 80, (2003). 794. Weil, A. A. et al. Clin Infect Dis 49, 1473 – 9, (2009). 795. Gangarosa, E. F. et al. Am J Trop Med Hyg 9, 125 – 35, (1960). 796. Hsiao, A. et al. Virulence 11, 1582 – 99, (2020). 797. Heidelberg, J. F. et al. Nature 406, 477 – 83, (2000). 798. Everiss, K. D. et al. Infect Immun 62, 3289 – 98, (1994). 799. Hughes, K. J. et al. Gene 156, 59 – 61, (1995). 800. Herrington, D. A. et al. J Exp Med 168, 1487 – 92, (1988). 801. Karaolis, D. K. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 95, 3134 – 9, (1998). 802. Utada, A. S. et al. Nat Commun 5, 4913, (2014). 803. Nesper, J. et al. Infect Immun 70, 5990 – 6, (2002). 804. Cassel, D. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 75, 2669 – 73, (1978). 805. Waldor, M. K. et al. Science 272, 1910 – 4, (1996). 806. Bakhshi, B. et al. Clin Microbiol Infect 14, 562-8, (2008). 807. Thelin, K. H. et al. Infect Immun 64, 2853 – 6, (1996). 808. Arita, M. et al. Infect Immun 52, 45 – 9, (1986). 809. Trucksis, M. et al. Proc Natl Acad Sci U S A 90, 5267 – 71, (1993). 810. Fasano, A. et al. J Clin Invest 96, 710 – 20, (1995). 811. Di Pierro, M. et al. J Biol Chem 276, 19160 – 5, (2001). 812. Fasano, A. Physiol Rev 91, 151 – 75, (2011). 813. Khilwani, B. et al. Toxins (Basel) 7, 3344 – 58, (2015). 814. Payne, S. M. et al. Microbiol Mol Biol Rev 80, 69 – 90, (2016). 815. Syed, K. A. et al. J Bacteriol 191, 6555 – 70, (2009). 816. Silva, A. J. et al. PLoS Negl Trop Dis 10, e0004330, (2016). 817. Newsom, S. W. J Hosp Infect 70, 369 – 72, (2008). 818. Adhikari, R. P. Microorganisms 9, (2021). 819. Hess, S. et al. Int J Syst Evol Microbiol 65, 2661 – 65, (2015). 820. Pantucek, R. et al. Appl Environ Microbiol 84, (2018). 821. Heaton, C. J. et al. Antibiotics (Basel) 9, (2020). 822. Lambert, L. H. et al. Int J Syst Bacteriol 48 Pt 2, 511 – 8, (1998). 823. Becker, K. et al. Clin Microbiol Rev 27, 870 – 926, (2014). 824. Wertheim, H. F. et al. Lancet Infect Dis 5, 751 – 62, (2005). 825. Tong, S. Y. et al. Clin Microbiol Rev 28, 603 – 61, (2015). 826. de la Fuente, R. et al. Zentralbl Veterinarmed B 32, 397 – 406, (1985). 827. Yebra, G. et al. PLoS Pathog 17, e1009606, (2021). 828. Peake, S. L. et al. J Clin Microbiol 44, 2311 – 3, (2006). 829. Cheung, G. Y. C. et al. Virulence 12, 547 – 69, (2021). 830. Pfaller, M. A. et al. Clin Microbiol Rev 1, 281 – 99, (1988). 831. Kloos, W. E. et al. Clin Microbiol Rev 7, 117 – 40, (1994). 832. von Eiff, C. et al. Clin Infect Dis 29, 932 – 4, (1999). 833. Dinges, M. M. et al. Clin Microbiol Rev 13, 16 – 34, table of contents, (2000). 834. Ladhani, S. FEMS Immunol Med Microbiol 39, 181 – 9, (2003). 835. Bartlett, A. H. et al. Pediatr Infect Dis J 29, 860 – 1, (2010). 836. Grumann, D. et al. Infect Genet Evol 21, 583 – 92, (2014). 837. Fisher, E. L. et al. Front Microbiol 9, 436, (2018). 838. Jarraud, S. et al. J Clin Microbiol 37, 2446 – 9, (1999). 491

839. Bukowski, M. et al. Toxins (Basel) 2, 1148 – 65, (2010). 840. Oliveira, D. et al. Toxins (Basel) 10, (2018). 841. Projan, S. J. et al. Nucleic Acids Res 17, 3305, (1989). 842. Yoong, P. et al. Curr Opin Microbiol 16, 63 – 9, (2013). 843. Falugi, F. et al. mBio 4, e00575-13, (2013). 844. Foster, T. J. et al. Nat Rev Microbiol 12, 49 – 62, (2014). 845. Foster, T. J. Microbiol Spectr 7, (2019). 846. Dziarski, R. et al. Infect Immun 73, 5212 – 6, (2005). 847. Askarian, F. et al. FEMS Microbiol Rev 42, 656 – 71, (2018). 848. Cheng, A. G. et al. PLoS Pathog 6, e1001036, (2010). 849. Kwiecinski, J. et al. J Infect Dis 213, 139 – 48, (2016). 850. Liesenborghs, L. et al. J Thromb Haemost 16, 441 – 54, (2018). 851. Otto, M. Microbiol Spectr 6, (2018). 852. Lowy, F. D. J Clin Invest 111, 1265 – 73, (2003). 853. Olsen, J. E. et al. J Antimicrob Chemother 57, 450 – 60, (2006). 854. Parker, M. T. et al. Lancet 1, 800 – 4, (1970). 855. Beck, W. D. et al. J Bacteriol 165, 373 – 8, (1986). 856. Ito, T. et al. Yonsei Med J 39, 526 – 33, (1998). 857. Wielders, C. L. et al. J Clin Microbiol 40, 3970 – 5, (2002). 858. David, M. Z. et al. Clin Microbiol Rev 23, 616 – 87, (2010). 859. Hiramatsu, K. et al. J Antimicrob Chemother 40, 135 – 6, (1997). 860. Centers for Disease, C. et al. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 46, 765 – 6, (1997). 861. Howe, R. A. et al. Lancet 351, 602, (1998). 862. https://lpsn.dsmz.de/genus/enterococcus 863. Ramsey, M. et al. Bookshelf ID: NBK190424. 864. Hendrickx, A. P. et al. Trends Microbiol 17, 423 – 30, (2009). 865. Hancock, L. E. et al. Bookshelf ID: NBK190424. 866. Dunny, G. M. et al. i Bookshelf ID: NBK190424. 867. Arias, C. A. et al. Nat Rev Microbiol 10, 266 – 78, (2012). 868. Hollenbeck, B. L. et al. Virulence 3, 421 – 33, (2012). 869. Murray, B. E. Clin Microbiol Rev 3, 46 – 65, (1990). 870. Lewis, C. M. et al. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 9, 111 – 7, (1990). 871. Ruoff, K. L. et al. J Clin Microbiol 28, 435 – 7, (1990). 872. Moellering, R. C., Jr. Clin Infect Dis 14, 1173 – 6, (1992). 873. Cetinkaya, Y. et al. Clin Microbiol Rev 13, 686 – 707, (2000). 874. Zirakzadeh, A. et al. Mayo Clin Proc 81, 529 – 36, (2006). 875. Boyd, D. A. et al. Antimicrob Agents Chemother 52, 2667 – 72, (2008). 876. Xu, X. et al. Antimicrob Agents Chemother 54, 4643 – 7, (2010). 877. Mirzaei, B. et al. Braz J Microbiol 46, 161 – 5, (2015). 878. Sieradzki, K. et al. N Engl J Med 340, 517 – 23, (1999). 879. Bobin-Dubreux, S. et al. Antimicrob Agents Chemother 45, 349 – 52, (2001). 880. Bager, F. et al. Prev Vet Med 31, 95 – 112, (1997). 881. Aarestrup, F. M. et al. Antimicrob Agents Chemother 45, 2054 – 9, (2001). 882. Heuer, O. E. et al. Microb Drug Resist 8, 355 – 61, (2002). 883. Simm, R. et al. PLoS One 14, e0226101, (2019). 884. https://lpsn.dsmz.de/genus/streptococcus 885. Lang, S. et al. J Biol Chem 278, 38167 – 73, (2003). 886. Bobadilla, F. J. et al. BMC Infect Dis 21, 73, (2021). 887. Jiang, S. et al. Infect Immun 82, 1007 – 16, (2014). 888. Rosini, R. et al. Front Cell Infect Microbiol 5, 6, (2015). 889. Lo, C. W. et al. J Microbiol Immunol Infect 52, 578 – 84, (2019). 890. Vissing, N. H. et al. Children (Basel) 8, (2021). 891. Bisharat, N. et al. J Clin Microbiol 42, 2161 – 7, (2004). 892. Johnson, D. I. Springer International Publishing AG, (2018). 893. Wilkening, R. V. et al. Trends Microbiol 25, 562 – 72, (2017). 894. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK333431 895. Courtney, H. S. et al. J Biomed Biotechnol 2010, 956071, (2010). 896. Frost, H. R. et al. Clin Microbiol Infect 26, 946 e5 – 46 e8, (2020). 897. Gherardi, G. et al. Front Public Health 6, 59, (2018). 898. Dal Peraro, M. et al. Nat Rev Microbiol 14, 77 – 92, (2016). 492

899. Henriques-Normark, B. et al. Cold Spring Harb Perspect Med 3, (2013). 900. Kadioglu, A. et al. Nat Rev Microbiol 6, 288 – 301, (2008). 901. Whatmore, A. M. et al. Infect Immun 67, 2776 – 82, (1999). 902. Zeigler, D. R. et al. ISBN-9780429123559. 903. https://lpsn.dsmz.de/genus/bacillus 904. Celandroni, F. et al. PLoS One 11, e0152831, (2016). 905. Dietrich, R. et al. Toxins (Basel) 13, (2021). 906. Kern, J. et al. Mol Microbiol 75, 324 – 32, (2010). 907. Smith, H. et al. Br J Exp Pathol 36, 460 – 72, (1955). 908. Drysdale, M. et al. EMBO J 24, 221 – 7, (2005). 909. Friebe, S. et al. Toxins (Basel) 8, (2016). 910. Parthiban, S. et al. International Journal of Nutrition and Food Sciences 4, (2015). 911. Klee, S. R. et al. J Bacteriol 188, 5333 – 44, (2006). 912. Rouzeau-Szynalski, K. et al. Food Microbiol 85, 103279, (2020). 913. Ramarao, N. et al. Toxins (Basel) 5, 1119 – 39, (2013). 914. Ehling-Schulz, M. et al. Front Microbiol 6, 704, (2015). 915. Ehling-Schulz, M. et al. Appl Environ Microbiol 71, 105 – 13, (2005). 916. Callegan, M. C. et al. Infect Immun 67, 3357 – 66, (1999). 917. Lund, T. et al. FEMS Microbiol Lett 141, 151 – 6, (1996). 918. Senesi, S. et al. Toxins (Basel) 2, 1690 – 703, (2010). 919. Lund, T. et al. Mol Microbiol 38, 254 – 61, (2000). 920. Guinebretiere, M. H. et al. Int J Syst Evol Microbiol 63, 31 – 40, (2013). 921. Cossart, P. Proc Natl Acad Sci U S A 108, 19484 – 91, (2011). 922. https://lpsn.dsmz.de/genus/listeria 923. Ribet, D. et al. Microbes Infect 17, 173 – 83, (2015). 924. Hernandez-Flores, K. G. et al. Biomed Res Int 2015, 360741, (2015). 925. https://lpsn.dsmz.de/genus/erysipelothrix 926. Brooke, C. J. et al. J Med Microbiol 48, 789 – 99, (1999). 927. Wang, Q. et al. Vet Microbiol 140, 405 – 17, (2010). 928. Shimoji, Y. et al. J Vet Med Sci 64, 173 – 6, (2002). 929. Galan, J. E. et al. Infect Immun 58, 3116 – 21, (1990). 930. Wood, R. L. Erysipelothrix infection. Thomas, Springfield, IL, 271 – 281, (1975). 931. Grieco, M. H. et al. Ann N Y Acad Sci 174, 523 – 32, (1970). 932. Rodríguez, C. et al., Clostridium perfringenosum sp. nov., (2020). 933. https://lpsn.dsmz.de/genus/clostridium 934. Popoff, M. R. et al. Future Microbiol 4, 1021 – 64, (2009). 935. Carter, A. T. et al. Res Microbiol 166, 303 – 17, (2015). 936. Caleo, M. et al. Toxicon 54, 593 – 9, (2009). 937. Brunt, J. et al. Toxins (Basel) 12, (2020). 938. Aronoff, D. M. Anaerobe 24, 98 – 101, (2013). 939. Miller, R. L. J Neurol Neurosurg Psychiatry 63, 758, (1997). 940. Zunga, P. M. et al. Cureus 8, c4, (2016). 941. Bae, C. et al. in StatPearls (2022). 942. Farrar, J. J. et al. J Neurol Neurosurg Psychiatry 69, 292 – 301, (2000). 943. Popoff, M. R. Anaerobe 30, 220 – 38, (2014). 944. Grumelli, C. et al. Neurotoxicology 26, 761 – 7, (2005). 945. Brunt, J. et al. Front Microbiol 7, 1702, (2016). 946. Peck, M. W. et al. Food Microbiol 28, 183 – 91, (2011). 947. Peck, M. W. J Appl Microbiol 101, 556 – 70, (2006). 948. Woudstra, C. et al. Genome Announc 3, (2015). 949. Peck, M. W. Adv Microb Physiol 55, 183 – 265, 320, (2009). 950. Harvey, S. M. et al. J Clin Microbiol 40, 2260 – 2, (2002). 951. Williamson, C. H. et al. BMC Genomics 17, 180, (2016). 952. Kiu, R. et al. Emerg Microbes Infect 7, 141, (2018). 953. Nagano, N. et al. J Clin Microbiol 46, 1545 – 7, (2008). 954. Leiblein, M. et al. Orthop Surg 12, 1733 – 47, (2020). 955. Yang, Z. et al. Cochrane Database Syst Rev, CD010577, (2015). 956. Beneš, J. ISBN-13: 978-80-7262-644-1. 957. McClane, B. A. et al. Food Microbiology, (2013). 958. Rood, J. I. et al. Anaerobe 53, 5 – 10, (2018). 493

959. Li, J. et al. Microbiol Spectr 4, (2016). 960. Seike, S. et al. PLoS One 11, e0147957, (2016). 961. Aronoff, D. M. et al. Anaerobe 50, 80 – 84, (2018). 962. Lagneaux, A. S. et al. Microorganisms 9, (2021). 963. Maclennan, J. D. Bacteriol Rev 26, 177 – 276, (1962). 964. Srivastava, I. et al. Anaerobe 48, 165 – 71, (2017). 965. Tolera, T. et al. Dairy and Vet Sci J. , (2019). 966. Kornbluth, A. A. et al. Medicine (Baltimore) 68, 30 – 7, (1989). 967. Shrestha, A. et al. Microbiol Spectr 6, (2018). 968. Lawson, P. A. et al. Anaerobe 40, 95 – 9, (2016). 969. Le Monnier, A. et al. Med Mal Infect 44, 354 – 65, (2014). 970. Sorg, J. A. et al. J Bacteriol 190, 2505 – 12, (2008). 971. Oka, K. et al. Front Microbiol 9, 1264, (2018). 972. Viswanathan, V. K. et al. Gut Microbes 1, 234 – 42, (2010). 973. Mullish, B. H. et al. Clin Med (Lond) 18, 237 – 41, (2018). 974. Khan, F. Y. et al. Asian Pac J Trop Med 7S1, S6 – S13, (2014). 975. Larcombe, S. et al. Trends Microbiol 24, 463 – 76, (2016). 976. Dieterle, M. G. et al. Ann N Y Acad Sci 1435, 110 – 38, (2019). 977. Petrosillo, N. et al. Front Med (Lausanne) 5, 96, (2018). 978. Prechter, F. et al. Crit Care 21, 260, (2017). 979. Tijerina-Rodriguez, L. et al. Can J Infect Dis Med Microbiol 2019, 7127850, (2019). 980. Assoni, L. et al. Front Microbiol 11, 593215, (2020). 981. Peschel, A. et al. Nat Rev Microbiol 4, 529 – 36, (2006). 982. Huan, Y. et al. Front Microbiol 11, 582779, (2020). 983. Arthithanyaroj, S. et al. PLoS One 16, e0257431, (2021). 984. Ethapa, T. et al. J Bacteriol 195, 545 – 55, (2013). 985. de la Riva, L. et al. J Bacteriol 193, 3276 – 85, (2011). 986. Arato, V. et al. Sci Rep 9, 5554, (2019). 987. Rubino, J. T. et al. J Biol Inorg Chem 21, 185 – 96, (2016). 988. Dawson, L. F. et al. PLoS One 7, e50527, (2012). 989. Meyer, A. R. thesis, University of Nebraska – Lincoln, (2021). 990. Bernard, K. J Clin Microbiol 50, 3152 – 8, (2012). 991. Simon, N. C. et al. Nat Rev Microbiol 12, 599 – 611, (2014). 992. Zendri, F. et al. Front Vet Sci 8, 650238, (2021). 993. Tagg, J. R. et al. Bacteriol Rev 40, 722 – 56, (1976). 994. Ott, L. et al. Int J Mol Sci 23, (2022). 995. Yamaizumi, M. et al. Cell 15, 245 – 50, (1978). 996. Kole, A. K. et al. Springer, Diphtheria. In: Durand M., Deschler D. (eds), (2018). 997. Wagner, K. S. et al. Emerg Infect Dis 18, 217 – 25, (2012). 998. de Santis, A. et al. BMC Infect Dis 20, 907, (2020). 999. Hall, I. C. et al. The Journal of Infectious Diseases 18, 195 – 208, (1916). 1000. Reboucas, M. F. et al. Braz J Microbiol 51, 2101 – 10, (2020). 1001. Lartigue, M. F. et al. J Clin Microbiol 43, 999 – 1001, (2005). 1002. Simpson-Louredo, L. et al. Antonie Van Leeuwenhoek 112, 1055 – 65, (2019). 494

VII. BIOINFORMATICKÉ DATABÁZY O FAKTOROCH PATOGENITY A VIRULENCIE A SPÔSOB ICH VYUŽITIA Evelína Mochnáčová, Mangesh Bhide 7.1 BIOINFORMATIKA A PREHĽAD VÝVOJA 495 BIOINFORMATICKÝCH DATABÁZ ............................................ 497 7.1.1 Úložiská sekvencií ............................................................................. 500 7.2 PREHĽAD DATABÁZ A BIOINFORMATICKÝCH 500 NÁSTROJOV PRI ANALÝZACH FAKTOROV PATOGENITY 501 A VIRULENCIE ................................................................................ 501 7.2.1 Vyhľadávanie sekvencií kódujúcej faktory patogenity 505 a virulencie ......................................................................................... 507 7.2.2 Detekcia faktorov patogenity a virulencie s využitím 508 512 Basic Local Alignment Search Tool – BLAST .................................. 512 7.2.2.1 Homológny BLAST ........................................................................... 513 7.2.2.2 Ortológny BLAST ............................................................................. 514 7.2.3 Anotácia génovej ontológie pre určenie faktorov patogenity 516 518 a virulencie ......................................................................................... 7.2.4 Analýza biologických dráh (Pathway analysis) ................................. 7.2.5 Analýza mikrobiálneho genómu a odhalenie génov rezistencie ........ 7.2.5.1 Databázy génov rezistencie voči antibiotikám ................................... 7.2.5.2 Databáza génov rezistencie voči biocídom a kovom ......................... 7.2.5.3 Mapovanie toxín-antitoxín systému ................................................... 7.2.5.4 Mapovanie bakteriálnych toxínov ...................................................... 7.2.6 Predikcia subcelulárnej lokalizácie proteínov .................................... 7.1 BIOINFORMATIKA A PREHĽAD VÝVOJA BIOINFORMATICKÝCH DATABÁZ Bioinformatika je interdisciplinárny vedný odbor zaoberajúci sa analýzou, interpretáciou, predikciou a selekciou biologických dát generovaných pri štúdiách genómu, transkriptómu, proteómu, metabolómu a rôznych ďalších biologických štúdiách. Bioinformatický výskum a aplikácia výsledkov zahŕňa analýzu molekulárnych a genomických údajov; anotáciu genómu, predikciu génov/proteínov, profilovanie expresie, molekulárne skladanie, modelovanie a dizajn biologických sietí. Novodobý výskum mikroorganizmov prebieha na rozhraní experimentálnej činnosti a informatickej analýzy získaných údajov. Sekvenovanie genómu jednotlivých mikroorganizmov nám umožňuje identifikovať sekvencie kódujúce rôzne faktory patogenity a virulencie, akými sú adhezívne molekuly, enzýmy, toxíny a iné. Pomocou RNA sekvenovania dokážeme určiť zmenu expresie génov kódujúcich faktory patogenity a virulencie. Hmotnostnou spektrometriou sme schopní identifikovať rôzne uvoľnené metabolity, 495

bakteriálne adhezíny alebo povrchové antigény. Všetky tieto techniky generujú obrovské množstvo dát, ktorých analýza bez pomoci bioinformatických nástrojov je nemožná. Vďaka bioinformatickým databázam je možné získané dáta nielen jednotlivo analyzovať, ale taktiež aj zdieľať, čo vedcom umožňuje prístup k širokej škále informácií a otvára možnosti pre in silico výskum. Frederik Sanger ako prvý v roku 1977 úspešne sekvenoval kompletný genóm bakteriofága zvaného phi X174, pričom objavil tzv. enzymatickú metódu DNA sekvenovania. Tento významný objav bol v roku 1980 ocenený Nobelovou cenou za chémiu. Sangerove sekvenovanie vyvolalo obrovský boom v oblasti štúdií DNA organizmov. Vedci celosvetovo pracovali na identifikácii génov a sekvencií DNA. Ohromné množstvo biologických dát bolo potrebné nielen zhromaždiť a organizovať, ale predovšetkým uľahčiť vedcom vyhľadávanie relevantných informácií. Preto bola v roku 1979 založená Los Alamos Sequence Database zameraná na uchovávanie nukleotidových sekvencií. Táto databáza bola v roku 1982 premenovaná na GenBank a neskôr v tom istom roku bola presunutá do novozriadeného Národného centra pre biotechnologické informácie (NCBI = National Center for Biotechnology Information), ktoré je známe a široko využívané dodnes. Do konca roku 1982 bolo v databáze NCBI uložených 606 sekvencií. Od doby vzniku centrum absorbovalo obrovské kvantum dát. Aktuálne sa nachádza v databázach NCBI takmer 1 395 miliárd báz z 239 miliónov sekvencií1. Ďalším míľnikom vo výskume bakteriálneho genómu bolo v roku 1995 sekvenovanie celého genómu baktérie Haemophilus influenzae2. V prvom desaťročí sekvenovania genómov existovalo asi 300 sekvenovaných bakteriálnych genómov a len dva publikované metagenómové projekty. Významný zlom nastal v 21. storočí s príchodom technológie sekvenovania novej generácie (NGS = Next Generation Sequencing). NGS ponúklo rýchlu, vysoko efektívnu, nízko nákladovú a presnú technológiu DNA sekvenovania. Najvýznamnejším faktorom, ovplyvňujúcim vedecký pokrok, bolo výrazné zníženie ceny sekvenovania. V dôsledku technického rozvoja sa rapídne skrátila priemerná doba sekvenovania. Dramatické zníženie nákladov na sekvenovanie spôsobilo, že sekvenovanie bakteriálneho genómu začalo byť čoraz viac dostupné pre výskum prebiehajúci vo vedeckých inštitúciách a laboratóriách3. Prudký nárast generovaných dát viedol k zostavovaniu databáz, správe údajov a vyhotoveniu analytických postupov pri spracovávaní sekvenčných údajov. Aktuálne NCBI obsahuje kompletné genómy z viac ako 1000 organizmov reprezentujúcich nielen všetky živé domény (prokaryota, archaea a eukaryota), ale aj genómy mnohých vírusov a fágov. Taktiež združuje repertoár sekvencií viroidov, plazmidov a rôznych organel4. Databáza 496

NCBI vytvorila nové úložisko „Pathogen Detection Project“, ktoré integruje sekvencie genómov patogénnych baktérií a plesní získaných z rôznych zdrojov vedeckých štúdií. Úložisko tiež poskytuje nástroj AMRFinderPlus (AMR = Antimicrobial Resistance) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pathogens/antimicrobial-resistance/AMRFinder) určený na identifikáciu génov rezistencie, stresovej reakcie a virulencie detegovaných z bakteriálnych genómov. Celkovo sa v tomto úložisku nachádza 1 123 705 izolátov reprezentujúcich takmer 80 000 génových klastrov. NGS našlo taktiež svoje uplatnenie v sekvenovaní celkovej mRNA či už baktérií alebo hostiteľských buniek. Počas bakteriálnej infekcie afektované bunky menia prirodzenú reguláciu molekulových procesov ako odpoveď na stimul. Na druhej strane taktiež patogény menia expresiu svojich génov pod vplyvom produkcie signálnych molekúl a aktivácie obranných mechanizmov hostiteľa. Identifikácia génov so zvýšenou/zníženou reguláciou, či už u patogénov alebo hostiteľa, poskytuje vedcom komplexný náhľad do pochodov prebiehajúcich v bunkách a detailné objasnenie patogenézy infekcie. Odvrátenou stranou týchto technológií je generovanie obrovského množstva dát, ktorých analýza je bez prítomnosti vhodných úložísk a bioinformatických nástrojov nemožná. 7.1.1 Úložiská sekvencií Úložiská DNA sekvencií Vyššie spomenuté databázy, ako GenBank patriaca NCBI, EMBL a DDBJ, akceptujú priame vloženie DNA/proteínových sekvencií. Každej vloženej sekvencii je pridelené identifikačné číslo (Accession number) a stáva sa súčasťou tzv. knižnice databázy, pričom iba zadávateľ je oprávnený manipulovať s vloženými údajmi, akými sú meno zadávateľa, organizmus, aktuálna sekvencia, súvisiace referencie a iné. Vložené údaje sú na dennej báze zdieľané v rámci databáz a pravidelne sa zverejňujú pre verejné využitie. Na druhej strane dennodenné vkladanie veľkého objemu sekvencií často vedie k zahlteniu databáz, či už nepresnými, neúplnými, duplicitnými alebo irelevantnými sekvenciami. Práve preto bola spoločnosťou NCBI vytvorená databáza RefSeq (Reference Sequence database), ktorej úlohou je poskytnúť neredundantný súbor sekvencií pochádzajúcich síce z GenBank ale následne bioinformaticky a manuálne spracovávaných a overených. Takýmto spôsobom sa postupne vytvára skupina vysokokvalitných referenčných sekvencií, ktoré sú pravidelne aktualizované a manuálne anotované pracovníkmi NCBI. Celé úsilie je zamerané na vyhotovenie databázy kompletných genómov stavovcov, ktoré budú slúžiť ako kvalitné referenčné sekvencie. Avšak majoritným 497

zámerom je identifikácia kvalitných sekvencií resp. regiónov kódujúcich ľudské a myšacie proteíny, ktoré sú dôsledne anotované. Problémom týchto databáz je fakt , že celý proces anotovania a organizácie sekvencií je náročný a príliv nových sekvencií je rýchlejší než sú spracovateľské kapacity výskumníkov. Úložiská transkriptómových dát Okrem génových databáz existujú taktiež aj databázy špecializujúce sa na zhromažďovanie dát o zmene expresie génov. Príkladom sú databázy, ako NCBI's Gene Expression Omnibus (NCBI´s GEO) a EMBL-EBI ArrayExpress. Do týchto platforiem je možné vkladať súbory génov získaných po RNA sekvenovaní buniek indukovaných rôznymi stimulmi/faktormi patogenity (napr. patogén, toxín), ktoré sú následne dostupné pre užívateľov. Analýzou zmeny expresie génov je možné určiť aktiváciu molekulových procesov a signálnych dráh v indukovaných bunkách. Jedným z voľne dostupných vedeckých platforiem je Expression Atlas, pomocou ktorého dokážu užívatelia vyhľadať informácie o expresii génov a proteínov. Experssion Atlas poskytuje údaje o množstve a lokalizácii RNA (resp. proteínov) naprieč druhmi a biologickými podmienkami. Udáva zmenu expresie génov v rôznych tkanivách, typoch buniek, vývojových štádiách, poprípade pri rôznych chorobách. Pre poskytnutie relevantných údajov Experssion Atlas združuje dáta z viac ako 3 000 vedeckých experimentov (z RNA sekvenovania a microarray), ktoré pochádzajú zo 40 rôznych organizmov. Výhodou takejto platformy je, že je pravidelne manuálne spravovaná vedeckými pracovníkmi, čím je zabezpečené poskytnutie relevantnej a komplexnej reprezentácie dát z génovej expresie. Pre štúdium duálnych zmien génovej expresie – v bunkách baktérií a hostiteľa bola vyvinutá databáza DualSeqDB (Dual Sequencing Database). Cieľom konštrukcie tejto databázy bolo vytvorenie zdroja umožňujúceho objasniť mechanizmus bakteriálnej infekcie, a to prostredníctvom identifikácie zmien na úrovni transkriptómu pri interakciách hostiteľa a patogénu. Nakoľko sa duálne RNA sekvenovanie stáva stále populárnejším pri štúdiu a odhalení vzťahov medzi patogénom a hostiteľom, využitie duálnej databázy umožňuje vedcom identifikovať „molekulárne fenotypy“ objasňujúce infekčné procesy. Databázy génov anotovaných ako faktory patogenity a virulencie Celogenómové sekvenovanie baktérií umožňuje identifikáciu génov pre rezistenciu voči rôznym bakteriocídnym molekulám. Databázy ako RAST, ARG-ANNOT alebo CARD združujú anotácie identifikovaných génov respektíve generujú nové anotácie na základe podobností v štruktúre sekvencií medzi neznámym a objasneným génom, pričom ich hlavnou 498

doménou je identifikácia rezistentných génov a následne inkorporovanie do špecifických databáz, akými sú napr. ARG-ANNOT, BacMet, TASmania a iné. Databázy bakteriálnych toxínov Toxíny produkované bakteriálnymi patogénmi sú silným prvkom v rámci faktorov patogenity a virulencie. Databázy, ako DBETH a BTXpred združujú sekvencie toxických proteínov a sú širokospektrálne využívané v štúdiu invazívnych procesov patogénov. Význam takýchto databáz spočíva nielen v zhromažďovaní údajov o sekvenciách ale predovšetkým aj v možnostiach predikcie toxických proteínov (ToxinPred = Toxin Prediction). Schopnosť bioinformatického nástroja predikovať toxicitu respektíve priradiť anotáciu neznámemu proteínu otvára možnosti vo výskume novoobjavených potenciálnych faktorov patogenity. Úložiská proteínových sekvencií Pre vedecký výskum je taktiež dôležité poznať funkciu, lokalizáciu a vplyv samotných proteínov (ktorých genetický záznam je uložený v génových databázach). Aj keď je funkcia proteínov mnohokrát podrobne popísaná vo vedeckých publikáciách, manuálny nález relevantnej informácie je časovo náročný a požadovaný údaj môže ostať nepovšimnutý v záplave informácií. UniProt databáza (Universal Protein database) je jednou z najrobustnejších databáz proteínových sekvencií, umožňujúca získanie relevantných informácií o štruktúre a funkcii sekvencie, ako aj priradenie relevantných literárnych odkazov. Na uľahčenie práce pri spracovaní sekvencií a detekcii prvkov faktorov patogenity boli skonštruované databázy umožňujúce predikciu domén jednotlivých proteínov (napr. databáza Pfam = Protein families database) alebo zobrazujúce informácie o kryštalickej štruktúre proteínov (PDB = Protein Data Bank). Taktiež existujú databázy zhromažďujúce údaje o interakciách medzi hostiteľom a patogénom (HPIDB = Host-Pathogen Interaction Database), ako aj databázy sekvencií vytvárajúcich väzbu v rámci hostiteľsko-bakteriálnych interakcií. Praktickým využitím jednotlivých databáz je ich inkorporácia do bioinformatických predikčných nástrojov, v ktorých sú využité zhromaždené dáta pri dizajne predikčných algoritmov umožňujúcich identifikáciu nových potenciálnych faktorov patogenity. V nasledujúcich častiach budú rozpísané spôsoby využitia rôznych databáz a predikčných nástrojov využívaných v analýzach identifikácie a predikcie mikrobiálnych faktorov patogenity. 499

7.2 PREHĽAD DATABÁZ A BIOINFORMATICKÝCH NÁSTROJOV PRI ANALÝZACH FAKTOROV PATOGENITY A VIRULENCIE 7.2.1 Vyhľadávanie sekvencie kódujúcej faktory patogenity a virulencie Každá DNA/proteínová sekvencia, ktorá je vkladaná do databáz, musí byť uložená v určitom sekvenčnom formáte (napr. FASTA, abi, seq a iné). Formát sekvencie určuje povolené rozhranie pre obsah textu v rámci súboru. Formát zahŕňa textové tokeny, ktoré definujú polia používané v databáze a pozostáva zo samotnej sekvencie, názvu identifikátora sekvencie a prístupového čísla. V súčasnosti je FASTA formát sekvencie jedným z najjednoduchších a často využívaných formátov dostupných prostredníctvom International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC; https://www.insdc.org/). Skladá sa z riadku definície alebo popisu, za ktorým nasleduje sekvencia. Definičný riadok začína symbolom väčší (>) a označuje začiatok každého nového záznamu, pričom každá informácia za týmto symbolom sa líši v závislosti od svojho zdroja. Ak je sekvencia získaná prostredníctvom databáz NCBI, pred identifikátorom je číslo GI a línia definície sekvencie je často v rozmedzí do 80 znakov. Po línii definície nasleduje sekvencia DNA vo formáte obsahujúcom jeden alebo aj viac riadkov5. Obr. 7.1 Postup pri vyhľadávaní sekvencie kódujúcej faktor patogenity vo FASTA formáte Postup je prezentovaný na príklade adhézneho proteínu MafA exprimovaného u N. meningitidis. Z ponuky databáz zvolíme sekciu Gene (1). Do vyhľadávacieho poľa zadáme názov génu mafA poprípade ID génu. Pre efektívnejšie vyhľadávanie môžeme zadať aj organizmus (2). Po generovaní výsledkov, zvolíme vhodnú položku (3), pričom po jej rozkliknutí získame prístup k FASTA súboru a k všetkým definičným znakom nahraným v databáze, akými sú CDS (CoDing Sequence; kódujúca sekvencia), RBS (Ribosome Binding Site; ribozóm viažuce miesto), rep_origin (replication origin; začiatok replikácie) a tRNA (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/) 500